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拟南芥冷诱导CBF/DREB类结合因子的克隆及其生物信息学分析 被引量:1
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作者 刘俊 蔡平钟 +4 位作者 张志雄 马林 向跃武 张志勇 王闵霞 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期86-90,共5页
CBF/DREB结合因子广泛存在于植物中,主要参与诸如干旱、高盐以及冷胁迫等相关基因的表达调控。以拟南芥DNA为模板,PCR扩增出3个冷诱导的CBF/DREB结合因子,即CBF1、CBF2及CBF3,利用生物信息学手段对三者的cDNA序列、氨基酸序列的相似性... CBF/DREB结合因子广泛存在于植物中,主要参与诸如干旱、高盐以及冷胁迫等相关基因的表达调控。以拟南芥DNA为模板,PCR扩增出3个冷诱导的CBF/DREB结合因子,即CBF1、CBF2及CBF3,利用生物信息学手段对三者的cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性、功能域、进化树、二级结构及DNA保守域的三级结构等进行了较为全面的分析。结果显示,CBF1、CBF2和CBF3的氨基酸序列同源性很高,达到91.4%,且都属于亲水性蛋白,三者在理化性质以及蛋白质二级结构乃至三级结构上也极为相似。另外,CBF1和CBF2都不具跨膜结构,CBF3含有1个跨膜螺旋。 展开更多
关键词 cbf/dreb 结合因子 克隆 生物信息学
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海岛棉GbCBF6基因克隆及其在逆境胁迫下的表达分析 被引量:2
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作者 李月 孔丽颖 +3 位作者 李才运 李翔 代培红 刘晓东 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期1949-1955,共7页
该研究根据棉花生物信息数据库,采用PCR方法从棉花(Gossypium barbadense L.)中克隆了1个CBF/DREB转录因子基因,命名为GbCBF6(GenBank登录号为KR233255)。GbCBF6基因开放阅读框为753bp,编码251个氨基酸,预测分子量为27.82kD,等电点为7.6... 该研究根据棉花生物信息数据库,采用PCR方法从棉花(Gossypium barbadense L.)中克隆了1个CBF/DREB转录因子基因,命名为GbCBF6(GenBank登录号为KR233255)。GbCBF6基因开放阅读框为753bp,编码251个氨基酸,预测分子量为27.82kD,等电点为7.68。氨基酸多重序列比对结果表明,GbCBF6基因编码的蛋白与其他植物冷胁迫相关的CBF蛋白具有高度的同源性,含有1个AP2功能结构域和2个特征序列基序;与棉花已经克隆的4个GhCBF基因的氨基酸序列差异较大,是1个新的棉花CBF基因。系统进化树分析表明,GbCBF6基因属于DREB亚家族中的A-1亚组。RT-PCR分析表明,GbCBF6基因表达受干旱胁迫下调,而受4℃低温上调,在高盐(200mmol/L NaCl)处理下其表达量先下降,后增加。推测GbCBF6基因在棉花非生物胁迫的调控中起重要作用。 展开更多
关键词 棉花(海岛棉) cbf/dreb转录因子 冷胁迫 克隆表达
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GsDREB1基因的电子克隆及体内结合特异性分析
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作者 李莹 才华 +3 位作者 李勇 李杰 刘西燕 田佳 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 2008年第11期56-61,共6页
应用电子克隆技术预测到了一个5'端缺失的contig5,并根据栽培大豆与野生大豆相关基因相似性很高的特点,将GmDREB1基因的5'端序列填补到contig5片段的5'端上,此序列命名为contig5Gm。ORF预测结果表明,contig5Gm只有一个开放... 应用电子克隆技术预测到了一个5'端缺失的contig5,并根据栽培大豆与野生大豆相关基因相似性很高的特点,将GmDREB1基因的5'端序列填补到contig5片段的5'端上,此序列命名为contig5Gm。ORF预测结果表明,contig5Gm只有一个开放阅读框。经RT-PCR验证,分别得到了与contig5和contig5Gm大小一致的片段。经克隆、测序发现,contig5Gm与GmDREB1基因序列相似性为99%,将其命名为GsDREB1。利用酵母单杂交系统对GsDREB1进行了体内结合特异性分析,结果表明,GsDREB1能够与DRE顺式作用元件发生特异性结合。 展开更多
关键词 dreb 电子克隆 野生大豆 结合特异性 转录因子
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美国白蜡抗寒转录因子FaCBF的克隆及表达分析
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作者 陈罡 白丽萍 +4 位作者 魏忠平 叶景丰 刘红民 吴月亮 范俊岗 《沈阳农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期55-61,共7页
为获得美国白蜡CBF基因的全长序列,根据不同物种CBF基因保守区域设计简并引物,利用RT-PCR和RACE技术进行试验。结果表明:其编码区为675bp,编码224个氨基酸。通过氨基酸序列同源比发现,美国白蜡CBF基因编码的氨基酸序列包含一个完整CBF... 为获得美国白蜡CBF基因的全长序列,根据不同物种CBF基因保守区域设计简并引物,利用RT-PCR和RACE技术进行试验。结果表明:其编码区为675bp,编码224个氨基酸。通过氨基酸序列同源比发现,美国白蜡CBF基因编码的氨基酸序列包含一个完整CBF蛋白的特征序列—AP2保守结构域,同时又存在单个氨基酸残基或基序的替换、插入和缺失;进化树分析表明:FaCBF与木本植物同处一个进化树分枝,其中,FaCBF基因与大叶钻天杨的CBF基因相似性最高;低温胁迫试验表明:FaCBF相对表达量随时间的延长而逐渐升高,在12h时,相对表达量达到最高,随后随时间的延长而逐渐降低。结果显示低温可以诱导FaCBF基因的表达,其可能在美国白蜡抗寒分子机制中发挥重要作用,为进一步分析FaCBF基因的功能和遗传转化奠定了基础。 展开更多
关键词 美国白蜡 低温胁迫 cbf基因 基因克隆
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石榴低温响应因子CBF基因家族鉴定及其表达分析 被引量:7
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作者 刘龙博 郑树轩 郑洁 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期1154-1167,共14页
CBF(C-repeat binding factor)是AP2家族的一类转录激活因子,在植物响应低温胁迫和提高植物耐寒性方面具有重要作用。虽然多个石榴品种的基因组已经发布,但仍缺乏对其CBF基因家族的全面研究。为全面分析石榴(Punica granatum L.)CBF基... CBF(C-repeat binding factor)是AP2家族的一类转录激活因子,在植物响应低温胁迫和提高植物耐寒性方面具有重要作用。虽然多个石榴品种的基因组已经发布,但仍缺乏对其CBF基因家族的全面研究。为全面分析石榴(Punica granatum L.)CBF基因家族分子生物学特性,本文对鉴定到的PgCBFs成员进行了生物信息和表达分析。结果表明,石榴全基因组中有7个CBF基因家族成员,蛋白序列中除包含AP2结构域外,还具有CBF特征序列PKKPAGRxKFxETRHP和DSAWR;7个成员集中分布在染色体1和4上,编码蛋白质氨基酸长度为201~267aa,分子质量为21.69~29.81ku;进化分析显示PgCBFs基因家族成员分布在GroupⅡ~Ⅳ亚组中,与水稻CBF成员组成的GroupⅠ存在明显区分;除PgCBF2、PgCBF4、PgCBF5基因结构中含有1~2个内含子外,其余与其他物种类似,属内含子缺失型;编码的蛋白序列均含有保守基序Motif1~7;蛋白二级结构主要为不规则卷曲和α-螺旋,三级结构较为相似。PgCBFs基因家族扩增主要来源于串联重复,并与拟南芥、苹果、桃分别存在2对、5对和4对共线性关系;GO注释显示PgCBFs多与转录调控、低温胁迫或激素诱导相关;启动子区含有多种顺势作用元件,主要为胁迫刺激、激素诱导和光响应元件;基因表达分析发现除PgCBF6外,其余成员在根中高度表达,在低温胁迫处理下PgCBF在根和韧皮部表达量显著上调,其中PgCBF7能够快速响应并持续应答低温诱导。结合进化树、共线性、启动子以及表达分析,推测PgCBF7可能与石榴幼苗低温胁迫调控相关。本研究可为深入研究石榴CBF基因家族生物学功能提供理论基础。 展开更多
关键词 石榴(Punica granatum L.) cbf(C-repeat binding factor)基因家族 生物信息学 基因表达分析 低温胁迫 Pgcbf7
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Isolation and Expression Analysis of Two Cold-Inducible Genes Encoding Putative CBF Transcription Factors from Chinese Cabbage (Brassica pekinensis Rupr) 被引量:3
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作者 Yong Zhang Tong-Wen Yang +4 位作者 Li-Jing Zhang Teng-Guo Zhang Cui-Xia Di Shi-Jian Xu Li-Zhe An 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2006年第7期848-856,共9页
Two homologous genes of the Arabidopsis C-repeat/dehydration-responsive element binding factors (CBF/ DREB1) transcriptional activator were isolated by RT-PCR from Chinese cabbage (Brassica pekinensis Rupr. cv. Qin... Two homologous genes of the Arabidopsis C-repeat/dehydration-responsive element binding factors (CBF/ DREB1) transcriptional activator were isolated by RT-PCR from Chinese cabbage (Brassica pekinensis Rupr. cv. Qinbai 5) and were designated as BcCBF1 and BcCBF2. Each encodes a putative CBF/DREB1 protein with an AP2 (Apetal2) DNA-bindlng domain, a putative nuclear localization signal, and a possible acidic activation domain. Deduced amino acid sequences show that BcCBF1 is very similar to the Arabidopsis CBF1, whereas BcCBF2 Is different in that it contains two extra regions of 24 and 20 amino acids in the acidic domain. The mRNA accumulation profiles indicated that the expression of BcCBF1 and BcCBF2 is strongly induced by cold treatment, but does not respond similarly to dehydration or abscisic acid (ABA) treatment. However, the cold-induced accumulation of BcCBF2 mRNA was rapid but short-lived compared with that of BcCBFI. The mRNA levels of both BcCBF1 and BcCBF2 were higher in leaves than in roots when plants were exposed to cold, whereas, salt stress caused higher accumulation of BcCBF2 mRNA in roots than in leaves, suggesting that the organ specificity of the gene expression of the BcCBFs is probably stress dependent. In addition, the accumulation of BcCBF1 and BcCBF2 mRNAs was greatly enhanced by light compared with darkness when seedlings were exposed to cold. It is concluded that the two BcCBF proteins may be involved in the process of plant response to cold stress through an ABA-independent pathway and that there is also a cross-talk between the light signaling conduction pathway and the cold response pathway in B. pekinensis as in Arabidopsis. 展开更多
关键词 Brassica pekinensis cold acclimation cold induced gene C-repeat/dehydration-responsive element binding factors cbf/dreb1) expression pattern.
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