41条牦牛CDS序列的密码子偏好性分析

密码子简并性特征造成了不同物种密码子使用偏好性不同.在对牦牛功能基因组学研究的基础上,利用EMBOSS中的CUSP程序、SMS2中的CodonUsage程序和软件Codonw对牦牛功能基因的41条CDS序列进行了密码子偏好性的分析,并与人、普通牛、猪等物种进行了比较基因组学研究.结果显示:TTC、TTG、CTC、CTG、ATT、GGA、GGG等27个密码子为牦牛的偏好性密码子.研究结果为以后进一步开展牦牛新基因的发现、功能基因表达调控研究、蛋白质结构和功能的预测以、与其他牛种的比较基因组举研究以及牦牛分子标记育种等工作.提供了理论基础.

东北马鹿ELK1基因CDS序列克隆及其生物信息学分析

为探究东北马鹿ELK1基因CDS序列信息,试验进行了mRNA反转录、CDS序列扩增,测定ELK1基因CDS序列,克隆并构建蛋白表达载体,利用生物信息学方法对该基因编码的蛋白质结构及理化性质等进行了预测与分析。结果表明:东北马鹿ELK1基因转录产物CDS序列全长为1323 bp(GenBank登录号为ON212657),编码440个氨基酸,分子量为46200.42 u。核酸序列具有进化保守性,与牛ELK1基因同源性最高,为97.99%。ELK1多肽链具有亲水性,没有分泌信号肽结构,等电点为5.81,蛋白质为不稳定蛋白。ELK1蛋白的二级结构由无规则卷曲、α-螺旋、延伸链、β-折叠组成,存在ETS DNA结合域,亚细胞定位于细胞核。

河流型水牛热休克蛋白70(HSP70)基因CDS序列的多态性分析

为了研究河流型水牛HSP70基因CDS序列的多态性,试验首先从摩拉水牛、尼里/拉菲水牛、槟榔江水牛、地中海水牛冷冻精液中抽提基因组DNA,以基因组DNA为模板扩增获得河流型水牛HSP70基因,对其进行基因克隆,测序,序列分析;其次对26头摩拉水牛、43头尼里/拉菲水牛HSP70基因CDS序列进行测序、高分辨率熔解曲线检测分析。结果显示:河流型水牛的HSP70基因CDS序列长度为1927bp,4个品种HSP70基因CDS序列相似度高达99%以上;摩拉、尼里/拉菲种公牛HSP70基因CDS序列存在相同的SNP位点,分别是C602T、A708T、A1284G,并产生不同的基因型。摩拉公牛HSP70基因CDs区602bp位点、尼里/拉菲602bp位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态。试验结果说明了HSP70基因在进化上具有高度保守性,但在同一群体中存在多态性。

原核生物基因组的CDS与ORF序列的几点分析

基因组的开放阅读框(ORF)是基因识别与基因组分析的基础,有多种软件包给出了它们的生成算法,但结果与指标并不统一.本文给出了po-MORF的定义与它的生成算法,证明了由基因组所确定的po-MORF集合的存在与唯一性,并由该生成算法可以得到全部po-MORF序列.我们还比较了若干原核生物基因组中所有CDS与po-MORF序列的相互关系,并讨论了关于基因识别中的有关问题.

人CD34分化抗原转录调控序列的克隆与调控表达

目的 :克隆有特异调控活性的人CD34基因 5′端转录调控序列。方法 :根据已知的CD34抗原基因 5′ 端启动子调控序列 ,自行设计 2对引物 ,用巢式 PCR方法从染色体DNA中成功的克隆 6 6 1bp长度的CD34抗原转录调控序列 (CD34TRS) ,CD34TRS片段插入启动子报告质粒 pEGFP 1,观察重组质粒pCD34EGFP在造血系细胞和非造血系细胞中的调控表达作用。结果 :经限制性内切酶酶切鉴定及DNA序列分析证实 ,克隆的CD34启动子序列与文献报道的顺序基本一致 ,能特异调控EGFP基因在造血细胞系细胞K5 6 2中表达。结论 :所克隆的人CD34分化抗原转录调控序列有特异调控真核基因表达作用 ,本研究为构建造血干细胞特异性表达载体奠定了基础。

黑鲷、真鲷及其杂交子代基因编码区微卫星序列及密码子偏好性分析

本研究采用生物信息学方法分析比较了黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区(Codingsequence,CDS)中微卫星序列(简单重复序列,SSR)的分布规律及密码子偏好性。结果表明:(1)黑鲷、真鲷及其两种杂交子代微卫星序列均以三碱基重复类型为主,其次为二碱基重复,片段长度大多数在12 20bp之间。(2)黑鲷与反交(黑鲷♀×真鲷♂)在三、五碱基中优势基元类型相同,真鲷与正交(真鲷♀×黑鲷♂)在三碱基中优势基元类型相同,而黑鲷与正交在四碱基中优势基元类型相同。(3)UUC、UAC等28个密码子为黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区的偏好性密码子,偏爱使用以C或G结尾的密码子,且第三位密码子碱基的GC含量(GC3s)均高于基因编码区平均GC含量。(4)真鲷与正交的密码子使用的偏好性相似,一定程度上说明黑鲷、真鲷杂交子代偏母系遗传。分析结果将为研究鲷科鱼类微卫星标记、研究其群体遗传多样性、构建转基因表达系统和开展分子遗传育种提供理论基础。

类镉等电子序列Nd -Sm ⅩⅤ离子n=5complex能级与跃迁谱线研究

用HFR方法对类镉等电子序列IⅥ-SmⅩⅤ离子5s2,5p2,5s5d,5s5p组态能级结构进行系统的理论计算。在已有实验研究的基础上,通过分析各能级值的HFR理论计算值与相应实验值之差随着Zc沿等电子序列的变化规律,找出用于最小二乘拟合(LSF)计算的半经验拟合公式,结合设计的FORTRAN程序,预言出Nd-SmⅩⅤ离子n=5complex中至今还没有实验值的部分能级,能级的计算结果与已有实验值吻合得很好,同时给出了5s2—5s5p,5s5p—5p2,5s5p—5s5d跃迁谱线波长和跃迁概率。

5种文蛤属贝类线粒体基因密码子偏好性分析

为揭示文蛤属贝类线粒体基因组CDS序列密码子偏好性,采用CodonW、Excel 2007、SPSS 16.0和MEGA 5.0等软件对文蛤(Meretrix meretrix)、斧文蛤(M.lamarckii)、丽文蛤(M.lusoria)、短文蛤(M.petechialis)以及皱肋文蛤(M.lyrata)5种文蛤属贝类,并以青蛤(Cyclina sinensis)为参照进行分析。结果表明:文蛤属贝类线粒体基因组偏爱使用U结尾的密码子,使用频率最高的是UCU,其次是ACU,而对C结尾的密码子使用频率最低。5种文蛤属贝类密码子的偏好性反映出了彼此的亲缘关系,即文蛤与短文蛤亲缘关系最近,其次是丽文蛤,与皱肋文蛤和斧文蛤的关系较远,与青蛤关系最远。

非共现数据的二元化加权转化算法

面向范畴数据的序列化信息瓶颈算法(CD-sIB)假设数据各个属性特征对二元化转化的贡献均匀,从而影响转化效果.文中提出二元化加权转化方法来反映非共现数据的特征.该方法通过突出非共现数据的代表性属性,从抑制非代表性(冗余)属性,从而获取最佳共现表示.文中提出随机分布数据的适用性和计算方法的无监督性两个非共现加权原则,并基于加权粒度概念构造二元化加权转化算法.实验结果表明,文中算法的聚类精度优于其它算法.

山羊EDNRA基因编码区克隆与组织表达规律分析

【目的】旨在探究EDNRA基因在山羊心脏、肝、脾、肺、肾、大脑、网膜脂肪组织中的表达情况。【方法】采用克隆、测序的方法得到山羊EDNRA基因CDS全长的碱基序列,用生物信息学软件进行序列分析、亲水性/疏水性分析、潜在的信号肽位点分析、亚细胞定位分析、蛋白质的二级结构和三级结构预测及系统进化树分析,最后采用实时荧光定量PCR(qPCR)测定EDNRA基因在山羊心脏、肝、脾、肺、肾、大脑、网膜脂肪组织中mRNA的表达量。【结果】成功克隆了EDNRA的CDS序列,得到山羊EDNRA基因包含一个1 284 bp的最长开放阅读框。该序列编码427个氨基酸,含信号肽序列(第1到第20位氨基酸)以及7型跨膜受体同系物结构域。基因编码产物具有疏水性,属分泌蛋白,有35个磷酸化修饰位点。二级结构主要为α-螺旋。系统进化树分析表明,山羊EDNRA基因和绵羊、牛以及野牛的亲缘关系较近。qPCR结果表明,山羊EDNRA基因在心脏中的表达量最高,在肝、脾、肾、大脑、网膜组织中的表达量较低,而在肺中表达最少。【结论】EDNRA可能在心脏行使功能过程中发挥重要作用。