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CENPF基因在肾透明细胞癌组织中的表达及临床意义
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作者 廉明哲 黄晋徐 洪清楚 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1671-1676,共6页
目的:探究CENPF在肾透明细胞癌(KIRC)中的表达及临床意义。方法:利用UALCAN和HPA数据库分析CENPF在KIRC与癌旁组织中的表达差异;通过GEPIA数据库分析CENPF基因与KIRC患者临床病理学参数及预后的关系;通过TIMER数据库分析CENPF与KIRC免... 目的:探究CENPF在肾透明细胞癌(KIRC)中的表达及临床意义。方法:利用UALCAN和HPA数据库分析CENPF在KIRC与癌旁组织中的表达差异;通过GEPIA数据库分析CENPF基因与KIRC患者临床病理学参数及预后的关系;通过TIMER数据库分析CENPF与KIRC免疫浸润水平的关系;基于UALCAN数据库调取TCGA数据库中KIRC患者CENPF的共表达基因,并进行GO聚类分析和KEGG分析。通过转染siRNA干扰ACHN和786-O细胞中CENPF的表达并通过RT-PCR和Western blot方法进行验证。采用CCK-8、Transwell和细胞克隆形成实验探究CENPF在肾癌细胞系中下调表达后对ACHN和786-O细胞的增殖、迁移和细胞克隆形成能力的影响。结果:根据数据库显示在KIRC患者中CENPF的表达显著增加。CENPF高表达与总体存活率(OS)和无病存活率(DFS)呈负相关。KIRC患者中CENPF表达量与其肿瘤微环境中的肿瘤细胞纯度、巨噬细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、中性粒细胞和树突状细胞表达丰度呈显著正相关;相关功能网络分析表明CENPF可能通过调控细胞周期、细胞有丝分裂和DNA修复等途径参与KIRC发生。此外,CENPF的mRNA表达在肾癌细胞系中也有增加。CCK-8实验表明CENPF基因沉默抑制ACHN和786-O细胞增殖。Transwell实验结果表明,CENPF基因沉默对KIRC细胞迁移能力有明显影响。细胞克隆形成实验结果表明,干扰CENPF基因表达抑制了786-O细胞的克隆形成能力。结论:本研究表明CENPF在KIRC进展中起关键作用。CENPF作为KIRC的预后指标和潜在靶点具有前瞻性的临床意义。 展开更多
关键词 cenpf 肾透明细胞癌 细胞增殖 免疫浸润
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CENPF在有丝分裂及肿瘤发生中的研究进展 被引量:4
2
作者 周成杰 韩哲 +1 位作者 王星月 梁成光 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2021年第1期104-112,共9页
对于有丝分裂和减数分裂而言,着丝粒是不可或缺的重要功能元件。近几年的研究表明,着丝粒蛋白F(Centromere Protein F,CENPF)是细胞周期调控的关键蛋白。CENPF是一种分子量为367kDa的核定位蛋白,它在有丝分裂前期开始增加,在有丝分裂期... 对于有丝分裂和减数分裂而言,着丝粒是不可或缺的重要功能元件。近几年的研究表明,着丝粒蛋白F(Centromere Protein F,CENPF)是细胞周期调控的关键蛋白。CENPF是一种分子量为367kDa的核定位蛋白,它在有丝分裂前期开始增加,在有丝分裂期定位于动粒,末期开始迅速降解。CENPF缺失会造成有丝分裂缺陷,包括纺锤体无法正常组装、染色体非正常排列和分离,甚至细胞死亡。同时,CENPF可能与纺锤体组装检验点(Spindle Assembly Checkpoint,SAC)的活性有关。CENPF功能的发挥取决于法尼基化修饰,CENPF的过表达则可能导致肿瘤的发生,通过法尼基转移酶抑制剂(Farnesyltransferase Inhibitor,FTI)处理细胞则会抑制肿瘤细胞的增殖。同时,CENPF对小鼠早期胚胎的发育也具有重要的调控作用。对近些年CENPF的研究进展进行了综述,并提出了尚待解决的关键问题,希望可以为后续的研究提供一些思路。 展开更多
关键词 cenpf 有丝分裂 法尼基化 肿瘤发生
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使用GEO数据集分析CENPF在膀胱癌中的表达及临床意义 被引量:6
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作者 晏鑫 郭梓鑫 +4 位作者 袁佳仪 蒋佳志 毕娅琼 李洁莉 李胜 《现代泌尿生殖肿瘤杂志》 2017年第6期338-342,共5页
目的探讨着丝粒蛋白F(centromere protein F,CENPF)在膀胱癌中的表达情况,并进一步探索其与膀胱癌临床病理特征的关系,评价CENPF对膀胱癌患者治疗预后的意义,预测CENPF推动膀胱癌发生和发展的机制。方法从NCBI的基因表达汇编(gene expre... 目的探讨着丝粒蛋白F(centromere protein F,CENPF)在膀胱癌中的表达情况,并进一步探索其与膀胱癌临床病理特征的关系,评价CENPF对膀胱癌患者治疗预后的意义,预测CENPF推动膀胱癌发生和发展的机制。方法从NCBI的基因表达汇编(gene expression omnibus,GEO)数据库收集膀胱肿瘤相关的公共数据集,对表达谱资料及临床信息进行分析;利用基因富集分析方法,分析受CENPF调控的相关基因。结果 CENPF在膀胱癌组织中为高表达(P<0.000 1);在不同性别、疾病进程、分级、T分期、N分期、是否全身化疗的膀胱癌患者中,CENPF的表达均有显著性差异(P<0.05);CENPF的表达与膀胱癌患者术后的总体生存和复发相关(P<0.05);CENPF高表达样本富集了与G2M检查点、有丝分裂纺锤体、E2F转录因子、DNA修复因子、癌基因MYC有关的基因集。结论 CENPF在膀胱癌中为高表达,与膀胱癌多个病理性指标相关,且可能作为潜在的判断膀胱癌患者预后的标志物和治疗肿瘤的靶标。 展开更多
关键词 膀胱癌 cenpf 病理 预后
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肝细胞肝癌中CENPF的表达及临床意义 被引量:5
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作者 李丹 黄育刚 汤显斌 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期1115-1118,共4页
目的探讨CENPF在肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及临床意义。方法基于GEO数据库、TCGA、Oncomine平台及临床HCC样本探索CENPF基因在HCC中的表达情况,运用GEPIA平台绘制患者生存曲线;基于TCGA数据库,采用GSEA软件分析... 目的探讨CENPF在肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及临床意义。方法基于GEO数据库、TCGA、Oncomine平台及临床HCC样本探索CENPF基因在HCC中的表达情况,运用GEPIA平台绘制患者生存曲线;基于TCGA数据库,采用GSEA软件分析CENPF表达相关的潜在信号通路。结果与正常肝组织相比,HCC组织中CENPF基因呈高表达(P<0.001)。CENPF表达与HCC临床分级、病理分期呈正相关,与HCC患者总生存期、无疾病进展生存期呈负相关(P<0.01)。根据GSEA富集分析,CENPF与MAPK信号途径及细胞周期中G2/M期的转换密切相关。结论HCC中CENPF表达显著高于对应正常肝组织和癌旁组织,且与患者预后呈负相关,提示CENPF可能通过MAPK信号途径调控细胞周期来参与HCC的发生、发展。 展开更多
关键词 肝细胞肝癌 cenpf 预后
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肾上腺皮质癌中CENPF基因的表达及对患者治疗和预后的影响 被引量:2
5
作者 王莉 李丹 +1 位作者 唐凯 黄育刚 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期925-930,共6页
目的 探讨着丝粒蛋白F(centromere protein F,CENPF)在肾上腺皮质癌(adrenocortical carcinoma,ACC)中的表达及临床意义。方法 采用免疫组化EnVision两步法检测ACC组织中CENPF蛋白的表达,并结合GEO数据库、GEPIA平台中CENPF mRNA的表达... 目的 探讨着丝粒蛋白F(centromere protein F,CENPF)在肾上腺皮质癌(adrenocortical carcinoma,ACC)中的表达及临床意义。方法 采用免疫组化EnVision两步法检测ACC组织中CENPF蛋白的表达,并结合GEO数据库、GEPIA平台中CENPF mRNA的表达信息,对CENPF在ACC中的表达及临床意义进行分析,绘制患者生存曲线。应用RNA干扰实验分析CENPF在ACC细胞系SW13中的潜在生物学行为。结果 在临床组织及肿瘤相关数据库中,与正常肾上腺皮质组织及肾上腺皮质腺瘤相比,CENPF在ACC中呈高表达(P<0.05)。CENPF表达量与ACC TNM分期呈显著正相关(P=0.000 174),与ACC患者的总生存期、无进展生存期呈显著负相关(HR=8.88、4.12,P均<0.001),且CENPF可能是ACC患者的独立预后因素(P<0.05)。RNA干扰实验表明,下调CENPF表达可抑制SW13细胞的增殖、迁移能力(P均<0.05)。结论 CENPF在ACC组织中过表达,且与患者预后呈负相关,CENPF可能参与ACC的发生、发展。 展开更多
关键词 肾肿瘤 肾上腺皮质癌 cenpf 预后 治疗靶点
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CENPF通过上调ACKR3/CXCR7促进非小细胞肺癌EMT的研究
6
作者 顾彤 姜瑜珩 +4 位作者 丁姝 陈炜 罗超 于伟勇 陈小飞 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 2022年第12期1245-1251,共7页
目的探讨CENPF在非小细胞肺腺癌(LUAD)中的表达与患者临床预后的关系及其对肺腺癌细胞转移能力的影响。方法公共数据库分析CENPF在LUAD中的表达及其与患者预后的关系。免疫组织化学染色验证CENPF LUAD在组织芯片中的表达,Kaplan-Meier分... 目的探讨CENPF在非小细胞肺腺癌(LUAD)中的表达与患者临床预后的关系及其对肺腺癌细胞转移能力的影响。方法公共数据库分析CENPF在LUAD中的表达及其与患者预后的关系。免疫组织化学染色验证CENPF LUAD在组织芯片中的表达,Kaplan-Meier分析CENPF表达与肺腺癌患者预后的关系;Cox生存风险比例回归模型分析影响患者生存的因素;卡方分析CENPF表达与患者临床病理分期及分级的关系。慢病毒敲除NCI-H2126细胞中CENPF的表达,检测细胞增殖、侵袭及迁移能力的变化。RNA-seq检测CENPF敲除后细胞mRNA表达谱改变,生物信息学分析CENPF下游信号通路及靶基因,Western blot验证下游基因表达水平变化。结果CENPF在LUAD肿瘤组织中显著上调(P<0.05),与病理分期显著相关(P=0.013),表达越高患者预后越差(P=0.01,P=0.027)。敲除CENPF表达后,细胞增殖、迁移及侵袭能力均显著降低(P<0.01);RNA-seq富集分析显示细胞趋化因子通路基因表达改变富集显著(P<0.001);聚类差异分析则表明,ACKR3/CXCR7及CDH2/N-cadherin显著下调,CDH1/E-cadherin则显著上调;Western blot结果证实,敲除CENPF后,ACKR3/CXCR7及N-cadherin显著下调,E-cadherin则显著上调。结论CENPF的表达与LUAD患者临床预后呈负相关,其通过ACKR3/CXCR7调控与EMT相关的N-cadherin及E-cadherin的表达促进EMT的发生。 展开更多
关键词 人类着丝粒蛋白F 肺腺癌 ACKR3 上皮细胞间质转化 CXCR7
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非小细胞肺癌组织CENPF、KLF4表达与上皮-间质转化和预后的关系研究
7
作者 沈海 马路遥 +2 位作者 王强 李旦 秦建伟 《现代生物医学进展》 CAS 2023年第22期4252-4256,4229,共6页
目的:探讨非小细胞肺癌(NSCLC)组织中着丝粒蛋白F(CENPF)、Krüppel样因子4(KLF4)表达与上皮-间质转化(EMT)和预后的关系。方法:选取2017年1月至2019年12月期间于泰州市第四人民医院行手术切除的120例NSCLC患者的癌组织和距癌组织5c... 目的:探讨非小细胞肺癌(NSCLC)组织中着丝粒蛋白F(CENPF)、Krüppel样因子4(KLF4)表达与上皮-间质转化(EMT)和预后的关系。方法:选取2017年1月至2019年12月期间于泰州市第四人民医院行手术切除的120例NSCLC患者的癌组织和距癌组织5cm癌旁组织标本,采用免疫组织化学法和免疫印迹法检测癌组织和癌旁组织中CENPF、KLF4及ETM相关标志物[E-钙粘蛋白(E-cadherin)、波形蛋白(Vimentin)]的阳性表达率和表达量。采用Pearson检验分析CENPF、KLF4与EMT相关标志物的相关性,并分析CENPF、KLF4表达与NSCLC患者预后的关系。结果:NSCLC癌组织中CENPF、Vimentin的阳性表达率显著高于癌旁组织(均P<0.05),而KLF4、E-cadherin的阳性表达率均显著低于癌旁组织(均P<0.05)。NSCLC癌组织中CENPF与E-cadherin呈负相关,与Vimentin呈正相关(P<0.05);而KLF4与E-cadherin呈正相关,与Vimentin呈负相关(P<0.05)。NSCLC癌组织中CENPF、KLF4的阳性表达率与TNM分期和淋巴结转移有关(均P<0.05)。入组患者3年无病生存率(DFS)为60.00%。CENPF阳性表达的NSCLC患者3年DFS显著低于CENPF阴性表达患者(56.25%vs 75.00%,P=0.014),KLF4阳性表达的NSCLC患者3年DFS显著高于KLF4阴性表达患者(68.75%vs 54.17%,P=0.048)。结论:CENPF的高表达及KLF4的低表达可促进NSCLC的EMT发生、进展,并导致患者预后不良,CENPF和KLF4可辅助预测NSCLC患者的预后。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 cenpf KLF4 上皮-间质转化 预后
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N6-methyladenosine modification of CENPF mRNA facilitates gastric cancer metastasis via regulating FAK nuclear export 被引量:3
8
作者 Penghui Xu Jing Yang +5 位作者 Zetian Chen Xing Zhang Yiwen Xia Sen Wang Weizhi Wang Zekuan Xu 《Cancer Communications》 SCIE 2023年第6期685-705,共21页
Background:N6-methyladenosine(m^(6)A)modification is the most common modification that occurs in eukaryotes.Although substantial effort has been made in the prevention and treatment of gastric cancer(GC)in recent year... Background:N6-methyladenosine(m^(6)A)modification is the most common modification that occurs in eukaryotes.Although substantial effort has been made in the prevention and treatment of gastric cancer(GC)in recent years,the prognosis of GC patients remains unsatisfactory.The regulatory mechanism between m^(6)A modification and GC development needs to be elucidated.In this study,we examined m^(6)A modification and the downstream mechanism in GC.Methods:Dot blotting assays,The Cancer Genome Atlas analysis,and quantitative real‑time PCR(qRT-PCR)were used to measure the m^(6)A levels in GC tissues.Methylated RNA-immunoprecipitation sequencing and RNA sequencingwere performed to identify the targets ofm^(6)Amodification.Western blotting,Transwell,wound healing,and angiogenesis assays were conducted to examine the role of centromere protein F(CENPF)in GC in vitro.Xenograft,immunohistochemistry,and in vivo metastasis experiments were conducted to examine the role of CENPF in GC in vivo.Methylated RNA-immunoprecipitation-qPCR,RNA immunoprecipitation-qPCR and RNA pulldown assays were used to verify the m^(6)A modification sites of CENPF.Gain/loss-of-function and rescue experiments were conducted to determine the relationship between CENPF and the mitogen-activated protein kinase(MAPK)signaling pathway in GC cells.Coimmunoprecipitation,mass spectrometry,qRT-PCR,and immunofluorescence assays were performed to explore the proteins that interact with CENPF and elucidate the regulatory mechanisms between them.Results:CENPF was upregulated in GC and facilitated the metastasis of GC both in vitro and in vivo.Mechanistically,increasedm^(6)A modification of CENPF was mediated by methyltransferase 3,and this modified molecule could be recognized by heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2/B1(HNRNPA2B1),thereby promoting its mRNA stability.In addition,the metastatic phenotype of CENPF was dependent on the MAPK signaling pathway.Furthermore,CENPF could bind to FAK and promote its localization in the cytoplasm.Moreover,we discovered that high expression of CENPF was related to lymphatic invasion and overall survival in GC patients.Conclusions:Our findings revealed that increased m^(6)A modification of CENPF facilitates the metastasis and angiogenesis of GC through the CENPF/FAK/MAPK and epithelial-mesenchymal transition axis.CENPF expression was correlated with the clinical features of GC patients;therefore,CENPF may serve as a prognostic marker of GC. 展开更多
关键词 cenpf epithelial-mesenchymal transition FAK gastric cancer MAPK METASTASIS N6-methyladenosine
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CENPF促进肾透明细胞癌的增殖、迁移和侵袭
9
作者 廖文峰 王坤 +2 位作者 张振庭 陈旭升 姚欣 《南开大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期8-15,共8页
肾透明细胞癌(RCCC)是最常见的肾癌类型,以其高转移性、侵袭性和形态多样性而闻名.为了早期诊断和精确治疗,迫切需要更多的生物标志物和治疗靶点.着丝粒蛋白F(CENPF)是一种微管结合蛋白,也是细胞周期相关的核抗原.最近的研究表明,CENPF... 肾透明细胞癌(RCCC)是最常见的肾癌类型,以其高转移性、侵袭性和形态多样性而闻名.为了早期诊断和精确治疗,迫切需要更多的生物标志物和治疗靶点.着丝粒蛋白F(CENPF)是一种微管结合蛋白,也是细胞周期相关的核抗原.最近的研究表明,CENPF影响多种细胞过程,如有丝分裂和囊泡运输.CENPF对肿瘤进展和转移的广泛影响也已被揭示,然而,CENPF对肾癌,特别是RCCC的影响尚不清楚.本研究发现,CENPF在人RCCC组织中有明显的高表达,且其表达与RCCC患者的预后、肿瘤大小和肿瘤分期等临床病理特征相关.同时发现,CENPF能促进体外RCCC细胞的增殖、迁移和侵袭,并促进小鼠肿瘤的生长.因此,证实了CENPF参与RCCC的进展,并认为CENPF可以作为RCCC治疗的有希望的靶点. 展开更多
关键词 肾透明细胞癌 着丝粒蛋白F(cenpf) 增殖 迁移 侵袭 预后
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细胞周期相关蛋白CENPF促进卵巢癌细胞的恶性行为研究 被引量:1
10
作者 刘欣悦 张维娜 +4 位作者 郭丽 汤心慧 赵天南 张裕民 张萍 《中国计划生育和妇产科》 2022年第10期89-93,I0004,共6页
目的筛选卵巢癌中细胞周期相关核心靶点并研究其在卵巢癌发生发展中的功能和分子机制。方法通过在GEO数据库中搜索和整合细胞周期相关基因,结合TCGA数据库找到核心作用靶点即目的基因,Kaplan-Meier图的微阵列数据用于验证该靶点与生存... 目的筛选卵巢癌中细胞周期相关核心靶点并研究其在卵巢癌发生发展中的功能和分子机制。方法通过在GEO数据库中搜索和整合细胞周期相关基因,结合TCGA数据库找到核心作用靶点即目的基因,Kaplan-Meier图的微阵列数据用于验证该靶点与生存是否相关。然后通过蛋白质印迹验证沉默目的基因的表达,利用CCK-8法检测细胞活力,流式细胞术检测细胞周期分布,细胞划痕和Transwell实验检测细胞的迁移和侵袭能力。分析沉默目的基因后所参与的信号通路,通过蛋白质印迹从而验证该目的基因潜在的分子机制。结果CENPF在卵巢癌组织中表达明显上调,高CENPF mRNA表达与较差的生存率和较短的无进展生存期相关。蛋白质印迹验证CENPF在卵巢癌细胞中上调。功能实验表明,沉默CENPF可以抑制细胞增殖、侵袭、迁移以及阻滞细胞周期于G2/M期,且抑制PI3K、p-AKT/AKT、p-mTOR/mTOR的表达(P<0.05)。结论细胞周期相关蛋白CENPF可能通过PI3K/AKT/mTOR促进卵巢癌细胞的恶性行为。 展开更多
关键词 卵巢癌 细胞周期 着丝粒蛋白F(cenpf) PI3K/AKT/mTOR信号通路
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CENPF通过抑制Akt信号通路上调CLDN1表达抑制肺鳞癌转移的研究
11
作者 姜瑜珩 刘当云 +4 位作者 丁姝 朱子薇 罗超 陈炜 陈小飞 《中华转移性肿瘤杂志》 2022年第4期317-325,共9页
目的探讨CENPF在肺鳞癌组织中的表达与患者临床预后关系及其对肺鳞癌细胞侵袭、转移能力的影响。方法收集90例肺鳞癌患者180个组织样本点,含配对癌组织和癌旁组织。生物信息学分析筛选公共数据库中与肺鳞癌预后相关基因CENPF。组织芯片... 目的探讨CENPF在肺鳞癌组织中的表达与患者临床预后关系及其对肺鳞癌细胞侵袭、转移能力的影响。方法收集90例肺鳞癌患者180个组织样本点,含配对癌组织和癌旁组织。生物信息学分析筛选公共数据库中与肺鳞癌预后相关基因CENPF。组织芯片免疫组化验证CENPF表达,Cox风险分析影响患者生存的病理因素,CENPF表达与患者预后、临床病理分期及分级的关系。敲减SK-MES-1细胞中CENPF表达,检测细胞增殖、侵袭及迁移能力;RNA-seq检测mRNA表达谱分析下游信号通路及靶基因;验证基因表达及细胞信号通路激活。结果数据库及临床样本组化结果均证实CEPNF在肺鳞癌细胞中表达上调(t=7.821,P<0.001),并与肺鳞癌患者预后相关(χ^(2)=4.09,P<0.001),且CENPF与肺鳞癌患者N分期相关(χ^(2)=7.869,P=0.005)。敲减CENPF表达后,细胞增殖(t=5.319,P<0.01)及迁移(t=13.72,P<0.001)和侵袭能力(t=7.555,P<0.001)显著增强;RNA-seq显示细胞黏附分子通路基因表达改变显著(P<0.001)。Western blot及qPCR表明敲减CENPF后SK-MES-1细胞中CLDN1(Claudin-1)及E-cadherin表达显著下调,而N-cadherin则显著上调(均P<0.05);Akt激活水平显著升高,且抑制Akt激活后CLDN1表达下调则被消除(均P<0.05)。结论CENPF的表达与肺鳞癌患者临床预后呈正相关,其通过抑制Akt信号通路的激活上调CLDN1的表达抑制肺鳞癌的转移。 展开更多
关键词 cenpf表达 预后 AKT信号通路 CLDN1表达 细胞增殖 细胞侵袭 细胞迁移 肺鳞癌组织芯片 SK-MES-1细胞系
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着丝粒蛋白-F在胰腺导管腺癌中的表达及临床意义 被引量:1
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作者 李宇阳 傅培铃 +4 位作者 钟国栋 卢梅 王鹏程 卢辉楠 陈林莺 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期771-780,共10页
目的探究着丝粒蛋白F(centromere protein F,CENPF)在胰腺导管腺癌(pancreatic ductual adenocarcinoma,PDAC)中的表达及其与临床病理特征和预后的关系。方法基于美国国家生物信息中心(National Center for Biotechnology Information,N... 目的探究着丝粒蛋白F(centromere protein F,CENPF)在胰腺导管腺癌(pancreatic ductual adenocarcinoma,PDAC)中的表达及其与临床病理特征和预后的关系。方法基于美国国家生物信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的微阵列/基因谱公共数据库(Gene Expression Omnibus,GEO),运用GEO2R、维恩、Cytoscape及GEPIA软件筛选出PDAC中可疑差异基因CENPF;基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)及基因组织表达数据库(The Genotype-Tissue Expression,GTEx),通过NCBI网络、GEPIA、Ualcan、Oncomine、TIMER软件及Kaplan-Meier在线生存分析工具,从信使核糖核酸(messenger RNA)层面分析其表达与免疫细胞浸润的关系及其可能的分子机制。同时收集2007~2021年间经福建医科大学附属第一医院病理科确诊的胰腺导管腺癌手术标本121例,从组织蛋白层面分析CENPF与PDAC临床病理特征及预后的关系。结果CENPF基因在人类多种癌症中表达异常,在PDAC中,癌组织中的表达水平显著高于癌旁正常胰腺组织(P<0.05),并且与PDAC组织学分级(P<0.05)、预后(P=0.0038)有关。免疫组化显示CENPF的表达与PDAC的神经侵犯(P=0.036)、TNM分期(P=0.041)、淋巴结转移(P=0.023)、分化程度(P=0.020)、总生存期有关(Log-rank=18.608,P=0.000016),CENPF高表达(HR=2.654,95%CI=1.373~5.131,P=0.004)是PDAC患者预后差的独立危险因素。CENPF联合其他关键模块基因在PDAC中,主要富集于外泌体、细胞外基质等,并与丝氨酸内肽酶活性、金属肽链内切酶活性有关等。CENPF在胰腺导管腺癌中的作用通路主要与细胞周期、P53通路、泛素介导的蛋白水解等相关,并与P53、MDM2在PDAC中联合发挥作用。免疫浸润研究表明CENPF表达与CD4+T淋巴细胞浸润负相关、与树突细胞的浸润正相关(均P<0.05)。结论CENPF可能参与PDAC疾病的进程,其高表达与PDAC预后不良相关,该研究有望为胰腺导管腺癌的防治提供更多科学基础。 展开更多
关键词 胰腺导管腺癌 cenpf 生物信息学 临床病理特征
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RNA测序联合生物信息学识别口腔鳞状细胞癌的关键基因
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作者 李锦存 罗庆 +2 位作者 翟堃 胡晨 马坚 《现代医药卫生》 2023年第15期2530-2538,共9页
目的采用RNA测序联合生物信息学分析寻找与口腔鳞状细胞癌(OSCC)预后相关的基因。方法收集2019年2-10月宁夏医科大学总医院口腔颌面外科收治的3例OSCC患者的癌及癌旁组织,分别提取RNA并构建DNA文库,进行Illumina高通量测序,整合数据筛... 目的采用RNA测序联合生物信息学分析寻找与口腔鳞状细胞癌(OSCC)预后相关的基因。方法收集2019年2-10月宁夏医科大学总医院口腔颌面外科收治的3例OSCC患者的癌及癌旁组织,分别提取RNA并构建DNA文库,进行Illumina高通量测序,整合数据筛选出差异表达基因(DEGs)。对其进行生物学过程、信号通路及互作网络分析,进行可视化和模块分析。利用TCGA数据库对得分最高的模块基因生存分析鉴定出候选基因,进一步采用GSE41613数据集对候选基因生存分析筛选出关键基因;人类蛋白质图谱数据库评估关键基因在OSCC中的蛋白表达。用基因集富集分析(GSEA网站)预测关键基因在OSCC中可能调控的信号通路。结果通过3对OSCC组织RNA测序数据识别出1818个DEGs,其中上调基因824个,下调基因994个,其主要富集有丝分裂核分裂、细胞外区域、钙信号通路等。TCGA数据鉴定出3个候选基因ASPM、CENPF和KIF15;通过对GSE41613数据生存分析确定CENPF作为OSCC的关键基因。CENPF在OSCC组织中表达量明显升高,差异有统计学意义(P<0.05)。CENPF表达量较高的OSCC预后较差,差异有统计学意义(P<0.05);OSCC中CENPF蛋白表达较高,CENPF高表达者存在基础转录因子和细胞周期等多个通路基因集的富集,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论转录测序共鉴定出1818个DEGs,其中CENPF在OSCC中表达量较高时其预后较差,其可能与OSCC的发生、发展及预后相关。 展开更多
关键词 口腔鳞状细胞癌 计算生物学 差异表达基因 RNA测序 cenpf
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基于数据库探讨肺腺癌中着丝粒蛋白F的异常表达及预后
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作者 周美凤 王琳 +3 位作者 王海霞 陈邓林 吴健勇 谭晋殿 《河北医学》 CAS 2023年第4期540-545,共6页
目的:探究着丝粒蛋白F(CENPF)在肺腺癌(LUAD)中的异常表达、预后及生物学功能。方法:通过Oncomine数据库检索分析LUAD中CENPF mRNA表达,利用HPA数据库通过免疫组化(IHC)染色测定CENPF蛋白表达水平,并从HPA数据库获得IHC图像。此外,分别... 目的:探究着丝粒蛋白F(CENPF)在肺腺癌(LUAD)中的异常表达、预后及生物学功能。方法:通过Oncomine数据库检索分析LUAD中CENPF mRNA表达,利用HPA数据库通过免疫组化(IHC)染色测定CENPF蛋白表达水平,并从HPA数据库获得IHC图像。此外,分别用Ualcan和GEPIA数据库工具对LUAD的亚组和预后进行分析。为了进一步探讨LUAD患者的CENPF序列突变,应用了c-Bioportal网站。最后应用LinkedOmics数据库分析LUAD队列中CENPF的共表达基因,通过LinkInterpreter模块进行功能及通路分析。结果:CENPF在LUAD中高表达(P<0.05),通过Kaplan-Meier分析可导致预后不良(P<0.05)。且CENPF mRNA表达与LUAD患者吸烟情况、TP53突变、肿瘤分期有关(P<0.05)。此外,CENPF在LUAD中存在突变,但对LUAD预后无影响(P=0.698)。共表达分析表明CENPF共表达基因与细胞周期、细胞分裂过程密切相关。结论:CENPF可作为一种促癌基因参与LUAD发生、发展,并具有成为LUAD诊断、预后指标及靶向治疗的潜在应用价值。 展开更多
关键词 肺腺癌 丝粒蛋白F 突变 细胞周期
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小细胞肺癌潜在治疗靶基因的生物信息学分析 被引量:1
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作者 冯振兴 郑雅方 田铁栓 《黑龙江医学》 2021年第13期1349-1353,共5页
目的:寻找与小细胞肺癌(small cell lung cancer,SCLC)相关的关键基因和信号通路,筛选SCLC潜在的治疗靶基因。方法:利用基因表达综合数据库中SCLC相关数据集筛选差异表达基因(differential expressed genes,DEGs),并进行功能和通路富集... 目的:寻找与小细胞肺癌(small cell lung cancer,SCLC)相关的关键基因和信号通路,筛选SCLC潜在的治疗靶基因。方法:利用基因表达综合数据库中SCLC相关数据集筛选差异表达基因(differential expressed genes,DEGs),并进行功能和通路富集分析。应用STRING和Cytoscape软件构建蛋白互作网络,筛选关键DEGs,并对DEGs进行表达验证及生存分析。结果:筛选出的81个DEGs主要参与有丝分裂、细胞周期和DNA复制等信号通路,通过蛋白互作网络筛选出8个关键DEGs:AURKA、CENPF、BUB1B、RACGAP1、NUSAP1、KIF11、KIF20A和PBK,这些关键DEGs均为有丝分裂相关基因且相互关联,其中CENPF高表达与SCLC不良预后相关。结论:CENPF等基因是SCLC发生发展的关键DEGs,有望成为SCLC的潜在治疗靶点。 展开更多
关键词 小细胞肺癌 生物信息学分析 有丝分裂 着丝粒蛋白F
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