辣椒CAMTA基因家族生物信息学分析

为了解辣椒中CAMTA基因家族生物信息学功能,探究其在非生物胁迫下的基因表达规律,进而为辣椒CAMTA基因的功能开发与抗逆育种提供基础,在Plant TFDB网站得到辣椒CAMTA家族成员,并对其基因结构、结构域、蛋白质三级结构、系统进化关系、顺式作用元件、激素处理与非生物胁迫表达情况进行分析。结果表明,在辣椒中有5个CAMTA家族成员,均包含CG-1保守结构域;主要分布在4条染色体上,其基因大小差异明显,氨基酸数目在89~1023个之间,外显子数目为1~13个。进化树分析表明,辣椒CAMTA基因家族可以分为3类,辣椒CAMTA的氨基酸序列与番茄CAMTA的氨基酸序列亲缘关系最近。基因表达量分析表明,辣椒CAMTA基因家族在胁迫后的信号转导和组织发育过程中发挥了作用。

油桐CAMTA基因家族的鉴定与表达分析

为深入探究油桐CAMTA基因的结构与功能,解析其在冷胁迫下的基因表达模式,本研究运用生物信息学方法鉴定到油桐CAMTA基因家族有5个不均匀分布在3条染色体上的成员,进一步分析它们的理化性质、保守基序、保守结构域以及系统进化关系。结果表明, VfCAMTA1~VfCAMTA5在结构上呈现相对保守的特征。VfCAMTAs在根部的表达水平高于茎和叶,在根部VfCAMTA5的表达水平达到最高值;在雌雄花以及两性花中VfCAMTA2均有表达;在种子发育的早期阶段VfCAMTAs呈现出表达调控的特征,推测该基因家族可能与花芽分化过程相关。蛋白质互作分析结果推断油桐CAMTA3参与调控低温胁迫的过程。该研究揭示了油桐CAMTA基因家族理化特征及表达模式,是阐明基因功能的重要依据。

芸薹属(Brassica napus,B.rapa,B.oleracea)CAMTA3基因家族的鉴定及生物信息学分析

芸薹属(Brassica)植物(甘蓝型油菜,白菜,甘蓝)是重要的经济作物,它们之间的关系可用禹氏三角表示。CAMTA是在进化过程中高度保守的一类转录因子家族,该家族成员在芸薹属植物抗逆境胁迫过程中具有重要作用。为了探讨芸薹属CAMTA3基因家族的功能,本研究利用生物信息学手段,鉴定了芸薹属(白菜,甘蓝和甘蓝型油菜)CAMTA3基因家族的8个基因,并从蛋白质的理化性质、家族进化与基因结构和上游启动子等方面进行了分析研究。分析表明,芸薹属CAMTA3基因家族8个成员在进化过程中具有较高的保守性,其亲缘关系与禹氏三角理论相符,且各成员在植物响应抗胁迫过程中占重要地位。研究结果为芸薹属CAMTA3基因家族的功能研究提供了一定的信息基础。