基于转录组测序技术挖掘影响布莱凯特黑牛睾丸大小的功能基因

旨在通过对布莱凯特黑牛大小睾丸转录组数据进行分析,挖掘影响睾丸生殖功能的关键候选基因,探究睾丸大小对牛生殖功能维持的分子机制。采集12月龄布莱凯特黑牛睾丸,根据质量、长径和短径将其分为2组(大小睾丸组各3头)进行高通量转录组测序;以|log2(Fold Change)|≥1且P-value≤0.01为阈值筛选差异基因,对差异基因进行GO和KEGG功能富集分析,筛选出影响睾丸生殖功能的关键基因;对其进行CDS区克隆测序,并运用qRT-PCR、Western Blot、免疫组化等方法进行进一步研究。结果显示,差异表达基因共353个,其中114个基因在小睾丸中表达上调,239个基因表达下调。GO功能注释表明,差异基因参与代谢、发育、生殖等过程;KEGG富集分析显示,差异基因主要富集在Wnt信号传导、PI3K-Akt信号通路等与睾丸生殖功能相关的途径。最终筛选出睾丸生殖功能基因CCN4进行进一步研究。qRT-PCR和Western Blot结果显示,CCN4基因和蛋白在大睾丸中表达量显著低于小睾丸。免疫组化结果显示,CCN4蛋白主要在精细胞外的区域(特别是支持细胞)中表达,且大睾丸中的相对表达量显著低于小睾丸,推测其高表达会抑制支持细胞发育,从而影响睾丸生殖功能。综上,研究结果可为深入开展牛睾丸大小对生殖功能影响的分子机制研究提供基础资料。

基于生物信息学分析CCN4在肝细胞癌中表达及其临床意义

目的基于生物信息学探讨细胞通信网络因子4(CCN4)基因在肝细胞癌(肝癌)中的表达及其临床意义。方法通过TCGA数据库分析肝癌组织中CCN4蛋白表达及其与临床病理参数的关系,利用肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库分析CCN4蛋白表达与肿瘤纯度和免疫细胞浸润的相关性。利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析CCN4蛋白在肝癌中的表达与生存预后之间的关系。利用STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并检验蛋白之间的相关性。CCN4表达与临床病理参数之间的关系分析采用χ^(2)检验,相关性分析采用Spearman秩相关。结果提取TCGA肝癌数据集,共获得371例患者临床信息和相应RNA测序表达谱数据,数据分析显示,肝癌患者CCN4蛋白表达与种族、T分期、病理G分级有关(χ^(2)=9.055,14.012,17.163;P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter数据库生存分析显示,肝癌CCN4高表达患者总体生存期较短(HR=1.50,95%CI:1.05~2.14,P<0.05)。TIMER数据库分析显示,肝癌CCN4表达与肿瘤纯度呈负相关(r_(s)=-0.397,P<0.05),而与B细胞、CD8^(+)T细胞、CD4^(+)T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、树突细胞、M2巨噬细胞浸润水平呈正相关(r_(s)=0.306,0.279,0.460,0.490,0.465,0.404,0.532;P<0.05)。PPI网络分析显示,与CCN4主要相互作用的蛋白是核心蛋白聚糖(score=0.953)。结论CCN4蛋白表达与种族、T分期、病理G分级有关,可作为肝癌预后不良的生物标志物,机制可能与免疫细胞浸润、M2巨噬细胞极化及基质纤维形成相关。