CCNB1基因通过调控PI3K/Akt信号通路对口腔鳞癌细胞增殖、侵袭和迁移的影响

目的探讨细胞周期蛋白B1(CCNB1)基因对口腔鳞癌细胞增殖、侵袭和迁移的影响及作用机制。方法实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测人正常口腔上皮细胞系HOK和人口腔鳞癌细胞系SCC-15、SCC-4、Cal-27中CCNB1基因的表达量,将CCNB1 siRNA(si-CCNB1)和阴性对照(si-NC)转染至SCC-15细胞,同时设置空白对照(Control),qRT-PCR和Western blot检测各组SCC-15细胞中CCNB1的表达,MTT实验、Transwell实验和划痕实验分别检测沉默CCNB1对SCC-15细胞增殖、侵袭和迁移能力的影响。Western blot检测细胞中MMP-2、MMP-9、PI3K、Akt和p-Akt蛋白的表达。结果CCNB1在口腔鳞癌细胞系中的表达显著高于正常口腔上皮细胞(P<0.05),si-NC组SCC-15细胞中CCNB1 mRNA和蛋白的表达与Control组无统计学差异(P>0.05);si-CCNB1组中CCNB1 mRNA和蛋白的表达明显低于si-NC组和Control组(P<0.05),si-NC组SCC-15细胞增殖、侵袭和迁移能力及MMP-2、MMP-9、PI3K、Akt、p-Akt蛋白表达与Control组无统计学差异(P>0.05);si-CCNB1组细胞增殖、侵袭和迁移能力及MMP-2、MMP-9、PI3K、p-Akt蛋白表达均明显低于si-NC组和Control组(P<0.05),两组间Akt蛋白表达无统计学差异(P>0.05)。结论CCNB1在口腔鳞癌细胞系中呈高表达,沉默CCNB1基因能够抑制人口腔鳞癌SCC-15细胞增殖、侵袭和迁移,其作用机制可能与抑制PI3K/Akt信号通路的激活有关。

基于加权基因共表达网络分析肺癌相关生物标志物及其潜在的分子机制

目的通过生物信息学分析、鉴定枢纽基因(hub gene),寻找可以作为肺癌的生物标志物或预后标志物并探讨潜在的分子机制。方法基于癌症基因组图谱(TCGA)的数据,鉴定肺癌肿瘤样本与正常样本之间差异表达的基因;利用R软件包中的“Limma”识别差异表达基因(DEGs),通过GO富集分析、加权基因共表达网络分析(WGCNA)确定相关基因模块及其功能,最终确定hub基因;基于基因表达谱交互分析数据库(GEPIA)和CBioPortal数据库,探讨hub基因表达与肺癌患者总生存期之间的关系,通过检索相关文献分析其潜在的分子机制,并进行其表达量和蛋白表达的验证。结果根据TCGA共鉴定出5259个差异表达基因(2178个上调,3081个下调),利用WGCNA确定8个与肺癌患者临床特征相关基因模块(包括与癌症发病相关模块),从中筛选出5个hub基因:CCNB1、CKAP2L、HMMR、ANLN、CDCA5,通过生存分析发现其表达水平与预后相关,并确定其与肺癌病理生理学关联。另发现CCNB1与P53有相关调控机制,CCNB1的沉默可激活P53的表达。结论5个hub基因在肺癌发生发展至关重要,可为肺癌预测、诊断、治疗和预后的生物标志物提供依据,其中CCNB1在肺癌中高表达,CCNB1沉默激活肺癌中P53信号通路抑制细胞增殖,促进细胞衰老。

基于生物信息学方法筛选乙型肝炎病毒相关肝癌的关键基因和临床预后

目的基于基因芯片和生物信息学相关的分析方法,筛选与慢性乙型肝炎(HBV)相关肝细胞癌(HCC)发病的差异表达基因,为有HBV感染史的肝癌患者提供新的分子治疗靶点。方法本研究对来自基因表达数据库(GEO)的GSE55092和GSE121248的mRNA微阵列数据进行分析,获得HBV相关性肝癌和正常组织的差异表达基因(DEGs),利用DAVID数据库对DEGs进行了GO功能分析和KEGG通路富集分析,利用String数据库构建了蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,hub基因使用Cytoscape软件进行筛选,cBioportal分析hub基因的相关性,使用GEPIA和Kaplan-Meier数据库并结合TCGA数据库中肝癌基因表达数据进行验证,探讨hub基因与肝癌发生、发展和预后的关系。结果共获得了129个DEGs,鉴定了三个hub基因,细胞周期素依赖性激酶1(CDK1)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)和DNA拓扑异构酶(TOP2A)与细胞周期、嘧啶代谢和DNA复制有关,并且三个基因高度相关,GEPIA数据库证实这些基因在肝癌组织中高度表达,并获得了相关的预后信息,Kaplan-Meier显示其与HCC患者的低生存率相关。结论CDK1、CCNB1和TOP2A与肝癌分级高度相关,肝细胞癌中hub基因的mRNA表达明显高于癌旁组织,hub基因为HBV相关肝癌的研究提供了新方向,有可能成为新的治疗靶点。

基于生物信息学分析CCNB1在肺腺癌组织中的表达及其与预后的关系

目的评估细胞周期蛋白B1(cyclin B1,CCNB1)基因表达与肺腺癌预后的相关性。方法使用Oncomine、STRING、人类蛋白质图谱、癌症基因组图谱等数据库以及Kaplan-Meier、Cox回归分析、受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线、Spearman相关分析等方法来验证CCNB1对肺腺癌患者的影响。结果CCNB1在肺腺癌组织中高表达,且与肺腺癌患者的T分期(P=0.001)、N分期(P<0.001)、病理分期(P<0.001)以及性别(P=0.008)等临床特征相关。单因素Cox回归分析结果显示CCNB1的表达、T分期、N分期、M分期、病理分期是影响肺腺癌患者总生存率的因素(P<0.05),多因素Cox回归分析显示CCNB1的表达、T分期是肺腺癌患者总生存率的独立危险因素(P<0.05)。Kaplan-Meier分析得出,CCNB1高表达与较短的总生存期[风险比(hazard ratio,HR)=1.60,95%置信区间(confidence interval,CI)(1.20,2.14),P=0.002]、疾病特异性生存期[HR=1.68,95%CI(1.16,2.44),P=0.006]、无进展间期[HR=1.42,95%CI(1.09,1.85),P=0.009]相关。ROC曲线表明CCNB1可能是肺腺癌的诊断分子[曲线下面积=0.980,95%CI(0.967,0.993)]。Spearman相关分析显示,CCNB1的表达与T辅助细胞2(r_(s)=0.805,P<0.001)及T辅助细胞(r_(s)=0.103,P=0.017)的浸润呈正相关,与自然杀伤细胞(r_(s)=-0.195,P<0.001)、巨噬细胞(r_(s)=-0.134,P=0.002)、T细胞(r_(s)=-0.092,P=0.033)的浸润呈负相关。结论与正常组织相比,CCNB1在肺腺癌中高表达,与不良预后具有相关性,可能为肺腺癌患者提供潜在的治疗靶点。