蛋白质Cα原子接触数的数字特征分析

Cα是蛋白质分子中的重要原子,是蛋白质折叠和设计中的重要研究对象。本文根据α-氨基酸和Cα原子的理化特性,引入接触数的概念,从数字特征方面研究蛋白质中Cα原子空间拓扑结构。主要利用结构规律统计与计算机模拟手段,对1653个蛋白质PDB进行了处理分析,对Cα原子数目所占比例、Cα原子平均接触数、接触数变化率进行了讨论。最后以1EXS为例加以说明,其中多于65%的Cα原子间距大于3个原子单位,平均接触数变化率在4-10之间波动较大,且Cα原子分布不均匀。本文是关于生物、统计学科结合的研究,在数字表征、数据挖掘层面上,分析了Cα原子,为人工组合蛋白质提供了数字支持;同时也对氨基酸理化特性指出了以Cα原子为基准的新方向。