大黄鱼CD53基因克隆和分子特征分析

白细胞表面抗原CD53属于四跨膜蛋白超家族,在免疫反应中起着重要作用。在构建大黄鱼(Larim ichthyscrocea)肌肉组织cDNA文库的基础上,克隆了CD53基因。克隆到的CD53基因全长1210bp,其中5-′UTR 113bp,3′-UTR 422bp,CDS 675bp,编码224个氨基酸。生物信息学分析显示大黄鱼CD53存在4次跨膜结构,N端和C端都位于细胞膜内,膜外有两个亲水环,跨膜区域为疏水区域,两个N-糖基化位点都位于靠近C端的亲水环上。大黄鱼CD53氨基酸序列具非常高的保守性,与三刺鱼、斑马鱼、虹鳟等多种鱼类的相似性在70%以上。在检测的10种组织中,CD53只在大黄鱼的脾、骨骼肌、肾、肝、肠组织中表达,其中在肠组织中表达最强。

6个猪品种CD53基因中结构变异SV184分布频率的研究

基于香猪全基因组重测序数据,在白细胞表面抗原CD53基因中筛选到一个结构变异(structure variant,SV)184,为了探索不同猪品种间此结构变异是否存在多态性变化,本试验选择香猪、大白猪、糯谷猪、柯乐猪、江口萝卜猪和荣昌猪作为试验动物,采用PCR方法对猪群中SV184的分布频率进行比较研究,应用RT-PCR技术,分析CD53基因的原初转录本序列结构,研究SV184对CD53基因的转录是否有直接影响。结果显示,6个猪品种中SV184的分布频率存在明显差异,香猪以VN基因型为主,其他5个猪品种是NN基因型占优势;计算两种等位基因的频率,香猪以缺失的V等位基因为主,其他5个猪品种以正常的N等位基因为主。选择3种基因型个体的血液样本,逆转录后分析CD53基因的原初转录本的序列,从中检测到缺失型和不缺失的两种转录本形式,提示SV184对CD53基因的转录无直接影响。SV184可作为分子标记用于区分香猪和其他猪品种。

从江香猪CD53基因的组织表达和结构变异多态性研究

基于比较基因组学,在猪源白细胞表面抗原CD53基因中发现一段265 bp的结构变异(Structure Variant,SV)。为了研究该结构变异在不同猪种中的多态性变化,本研究采用RT-q PCR检测从江香猪各组织中CD53基因m RNA的表达差异,并建立了结构变异CD53-I4-SV265的PCR检测方法,应用建立的检测方法分析从江香猪与大白猪结构变异的多态性分布。结果发现,CD53基因在肺脏中表达量最高,其次在脾脏与肠中大量表达,在背最长肌与垂体中表达量最低;在从江香猪与大白猪中,该结构变异的频率分布存在明显的差异,从江香猪以缺失的DD基因型为主,大白猪均为杂合的ID基因型,从等位基因频率上看,香猪缺失的D等位基因频率明显高于大白猪。在结构变异区域中检测到多种剪接调控元件(ESE/ISE),可能影响CD53基因的表达效率和转录本加工。本文研究结果表明,CD53基因中的结构变异CD53-I4-SV265可能与香猪较强的抗病力有关。