Numb和CCDC78与结直肠癌演进的关系及对不良预后的预测价值

目的:探讨Numb、CCDC78基因表达与结直肠癌(CRC)疾病演进的相关性及其对患者不良预后的预测价值。方法:选取结直肠石蜡标本182例,其中结直肠良性病变组织30例,CRC组织标本及对应癌旁组织标本各60例,淋巴结转移癌组织32例。比较良性病变组织、淋巴结转移癌组织、癌组织与相对应癌旁组织中Numb、CCDC78 mRNA表达水平,采用χ2检验比较Numb、CCDC78高表达与低表达患者临床病理差异;采用Pearson相关性分析检验CRC组织中Numb、CCDC78 mRNA表达的相关性;绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析Numb、CCDC78阳性对CRC患者不良预后的预测价值。结果:CRC组织中Numb mRNA相对表达量显著低于癌旁组织(P<0.05);CCDC78 mRNA相对表达量则显著高于癌旁组织(P<0.05)。淋巴结转移癌组织Numb、CCDC78蛋白阳性表达率最高,CRC组织、腺瘤组织、癌旁组织依次降低(P<0.05)。以基因表达量均数为依据将60例患者分为Numb mRNA低表达与高表达组,Numb mRNA表达水平与分化程度、淋巴结转移有关(P<0.05)。以基因表达量均数为依据将60例患者分为CCDC78 mRNA低表达与高表达组,CCDC78 mRNA表达水平与淋巴结转移有关(P<0.05)。Pearson相关性分析显示,CRC组织中Numb与CCDC78 mRNA表达呈负相关(r=-0.714,P<0.001,95%CI:-0.854~-0.481)。ROC曲线显示Numb、CCDC78 mRNA表达在预测患者不良预后中有较高诊断效能,AUC分别为0.863、0.800。结论:Numb、CCDC78基因异常表达与结直肠癌疾病演进密切相关;Numb、CCDC78可作为预测结直肠癌转移及不良预后的可靠标志物。

基于TCGA数据库的结直肠癌差异表达基因筛选及CCDC78新基因验证

目的:通过对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中大样本结直肠癌组织基因表达谱RNA测序(RNA-Seq)数据进行生物信息学分析,挖掘与结直肠癌预后密切相关的新基因,并对筛选出的新基因进行验证和功能研究。方法:从TCGA数据库下载结直肠癌RNA-Seq数据筛选差异表达基因,采用R-survival包对差异表达基因进行生存分析,筛选出与结直肠癌预后相关的基因,并从中挑选尚未在肿瘤研究中报道的表达上调最显著的新基因进行验证。采用RT-qPCR检测新基因在人结肠癌细胞、人正常结肠上皮细胞、人结直肠癌组织及配对的癌旁组织中表达水平的变化。采用慢病毒载体构建稳定沉默新基因表达的结肠癌细胞,以转染阴性对照慢病毒的结肠癌细胞为对照,采用CCK-8和Transwell实验研究稳定沉默新基因表达对结肠癌细胞活力、迁移和侵袭的影响。结果:(1)筛选出结直肠癌差异表达基因4 017个,Kaplan-Meier生存分析显示69个基因与结直肠癌患者预后差密切相关(P<0. 01),其中表达上调基因36个,这36个基因中有11个尚未在肿瘤研究中被报道。(2)表达上调倍数前3位的基因为CCDC78、PGGHG及TSPEAR,这3个基因的mRNA表达水平在结肠癌细胞中显著上调(P<0. 01),CCDC78 mRNA表达水平在结直肠癌组织中也显著上调(P<0. 01)。(3)稳定沉默CCDC78表达可显著抑制结肠癌细胞活力、迁移和侵袭(P<0. 01)。结论:基于TCGA数据库的生物信息学分析有助于发现与结直肠癌预后相关的新基因;CCDC78可能是一个新的与结直肠癌预后差相关的癌基因。