中国西门塔尔牛CAPN1基因SNPs及其与经济性状关联分析

本研究旨在分析CAPN1基因部分SNPs与中国西门塔尔牛经济性状的关联性。试验选取同龄、同场的135头中国西门塔尔牛为材料,利用PCR-RFLP方法检测CAPN1 316和CAPN1 4751 2个SNPs位点的多态性,并进行方差分析。结果发现,CAPN1 316SNP位点与大理石花纹显著相关(P<0.05),杂合子AB基因型个体的大理石纹评分显著高于AA和BB基因型个体(P<0.05);CAPN1 4751位点与大理石花纹和剪切力显著相关(P<0.05),大理石花纹性状中杂合子AB基因型个体评分显著高于AA基因型个体,剪切力性状中BB基因型个体显著高于AA基因型个体。结果表明,CAPN1 316和CAPN1 4751位点适合用于中国西门塔尔牛眼肌、肌肉大理石花纹的分子标记选择。

猪CAPN1基因部分外显子及3′UTR区的SNPs检测

以野猪、民猪和大白猪为研究对象,根据网上公布的序列设计了7对引物,采用测序、PCR-SSCP和PCR-RFLP方法对CAPN1基因的部分外显子和3′UTR区进行了单核苷酸多态性检测和基因型分析,探讨CAPN1基因多态性与瘦肉率和嫩度的关系。研究发现11个SNPs,其中5个位于外显子,4个位于内含子,2个位于3′UTR区,外显子中的突变有一处是错义突变,导致了蛋白质多肽链第260位氨基酸发生了M/V的替代。群体遗传学分析表明,在所检测的各多态位点上,野猪、民猪、大白猪3个品种间不同基因型的分布都存在着极显著的差异(P<0.01),而野猪和民猪之间各基因型的分布差异不显著(P>0.05),民猪和大白猪之间各基因型的分布存在着极显著的差异(P<0.01)。结合品种特性分析表明,P4、P6引物和3′UTR区HinfⅠ位点所检测的不同基因型和瘦肉率具有一定的相关性。

鸡CAPN1基因3′-UTR多态性及其与肉质性状的关联分析

试验利用PCR-SSCP技术对寿光鸡CAPN1基因3′-UTR的多态性进行了检测,并进一步分析了其与肉质性状的相关性。结果显示,在寿光鸡群体中检测到AA、AB 2种基因型,基因型频率分别为0.43、0.57,AB为优势基因型;A、B等位基因频率分别为0.715、0.285,A为优势等位基因;群体中未检测到BB基因型个体。经χ2检验,群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P<0.05)。CAPN1基因3′-UTR的多态性对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量和胸肌剪切力有显著性影响(P<0.05);对腿肌剪切力、失水率、胸肌蒸煮损失和腿肌蒸煮损失无显著性影响(P>0.05)。

CAPN1基因在寿光鸡群体中的遗传变异分析

采用PCR-SSCP方法对寿光鸡CAPN1基因进行多态性检测,并分析它们的多态性与部分肉质性状的关系。结果表明,含有CAPN1基因外显子5的引物CE5扩增的座位在群体中检测到3种基因型AA、AB和BB,基因型频率分别为0.266、0.520和0.214;等位基因A和B的频率分别为0.524和0.476。CE8引物扩增的座位在群体中也检测到3种基因型AA、AB和BB,基因型频率分别为0.378、0.510和0.112;等位基因A和B的频率分别为0.633和0.367。关联分析结果表明:含有CAPN1基因外显子5的引物CE5座位对肌内脂肪含量和腿肌蒸煮损失存在显著性影响(P<0.05),CE8座位对胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P<0.05)。

早胜牛CAPN1基因多态性及与肉质性状的关联性分析

本研究旨在寻找与早胜牛肉质性状相关的分子标记位点,为下一步采用分子育种方法进行肉用型早胜牛选育提供理论依据。实验共采集早胜牛血液样本320份,采用直接测序法对早胜牛CAPN1基因外显子21至外显子22区域内的多态位点进行检测,使用Haploview 4.2软件分析其连锁不平衡性并构建单倍型,分析单倍型与肉质性状之间的相关性。结果表明,共检测到4个SNPs位点,其中C14899T和C15176A位于内含子21上,G15299A和G15682C位于外显子22上,且4个位点间存在较强的连锁不平衡性,存在6种单倍型组合。经关联性分析,单倍型与早胜牛肉品质性状剪切力、失水率、眼肌面积等显著相关。因此,位于CAPN1基因内含子21和外显子22上的4个SNPs位点与早胜牛肉质性状具有显著相关性,可作为肉用型早胜牛早期选留的候选分子标记。

鸡CAPN1基因多态性及其与肉质性状的关联分析

采用聚合酶链式反应-单链构象多态(PCR-SSCP)方法对147只寿光鸡CAPN1基因第4外显子进行多态性检测,分析其与部分肉质性状的关系。在CAPN1基因第4外显子上共检测到3种基因型AA、AB和BB,它们的基因型频率分别为0.286、0.510和0.204。方差分析结果表明:在寿光鸡群体中,BB基因型个体的胸肌pHu值显著高于AA基因型个体(P<0.05);AA基因型个体的肌内脂肪含量显著高于BB基因型个体(P<0.05)。

CAPN1基因的多态性与鸡肉质性状的关系研究

采用PCR-SSCP方法对寿光鸡CAPN1基因的外显子14、外显子20及其侧翼区序列进行多态性检测,并分析它们的多态性与部分肉质性状的关系。CE14引物扩增的座位在群体发现3个单核苷酸多态性(SNPs)位点:g.13715409 A>G、g.13715387 T>C位于外显子14中,g.13715467C>T位于内含子13中;共检测到AA、AB、AC、BB、BC及CC 6种不同基因型,基因型频率分别为0.238、0.273、0.197、0.095、0.102、0.095,等位基因A、B、C的频率分别为0.473、0.282、0.245。CE20引物扩增的座位在群体发现6个SNPs位点:g.13713224C>A位于外显子20中,g.13713320A>T、g.13713289G>A、g.13713277T>C位于内含子19中,g.13713185T>C、g.13713184G>A位于内含子20中;共检测到AA、AB、AC、BC、AD、BB、CD及DD 8种不同基因型,基因型频率分别为0.122、0.354、0.197、0.143、0.061、0.034、0.048、0.041,等位基因A、B、C、D的频率分别为0.429、0.282、0.194、0.095。最小二乘统计分析结果表明,CE14座位对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量、腿肌剪切力及胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P<0.05),CE20座位对胸肌pHu及胸肌蒸煮损失存在显著性影响(P<0.05)。

‘黑羽番鸭’肌肉发育中A-FABP、CAPN1基因的mRNA表达规律

采用实时荧光定量PCR技术检测了A-FABP 和CAPN 1基因在‘黑羽番鸭’肌肉生长发育过程中 mR-N A表达规律。结果显示：在胸肌中,A-FABP 基因在2周龄时表达最高；在腿肌中,A-FABP 基因在8周龄时表达量最高。在胸肌、腿肌组织中A-FABP 基因mRNA的表达量大致为2～4周龄下降,4～8周龄上升,8～13周龄再次出现下降,公母鸭的变化趋势一致。在胸肌、腿肌中,CAPN 1基因在2周龄时表达量最高。在胸肌组织中, CAPN1基因mRNA的表达量在2～10周龄之间下降,10～13周龄上升。在腿肌组织中,CAPN1基因 mRNA 的表达量先下降,后上升,最后再次下降。

黑羽番鸭CAPN1基因的克隆及生物信息学分析

本实验旨在对黑羽番鸭CAPN1基因进行克隆和生物信息学分析,以期为改善番鸭肌肉嫩度提供参考。选取黑羽番鸭为研究对象,采集腿肌组织,提取RNA,反转录为cDNA,通过同源重组方法克隆CAPN1基因的编码区序列并进行生物信息学分析。结果显示:黑羽番鸭CAPN1基因编码区序列长度为2 148 bp,编码715个氨基酸;与鸭、鸡、雉鸡、人、猪、牛、绵羊、马的序列进行同源性比较,显示核苷酸序列的同源性分别为98.70%、87.29%、86.11%、81.89%、81.62%、81.18%、81.04%、81.27%,氨基酸序列的同源性分别为99.30%、91.47%、90.63%、83.22%、83.64%、83.10%、82.96%、83.36%。系统进化分析结果与传统分类学结果一致。理化性质分析表明CAPN1蛋白相对分子质量为81 368.72 ku,理论等电点为5.82,亮氨酸使用频率最高,组氨酸使用频率最低,属于稳定性、亲水性蛋白;存在2个跨膜螺旋区,无信号肽剪切位点,主要分布于细胞质中。修饰结构分析表明,该蛋白存在59个潜在的磷酸化位点,9个O-糖基化位点和3个N-糖基化位点;二级结构中α-螺旋占比最高,β-转角占比最低;包含3个结构域;最后对CAPN1蛋白的三级结构进行了建模,模型可信度较高。

饲喂生物发酵饲料对延边黄牛背最长肌FABP4、CAPN1基因表达的影响

试验旨在研究育肥后期饲粮中添加生物发酵饲料对延边黄牛背最长肌组织中FABP4、CAPN1基因表达量的影响。选择12头平均体重(545.55±27.00)kg的体健无病延边黄牛阉牛,随机分成试验组和对照组,每组6头。试验组每头牛饲喂生物发酵饲料2 kg/d,对照组不饲喂生物发酵饲料,试验组和对照组的基础日粮营养水平基本相同。预饲期10 d,正式期90 d。试验结束后,分别从试验组与对照组各随机选取3头牛,在第14肋骨处采取背最长肌一小块,采用荧光定量聚合酶链式反应(RT-PCR)技术检测样品中FABP4、CAPN1基因表达量。结果表明:试验组中FABP4 mRNA的表达量是对照组的2.27倍,FABP4基因mRNA的表达量极显著高于对照组(P<0.01)。CAPN1 mRNA的表达量试验组高于对照组,差异显著(P<0.05)。综上所述,在育肥后期饲粮中添加生物发酵饲料可显著提高FABP4、CAPN1基因在延边黄牛背最长肌中的表达量。

野猪、家猪及其杂种猪CAPN1基因PCR-RFLP分析

为了进一步揭示猪CAPN1基因变异与肌肉生长的关系,试验采用直接测序的方法寻找SNPs及利用PCR-RFLP检测技术分析不同基因型在野猪、民猪、大白、长白、杜洛克及野家杂种猪中的分布规律。结果表明:在2个分别引起NaⅢ、EcoRⅡ酶切位点改变的SNPs位点,各基因型在6个品种(品系)间的分布存在着极显著差异(P<0.01),并且NaⅢ位点等位基因的分布在瘦肉型猪中以B为优势基因,在脂肪型猪中以A为优势基因,NaⅢ位点的突变可能与瘦肉率有关。

牦牛CAPN1基因intron 1多态性及其与胴体和肉质性状的关联性

采用PCR-SSCP技术检测甘南牦牛、天祝白牦牛及大通牦牛钙蛋白酶1(CAPN1)基因单核苷酸多态性(SNPs),并分析SNPs对甘南牦牛部分胴体及肉质性状的影响。结果表明,3类群牦牛在CAPN1基因第1内含子区检测到g.100+606G>T突变,形成了AA、BB和AB 3种基因型,检测区域表现为中度多态;CAPN1基因第1内含子突变影响不同年龄段甘南牦牛肌肉嫩度、失水率和眼肌面积,AA基因型个体嫩度剪切力值较低而眼肌面积较高,其中3岁和5岁牦牛AA型个体嫩度剪切力显著低于BB或AB型(P<0.05),4岁和5岁牦牛AA型个体眼肌面积显著高于BB或AB型(P<0.05);另外6岁牦牛AA型个体失水率显著高于BB和AB型(P<0.05)。CAPN1基因g.100+606G>T突变可用为甘南牦牛此类性状潜在的遗传标记之一。

部分肉牛类群CAPN1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性

通过研究部分肉牛类群CAPN1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉牛生产性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程,提高肉牛生产性能提供参考。采用PCR-SSCP技术对早胜牛(庆阳类群、平凉类群)、南杂牛(南德温牛×早胜牛庆阳类群)、秦杂牛(秦川牛×早胜牛平凉类群)、西杂牛(西门塔尔牛×早胜牛平凉类群)、荷斯坦奶公牛和澳洲黑牛共391头个体的CAPN1基因外显子9进行遗传变异检测,运用SPSS17.0软件分析早胜牛平凉类群遗传变异与肉质性状的关联性。结果表明,CAPN1基因第9外显子存在突变位点G458C,并检测到GG、GC和CC 3种基因型。相关性分析表明,CAPN1的G458C位点与pH、剪切力和滴水损失差异显著相关(P<0.05),CC基因型剪切力和滴水损失显著低于GG和GC型(P<0.05),其他性状在各基因型间差异不显著。因此,推测CAPN1基因的突变位点G458C可以作为牛肉嫩度的遗传标记。

CAPN1基因4685位点与肉质嫩度相关性研究

[目的]探索延边黄牛与草原红牛钙蛋白酶I(CAPN1)基因4685位点对肉质嫩度的影响。[方法]采用PCR-RFLP技术对草原红牛、延边黄牛CAPN1基因第14内含子区4685位点进行基因多态性与肉质嫩度进行分析,验证该位点在吉林省地方品种牛中的作用。[结果]该位点与肉质嫩度相关检测指标(蒸煮损失、肌纤维直径、剪切力、滴水损失等)密切相关,均表现为T等位基因的存在能够显著提高个体的嫩度水平,但该位点与pH无关。4685位点与屠宰性状(净肉重、胴体重、净肉率等)无关,仅与眼肌面积存在一定的相关性。[结论]延边黄牛与草原红牛CAPN1基因4685位点与肉质嫩度存在密切相关。

CAPN1基因4685位点与肉质嫩度相关(英文)

[目的]探索延边黄牛与草原红牛钙蛋白酶I(CAPN1)基因4685位点对肉质嫩度的影响。[方法]采用PCR-RFLP技术对草原红牛、延边黄牛CAPN1基因第14内含子区4685位点进行基因多态性与肉质嫩度进行分析,验证该位点在吉林省地方品种牛中的作用。[结果]该位点与肉质嫩度相关检测指标(蒸煮损失、肌纤维直径、剪切力、滴水损失等)密切相关,均表现为T等位基因的存在能够显著提高个体的嫩度水平,但该位点与pH无关。4685位点与屠宰性状(净肉重、胴体重、净肉率等)无关,仅与眼肌面积存在一定的相关性。[结论]延边黄牛与草原红牛CAPN1基因4685位点与肉质嫩度存在密切相关。

鸡骨骼肌纤维类型鉴定及CAPNCAPN1基因与鸡腿肌纤维类型比例的关联分析

研究通过SDH染色技术鉴定了明星E系、明星C系、寿光鸡、藏鸡和农大褐5个群体的鸡骨骼肌纤维中红肌纤维、白肌纤维和中间型纤维的比例,并以钙蛋白酶(CAPN1)基因为候选基因,检测了位于CAPN1基因3′UTR区3个SNP位点的基因型,进行上述表型与基因型的关联分析。结果表明,每个SNP均在试验群体中发现三种基因型,各SNP与胸肌各类肌纤维类型比例的关联不显著,但均与腿肌中的肌纤维类型比例显著关联。SNP1的CC基因型白肌纤维比例显著低于CG型个体(P<0.05),SNP2的GG型个体白肌纤维比例极显著低于CG型个体(P<0.01),SNP3的CC型个体白肌纤维比例显著低于CT型(P<0.05)。推测CAPN1基因对鸡骨骼肌各种肌纤维类型的形成或转化有一定影响,可作为影响肌纤维转换的候选基因进行深入研究。

清远麻鸡CAPN1基因单核苷酸多态性研究

清远麻鸡属于小型优质鸡种,为探讨其优良肉质形成的分子机理,此研究以隐性白羽鸡作为对照,以CAPN1基因作为影响鸡肌肉嫩度性状的候选基因,采用PCR-SSCP方法对清远麻鸡和隐性白羽鸡的CAP]N1基因外显子4部分序列、内含子4和外显子5部分序列进行单核苷酸多态性分析,共检测到AA、AB、AC、BB、BC和CC 6种基因型。测序结果发现,AA型个体序列与Genbank上登录的序列一致;BB型个体在2418处存在5 bp的缺失突变,在2446处存在T/C突变,在2484处存在C/T突变,在2508处存在C/T突变;CC型个体在2418处存在5 bp的缺失突变,在2446处存在T/C突变,在2484处存在C/T突变。统计了不同基因型在不同品种鸡中的频率分布,结果表明基因型频率和基因频率在2个鸡种中的分布存在显著差异。

广灵驴 CAPN1基因克隆、生物信息学分析及表达研究

本研究旨在对钙蛋白酶1(CAPN1)基因CDS区进行克隆及生物信息学分析,并鉴定其在广灵驴各组织中的表达量。应用生物信息学方法对广灵驴CAPN 1基因CDS区进行序列分析,并对其编码蛋白的理化性质、亚细胞定位、翻译后修饰结构和蛋白结构进行预测;利用实时荧光定量PCR技术对CAPN 1基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和背最长肌6种组织中的表达水平进行分析。结果显示,广灵驴CAPN 1基因CDS区全长2148 bp,可编码715个氨基酸,已提交至NCBI,登录号为:MN158194,其核酸序列与马、绵羊、牛、人、山羊、小鼠、猪的同源性分别为99.7%、92.3%、92.5%、92.0%、92.5%、85.9%和92.9%;CAPN1蛋白的分子质量为82.01 ku,理论等电点为5.59,平均疏水性为-0.374,不稳定系数为36.42,不存在跨膜区及信号肽;其编码蛋白的二级结构由无规则卷曲、α-螺旋、β-转角和延伸链组成;CAPN 1基因在广灵驴的6种组织中均表达,其中在背最长肌中的表达量最丰富,其次是肝脏,在心脏中的表达最低。本研究成功克隆了广灵驴CAPN 1基因CDS,并对其在不同组织中的表达量进行了分析,为进一步研究CAPN 1基因在肌肉嫩度方面的表达调控功能及发展地方品种广灵驴肉制品产业提供了理论依据。

海东鸡CAPN1基因3'UTR多态性及其与体尺性状的关联性

利用PCR-SSCP技术对海东鸡CAPN1基因多态性进行分析,研究CAPN1基因多态位点与体尺性状之间的相关性。结果表明,海东鸡CAPN1基因3'UTR存在c.*1 114T>C转换,对应2种等位基因T和C,等位基因T为优势等位基因;该群体CAPN1基因检测区域为中度多态(0.25<PIC<0.50),偏离了Hardy-Weinberg平衡状态。CAPN1基因3'UTR的多态性对体斜长、胸宽和胸骨长有显著性影响,对胫长有极显著影响,对胸深、胸围和髋宽无显著性影响。

CAPN1和CAST基因在牦牛不同组织中的表达差异研究

为检测钙蛋白酶基因(CAPN1)和钙蛋白酶抑制基因(CAST)在牦牛心、肝、脾、肺、肾、胃、眼肌、腹肌等不同组织中的表达水平,采用实时荧光定量PCR技术分析这2个基因的表达规律。结果显示,CAPN1和CAST基因在牦牛的8种组织中均有表达,但在不同组织的表达量存在差异。CAPN1基因在眼肌中的表达量最高,其次为腹肌,在肌肉中的表达量显著高于内脏组织,内脏组织中,在肝脏的表达量最高,其次为肾脏,胃中的表达量最低;CAST基因在胃中的表达量最高,其次为眼肌、腹肌,在肾脏中的表达量最低。