CDKN3在肿瘤中的表达及预后相关性分析

目的探讨细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子3(CDKN3)在不同肿瘤中的表达变化及其对肿瘤分期预后和免疫治疗的影响。方法使用TCGA、CCLE、ICGC和GTEx数据库评估CDKN3在不同肿瘤中的表达特征;采用GEPIA2平台和Kaplan-Meier法分别评估CDKN3对肿瘤病理分期和生存预后的影响;采用TIMER平台评估CDKN3对肿瘤免疫微环境和免疫治疗的影响,并利用生物信息学方法进一步探讨CDKN3对免疫检查点和免疫治疗关键预测指标的影响。GeneMANIA构建CDKN3的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。京都基因和基因组百科全书(KEGG)以及基因本体(GO)数据库富集分析CDKN3相关的生物学过程和信号通路。通过转染CDKN3 siRNA验证CDKN3对HepG2细胞增殖、侵袭、迁移和凋亡的影响。结果CDKN3在肿瘤中普遍高表达。CDKN3的高表达通常与较晚的病理分期和不良的生存预后相关。CDKN3表达水平与绝大部分免疫检查点呈负相关,与肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定(MSI)和碱基配对修复(MMR)基因呈正相关。CDKN3与细胞周期、细胞衰老和p53信号通路等相关。此外,EdU染色、JC-1染色、Transwell和Wound Healing实验证实CDKN3促进HCC细胞的增殖、侵袭和迁移,抑制其凋亡。结论CDKN3的异常表达与肿瘤的分期预后和免疫微环境特征密切相关,是一种潜在的肿瘤预后标志物和免疫治疗辅助靶点。

CDKN3分子在肺腺癌患者中的诊断和预后价值

目的:探讨CDKN3在肺腺癌患者中的诊断和预后作用。方法:通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析CDKN3在肺腺癌中的表达水平。采用生物信息学方法分析CDKN3表达水平与肺腺癌患者各项临床指标之间的关系。采用Cox回归分析评估CDKN3在肺腺癌中诊断和预后价值。结果:CDKN3在肺腺癌患者肿瘤组织中的表达水平明显高于邻近的癌旁肺组织(P<0.001)。与CDKN3相关的差异表达基因在细胞增殖途径中显著富集。在肺腺癌组织中,CDKN3表达水平与免疫细胞浸润显著相关(P<0.05)。CDKN3在肺腺癌组织中的表达水平与肿瘤分级和肿瘤分期相关(P<0.01)。Cox回归分析显示,CDKN3是肺腺癌患者总生存率(OS)和疾病特异性生存率(DSS)的潜在独立危险因素(P<0.05)。结论:CDKN3是肺腺癌的潜在诊断和预后生物标志物,也是对于肺腺癌患者有前景的治疗靶点。

绝经后子宫颈癌患者CDKN3和大麻素受体2的表达与其预后的关系

目的探讨绝经后子宫颈癌患者CDKN3和CB2表达与其预后的关系。方法选取53例绝经后子宫颈癌患者的癌症组织作为癌症组和30例健康志愿者的正常子宫组织为健康组。采用免疫组化法检测2组CDKN3和CB2蛋白的表达水平并分析绝经后子宫颈癌患者CDKN3和大麻素受体2的表达与其预后的关系。结果癌症组CDKN3和CB2蛋白的阳性表达水平均高于健康组(P<0.05)。CDKN3和CB2蛋白阳性表达患者的生存率均低于其阴性表达患者(P<0.05)。Spearman秩相关分析结果显示,绝经后子宫颈癌患者CDKN3和CB2的阳性表达水平与其1年、3年和5年的生存率均呈负相关(CDKN3:γ=-0.625,-0.743,-0.776,P<0.05;CB2:γ=-0.688,-0.778,-0.814,P<0.05)。结论绝经后子宫颈癌患者CDKN3和CB2蛋白的阳性表达率高且与其预后呈负相关,这可能与CDKN3促进癌细胞增殖和CB2的免疫系统抑制作用相关,CDKN3和CB2蛋白的阳性表达可能作为绝经后子宫颈癌患者不良预后评估的参考指标。

CDKN3基因在肝癌中的表达及其对肝癌细胞生长、细胞周期的影响

目的研究细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子3(cyclin dependent kinase inhibitor 3,CDKN3)基因在肝癌组织中的表达,以及被沉默后对肝癌细胞生长和细胞周期的影响。方法采用普通及定量RT-PCR、蛋白免疫印迹法检测36例手术切除的肝癌组织和匹配的癌旁组织以及人肝癌细胞株中CDKN3的表达;观察沉默CDKN3表达后肝癌细胞生长曲线、克隆形成能力和细胞周期的变化。结果与癌旁样本相比,CDKN3基因在63.9%(23/36)肝癌组织中的mRNA表达显著上调,差异具有统计学意义(P<0.000 1);RNA干扰技术沉默CDKN3表达后,MHCC-LM3和Huh-7细胞生长和克隆形成能力被明显抑制(P<0.05);应用流式细胞术发现沉默CDKN3的表达能够诱导肝癌细胞发生G0/G1期阻滞(P<0.05)。结论 CDKN3基因在肝癌中表达上调,其通过影响细胞周期分布从而促进肝癌细胞的增殖,在肝癌发生、发展过程中可能发挥重要作用。

细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子3对鸡前脂肪细胞分化的抑制作用

【目的】解析细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子3(cyclin-dependent kinase inhibitor 3,CDKN3)在鸡前脂肪细胞分化中的作用,为阐明脂肪沉积的分子机制奠定理论基础。【方法】构建荧光表达载体pECFPCDKN3,转染至鸡永生化前脂肪细胞系(immortalized chicken preadipocyte cell line,ICP1),观察CDKN3蛋白的亚细胞定位;采用油酸钠诱导ICP1分化,qRT-PCR检测分化过程中CDKN3 mRNA表达水平;将pCMVHA-CDKN3和pCMV-HA分别转染到ICP1中,转染24 h后进行诱导分化,通过油红O染色检测脂肪细胞分化情况,并利用qRT-PCR检测过表达CDKN3后脂肪分化相关基因的mRNA表达水平。【结果】转染了pECFP-CDKN3的细胞主要在细胞核中呈青色荧光信号,提示鸡CDKN3定位于细胞核;在诱导ICP1成脂分化的过程中,CDKN3 mRNA表达量逐渐升高;油红O染色结果显示:过表达CDKN3细胞内脂滴聚集减少,且脂肪分化相关基因C/EBPα、PPARγ、FABP4和FAS的表达水平均呈下降趋势,其中FAS显著下降(P<0.05),PPARγ极显著下降(P<0.01)。【结论】CDKN3是核蛋白,可抑制鸡前脂肪细胞分化。

细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子3在肿瘤中的研究进展

细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子3(CDKN3)属于CDC14s家族的一种双特异性磷酸酶,对肿瘤的早诊、治疗及预后判断有重要的临床意义,但其在肿瘤发生发展中的作用机制目前尚未确定。本文通过对目前研究结果的回顾,从细胞周期调控、细胞凋亡及侵袭迁移、CDKN3突变体及其亚细胞定位四个方面对CDKN3在肿瘤中作用机制的研究进展进行概述,为明确下一步研究方向提供参考,从而促进CDKN3临床转化应用,提高肿瘤的临床诊治水平。

基于生物信息学方法筛选影响胶质母细胞瘤的诊断及治疗的关键基因

目的:通过生物信息学方法对胶质母细胞瘤公共数据库进行信息挖掘以筛选胶质母细胞瘤的关键差异表达基因,预测胶质母细胞瘤的可能潜在治疗靶点基因。方法:从基因表达数据库(GEO)中下载脑胶质母细胞瘤数据,通过在线分析软件GEO2R筛选正常组织与胶质母细胞瘤组织差异表达基因。通过Venn图取三个差异基因集交集。共筛选出632个共有差异基因。再通过STRING网站里的在线分析软件绘制PPI (protein-protein interaction network,蛋白互作网络),并导入Cytoscape软件利用MCODE插件筛选关键基因。通过R软件的Goplot包对差异表达基因进行GO和KEGG功能富集分析。再通过UCSC网站的癌症基因浏览器获得各关键基因在脑胶质母细胞瘤中的表达。通过GEPIA2网站绘制各关键基因的生存曲线。通过Oncomine网站获得关键预后基因KDELR2、CDKN3及RELN基因在不同级别胶质瘤中的表达。结果:从GEO数据库中下载GSE104291、GSE15824、GSE66354的数据集,通过GEO2R分析出差异表达基因,再通过Venn图共筛选出632个共有差异表达基因。通过STRING网站构建蛋白互作网络,并导入Cytoscape软件筛选出关键基因。获得差异表达基因的GO及KEGG功能富集分析图。通过GEPIA2网站获得关键基因的总生存率及无病生存率,结果发现KDELR2、CDKN3及RELN基因的表达差异与总生存率(OS)和无病生存率(RFS)相关性具有统计学意义(KDELR2、CDKN3和RELN这三个基因的总生存率生存曲线Logrank P值分别为−10;KDELR2、CDKN3和RELN这三个基因的无病生存率生存曲线Logrank P值分别为【0.001,【0.001以及0.00032)。KDELR2及CDKN3在正常组织中低表达,在胶质瘤组织表达与级别成正相关;RELN在在正常组织中高表达,在胶质瘤组织表达与级别成负相关。结论:通过本研究发现胶质瘤OS和RFS与KDELR2及CDKN3基因呈负相关,与RELN基因呈正相关。结合这些基因的表达差异,由此推测KDELR2基因及CDKN3基因可能是脑胶质母细胞瘤的发生及进展的癌基因,而RELN基因可能是一个抑癌基因。

细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子3的研究进展

细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子3(Cyclin dependent kinase inhibitor 3,CDKN3)属于激酶抑制因子CIP/KIP基因家族成员,是一种细胞周期调控因子.在各个组织中,CDKN3作用的蛋白不同,进而发挥不同的作用.一方面,CDKN3可通过抑制P21转录,促进DNA复制与细胞增殖;另一方面,CDKN3能够将CDC2 Thr^161去磷酸化,来抑制有丝分裂间期G1期向S期的转化,进而影响细胞周期的发展,同时CDKN3可与Mps1结合调节中心体数量.越来越多的研究发现,CDKN3的异常表达和调节细胞周期的机制对癌症的发生有重要作用.在肝癌、前列腺癌、乳腺癌等细胞中CDKN3表达量高于正常水平,但在脑胶质细胞瘤、慢性粒细胞白血病等细胞中CDKN3呈低表达.主要针对CDKN3基因的结构及其编码蛋白的功能展开综述.

周期蛋白依赖激酶抑制因子3通过调控G2/M期检查点促进肝内胆管癌细胞生长并降低对顺铂的敏感性

目的探究周期蛋白依赖激酶抑制因子3(CDKN3)在肝内胆管癌中的表达和产生的影响,及其发挥作用的分子机制。方法生物信息学和免疫组化分析CDKN3的表达情况;将CDKN3干扰质粒、CDKN3过表达质粒和阴性对照质粒转入肝内胆管癌细胞系(HCCC-9810)并通过Western blot检测转染效果;通过克隆实验和划痕实验检测HCCC-9810细胞的增殖和迁移能力;Western blot检测相关通路蛋白表达情况;细胞周期实验分析处于各个时期的细胞比例。结果与正常组织相比,CDKN3在胆管癌组织中呈高表达(P<0.05);KEGG和GO富集分析显示CDKN3与细胞周期G2/M期检查点密切相关;干扰CDKN3后,诱导HCCC-9810细胞G2/M期阻滞,导致增殖和迁移能力减弱(P<0.05);进一步研究发现,沉默CDKN3可下调CDC25C/CDK1轴活性,导致CDK1低活性的磷酸化水平增高;此外,CDKN3过表达可显著降低HCCC-9810细胞对顺铂的敏感性(P<0.05)。结论CDKN3在胆管癌组织中被显著上调,CDKN3可能通过调控G2/M期检查点相关蛋白的表达,从而参与到肝内胆管癌的发生发展和化疗耐药。