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基于生物信息学分析CCN4在肝细胞癌中表达及其临床意义
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作者 陈安 冯娟 +5 位作者 杨振宇 杜锡林 柏强善 阴继凯 臧莉 鲁建国 《中华肝脏外科手术学电子杂志》 CAS 2023年第6期702-707,共6页
目的基于生物信息学探讨细胞通信网络因子4(CCN4)基因在肝细胞癌(肝癌)中的表达及其临床意义。方法通过TCGA数据库分析肝癌组织中CCN4蛋白表达及其与临床病理参数的关系,利用肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库分析CCN4蛋白表达与肿瘤纯度... 目的基于生物信息学探讨细胞通信网络因子4(CCN4)基因在肝细胞癌(肝癌)中的表达及其临床意义。方法通过TCGA数据库分析肝癌组织中CCN4蛋白表达及其与临床病理参数的关系,利用肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库分析CCN4蛋白表达与肿瘤纯度和免疫细胞浸润的相关性。利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析CCN4蛋白在肝癌中的表达与生存预后之间的关系。利用STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并检验蛋白之间的相关性。CCN4表达与临床病理参数之间的关系分析采用χ^(2)检验,相关性分析采用Spearman秩相关。结果提取TCGA肝癌数据集,共获得371例患者临床信息和相应RNA测序表达谱数据,数据分析显示,肝癌患者CCN4蛋白表达与种族、T分期、病理G分级有关(χ^(2)=9.055,14.012,17.163;P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter数据库生存分析显示,肝癌CCN4高表达患者总体生存期较短(HR=1.50,95%CI:1.05~2.14,P<0.05)。TIMER数据库分析显示,肝癌CCN4表达与肿瘤纯度呈负相关(r_(s)=-0.397,P<0.05),而与B细胞、CD8^(+)T细胞、CD4^(+)T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、树突细胞、M2巨噬细胞浸润水平呈正相关(r_(s)=0.306,0.279,0.460,0.490,0.465,0.404,0.532;P<0.05)。PPI网络分析显示,与CCN4主要相互作用的蛋白是核心蛋白聚糖(score=0.953)。结论CCN4蛋白表达与种族、T分期、病理G分级有关,可作为肝癌预后不良的生物标志物,机制可能与免疫细胞浸润、M2巨噬细胞极化及基质纤维形成相关。 展开更多
关键词 肝细胞 ccn4基因 WISP1基因 生物标志物 生物信息学
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基于转录组测序技术挖掘影响布莱凯特黑牛睾丸大小的功能基因
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作者 梅艳芳 刘瑞莉 +8 位作者 韩明轩 张文琦 陈振鹏 王秀源 苗秀萍 肖超柱 张任政 董雅娟 柏学进 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期191-200,共10页
旨在通过对布莱凯特黑牛大小睾丸转录组数据进行分析,挖掘影响睾丸生殖功能的关键候选基因,探究睾丸大小对牛生殖功能维持的分子机制。采集12月龄布莱凯特黑牛睾丸,根据质量、长径和短径将其分为2组(大小睾丸组各3头)进行高通量转录组测... 旨在通过对布莱凯特黑牛大小睾丸转录组数据进行分析,挖掘影响睾丸生殖功能的关键候选基因,探究睾丸大小对牛生殖功能维持的分子机制。采集12月龄布莱凯特黑牛睾丸,根据质量、长径和短径将其分为2组(大小睾丸组各3头)进行高通量转录组测序;以|log2(Fold Change)|≥1且P-value≤0.01为阈值筛选差异基因,对差异基因进行GO和KEGG功能富集分析,筛选出影响睾丸生殖功能的关键基因;对其进行CDS区克隆测序,并运用qRT-PCR、Western Blot、免疫组化等方法进行进一步研究。结果显示,差异表达基因共353个,其中114个基因在小睾丸中表达上调,239个基因表达下调。GO功能注释表明,差异基因参与代谢、发育、生殖等过程;KEGG富集分析显示,差异基因主要富集在Wnt信号传导、PI3K-Akt信号通路等与睾丸生殖功能相关的途径。最终筛选出睾丸生殖功能基因CCN4进行进一步研究。qRT-PCR和Western Blot结果显示,CCN4基因和蛋白在大睾丸中表达量显著低于小睾丸。免疫组化结果显示,CCN4蛋白主要在精细胞外的区域(特别是支持细胞)中表达,且大睾丸中的相对表达量显著低于小睾丸,推测其高表达会抑制支持细胞发育,从而影响睾丸生殖功能。综上,研究结果可为深入开展牛睾丸大小对生殖功能影响的分子机制研究提供基础资料。 展开更多
关键词 大小睾丸 转录组 差异基因 ccn4
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Novel applications of trophic factors,Wnt and WISP for neuronal repair and regeneration in metabolic disease 被引量:5
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作者 Kenneth Maiese 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS CSCD 2015年第4期518-528,共11页
Diabetes mellitus affects almost 350 million individuals throughout the globe resulting in sig-niifcant morbidity and mortality. Of further concern is the growing population of individuals that remain undiagnosed but ... Diabetes mellitus affects almost 350 million individuals throughout the globe resulting in sig-niifcant morbidity and mortality. Of further concern is the growing population of individuals that remain undiagnosed but are susceptible to the detrimental outcomes of this disorder. Dia-betes mellitus leads to multiple complications in the central and peripheral nervous systems that include cognitive impairment, retinal disease, neuropsychiatric disease, cerebral ischemia, and peripheral nerve degeneration. Although multiple strategies are being considered, novel target-ing of trophic factors, Wnt signaling, Wnt1 inducible signaling pathway protein 1, and stem cell tissue regeneration are considered to be exciting prospects to overcome the cellular mechanisms that lead to neuronal injury in diabetes mellitus involving oxidative stress, apoptosis, and au-tophagy. Pathways that involve insulin-like growth factor-1, ifbroblast growth factor, epidermal growth factor, and erythropoietin can govern glucose homeostasis and are intimately tied to Wnt signaling that involves Wnt1 and Wnt1 inducible signaling pathway protein 1 (CCN4) to foster control over stem cell proliferation, wound repair, cognitive decline,β-cell proliferation, vascular regeneration, and programmed cell death. Ultimately, cellular metabolism through Wnt signal-ing is driven by primary metabolic pathways of the mechanistic target of rapamycin and AMP activated protein kinase. These pathways offer precise biological control of cellular metabolism, but are exquisitely sensitive to the different components of Wnt signaling. As a result, unexpected clinical outcomes can ensue and therefore demand careful translation of the mechanisms that govern neural repair and regeneration in diabetes mellitus. 展开更多
关键词 Alzheimer’s disease AMPK apoptosis autophagy central nervous system ccn4 EGF diabetes mellitus ERYTHROPOIETIN EPO FGF IGF-1 mTOR neuron NEUROPATHY oxidative stress PSYCHIATRIC stem cells WISP1 WNT
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应用CCNS4的航摄项目质量管理
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作者 于海斌 《科技资讯》 2011年第34期138-138,共1页
目前在国内航空遥感作业时,已有很大部分实现了传感器和飞行管理控制系统的结合应用,这样的作业模式较以前有很大的优点,如降低空中专业技术人员的劳动强度,提高作业效率和质量,保证并量化了飞行质量指标,且可以广泛应用于空基遥感数据... 目前在国内航空遥感作业时,已有很大部分实现了传感器和飞行管理控制系统的结合应用,这样的作业模式较以前有很大的优点,如降低空中专业技术人员的劳动强度,提高作业效率和质量,保证并量化了飞行质量指标,且可以广泛应用于空基遥感数据获取的各项作业项目。本文就以CCNS4和RC-30组成的航摄系统为例总结介绍从技术设计、航摄实施到后期质量检查的航摄作业过程质量管理。 展开更多
关键词 CCNS4 航空摄影 质量管理
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