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牙鲆胰岛素样生长因子结合蛋白IGFBP-1 cDNA全长的克隆及表达分析 被引量:7
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作者 翟万营 张俊玲 +1 位作者 施志仪 李巍 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期170-179,共10页
利用RACE-PCR技术,从牙鲆肝脏组织总RNA中克隆得到胰岛素样生长因子结合蛋白-1(insulin-like growth factor binding protein 1,IGFBP-1)基因的全长cDNA序列,该cDNA全长为1 070 bp,开放阅读框为729 bp,编码242个氨基酸。通过系统进化树... 利用RACE-PCR技术,从牙鲆肝脏组织总RNA中克隆得到胰岛素样生长因子结合蛋白-1(insulin-like growth factor binding protein 1,IGFBP-1)基因的全长cDNA序列,该cDNA全长为1 070 bp,开放阅读框为729 bp,编码242个氨基酸。通过系统进化树分析,牙鲆IGFBP-1与鱼类IGFBP-1基因紧密聚为一支;通过同源性比对,牙鲆IGFBP-1基因的核苷酸序列与大菱鲆同源性最高,为95%,而其推导的氨基酸序列与其它鱼类如大菱鲆、五条、黄金鲈、红点鲑、鲤和斑马鱼的同源性分别为89%、89%、84%、79%、67%和67%。半定量RT-PCR显示,牙鲆IGFBP-1 mRNA在未受精卵、受精卵、胚胎、仔鱼发育各阶段及成体各组织均被检测。荧光定量RT-PCR结果表明,牙鲆IGFBP-1基因在成鱼肝脏中表达量最高,且在胚胎和仔鱼发育期间具有明显的时期特异性。 展开更多
关键词 牙鲆 胰岛素样生长因子结合蛋白-1(IGFBP-1) cdna全长 基因 表达
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中国野葡萄新基因cDNA全长的克隆及序列分析 被引量:4
2
作者 赵伟 徐伟荣 +2 位作者 徐炎 贺明阳 王跃进 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期878-884,共7页
根据对中国野生葡萄华东葡萄株系白河-35-1在白粉病诱导下构建的cDNA文库中获得的1条EST序列设计特异引物,以总RNA逆转录产物为模板,进行SMART-RACE扩增。结合生物信息学方法对所获的序列进行开放阅读框、序列同源性分析,并预测了蛋白... 根据对中国野生葡萄华东葡萄株系白河-35-1在白粉病诱导下构建的cDNA文库中获得的1条EST序列设计特异引物,以总RNA逆转录产物为模板,进行SMART-RACE扩增。结合生物信息学方法对所获的序列进行开放阅读框、序列同源性分析,并预测了蛋白质的理化性质、信号肽、酶与非酶分析、亚细胞定位以及蛋白质二级结构。结果表明,获得的中国野生葡萄新基因的全长序列为854 bp,其开放阅读框为585 bp,5′非编码区为107 bp,3′非编码区为162 bp;同源性比对表明该新基因推导的氨基酸序列与拟南芥RNA结合蛋白和水稻推定的半乳糖基转移酶的同源性分别为55%和63%,第8-82位氨基酸序列与RNA识别基序相类似,是一个典型的结构功能域;推导该基因表达产物为相对分子质量为21 801.27、等电点为6.86的不稳定蛋白,定位于细胞核,不包含信号肽,二级结构主要是无规则卷曲。 展开更多
关键词 中国野生葡萄 cdna全长 RACE 基因克隆 生物信息学
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西伯利亚鲟β-actin基因cDNA全长克隆、序列分析及其作为内参基因的应用研究 被引量:5
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作者 施志仪 程千千 宋佳坤 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期1173-1182,共10页
采用同源克隆和RACE技术获得西伯利亚鲟(Acipenser baerii)β-actin基因cDNA全长,序列分析表明西伯利亚鲟β-actin基因cDNA全长1322bp,其包括的137bp的5′端非翻译区,57bp的3′端非翻译区和编码375个氨基酸残基的1128bp开放阅读框。与... 采用同源克隆和RACE技术获得西伯利亚鲟(Acipenser baerii)β-actin基因cDNA全长,序列分析表明西伯利亚鲟β-actin基因cDNA全长1322bp,其包括的137bp的5′端非翻译区,57bp的3′端非翻译区和编码375个氨基酸残基的1128bp开放阅读框。与其他物种比对,该基因具极高的保守性。同时也利用同源克隆技术获得了西伯利亚鲟Sox2基因的同源保守区,该序列长768bp,编码256个氨基酸,也具较高的保守性,与其他物种的相似性在70%以上。以β-actin作为内参基因,对Sox2基因在西伯利亚鲟成鱼各组织及胚胎发育各时期进行实时荧光定量PCR检测,发现Sox2基因在不同组织中均有表达。其中,在肝、胰、肾、脑4个组织中表达量差距不大,均处于相对较低的水平,在肌肉组织中表达量最高,达到了肝脏的10.4倍。同时Sox2基因虽在西伯利亚鲟胚胎发育各时期均有表达,但表达也具明显的时间差异性。在受精卵期、囊胚期Sox2基因的相对表达量较低,在原肠期、神经胚期、视泡形成期和心脏形成期Sox2基因相对表达量较高,且在心脏形成期达到最高点。本研究为量化西伯利亚鲟发育分化过程中相关基因提供了坚实的参照工具,增加了后续试验的可信度,同时可为今后深入研究西伯利亚鲟Sox2在侧线神经节分化发育、细胞迁移过程中的作用提供基础参考依据。 展开更多
关键词 西伯利亚鲟 Β-ACTIN cdna全长克隆 SOX2 内参基因
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西伯利亚鲟Sox9基因cDNA全长克隆、序列分析及其表达检测 被引量:3
4
作者 施志仪 程千千 +1 位作者 宋佳坤 轩兴荣 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期664-672,共9页
为了研究Sox9基因在西伯利亚鲟侧线神经发育过程当中所起的调控作用,本研究利用RT-PCR和RACE方法获得了西伯利亚鲟Sox9基因cDNA全长序列,经序列分析表明,所克隆Sox9cDNA全长为1409bp,包括开放阅读框(open reading frame,ORF)1083bp,5′... 为了研究Sox9基因在西伯利亚鲟侧线神经发育过程当中所起的调控作用,本研究利用RT-PCR和RACE方法获得了西伯利亚鲟Sox9基因cDNA全长序列,经序列分析表明,所克隆Sox9cDNA全长为1409bp,包括开放阅读框(open reading frame,ORF)1083bp,5′端非翻译区(untranslate dregion,UTR)19bp和3′端非翻译区(untranslate dregion,UTR)307bp。1083bp的ORF共编码360个氨基酸,相对分子质量为41221.7U。序列分析表明,其与施氏鲟的亲缘关系较近,其次是斑马鱼。经实时荧光定量PCR技术对西伯利亚鲟Sox9基因在各组织以及在胚胎发育各时期中的相对表达量检测发现,Sox9在西伯利亚鲟中的表达具明显的组织差异性和时间差异性。其中,在肝,肾,肌肉,胰中的相对表达量较低。然而,大脑组织中的表达量与以上4个组织相比,处于极高水平,达到胰脏中相对表达量8.9倍,达到表达量最低点肾脏中的近21倍。在胚胎发育的不同阶段,Sox9均有表达。在原肠期、神经胚期及视泡形成期,Sox9基因的表达量均较高,特别是在原肠期其表达量达到西伯利亚鲟整个胚胎发育期的最高点,相当于表达量最低点心脏形成期的1.9倍。在神经胚期和视泡形成期,Sox9的相对表达量也相对处于较高水平,仅比原肠期略低,其相对表达量是心脏形成期1.2倍和1.4倍。本研究将为今后深入研究Sox9基因在西伯利亚鲟侧线神经节分化发育、细胞迁移过程中所起的调控作用积累资料。 展开更多
关键词 西伯利亚鲟 SOX9 cdna全长 cdna末端快速扩增 表达检测
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杜仲C4H基因cDNA全长序列特征分析 被引量:6
5
作者 李铁柱 杜红岩 王淋 《经济林研究》 北大核心 2014年第1期34-39,共6页
杜仲肉桂酸-4-羟化酶(C4H)是植物苯丙素类物质合成的关键酶之一。为了探明生物合成杜仲绿原酸的分子调控机制,对杜仲C4H基因全长cDNA进行了系统的生物信息学研究,鉴定了2个基因家族成员,分别为EuC4H1和EuC4H2,其全长cDNA分别为1 641 bp... 杜仲肉桂酸-4-羟化酶(C4H)是植物苯丙素类物质合成的关键酶之一。为了探明生物合成杜仲绿原酸的分子调控机制,对杜仲C4H基因全长cDNA进行了系统的生物信息学研究,鉴定了2个基因家族成员,分别为EuC4H1和EuC4H2,其全长cDNA分别为1 641 bp和1 611 bp;编码547和537个氨基酸,相对分子质量分别为62.94 kD和60.96 kD,等电点分别为9.34和8.85,均为疏水性不稳定蛋白质,其中EuC4H2是分泌蛋白;二级结构均是以α-螺旋、β-折叠、螺环结构并存的混合型结构,都属于Cypx超家族。 展开更多
关键词 杜仲 C4H基因 cdna全长 序列特征
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凡纳滨对虾肌肉组织cDNA全长文库的构建 被引量:2
6
作者 熊建华 高永华 +2 位作者 马宁 盛小伟 陈晓汉 《南方农业学报》 CAS CSCD 2011年第1期86-89,共4页
【目的】为了在短期内获得大量凡纳滨对虾肌肉组织的功能基因表达信息,为深入了解功能基因在凡纳滨对虾肌肉组织中的表达提供分子生物学依据。【方法】通过构建凡纳滨对虾肌肉组织的全长cDNA文库,并进行EST测序分析。【结果】文库质量... 【目的】为了在短期内获得大量凡纳滨对虾肌肉组织的功能基因表达信息,为深入了解功能基因在凡纳滨对虾肌肉组织中的表达提供分子生物学依据。【方法】通过构建凡纳滨对虾肌肉组织的全长cDNA文库,并进行EST测序分析。【结果】文库质量分析表明,初始文库库容约8.50×106CFU,重组率在95%左右,插入片断大小为0.5~4.0kb,多数在1.0kb以上。随机测序72条cDNA,可得到有功能注释的37条全长cDNA和18条编码未知蛋白的基因序列。通过Gene Ontology功能分类可将有功能注释的37个基因分为蛋白质合成、细胞骨架、细胞信号传导、代谢、转运、能量、转录、抗病及防御、生殖发育和未知功能基因等10类,其中蛋白质合成类基因最多(27.03%),与细胞骨架(13.51%)、细胞信号传导(13.51%)及代谢类基因(13.51%)共占67.56%。【结论】构建凡纳滨对虾肌肉组织的全长cDNA文库,可实现短期内获得大量凡纳滨对虾肌肉组织的功能基因表达信息。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 肌肉组织 cdna全长文库 生长性状
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杜仲PAL基因cDNA全长序列特征分析 被引量:4
7
作者 李铁柱 杜红岩 刘慧敏 《经济林研究》 北大核心 2014年第1期40-44,共5页
苯丙素类化合物的合成过程中,苯丙氨酸解氨酶(PAL)是植物苯丙烷类合成的第1个关键酶。为了解杜仲苯丙氨酸解氨酶基因序列信息,为杜仲苯丙素类高效合成的分子调控提供科学依据,对杜仲PAL基因cDNA和基因组全长序列特征进行了系统的生物信... 苯丙素类化合物的合成过程中,苯丙氨酸解氨酶(PAL)是植物苯丙烷类合成的第1个关键酶。为了解杜仲苯丙氨酸解氨酶基因序列信息,为杜仲苯丙素类高效合成的分子调控提供科学依据,对杜仲PAL基因cDNA和基因组全长序列特征进行了系统的生物信息学分析。结果表明,杜仲的EuPAL1基因的全长cDNA,其长度为2 133 bp;该基因共编码711个aa,酶蛋白相对分子质量77.14 kD,等电点6.24,属于稳定疏水性蛋白;编码蛋白二级结构是以α-螺旋和螺环结构为主的混合型结构,属于lyase-I-like蛋白超家族。 展开更多
关键词 杜仲 PAL基因 cdna全长 序列特征
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克隆新基因cDNA全长的策略和方法 被引量:13
8
作者 樊红 李钰 《国外医学(遗传学分册)》 CAS 2002年第1期11-13,共3页
克隆新基因及获得其 c DNA全长是现代生命科学中研究基因功能的重要前提。随着分子生物学技术的迅速发展 ,克隆新基因的技术也不断得到发展和完善 ,尤其是生物技术与信息技术的结合和应用 ,计算机克隆基因开始兴起。本文介绍几种近年常... 克隆新基因及获得其 c DNA全长是现代生命科学中研究基因功能的重要前提。随着分子生物学技术的迅速发展 ,克隆新基因的技术也不断得到发展和完善 ,尤其是生物技术与信息技术的结合和应用 ,计算机克隆基因开始兴起。本文介绍几种近年常用的克隆新基因 c DNA全长的方法。 展开更多
关键词 cdna文库 cdna全长 硅片克隆 DNA体外重组 基因克隆 核酸杂交技术
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西伯利亚鲟Sox17基因cDNA全长的克隆及其表达分析
9
作者 宋炜 陈芬芳 +3 位作者 张凤英 马春艳 赵明 马凌波 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2017年第6期629-639,共11页
采用RACE技术获得西伯利亚鲟(Acipenser baerii)Sox17基因cDNA全长,序列分析表明,西伯利亚鲟Sox17基因cDNA全长2 671 bp,包括588 bp的5'端非翻译区,901 bp的3'端非翻译区和编码393个氨基酸残基的1 183 bp开放阅读框。氨基酸序... 采用RACE技术获得西伯利亚鲟(Acipenser baerii)Sox17基因cDNA全长,序列分析表明,西伯利亚鲟Sox17基因cDNA全长2 671 bp,包括588 bp的5'端非翻译区,901 bp的3'端非翻译区和编码393个氨基酸残基的1 183 bp开放阅读框。氨基酸序列比对显示,该基因具较高的保守性,与塞内加尔多鳍鱼(Polypterus senegalus)的相似度最高为72%。系统进化分析表明,西伯利亚鲟与塞内加尔多鳍鱼聚为一支,且支持率为95%。以延伸因子efla(elongation factor 1-alpha)作为内参基因,对Sox17基因在西伯利亚鲟各组织的相对表达量进行分析,发现Sox17基因在不同组织中均有表达,但表达具有明显的组织差异性。在脑中表达量最高,而在肾、血液、眼、肠和胸鳍5个组织中表达量均较低。同时,Sox17基因在西伯利亚鲟不同发育时期均有表达,但表达具有一定的时间差异性。在宽神经板期的表达量高,相当于表达量最低点11日龄仔鱼的167倍。本研究为量化西伯利亚鲟胚胎发育分化过程中相关基因提供了参照工具,同时可为今后深入研究西伯利亚鲟Sox17在胚胎发育过程中的作用提供基础参考资料。 展开更多
关键词 西伯利亚鲟 Sox17 cdna全长 表达分析
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大黄鱼肌肉组织cDNA全长文库的构建及EST分析 被引量:4
10
作者 黄伟 薛良义 +1 位作者 李婷 杨斌 《台湾海峡》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期189-195,共7页
以大黄鱼肌肉组织为材料,利用Creator Smart cDNA Library Construction Kit构建了大黄鱼肌肉组织的全长cDNA文库.文库质量分析表明:cDNA文库容量不低于1.68×106cfu/mm3,重组率达96%,插入片断的平均长度大于1 000bp.随机挑取512个c... 以大黄鱼肌肉组织为材料,利用Creator Smart cDNA Library Construction Kit构建了大黄鱼肌肉组织的全长cDNA文库.文库质量分析表明:cDNA文库容量不低于1.68×106cfu/mm3,重组率达96%,插入片断的平均长度大于1 000bp.随机挑取512个cDNA克隆进行5’端测序,其中430条ESTs的长度大于100bp;并初步拼接得到了230个单基因簇(unigene),其中包括58个重叠群(contigs),172个单拷贝ESTs(singletons),冗余度为46.51%.经检索,35个ESTs在BLASTx上无明显的同源性(E值≤1.00×10-10),为新基因.195个ESTs与已报道的基因有较高的同源性;其中与能量相关基因的ESTs丰度最高,占总数的20.00%.蛋白质合成、细胞骨架和信号传导次之,比例分别为13.48%、12.17%、10.00%,其中包括高迁移率族蛋白B1、瘦素受体、β1-热激蛋白等.这些EST数据为进一步筛选和克隆大黄鱼肌肉特异性表达基因提供了平台. 展开更多
关键词 海洋生物学 大黄鱼 肌肉组织 cdna全长文库 表达序列标签(ESTs)
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白蜡虫蜡酯合酶基因cDNA全长克隆及原核表达 被引量:1
11
作者 刘博文 王雪庆 +4 位作者 孙涛 亓倩 于淑惠 杨璞 陈晓鸣 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2016年第4期610-614,共5页
白蜡虫(Ericerus pela)是我国特有的资源昆虫,泌蜡是白蜡虫二龄雄虫最为特化的性状[1]。白蜡虫分泌的白蜡在食品、医药、纺织等行业具有重要的经济价值[2]。白蜡的主要成分是26酸26酯[3],已有研究表明,蜡酯的生物合成在动植物中存在... 白蜡虫(Ericerus pela)是我国特有的资源昆虫,泌蜡是白蜡虫二龄雄虫最为特化的性状[1]。白蜡虫分泌的白蜡在食品、医药、纺织等行业具有重要的经济价值[2]。白蜡的主要成分是26酸26酯[3],已有研究表明,蜡酯的生物合成在动植物中存在保守途径[4]。蜡酯生物合成的第一步由脂酰辅酶A还原酶催化脂酰辅酶A转化为脂肪醇,第二步由蜡酯合酶(WS)催化脂肪醇和脂肪酸的酯化反应[5]。 展开更多
关键词 白蜡虫 蜡酯合酶 cdna全长基因 原核表达
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黄瓜花叶病毒西番莲分离物RNA3的cDNA全长克隆和序列分析 被引量:8
12
作者 王海河 谢联辉 林奇英 《福建农业大学学报》 CSCD 北大核心 2001年第2期191-198,共8页
采用 RT- PCR方法克隆了黄瓜花叶病毒西番莲致死分离物 ( CMV- PE)全长 RNA3.经核苷酸序列测定 ,明确 PE分离物 RNA3全长 2 2 16nt,含有 2个开放阅读框 ( ORF) ,其中 5'端的 ORF( 12 1- 963nt)编码2 79aa的 3a蛋白 ,3'端 ORF( 1... 采用 RT- PCR方法克隆了黄瓜花叶病毒西番莲致死分离物 ( CMV- PE)全长 RNA3.经核苷酸序列测定 ,明确 PE分离物 RNA3全长 2 2 16nt,含有 2个开放阅读框 ( ORF) ,其中 5'端的 ORF( 12 1- 963nt)编码2 79aa的 3a蛋白 ,3'端 ORF( 12 60 - 1916nt)编码 2 18aa的 CP蛋白 .5'端非编码区 ( NR)长 12 0 nt,基因间隔区 ( IR)长 2 96nt,3'端 NR区含 30 1个碱基 .PE分离物编码的 3a蛋白中最明显的特征是在 136- 141位有一个独特的 VWCL SS区域 .将 CMV- PE的 RNA3的核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列与同属 CMV亚组 I的其它分离物进行比较 ,发现症状相似的 CMV分离物的非编码区具有很高的序列同源性 。 展开更多
关键词 黄瓜花叶病毒 西番莲 分离物 RNA3 全长cdna克隆 序列分析
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小叶锦鸡儿转录因子CBF/DREB1 cDNA全长的克隆
13
作者 刘伟 刘贞 +3 位作者 杨冠宇 伊莉佳 李国婧 王瑞刚 《林业科技》 2013年第6期1-5,共5页
以旱生豆科植物小叶锦鸡儿为材料,利用RT-PCR和RACE方法克隆了CBF/DREB1基因cDNA全序列。结果表明:小叶锦鸡儿CBF/DREB1序列全长为1,022bp,包括565bp的开放阅读框(ORF),起始密码子为ATG,终止密码子为TAA,包括128bp的5'UTR、279bp的3... 以旱生豆科植物小叶锦鸡儿为材料,利用RT-PCR和RACE方法克隆了CBF/DREB1基因cDNA全序列。结果表明:小叶锦鸡儿CBF/DREB1序列全长为1,022bp,包括565bp的开放阅读框(ORF),起始密码子为ATG,终止密码子为TAA,包括128bp的5'UTR、279bp的3'UTR、加尾信号AATAAA和poly(A)12。 展开更多
关键词 小叶锦鸡儿 CBF DREB1 cdna全长序列 RACE
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诸氏鲻虾虎鱼卵黄蛋白原基因全长cDNA的克隆及表达 被引量:5
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作者 余露军 蔡磊 +3 位作者 李舸 陈小曲 陈琳 李建军 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期23-31,共9页
为了探讨诸氏鲻虾虎鱼(Mugilogobius chulae)卵黄蛋白原组织分布及17β-雌二醇(E2)暴露对雄性诸氏鲻虾虎鱼Vg的影响,作者采用RT-PCR、RACE方法克隆并分析了诸氏鲻虾虎鱼卵黄蛋白原(Vg)基因的全长cDNA序列,并对Vg在诸氏鲻虾虎鱼体内的组... 为了探讨诸氏鲻虾虎鱼(Mugilogobius chulae)卵黄蛋白原组织分布及17β-雌二醇(E2)暴露对雄性诸氏鲻虾虎鱼Vg的影响,作者采用RT-PCR、RACE方法克隆并分析了诸氏鲻虾虎鱼卵黄蛋白原(Vg)基因的全长cDNA序列,并对Vg在诸氏鲻虾虎鱼体内的组织表达分布及E2诱导后不同时间表达规律进行了研究。结果表明:获得的Vg cDNA序列全长5 067 bp,开放阅读框(ORF)含4 992 bp,编码1 663个氨基酸,含有信号肽、多丝氨酸区域,推测其编码氨基酸分子量为186.2 ku,等电点为9.31。荧光定量PCR结果显示,Vg在诸氏鲻虾虎鱼肝脏中表达量最高。E2诱导后,诸氏鲻虾虎鱼肝脏中Vg m RNA的表达量第1天达到小高峰,第3天达到高峰,第7天开始明显下降,第11天仍能维持较高水平。本研究成功克隆了诸氏鲻虾虎鱼Vg基因全长cDNA序列,诸氏鲻虾虎鱼肝脏是Vg主要合成场所,E2诱导雄性诸氏鲻虾虎鱼Vg的表达作为生物标志物用于近海环境雌激素类物质的检测具有良好的应用前景。 展开更多
关键词 诸氏鲻虾虎鱼(Mugilogobius chulae) 卵黄蛋白原 cdna全长 荧光定量PCR 17b-雌二醇
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应用SMART技术构建甘蔗叶片全长cDNA文库 被引量:1
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作者 张积森 黄金存 +2 位作者 叶冰莹 陈由强 陈如凯 《热带作物学报》 CSCD 2008年第6期684-689,共6页
以甘蔗(Sac charum officinarum Linn)为材料,利用SMART技术构建甘蔗叶片全长cDNA文库,从甘蔗叶片中提取总RNA并分离mRNA,用分离到的微量mRNA合成cDNA第1链,通过长距离PCR扩增得到足量的双链cDNA,同时比较了不同双链cDNA与载体的连接效... 以甘蔗(Sac charum officinarum Linn)为材料,利用SMART技术构建甘蔗叶片全长cDNA文库,从甘蔗叶片中提取总RNA并分离mRNA,用分离到的微量mRNA合成cDNA第1链,通过长距离PCR扩增得到足量的双链cDNA,同时比较了不同双链cDNA与载体的连接效率和转化效率。结果表明,所构建的甘蔗叶片cDNA文库库容和重组百分比分别是1.8×106个克隆和98.6%,插入片段长度主要集中在0.6~2.5 kb,平均插入片段长度约为1.2 kb。本研究为国内首次报道甘蔗全长cDNA文库,所构建的文库拥有较好的质量,为项目组进一步开展甘蔗功能基因组学研究提供了平台。 展开更多
关键词 甘蔗 cdna全长文库 SMART技术
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几种全长cDNA文库构建方法比较 被引量:47
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作者 毛新国 景蕊莲 +2 位作者 孔秀英 赵光耀 贾继增 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期865-873,共9页
全长cDNA文库是高效、大规模获得基因全序列信息的一条有效途径,尤其是对基因组庞大、近期内尚不能进行全基因组测序的生物来说,是一条开展功能基因组研究的重要途径。文章对几种全长cDNA文库的构建方法进行了概述,对各种方法的原理及... 全长cDNA文库是高效、大规模获得基因全序列信息的一条有效途径,尤其是对基因组庞大、近期内尚不能进行全基因组测序的生物来说,是一条开展功能基因组研究的重要途径。文章对几种全长cDNA文库的构建方法进行了概述,对各种方法的原理及优缺点做了分析、比较,并结合实验室的结果,重点介绍了Cap-trapper法在小麦全长cDNA文库中的应用及文库中全长基因比例判定方法。 展开更多
关键词 全长cdna文库 Cap-trapper法 Capture法 Oligo-capping法 Cap-jumping法 SMART法
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与绵羊KAP6-1相似的6个绒山羊全长cDNA的克隆与序列分析 被引量:37
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作者 尹俊 扈庭茂 +3 位作者 李金泉 张春兰 郭志成 周欢敏 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第5期502-507,共6页
用SMARTTM技术构建了绒山羊体侧部皮肤组织的cDNA文库 ,随机挑选克隆提取质粒 ,用M13正向测序引物对插入片段进行测序 ,得到 6 36个cDNA序列。与GenBank数据库比对 ,有 4 1个序列与绵羊角蛋白关联蛋白(KeratinAssociatedProtein ,KAP6 ... 用SMARTTM技术构建了绒山羊体侧部皮肤组织的cDNA文库 ,随机挑选克隆提取质粒 ,用M13正向测序引物对插入片段进行测序 ,得到 6 36个cDNA序列。与GenBank数据库比对 ,有 4 1个序列与绵羊角蛋白关联蛋白(KeratinAssociatedProtein ,KAP6 1)cDNA高度同源。 4 1个序列可归为 6个不同的cDNA ,GenBank登陆号分别为AY310 74 9、AY310 75 0、AY310 75 1、AY310 75 2、AY310 75 3和AY310 75 4。与绵羊KAP6 1基因组基因比较 ,推测这 6个序列为全长cDNA ,分别为编码 82、84、71、71、83和 83个氨基酸的碱性蛋白质 ,甘氨酸和酪氨酸的含量大于 6 0 % ,它们之间核苷酸序列的一致性大于 5 5 4 % ,读码框氨基酸序列的一致性大于 79 8%。与其他物种KAP6s比较 ,绒山羊的 6个cDNA和绵羊的KAP6 1cDNA的序列一致性最高 ,为 81 9%~ 98 8% ,不同物种KAP6 1之间氨基酸序列一致性大于 5 0 %。 展开更多
关键词 绒山羊 KAP6-1 全长cdna
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油茶SAD基因的全长cDNA克隆及生物信息学分析 被引量:42
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作者 张党权 谭晓风 +4 位作者 陈鸿鹏 曾艳玲 蒋瑶 李魏 胡芳名 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第2期155-159,共5页
As a high-grade edible oil tree native in China,tea-oil tree(Camellia oleifera)has the oil-yielded rate of about 55% from its kernel.The recent researches suggested that tea-oil would be one of the best vegetable oils... As a high-grade edible oil tree native in China,tea-oil tree(Camellia oleifera)has the oil-yielded rate of about 55% from its kernel.The recent researches suggested that tea-oil would be one of the best vegetable oils,and even be better than olive oil with its abundant unsaturated fatty acids including 82.6% oleic acid.Stearoyl-ACP desaturase(SAD)is a key enzyme that catalyzes saturated fatty acids(C18∶0)bonded to ACP(Acyl carrier protein)and dehydrogenates the fatty acids into oleic acids,and hence controls the content of oleic acid and the proportion between saturated fatty acids and unsaturated fatty acids.With our previous acquisition of three cDNAs and ESTs of C.oleifera SAD(CoSAD)gene,5’RACE technology was used to obtain the full-length cDNA of CoSAD gene from the nearly matured C.oleifera seed.The comprehensive bioinformatic analyses including sequence characteristics of DNA and amino acid,multi-sequence aligning,identity and homology,molecular clustering,protein physicochemical properties,and protein structural prediction and characteristics were performed.The results may provide the theoretical and material elements for application of CoSAD gene and genetic improvement on other oil plants. 展开更多
关键词 油茶 硬脂酰-ACP脱饱和酶(SAD) 油酸 全长cdna 生物信息学
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庚型肝炎病毒基因组全长cDNA的拼接及克隆 被引量:13
19
作者 朱分禄 戚中田 +2 位作者 任浩 宋燕斌 邵力 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第4期301-306,共6页
目的:构建GB病毒C/庚型肝炎病毒(GBV-C/HGV)基因组全长cDNA克隆。方法:以覆盖GBV-C/HGV分离株HGV-Iw全长基因组且互相重叠的5个基因片段Iw5,Iwq2,Iwh6,Iw3和Iw3为起始材料... 目的:构建GB病毒C/庚型肝炎病毒(GBV-C/HGV)基因组全长cDNA克隆。方法:以覆盖GBV-C/HGV分离株HGV-Iw全长基因组且互相重叠的5个基因片段Iw5,Iwq2,Iwh6,Iw3和Iw3为起始材料,采用重叠延伸PCR拼接和连接酶连接的方法,构建GBV-C/HGV基因组全长cDNA克隆。结果:GBV-C/HGV基因组全长cDNA克隆的酶切图谱与预期一致;核苷酸序列分析显示,克隆的GBV-C/HGV基因组全长cDNA的核苷酸及推测的氨基酸序列与原HGV-Iw序列一致。结论:GBV-C/HGV基因组全长cDNA的克隆已经构建成功。该克隆的构建,为深入研究GBV-C/HGV的致病性及致病机制、复制及转录和翻译机制。 展开更多
关键词 全长cdna 拼接 克隆 庚型肝炎病毒 基因组
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中国对虾蜕皮抑制激素全长cDNA的克隆及序列分析 被引量:19
20
作者 王在照 焦传珍 +1 位作者 张晓军 相建海 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第2期128-134,共7页
对虾的蜕皮活动由蜕皮抑制激素和蜕皮激素调控 ,蜕皮抑制激素是甲壳动物CHH家族神经肽的成员之一 ,通过抑制Y器官蜕皮激素的合成而调节蜕皮。以中国对虾 (Fennropenaeuschinensis)眼柄总RNA为材料 ,采用cDNA末端快速扩增 (RACE)方法 ,... 对虾的蜕皮活动由蜕皮抑制激素和蜕皮激素调控 ,蜕皮抑制激素是甲壳动物CHH家族神经肽的成员之一 ,通过抑制Y器官蜕皮激素的合成而调节蜕皮。以中国对虾 (Fennropenaeuschinensis)眼柄总RNA为材料 ,采用cDNA末端快速扩增 (RACE)方法 ,首次得到蜕皮抑制激素的全长cDNA (GenBank登录号 :AF4 6 9187)。该全长cDNA大小为 6 97bp ,是由 32 0bp的 3′RACE产物和 4 6 8bp的 5′RACE产物拼接而成。Blast搜索结果显示 ,该全长cDNA与甲壳动物的MIH基因序列具有较高的相似性 ;用ClustalX进行多序列比较结果表明 ,由该全长cDNA推导的氨基酸序列与对虾类的MIH的氨基酸序列同源性最高 ,其中与日本对虾、斑节对虾、刀额新对虾MIH的同源性分别为95 1%、83 1%、79 1%。根据以上数据 ,推断该 6 97bp的全长cDNA为编码中国对虾MIH前体的cDNA。进一步序列分析表明 ,编码中国对虾MIH前体cDNA包括 312bp的开放阅读框、81bp的 3′UTR和 30 2bp的 5′UTR ;编码 10 3个氨基酸的MIH前体分子包括信号肽和成熟肽 ,信号肽由 2 8个氨基酸组成 ,成熟肽由 75个氨基酸组成 ,成熟肽中6个半胱氨酸非常保守。 展开更多
关键词 中国对虾 蜕皮抑制激素 全长cdna 克隆 序列分析
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