普通刺参(Apostichopus japonicus)和白刺参不同组织基因组DNA的MSAP研究

本研究分别以普通刺参(Apostichopus japonicus)和白刺参基因组DNA为实验材料,应用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术对刺参体壁、呼吸树和消化道3个组织的DNA甲基化水平和甲基化模式进行了研究,初步探讨了DNA甲基化对刺参组织间基因特异性表达的影响。结果显示,筛选得到的9对引物组合能够在普通刺参和白刺参两个群体中得到稳定扩增,在两群体刺参中分别检测到5932和5208个位点,均以未甲基化位点为主,普通刺参和白刺参未甲基化位点数分别为4317和3944,分别占总扩增条带数的72.78%和75.73%。普通刺参体壁的甲基化水平为31.07%,呼吸树为23.36%,消化道为26.34%;白刺参中体壁的甲基化水平为29.88%,呼吸树为23.25%,消化道为19.45%,由此可见,体壁的甲基化率在两群体中是最高的。普通刺参和白刺参同一组织间的甲基化水平和甲基化模式不同,同一群体体壁、呼吸树和消化道不同组织间的甲基化水平和模式也不同。甲基化在普通刺参和白刺参组织分化和发育过程中可能发挥着十分重要的作用。在检测的3个组织中,CCGG序列的全甲基化位点较半甲基化位点多。

DNA甲基化敏感位点(CCGG)文库克隆载体的构建

目的:旨在建立一种简便易行的DNA甲基化文库构建载体,用于筛选细胞中具有甲基化敏感性CCGG位点的DNA片段。方法:根据HpaⅡ/MspⅠ酶切体系对甲基化酶敏感性不同的特点,通过在PCR引物中添加CCGG酶切位点的方法,将扩增得到的目的片段连接到无CpG甲基化的质粒载体上。结果:成功构建了含双CCGG位点的pCpGfree-HpaⅡ/MspⅠ-1质粒载体。结论:所构建的pCpGfree-HpaⅡ/MspⅠ-1质粒载体CCGG位点未发生甲基化,故可以用于构建含有甲基化CCGG序列的DNA甲基化文库。