西兰花(Brassica oleracea var.italica)硫代葡萄糖苷酶基因cDNA分子克隆及其特征分析

目的:研究西兰花硫代葡萄糖苷酶(简称硫苷酶)cDNA的结构特征,为硫苷酶异源表达打下基础。方法:以西兰花幼苗为试材,根据同源序列法PCR扩增硫苷酶特异cDNA片段,再用3′RACE和5′RACE分别扩增cDNA3′端序列和5′端序列,经序列拼接获得西兰花硫苷酶全长cDNA序列。利用在线蛋白质分析系统对其编码的氨基酸序列进行结构特征分析,在NCBICDD数据库中查找保守结构域,在SWISS-MODEL上进行在线蛋白同源模建,用MEGA3.1构建NJ系统树。结果:该基因cDNA全长1830bp,含有一个1641bp的ORF及31bp的5′端非翻译区和158bp的3′端非翻译区,命名为BoMyr2(GenBank登录号为EU004075);编码氨基酸序列含有20个氨基酸长度的信号肽及9个天冬酰胺N末端糖基化位点,编码的蛋白分子质量(Mw)约为62.2kD,等电点(pI)为8.71;BoMyr2推测氨基酸序列含有糖基水解酶家族1特有的糖基水解酶结构域,其编码蛋白与PDB库中白芥硫苷酶有类似的三维结构,具有明显的β/α(TIM)桶结构;BoMyr2应归为硫苷酶基因家族的MB亚族。