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CRISPR/Cas9系统敲除山羊CDK2基因载体构建及转染效率检测
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作者 万苗苗 阳倩 +5 位作者 陈吉璐 陈丹丹 毛林 班谦 陈胜 惠文巧 《中国草食动物科学》 CAS 北大核心 2024年第2期27-31,共5页
细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶-2(CDK2)是细胞通过和进入S期所必须的细胞周期调节激酶,与许多癌细胞的生长有关。然而,目前在山羊上关于CDK2基因敲除及相关功能的研究尚未见报道。研究采用CRISPR/cas9系统,首先设计CDK2基因的sgRNA片段,... 细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶-2(CDK2)是细胞通过和进入S期所必须的细胞周期调节激酶,与许多癌细胞的生长有关。然而,目前在山羊上关于CDK2基因敲除及相关功能的研究尚未见报道。研究采用CRISPR/cas9系统,首先设计CDK2基因的sgRNA片段,在合成CDK2 sgRNA核苷酸序列后,构建能够同时表达sgRNA和Cas9 D10A的质粒PYSY-CDK2 sgRNA,连接并转化至大肠杆菌DH5α感受态细胞,对转化子进行验证,最后转染HEK293T细胞,检测细胞荧光和细胞增殖。酶切和测序结果证明,CDK2基因敲除载体构建正确;荧光显微镜检测显示,细胞转染效率在75%以上;细胞增殖检测表明,山羊CDK2敲除质粒不会对人源细胞增殖产生影响。说明采用CRISPR/Cas9构建的载体,可为后续获得山羊CDK2基因缺失型细胞系,研究支原体肺炎感染引发的细胞凋亡分子机制提供理论依据。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9 山羊 cdk2 基因敲除
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Discovery of a tetrahydroisoquinoline-based CDK9-cyclin T1 proteineprotein interaction inhibitor as an anti-proliferative and anti-migration agent against triple-negative breast cancer cells 被引量:1
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作者 Shasha Cheng Guan-Jun Yang +2 位作者 Wanhe Wang Dik-Lung Ma Chung-Hang Leung 《Genes & Diseases》 SCIE 2022年第6期1674-1688,共15页
Triple-negative breast cancer(TNBC)is a highly aggressive and metastasizing cancer that has the worst prognosis out of all breast cancer subtypes.The epithelial emesenchymal transition(EMT)and cancer stem cells(CSCs)h... Triple-negative breast cancer(TNBC)is a highly aggressive and metastasizing cancer that has the worst prognosis out of all breast cancer subtypes.The epithelial emesenchymal transition(EMT)and cancer stem cells(CSCs)have been proposed as important mechanisms underlying TNBC metastasis.CDK9 is highly expressed in breast cancer,including TNBC,where it promotes EMT and induces cancer cell stemness.In this study,we have identified a tetrahydroisoquinoline derivative(compound 1)as a potent and selective CDK9-cyclin T1 inhibitor via virtual screening.Interestingly,by targeting the ATP binding site,compound 1 not only inhibited CDK9 activity but also disrupted the CDK9-cyclin T1 proteineprotein interaction(PPI).Mechanistically,compound 1 reversed EMT and reduced the ratio of CSCs by blocking the CDK9-cyclin T1 interaction,leading to reduced TNBC cell proliferation and migration.To date,compound 1 is the first reported tetrahydroisoquinoline-based CDK9-cyclin T1 ATP-competitive inhibitor that also interferes with the interaction between CDK9 and cyclin T1.Compound 1 may serve as a promising scaffold for developing more selective and potent anti-TNBC agents.Our work also provides insight into the role of the CDK9-cyclin T1 PPI on EMT and CSCs and highlights the feasibility and significance of targeting CDK9 for the treatment of TNBC. 展开更多
关键词 Cancer stem cells cdk9-cyclin T1 Epithelial mesenchymal transition Proteineprotein interaction(PPI) Triple-negative breast cancer(TNBC)
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前列腺癌组织细胞周期蛋白依赖性激酶2、7、9表达与临床病理特征及预后的关系研究
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作者 张赞 杨巍 《广西医科大学学报》 CAS 2024年第2期289-293,共5页
目的:研究前列腺癌(PC)组织细胞周期蛋白依赖性激酶CDK2、CDK7、CDK9表达与患者临床病理特征及预后的关系。方法:选取2016年3月至2018年3月哈尔滨二四二医院收治的167例PC患者,术中收集癌组织及癌旁正常前列腺组织。应用免疫组织化学染... 目的:研究前列腺癌(PC)组织细胞周期蛋白依赖性激酶CDK2、CDK7、CDK9表达与患者临床病理特征及预后的关系。方法:选取2016年3月至2018年3月哈尔滨二四二医院收治的167例PC患者,术中收集癌组织及癌旁正常前列腺组织。应用免疫组织化学染色法检测CDK2、CDK7、CDK9蛋白表达情况,分析CDK2、CDK7、CDK9与PC临床病理特征的关系。随访5年,收集患者的生存情况资料,采用Kaplan-Meier分析CDK2、CDK7、CDK9阴性和阳性表达患者生存率情况,采用单因素和多因素Cox回归分析PC患者预后的影响因素。结果:与癌旁正常前列腺组织比较,PC组织CDK2、CDK7、CDK9阳性表达率升高(P<0.05)。有淋巴结转移、术前游离PSA含量越高、Gleaso评分越高、TNM分期越高,CDK2、CDK7、CDK9阳性表达率越高(P<0.05)。Kplan-Meier分析结果显示,CDK2、CDK7、CDK9阳性表达组生存率低于阴性表达组(P<0.05)。单因素Cox回归分析显示,术前游离PSA、Gleaso评分、淋巴结转移、TNM分期及CDK2、CDK7、CDK9表达情况与PC患者预后有关(P<0.05)。多因素Cox分析结果显示,术前游离PSA≥1.9 ng/mL、Gleaso评分≥7分、有淋巴结转移、TNM分期Ⅲ期、CDK2阳性表达、CDK7阳性表达、CDK9阳性表达均为PC预后不良的危险因素(P<0.05)。结论:CDK2、CDK7、CDK9在PC组织中呈高表达,其表达水平与PC患者术前游离PSA、Gleaso评分、淋巴结转移、TNM分期及预后相关。 展开更多
关键词 前列腺癌 cdk2 cdk7 cdk9 临床病理特征 预后
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小檗碱对链脲菌素和高糖高脂饲料诱导糖尿病大鼠骨骼肌CDK9和cyclin T1表达的影响(英文) 被引量:2
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作者 周吉银 周世文 《中国临床药学杂志》 CAS 2008年第4期195-200,共6页
目的观察小檗碱对2型糖尿病大鼠骨骼肌病理结构改变及CDK9和cyclin T1蛋白表达的影响。方法腹腔注射链脲菌素(35 mg·kg^(-1))加高糖高脂饲料喂养16 wk建立2型糖尿病大鼠模型,随后16 wk每天分别拌食给予低中高剂量小檗碱(75、150、3... 目的观察小檗碱对2型糖尿病大鼠骨骼肌病理结构改变及CDK9和cyclin T1蛋白表达的影响。方法腹腔注射链脲菌素(35 mg·kg^(-1))加高糖高脂饲料喂养16 wk建立2型糖尿病大鼠模型,随后16 wk每天分别拌食给予低中高剂量小檗碱(75、150、300 mg·kg^(-1))、非诺贝特(100 mg·kg^(-1))和罗格列酮(4 mg·kg^(-1)),用HE染色检查骨骼肌结构病变和免疫组化检测CDK9和cyclin T1的表达。结果骨骼肌纤维在各组大鼠中仍正常分布,中高剂量小檗碱部分地改善糖尿病肌纤维的萎缩;中高剂量小檗碱和罗格列酮都能明显恢复糖尿病大鼠骨骼肌中表达降低的CDK9和cyclin T1至正常水平(P<0.01)。结论小檗碱调控骨骼肌CDK9和cyclin T1蛋白的表达可能是其改善糖尿病骨骼肌纤维萎缩的机制之一。 展开更多
关键词 小檗碱 cdk9 CYCLIN T1 骨骼肌 免疫组化
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家蚕CDK11与RNPS1和9G8相互作用的鉴定 被引量:2
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作者 张倩 刘太行 +5 位作者 董小龙 吴云飞 杨基贵 周亮 潘彩霞 潘敏慧 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第22期4398-4407,共10页
【目的】鉴定家蚕(Bombyx mori)CDK11与RNPS1和9G8的相互作用,为解析其是否参与前体RNA的剪接打下基础。【方法】利用家蚕基因组数据库Silk DB找到本研究克隆的家蚕基因序列,采用Primer 5.0进行引物设计,通过PCR技术克隆获得家蚕的两个... 【目的】鉴定家蚕(Bombyx mori)CDK11与RNPS1和9G8的相互作用,为解析其是否参与前体RNA的剪接打下基础。【方法】利用家蚕基因组数据库Silk DB找到本研究克隆的家蚕基因序列,采用Primer 5.0进行引物设计,通过PCR技术克隆获得家蚕的两个重要剪接因子RNPS1和9G8,并构建具有不同抗原标签的过表达载体,采用NCBI检索并获得其他物种的相关序列,利用在线预测软件SMART进行结构域预测,采用Clustal X 1.83和GENEDOC 3.2预测同源序列,利用软件MEGA 6.0构建系统进化树,通过免疫荧光验证家蚕CDK11两种剪切体CDK11A和CDK11B分别与RNPS1和9G8的共定位情况,进一步通过免疫共沉淀验证CDK11A、CDK11B分别与RNPS1和9G8的相互作用。【结果】RNPS1的开放阅读框长为882 bp,编码293个氨基酸;9G8的开放阅读框长为531 bp,编码176个氨基酸;RNPS1和9G8都属于SR蛋白家族,具有该蛋白家族成员的一个富含丝氨酸/精氨酸(S/R)重复序列的RS结构域。同源序列比对表明,RNPS1和9G8都具有典型的RRM结构域,此外9G8还含有一个锌指结构域。系统进化分析显示,RNPS1聚类于无脊椎动物一支,与同为鳞翅目昆虫的斑点木蝶、黑脉金斑蝶等亲缘关系较近;9G8也聚类于无脊椎动物一支,与同为鳞翅目昆虫的黑脉金斑蝶、金凤蝶等关系较近。荧光共定位证明,RNPS1分别与CDK11A和CDK11B共定位于细胞核中,且具有点状共聚集现象;同时发现,RNPS1还具有胞质定位,点状聚集于核外周。而9G8分别与CDK11A、CDK11B在细胞核中也具有共定位现象。进一步通过免疫共沉淀发现,在所有的总蛋白和细胞裂解离心后的上清液样品中,均能检测到对应目的条带的表达,表明共转染的细胞均能正常表达目的蛋白,并且蛋白溶于上清。同时,在所有的共沉淀条带中,均能检测到对应目的条带,以上结果表明CDK11A、CDK11B均与RNPS1和9G8具有相互作用。【结论】家蚕RNPS1和9G8具有典型的RRM结构域,属于SR家族。CDK11A和CDK11B能够与RNPS1和9G8相互作用。 展开更多
关键词 家蚕 cdk11 RNPS1 9G8 pre-RNA剪接
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9-顺式维甲酸对甲状腺鳞癌SW579细胞周期及CYCLIND1、CDK4表达的影响 被引量:3
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作者 张秀梅 刘超 +3 位作者 闫纪亮 赵颂 王翠瑶 肖建英 《基础医学与临床》 CSCD 北大核心 2012年第2期186-190,共5页
目的探讨9-顺式维甲酸(9-cisRA)对甲状腺鳞癌细胞系SW579细胞周期及周期因子表达的影响。方法分别以不同浓度的9-cisRA处理SW579细胞系,采用MTT比色法测定细胞增殖活性;用流式细胞仪检测细胞周期;用RT-PCR方法检测SW579细胞CDK4、CYCLIN... 目的探讨9-顺式维甲酸(9-cisRA)对甲状腺鳞癌细胞系SW579细胞周期及周期因子表达的影响。方法分别以不同浓度的9-cisRA处理SW579细胞系,采用MTT比色法测定细胞增殖活性;用流式细胞仪检测细胞周期;用RT-PCR方法检测SW579细胞CDK4、CYCLIND1 mRNA的表达水平;用Western blot法检测SW579细胞CDK4、CYCLIND1的蛋白表达。结果 9-cisRA作用后,各组细胞均出现显著的生长抑制作用,生长抑制率明显升高,并呈剂量依赖性。流式细胞仪分析,各组细胞均随着药物浓度的升高,S期细胞在细胞周期中所占比例逐渐减少,G1期细胞则明显增加(P<0.01),细胞滞留在G1期。经不同浓度9-cisRA处理的细胞CDK4 mRNA和蛋白表达水平没有明显变化;CYCLIND1的mRNA和蛋白表达水平明显下调(P<0.01)。结论 9-cisRA显著抑制SW579细胞生长,可能与抑制CYCLIND1的表达并将细胞阻滞于G1期有关。 展开更多
关键词 9-顺式维甲酸 SW579 细胞周期 cdk4 CYCLIND1
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H3N2和H1N1甲型流感病毒感染对猪CDK9基因表达的影响
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作者 李登云 孙岩 +5 位作者 蒋鹏飞 亢展展 王静娜 华琳琳 张洋 张德礼 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2013年第10期14-18,共5页
【目的】研究H3N2和H1N1甲型流感病毒感染对仔猪肺脏CDK9基因表达的影响,揭示流感发病机制与CDK9基因的相关性。【方法】以接种PBS的仔猪为空白对照,利用实时荧光定量PCR技术和半定量免疫组织化学法,检测H3N2和H1N1甲型流感病毒接种感... 【目的】研究H3N2和H1N1甲型流感病毒感染对仔猪肺脏CDK9基因表达的影响,揭示流感发病机制与CDK9基因的相关性。【方法】以接种PBS的仔猪为空白对照,利用实时荧光定量PCR技术和半定量免疫组织化学法,检测H3N2和H1N1甲型流感病毒接种感染7d后,仔猪肺脏CDK9的mRNA和蛋白表达的变化,并在电子显微镜下观察CDK9阳性细胞的定位。【结果】实时荧光定量PCR检测表明,H3N2和H1N1甲型流感病毒感染仔猪7d后,肺脏组织内CDK9基因mRNA的相对表达量分别为0.42和0.36,与对照(1.0)相比显著降低(P<0.05)。半定量免疫组织化学检测结果显示,仔猪受到H3N2和H1N1流感病毒感染后,肺脏组织内CDK9蛋白的相对表达水平分别为31.4和38.7,较正常组织(61.4)显著降低(P<0.05)。电子显微镜观察发现,H3N2和H1N1甲型流感病毒感染仔猪后,肺脏细胞界限不明显,CDK9阳性细胞散在分布于终末细支气管和肺泡内,且胞核着色较深,但是细胞整体着色变浅。【结论】受到流感病毒感染后,仔猪肺脏组织内CDK9表达量降低,可能是RNApolⅡ磷酸化水平降低的原因之一。 展开更多
关键词 流感病毒 cdk9基因 实时荧光定量PCR 免疫组织化学
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抗肿瘤新靶点CDK9及其抑制剂的研究进展 被引量:2
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作者 陈明 谢周令 +3 位作者 李听寒 韦志辉 赵璐 李志裕 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期233-241,共9页
细胞周期蛋白依赖性激酶9(CDK9)是细胞周期蛋白依赖性激酶家族中的一员。与其他CDKs不同,CDK9主要在转录延伸的调控中发挥作用,而不影响细胞周期过程。目前已有多种CDK9抑制剂进入了临床研究。本文介绍了CDK9的结构特征和作用机制,比较... 细胞周期蛋白依赖性激酶9(CDK9)是细胞周期蛋白依赖性激酶家族中的一员。与其他CDKs不同,CDK9主要在转录延伸的调控中发挥作用,而不影响细胞周期过程。目前已有多种CDK9抑制剂进入了临床研究。本文介绍了CDK9的结构特征和作用机制,比较了CDK9与其他CDKs的蛋白结构差异,综述了CDK9非选择性抑制剂和选择性抑制剂的构效关系及研究进展。 展开更多
关键词 cdk9 转录调控 cdk9抑制剂 抗肿瘤 靶点 构效关系 进展
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猪CDK9基因的克隆及其过表达对SUVEC细胞周期的影响 被引量:1
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作者 张亚杰 宋豪 +3 位作者 李艳丽 孙柏 孙岩 张德礼 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2010年第8期33-39,共7页
【目的】克隆猪细胞周期蛋白激酶9(CDK9)基因,观察该基因过表达对猪脐静脉血管内皮细胞(SU-VEC)周期的影响。【方法】采用电子克隆方法筛选得到猪CDK9基因全长序列,并对其编码的蛋白进行生物信息学分析。利用RT-PCR方法从猪脾脏中扩增... 【目的】克隆猪细胞周期蛋白激酶9(CDK9)基因,观察该基因过表达对猪脐静脉血管内皮细胞(SU-VEC)周期的影响。【方法】采用电子克隆方法筛选得到猪CDK9基因全长序列,并对其编码的蛋白进行生物信息学分析。利用RT-PCR方法从猪脾脏中扩增出包含完整开放读码框架(ORF)的CDK9 cDNA片段,将其与真核表达载体pEGFP-C1连接,构建重组真核表达载体pEGFP-CDK9。将pEGFP-CDK9以脂质体介导法转染至SUVEC细胞,采用绿色荧光标记和Western blot检测SUVEC细胞中CDK9基因的表达,用流式细胞仪检测转染CDK9基因后SUVEC细胞周期的变化。【结果】得到猪CDK9基因全长1820bp的cDNA序列,其ORF为1119bp,编码372个氨基酸;CDK9分子质量为42.76ku,等电点为9.04;CDK9基因定位于猪的1号染色体上。酶切和测序结果证明,重组真核表达载体pEGFP-CDK9构建成功。pEGFP-CDK9转染SUVEC细胞48h后,荧光显微镜和Western blot检测到目的基因序列在SUVEC细胞中成功表达;试验组各期SUVEC细胞比例与空载体组相比,差异无统计学意义(P>0.05),细胞周期未发生显著变化。【结论】克隆了猪CDK9基因,并在SUVEC细胞中成功进行了表达。CDK9基因的过表达未引起细胞周期发生显著变化,其可能并不参与细胞周期的调控。 展开更多
关键词 cdk9基因 真核表达 细胞周期
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lncRNA CASC9通过靶向miR-195-5p/CDK6轴调控肺鳞癌的进展 被引量:2
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作者 张星星 杨磊 +3 位作者 刘芳 张瑾 常丽花 马运峰 《山西医科大学学报》 CAS 2021年第12期1507-1516,共10页
目的检测肺鳞癌中lncRNA CASC9的表达水平,并探讨其在肺鳞癌进展中潜在的分子机制。方法利用基因表达谱交互式分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis, GEPIA)数据库分析肺鳞癌组织和癌旁正常组织中lncRNA CASC9的表达水... 目的检测肺鳞癌中lncRNA CASC9的表达水平,并探讨其在肺鳞癌进展中潜在的分子机制。方法利用基因表达谱交互式分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis, GEPIA)数据库分析肺鳞癌组织和癌旁正常组织中lncRNA CASC9的表达水平。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析肺正常细胞系(BEAS-2B)以及肺鳞癌细胞系(SK-MES-1、NCI-H520、H1703和H2170)中lncRNA CASC9的表达水平。CCK8细胞增殖实验、Transwell实验分别检测lncRNA CASC9对癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。通过生物信息学工具预测相关基因的潜在靶点。荧光素酶报告基因实验验证lncRNA CASC9与其靶基因之间关系。Western blotting检测癌细胞中CDK6的表达。结果肺鳞癌患者癌组织中lncRNA CASC9的表达水平显著高于癌旁正常组织(P<0.05)。与肺正常细胞相比,肺鳞癌细胞系中lncRNA CASC9表达增高(P<0.05)。干扰lncRNA CASC9明显抑制癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力(P<0.05)。lncRNA CASC9可直接靶向miR-195-5p并负调控其表达水平(P<0.05)。miR-195-5p在肺鳞癌癌细胞系中的表达明显降低(P<0.05)。CDK6作为miR-195-5p的靶点,其表达水平在肺鳞癌癌组织和细胞系中显著高于正常对照(P<0.05)。结论 lncRNA CASC9通过靶向miR-195-5p上调CDK6的表达,进而促进肺鳞癌的进展。 展开更多
关键词 肺鳞癌 lncRNA CASC9 miR-195-5p cdk6
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新型CDK9小分子抑制剂的设计和发现 被引量:1
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作者 秦立 纪庆 +4 位作者 高瀛岱 刘娟妮 杨铭 邵晓枫 熊冬生 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1299-1303,共5页
目的通过同源模建、计算机虚拟筛选和生物活性筛选,寻找新型的CDK9小分子抑制剂。方法采用同源模建方法得到CDK9的三维晶体构象,用DOCK(分子对接)对小分子三维数据库进行虚拟筛选。采用MTT法对挑选出的化合物进行生物活性测定,然后挑选... 目的通过同源模建、计算机虚拟筛选和生物活性筛选,寻找新型的CDK9小分子抑制剂。方法采用同源模建方法得到CDK9的三维晶体构象,用DOCK(分子对接)对小分子三维数据库进行虚拟筛选。采用MTT法对挑选出的化合物进行生物活性测定,然后挑选高活性的化合物进行CDK9与小分子之间相互作用的研究,验证化合物对CDK9激酶活性的抑制作用。结果用DOCK程序对三维化合物库虚拟筛选后挑选出得分高的前1000个化合物,按结构差异化分类,最终选择并购买了27个代表性化合物进行进一步生物学活性测定。27个化合物中12个化合物明显抑制肿瘤细胞的增殖,其中1个化合物C-21的半数抑制浓度(IC50)在20μmol.L-1以下。选择C-21类化合物进一步进行研究,结果显示此化合物能够有效抑制各类肿瘤细胞系的增殖。酶学水平研究表明此类化合物能够有效抑制CDK9激酶活性,并在较低浓度范围内呈明显的剂量依赖关系。结论通过同源模建、计算机虚拟筛选、生物活性实验和分子水平研究,得到了一类靶向CDK9的全新的先导化合物。 展开更多
关键词 cdk9 同源模建 小分子抑制剂 RNA POLYMERASE 磷酸化 肿瘤靶点 先导物
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新型CDK2-cyclinA2小分子抑制剂的设计、合成及生物学活性研究
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作者 卫迎庆 张璐 +2 位作者 胡雨彤 张健 沈瑛 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期330-336,共7页
目的·设计、合成新型CDK2-cyclin A2小分子抑制剂并探讨此类抑制剂的构效关系。方法·通过计算机辅助药物设计方法,以CDK2-cyclin A2晶体ATP结合区域为口袋,筛选出先导化合物。根据CDK2-cyclin A2的ATP结合区域特点,设计合成... 目的·设计、合成新型CDK2-cyclin A2小分子抑制剂并探讨此类抑制剂的构效关系。方法·通过计算机辅助药物设计方法,以CDK2-cyclin A2晶体ATP结合区域为口袋,筛选出先导化合物。根据CDK2-cyclin A2的ATP结合区域特点,设计合成一系列苯磺酰胺类化合物;根据已构建好的体外激酶活性检测体系,对化合物体外活性进行研究。结果·合成了29个新型苯磺酰胺类CDK2-cyclin A2抑制剂,化合物对CDK2-cyclin A2抑制检测结果显示,WZ-026对CDK2-cyclin A2抑制作用的IC_(50)值为3.81μmol/L。结论·综合虚拟筛选、化学合成、生物检测等方法,得到对CDK2-cyclin A2有明显抑制活性的苯环酰胺类化合物WZ-026;初步得到此类小分子化合物与CDK2-cyclin A2的作用模式。 展开更多
关键词 cdk2-cyclin A2 细胞周期 抑制剂 构效关系
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Effect of berberine on Cdk9 and cyclin T1 expressions in myocardium of diabetic rats 被引量:2
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作者 Zhou Jiyin Zhou Shiwen Tang Jianlin Xu Ying Ying Yi 《Journal of Medical Colleges of PLA(China)》 CAS 2008年第1期45-51,共7页
Objective: To investigate the effect of berberine, one of the main alkaloids of Rhizoma coptidis, on myocardial morphology and the expressions of cyclin-dependent kinase 9 (Cdk9) and cyclin T1 protein in the myocar... Objective: To investigate the effect of berberine, one of the main alkaloids of Rhizoma coptidis, on myocardial morphology and the expressions of cyclin-dependent kinase 9 (Cdk9) and cyclin T1 protein in the myocardium of type 2 diabetic rats. Methods: Type 2 diabetes mellitus rats were induced by an injection of 35 mg/kg streptozotocin (STZ) and a high-carbohydrate/high-fat diet for 16 weeks. Diabetic rats were given low-, middle-, high-dose berberine (75, 150, 300 mg/kg), fenofibrate (100 mg/kg) and rosiglitazone (4 mg/kg) for another 16 weeks, respectively. The myocardium structure was observed with hematoxylin & eosin (H&E) staining and Cdk9 and cyclin T1 protein expressions were detected by immunohistochemistry. Results: Middle-dose, high-dose berberine improved myocardial hypertrophy and interstitial fibrosis of diabetic rats. Cdk9 and cyclin T1 protein were significantly lower in diabetic myocardium than in control one (P〈0.01), and middle-dose, high-dose berberine and fenofibrate obviously increased both Cdk9 and cyclin T1 expression to near control level (P〈0.01). Conclusion: Berberine modulates Cdk9 and cyclin T1 protein expression in diabetic myocardium which may contribute to ameliorate myocardium damage. 展开更多
关键词 BERBERINE cdk9 Cyclin T1 Diabetes mellitus MYOCARDIUM
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含磷嘧啶类CDK9抑制剂的分子对接、3D-QSAR和分子动力学模拟 被引量:3
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作者 唐光辉 张娅 +3 位作者 张玉萍 周朋朋 林治华 王远强 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第11期2061-2069,共9页
选取64个具有潜力的含磷嘧啶类细胞周期依赖性蛋白激酶(CDK9)小分子抑制剂,采用分子对接方法研究了该类小分子与CDK9的结合作用,结果表明,分子构象、氢键形成、疏水性和氨基酸残基Cys106在此类抑制剂与CDK9的结合过程中具有重要作用.在... 选取64个具有潜力的含磷嘧啶类细胞周期依赖性蛋白激酶(CDK9)小分子抑制剂,采用分子对接方法研究了该类小分子与CDK9的结合作用,结果表明,分子构象、氢键形成、疏水性和氨基酸残基Cys106在此类抑制剂与CDK9的结合过程中具有重要作用.在配体叠合的基础上,运用比较分子力场分析(Co MFA)、比较分子相似性指数分析(Co MSIA)和Topomer Co MFA(T-COMFA)研究了分子结构与抑制活性的关系,发现由训练集立体场、静电场和疏水场组合的Co MSIA模型为最优模型,其内部交叉验证相关系数(Q2=0.557)、非交叉验证相关系数(R2=0.959)和外部预测相关系数(r2=0.863)具有统计学意义,该模型的三维等值线图直观显示了化合物的活性与其三维结构的关系.根据这些结果设计了10个具有新结构的含磷嘧啶类化合物,分子对接和分子动力学模拟结果表明,新化合物和CDK9的结合模式与原化合物64相同,自由能分析从理论上证明了新化合物64d的CDK9抑制活性优于化合物64,并且显示含磷基团与残基Asp109的静电场能在化合物与CDK9作用过程中有重要作用. 展开更多
关键词 含磷嘧啶类细胞周期依赖性蛋白激酶抑制剂 分子对接 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析 Topomer COMFA 分子动力学
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microRNA-26b靶向CDK6抑制H9C2心肌细胞肥大 被引量:1
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作者 唐春梅 苏强 +3 位作者 赵海霞 随何欢 梁婧 朱丽莎 《四川医学》 CAS 2020年第3期225-230,共6页
目的已证实microRNA-26b(miR-26b)参与心肌肥厚的过程,然而其潜在分子机制仍有待研究,本文旨在研究microRNA-26b(miR-26b)调控H9C2心肌细胞肥大的作用的分子机制。方法FITC-鬼笔环肽染色检测H9C2心肌细胞面积;双荧光素酶报告基因实验鉴... 目的已证实microRNA-26b(miR-26b)参与心肌肥厚的过程,然而其潜在分子机制仍有待研究,本文旨在研究microRNA-26b(miR-26b)调控H9C2心肌细胞肥大的作用的分子机制。方法FITC-鬼笔环肽染色检测H9C2心肌细胞面积;双荧光素酶报告基因实验鉴定miR-26b与细胞周期素依赖性激酶6(Cyclin-dependent kinase 6,CDK6)3′UTR的结合作用;实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测miR-26b和肥大标志基因ANP及β-MHC的mRNA水平;蛋白免疫印迹法(Western Blot)检测相关肥大标志基因ANP及β-MHC的蛋白表达。结果过表达miR-26b可有效抑制H9C2心肌细胞的肥大表型;CDK6被证实是miR-26b作用的靶基因,miR-26b可抑制CDK6的蛋白表达;miR-26b及si-CDK6均能抑制H9C2心肌细胞的肥大标志基因ANP及β-MHC的mRNA及蛋白表达。结论CDK6是miR-26b的作用靶基因,CDK6参与miR-26b抑制H9C2心肌细胞肥大的作用。 展开更多
关键词 心肌细胞肥大 MicroRNA-26b cdk6 H9C2心肌细胞
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Cdk5/p25在APPswe/PS1dE9双转基因AD模型小鼠海马内表达与认知功能障碍的关系 被引量:2
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作者 许方方 蒋淼 《现代医药卫生》 2020年第20期3248-3251,共4页
目的观察APPswe/PS1dE9双转基因阿尔茨海默病模型小鼠认知功能的变化,探讨其与海马细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶5及其激动因子细胞周期蛋白(Cdk5/p25)表达的关系。方法通过Morris水迷宫观察3、6、9月龄APPswe/PS1dE9双转基因小鼠和同种... 目的观察APPswe/PS1dE9双转基因阿尔茨海默病模型小鼠认知功能的变化,探讨其与海马细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶5及其激动因子细胞周期蛋白(Cdk5/p25)表达的关系。方法通过Morris水迷宫观察3、6、9月龄APPswe/PS1dE9双转基因小鼠和同种野生型小鼠学习记忆能力的变化;采用western blotting法及免疫组织化学染色法检测其海马内Cdk5/p25的表达水平。结果通过Morris水迷宫训练发现,3月龄APPswe/PS1dE9双转基因小鼠学习记忆能力与同月龄野生型小鼠比较,差异无统计学意义(P>0.05);而6、9月龄APPswe/PS1dE9双转基因小鼠较同月龄野生型小鼠定位航行实验潜伏期逐渐延长,差异有统计学意义(P<0.05)。Western blotting结果显示,6、9月龄APPswe/PS1dE9双转基因小鼠海马内Cdk5/p25的表达水平较同月龄野生型小鼠增高,差异均有统计学意义(P<0.05)。免疫组织化学染色结果显示,6、9月龄APPswe/PS1dE9双转基因小鼠海马内Cdk5阳性细胞的表达与同月龄野生型小鼠比较,差异有统计学意义(P<0.05);且随着年龄的增长,APPswe/PS1dE9双转基因小鼠海马内Cdk5阳性细胞表达逐渐增多,差异有统计学意义(P <0.05)。结论APPswe/PS1dE9双转基因小鼠学习记忆能力的下降与Cdk5/p25活性异常表达有关。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 认知功能障碍 cdk5 APPswe/PS1dE9双转基因 海马 小鼠
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Identification of Novel CDK9 Inhibitors with Better Inhibitory Activity and Higher Selectivity for Cancer Treatment by an Effective Two-Stage Virtual Screening Strategy
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作者 Szu-Hung Chen Yu-Ru Wang +2 位作者 Yih Ho Shu-Juan Lin Hsuan-Liang Liu 《Journal of Biomedical Science and Engineering》 2021年第12期371-390,共20页
The aberrant overexpression of cyclin-dependent kinase 9 (CDK9) in cancer cells results in the loss of proliferative control, making it an attractive therapeutic target for various cancers. However, the highly structu... The aberrant overexpression of cyclin-dependent kinase 9 (CDK9) in cancer cells results in the loss of proliferative control, making it an attractive therapeutic target for various cancers. However, the highly structural similarity between CDK9 and CDK2 makes the development of novel selective CDK9 inhibitors a challenging task and thus limits their clinical applications. Here, an effective two-stage virtual screening strategy was developed to identify novel CDK9 inhibitors with better inhibitory activity and higher selectivity. The first screening stage aims to select potential compounds with better inhibitory activity than Roniciclib, one of the most effective CDK9 inhibitors, through reliable structure-based pharmacophoric virtual screening and accurate molecular docking analyses. The second stage employs a very detailed visual inspection process, in which several structural criteria describing the major difference between the binding pockets of CDK9 and CDK2 are taken into consideration, to identify compounds with higher selectivity than CAN508, one of the CDK9 inhibitors with distinguished selectivity. Finally, three compounds (NCI207113 from NCI database and TCM0004 and TCM3282 from TCM database) with better inhibitory activity and higher selectivity were successfully identified as novel CDK9 inhibitors. These three compounds also display excellent binding stabilities, great pharmacokinetic properties and low toxicity in MD simulations and ADMET predictions. Besides, the results of binding free energy calculations suggest that enhancing van der Waals interaction and nonpolar solvation energy and/or reducing polar solvation energy can significantly improve the binding affinity of these CDK9 inhibitors. Their clinical potentials to serve as anticancer drug candidates can be further evaluated through a series of <em>in vitro/in vivo</em> bioassays in the future. To the best of our knowledge, this is the first attempt to identify novel CDK9 inhibitors with both better inhibitory activity and higher selectivity through an effective two-stage virtual screening strategy. 展开更多
关键词 Cyclin-Dependent Kinase 9 (cdk9) Structure Based Pharmacophore Modeling Virtual Screening
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靶向抑制CDK12/13在高级别胶质瘤中的体外治疗效果和作用分子机制探究
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作者 梅艳青 韩雨洁 +2 位作者 翁文筠 张蕾 唐玉杰 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期545-559,共15页
目的·筛选高级别胶质瘤(high-grade gliomas,HGGs)共有的表观转录靶向治疗新策略,并进行体外治疗效果的测试与相关分子机制的探究。方法·对HGGs中恶性程度和致死率均较高的多个胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)和弥漫性内生性... 目的·筛选高级别胶质瘤(high-grade gliomas,HGGs)共有的表观转录靶向治疗新策略,并进行体外治疗效果的测试与相关分子机制的探究。方法·对HGGs中恶性程度和致死率均较高的多个胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)和弥漫性内生性脑桥胶质瘤(diffuse intrinsic pontine glioma,DIPG)细胞系进行表观转录相关的靶向小分子药物库筛选和基于CRISPR-Cas9系统的功能基因组筛选,以寻找在GBM和DIPG中共同的表观转录靶向治疗新策略。然后针对筛选得到的目标表观转录调控因子,分别测试经CRISPR-Cas9方法敲除该基因以及对应的靶向小分子处理对GBM和DIPG细胞系的体外生长、细胞增殖与凋亡的影响。继而对靶向小分子处理的GBM和DIPG细胞系进行RNA-seq转录组分析,解析其抗肿瘤分子机制。基于此分析结果,通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,RT-qPCR)、蛋白质印迹法以及流式细胞术进一步验证目标表观转录调控因子的抗肿瘤分子机制。结果·针对表观转录调控因子的靶向小分子药物库筛选和功能基因组筛选鉴定出CDK12和CDK13(CDK12/13)是GBM和DIPG共同的潜在治疗新靶点。在多个GBM和DIPG细胞系中,通过CRISPR-Cas9方法敲除CDK12能够显著降低其体外细胞活性。CDK12/13抑制剂SR-4835或THZ531也均能够通过拮抗细胞增殖和促进细胞凋亡造成这2类HGGs细胞系的体外生长受到显著抑制。SR-4835处理GBM和DIPG细胞之后的RNA-seq转录组分析结果表明,HGGs细胞中受CDK12/13抑制剂作用而表达显著下调的基因主要富集在转录调控、DNA损伤反应(DNA damage response,DDR)通路、泛素-蛋白酶体通路以及细胞周期等生物学过程。进一步通过一系列实验方法验证了在DIPG和GBM中,靶向抑制CDK12/13显著下调DDR相关基因的转录进而引起DNA损伤的累积,并诱导细胞发生G2-M细胞周期阻滞。结论·CDK12/13是GBM和DIPG这2类HGGs共同的潜在表观转录靶向治疗靶标;该发现为后续体内模型验证、组合治疗测试提供了理论支持,也为未来进一步的临床转化应用奠定了基础。 展开更多
关键词 胶质母细胞瘤 弥漫性内生性脑桥胶质瘤 分子靶向治疗 抗肿瘤药物库筛选 CRISPR-Cas9 cdk12 cdk13
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9-顺-维甲酸对肺癌细胞周期及周期因子表达的影响 被引量:13
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作者 任桂杰 刘志方 +3 位作者 胡国强 胡晓燕 田克立 于雪艳 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期97-100,共4页
目的 探讨 9 顺 维甲酸对肺癌细胞周期及周期因子cyclinD1和cdk4表达的影响。方法 用 9 顺 维甲酸处理细胞 2 4h后 ,在观察细胞生长、流式细胞仪分析细胞周期的基础上 ,用RT PCR方法分析细胞周期因子cyclinD1和cdk4表达的变化。结果... 目的 探讨 9 顺 维甲酸对肺癌细胞周期及周期因子cyclinD1和cdk4表达的影响。方法 用 9 顺 维甲酸处理细胞 2 4h后 ,在观察细胞生长、流式细胞仪分析细胞周期的基础上 ,用RT PCR方法分析细胞周期因子cyclinD1和cdk4表达的变化。结果  9 顺 维甲酸作用于肺癌细胞 2 4h以后 ,细胞增殖减慢 ,G0 G1期细胞明显增多 ,S期细胞减少 ;PG ,SPC A1和L78细胞的cyclinD1表达下降显著 ;PG ,A549和L78细胞的cdk4表达下降显著。结论  9 顺 展开更多
关键词 9-顺-维甲酸 肺癌 细胞周期 cvclinDl cdk4 药物治疗
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9-顺式维甲酸抑制甲状腺鳞癌细胞SW579增殖的作用机制 被引量:1
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作者 张秀梅 刘超 +2 位作者 赵颂 王翠瑶 肖建英 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期761-764,共4页
目的:观察9-顺式维甲酸(9-cis-retinoic acid,9-cisRA)对甲状腺鳞癌细胞株SW579细胞RARβ、p21、CDK4、CyclinDl表达的影响,进而探讨9-cisRA的抗癌作用机制方法:分别以终浓度为1×10^(-7)、1×10^(-6)、5×10^(-6)、1×... 目的:观察9-顺式维甲酸(9-cis-retinoic acid,9-cisRA)对甲状腺鳞癌细胞株SW579细胞RARβ、p21、CDK4、CyclinDl表达的影响,进而探讨9-cisRA的抗癌作用机制方法:分别以终浓度为1×10^(-7)、1×10^(-6)、5×10^(-6)、1×10^(-5)mol/L 9-cisRA作用SW579细胞,各组细胞均在培养24 h后加药,继续培养48 h。用RT-PCR方法检测SW579细胞RARβ、p21、CDK4、CyclinD1的mRNA表达;用Western Blot检测SW579细胞RARβ、p21、CDK4、CvclinD1的蛋白表达结果:9-cisRA作用后,RT-PCR检测结果表明,经不同浓度9-cisRA处理的细胞RARB、p21的mRNA表达水平均显著上调;CDK4的mRNA表达水平无明显变化;CyclinD1的表达水平明显下调;Western Blot检测结果表明经不同浓度9-cisRA处理的细胞RARβ、p21蛋白表达水平均显著上调;CDK4蛋白表达水平无明显变化;CyclinD1蛋白表达水平明显下调。结论:9-cisRA在一定浓度范围内可能通过上调RARβ、p21的表达进而下调细胞周期蛋白CvclinD1的表达,从而抑制细胞增殖。 展开更多
关键词 9-顺式维甲酸 SW579 RARβ P21 cdk4 CYCLIND1
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