人源肺细胞cDNA文库构建及与流感病毒NP互作宿主蛋白的筛选

【目的】构建肺组织细胞Calu-3及A549的高质量酵母cDNA文库并筛选与流感病毒NP蛋白相互作用的宿主因子,为深入研究流感病毒NP蛋白功能、病毒复制及致病机制奠定基础。【方法】提取等量Calu-3及A549细胞的总RNA,混合后反转录生成cDNA,利用长距离PCR（LD-PCR）扩增合成dscDNA,用CHROMA SPINTM＋TE-400纯化柱纯化dsDNA,按照Clontech公司的Make Your Own＂Mate＆Plate＂Library System操作程序,将带有同源臂的dscDNA与线性化p GADT7-Rec共同转化Y187酵母感受态细胞,涂布SD/-Leu平板后于30℃培养4d左右,收集所有菌落,混匀分装即为Calu-3和A549细胞cDNA的酵母文库,并对文库库容、滴度及多样性进行分析。利用Eco RⅠ和Bam HⅠ双酶切将A/Auhui/2/2005（H5N1）NP定向插入pGBKT7载体,构建高致病性流感病毒NP的诱饵质粒p GBKT7-NP,经验证该质粒无自激活活性,并进一步采用构建完成的Calu-3/A549细胞酵母文库进行杂交筛选,筛选得到的正确阅读的猎物质粒与诱饵质粒共转Y2H Gold酵母菌,分别以BD-P53/AD-T7作为阳性对照和BD-Lam/AD-T7作为阴性对照,挑取最终在SD/-Trp/-Leu/-Ade/-His/X-α-gal/Aro A（SD/-4/X/A）固体培养板上生长良好且变蓝的菌落,即为候选与目标蛋白互作阳性的蛋白,提取酵母质粒,进行测序分析、序列比对和Gene Ontology分析。【结果】提取两种细胞RNA 28S与18S条带清晰,5S条带暗淡,表明所提RNA质量较高,基本无降解;对提取的RNA反转录纯化获得dscDNA,dscDNA条带呈弥散状,片段大小分布于500—2 000bp之间,说明不同丰度及大小的RNA均成功反转录;构建的dscDNA文库库容为1.5×10^7,滴度为2.2×10^8cfu/m L,重组率为88%,PCR鉴定文库插入片段,条带大小不一、多样性好;利用诱饵质粒与文库进行双杂交筛选,回交验证后得到11个与NP蛋白互作的宿主因子。经Gene Ontology分析显示,11个宿主因子参与的生物过程包括：细胞凋亡、胚胎发育、可变剪接、转录调节及细胞增殖等;涉及的分子功能包括：GTP结合活性、金属离子结合活性、DNA结合活性及转录因子活性。【结论】成功构建同时含有Calu-3和A549两种人源肺细胞cDNA的酵母文库,文库覆盖cDNA更全面,为后期筛选与流感病毒其它蛋白互作的宿主蛋白奠定基础,筛选得到与NP蛋白存在相互作用的宿主因子为进一步深入研究NP功能提供了可靠的前期数据。

杉木茎段皮层cDNA文库构建及EST分析

在利用ZAP Express cDNA试剂盒构建杉木茎段皮层cDNA文库,随机测序共获得1119条有效序列。利用Sequencher 2.0 Demo软件对EST进行聚类分析与拼接,共获得354个非重复序列(UniGenes),其中包括129个重叠群(contigs)(占36.44%)和225个独立ESTs(singletons)(占63.56%)。BlastX比对发现仅有16.4%UniGenes和数据库中至少1条序列是高度相似、19.8%为中度相似、14.1%低度相似,而有近50%在数据库中无匹配序列。基因注释发现文库中表达量较高的特征基因有ARP(auxin-repressed protein)、金属硫因蛋白(metallothionein-like protein,MT)、bZIP转录因子。其中ARP(auxin-repressed protein)是值得关注的基因片段,它可能与杉木分枝及茎的伸长有关。

具有不同抗螨特性的东方蜜蜂cDNA文库构建和CSP3基因CDs序列分析

本研究旨在分析不同抗螨特性的东方蜜蜂的CSP3基因的CDs序列的差异,以寻找与抗螨相关的基因。根据NCBI数据库中西方蜜蜂(Apis mellifera L.)CSP3(Chemosensory protein 3)基因的mRNA序列设计引物,以cDNA文库为模板克隆并测序获得CSP3基因的CDs序列。结果显示:东方蜜蜂感螨组和对照组在153位点存在碱基变异(A→G),该位点的变异为无义突变;东西方蜜蜂在54、164、279、284 bp位点存在着G→A(V→I)、A→T(E→D)、T→A(S→T)、G→C(E→D)的差异,西方蜜蜂在112 bp位点的gat碱基缺失导致编码氨基酸缺少1个丝氨酸,体现了两者在物种上的差别。CSP3基因CDs序列的差异与蜜蜂抗螨性能的相关性有待于进一步研究。

cDNA文库构建策略及其在盐生植物中的应用

构建各种cDNA文库是目前发现新基因的基本策略,同时也是功能基因组学研究的一个主要方法。cDNA文库主要包括cDNA全长文库、cDNA差减文库和cDNA均一化文库等类型,各种文库的原理、构建方法和适用范围都有很大的不同。近年来,通过构建各种cDNA文库、获得大规模高质量EST数据库,并在此基础上分离克隆抗逆相关基因已经成为研究植物耐盐机理的重要途径。旨在对cDNA文库的主要类型及其构建策略,以及cDNA文库在盐生植物新基因筛选中的应用进行综合论述,并对植物耐盐机制的研究提出了展望。

春大豆花芽cDNA文库的构建及质量分析

【目的】为了解大豆多荚、多粒相关基因的调控机制，构建了大豆花芽eDNA文库，根据要求初步鉴定了所构建文库的质量．【方法】以大豆吉农18突变体的幼嫩花芽为材料提取总RNA，采用SMART技术合成双链cDNA．经蛋白酶K的消化及靳I酶切后，将所得eDNA克隆到λTriplEx质粒载体中，成功构建了大豆花芽全长cDNA文库．【结果和结论】将初始文库经扩增后保存，检测扩增文库滴度为2．13×10^8pfu／mL，重组率接近95．3％，菌落PCR鉴定插入片段主要分布在0．5～2．0kb．插入片段平均大小在1．0kb左右．表明本研究所构建的文库既满足了目的基因的分离筛选，又可保证全长eDNA文库的获得，该文库的构建为进一步开展相关基因的克隆及分子生物学研究奠定基础．

小粒野生稻酵母双杂交cDNA文库的构建

采用酵母双杂交系统,利用SMART技术,在酵母菌株AH109中构建了小粒野生稻全长cDNA文库,文库容量约为1×106,插入片段平均大小约为640bp。该文库可以用于进一步的酵母双杂交筛选。

受瓜类褪绿黄化病毒侵染的甜瓜茎叶酵母双杂交cDNA文库构建

瓜类褪绿黄化病毒(Cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV)属于长线形病毒科Closteroviridae毛形病毒属Crinivirus,基因组由2条正义单链RNA构成,RNA1基因组约8.6 kb,RNA2基因组约8 kb,作为2010年报道的新病毒[1],至今已在中国[2]、日本、苏丹[3]和黎巴嫩[4]等地发生。CCYV在黄瓜Cucumis sativus L.和甜瓜Cucumis melo L.叶片上引起典型的褪绿黄化症状,严重影响瓜类的产量和品质。目前关于CCYV的研究主要是病毒基因组序列以及病毒检测的报道。

微小牛蜱唾液腺cDNA文库的构建

从微小牛蜱唾液腺中提取RNA,纯化mRNA,合成双链cDNA,定向克隆到λSCREEN载体的两臂之间。用噬菌体蛋白包装产物对以上连接产物进行体外包装以形成完整的噬菌体,转染大肠埃希菌ER1647,构建成微小牛蜱唾液腺的cDNA表达文库。经测定,文库的库容量约为1.38×106PFU,重组率为100%,扩增后文库的滴度为2×109PFU/ml。用兔抗微小牛蜱唾液腺蛋白阳性血清,对文库进行初步免疫学筛选,获得一个细胞色素氧化酶第2亚基cDNA序列。将该基因序列与GenBank中的序列进行同源性比对,发现与已知的其他物种细胞色素氧化酶第2亚基的氨基酸序列同源性为60%～77%。微小牛蜱唾液腺cDNA表达文库构建成功。

微小隐孢子虫cDNA文库的构建与免疫学筛选

【目的】构建微小隐孢子虫cDNA文库,以筛选出可替代天然抗原用于诊断的重组抗原。【方法】首先纯化微小隐孢子虫卵囊,用Trizol Reagent提取总RNA,构建全长cDNA;分别用蛋白酶K与Sfi消化、酶切处理cDNA,采用Column Spin H-1000分离柱分离cDNA,连接λTriplEx2载体,构建cDNA文库。扩增cDNA文库,用兔抗微小隐孢子虫血清作探针对cDNA文库进行初筛和复筛,将复筛得到的阳性克隆连接PMD18-T载体,测序后进行序列比对。【结果】微小隐孢子虫cDNA文库噬菌斑插入片段长度为1.5kb左右,库容大于107。经过筛选共获得了20个微小隐孢子虫阳性克隆,测序后从中选出了4个主要免疫识别抗原蛋白,分别为MUCIN蛋白、乳酸脱氢酶、微管相关蛋白和子孢子抗原蛋白。【结论】成功构建了微小隐孢子虫cDNA文库,并筛选出了4个主要免疫识别抗原蛋白,为隐孢子虫的血清学诊断提供了重组抗原。

全长cDNA文库的构建方法

全长cDNA文库的构建是进行功能基因组研究的一种经济、快速、有效的途径,克服了传统cDNA文库的缺点,节省了基因克隆和功能鉴定的时间,促进了功能基因组的研究进程。目前有6种构建全长cDNA文库的方法,包括Oligo-Capping、CAPture、SMART、CAP-trapper、CapSelect、CAP-jumping。这几种方法在起始材料用量、文库构建技术、实验操作复杂程度和文库构建质量等方面构存在不同程度的优缺点,但综合比较而言,SMART和CAP-trapper这两种方法比较有实际应用价值。SMART法适于简单、快速地构建一般质量的cDNA文库,如果采用Little-cycleSMART和Large-sizeSMART这两种改进技术,所建文库质量也非常好;CAP-trapper法虽然对实验技术要求较高,实验过程复杂,但所建文库全长率高,冗余性低,建库效率高,是目前构建高质量文库最好的方法。

人牙乳头细胞cDNA文库的构建及初步筛选

人牙乳头细胞ｃＤＮＡ文库的构建及初步筛选赵大为①史俊南①金明②王方②肖明振①（第四军医大学①牙髓生物学实验室②分子生物学实验室）牙乳头细胞作为致密的胚胎性的间充质细胞，本身可分化为成牙本质细胞，在牙齿发育中起着重要调节作用。为筛选、分离和克隆牙本质特...

水稻小穗cDNA文库的构建

用蛋白酶K-苯酚法,从开花后7～14天的水稻小穗,抽提纯化出有生物学活性的总poly(A)^+RNA,在AMV逆转录酶作用下,将它反转录合成第一链cDNA,并在DNA聚合酶I和核酸酶SI作用下,合成双链cDNA。cDNA经甲基化修饰,通过EcoRI接头与表达型载体λgtll DNA连接,经离体包装构建出水稻开花后小穗cDNA文库。该文库的复杂度为2.4 ×10~6pfu,重组体的比率为14％。

低温诱导东乡野生稻幼苗期叶片cDNA文库的构建和鉴定

从8℃低温诱导的东乡野生稻幼叶中提取总RNA,以总RNA为模板,利用SMART技术合成第1链,再经LD-PCR扩增合成第2链后,将获得的双链cDNA与双元表达载体YPL3连接,重组质粒电转入大肠杆菌,成功构建了东乡野生稻cDNA文库。经测定,原始文库滴度平均为4.4×107cfu/mL,平均插入片段约1kb,重组率为100%,符合cDNA文库构建要求,为后续利用酵母功能互补技术筛选东乡野生稻有利基因奠定了基础。

CONSTRUCTION OF A cDNA LIBRARY OF HOST RECOGNITION KAIROMONE FOR TELENOMUS THEOPHILAE

Based on the kairomone from the accessory gland of female Bombyx mori elicting the parasitoid, Telenomus theophilae, to parasitize artifical beads. A cDNA expression library of enrich kairomone gene was constructed using mRNA rich secretory portion of the accessory glands of B. mori at the 9 day old of pupa. The titer of the unamplified library was 3.29×10 4 pfu/μL with a recombinant rate of 90.05%, and titer of amplified library was 1.56×10 7 pfu/μL. The inserted cDNA fragments of the library ranged from 0.5 to 8.0 kb and concentrated around the 2.5 kb, 1.1kb, and 0.75kb regions. All of the data suggest that the library has appropriate titer and high frequency kairomone gene fragments by using special developing stage and tissue of B. mori to extract mRNA. Directional cloning and λZiplox expression were help to clone the kairomone gene with immunoscreening.