线粒体核糖体蛋白基因内含子间最佳匹配片段的相对位置分布

对内含子间相互作用的研究是揭示基因表达调控作用的重要手段。为研究第一内含子与其他内含子间相互作用特征,并考虑内含子间的环状匹配特征包含了这种相互作用的重要信息,以人类、小鼠、红鳍东方鲀、黑腹果蝇和秀丽隐杆线虫五个物种的线粒体核糖体蛋白基因序列为样本,研究第一内含子与其他内含子间的环状匹配特征。采用Smith-Waterman方法,通过局部比对得到每个基因的第一内含子与其他内含子反向互补序列的最佳匹配片段,同时,将这些片段按8-mer CG模体的分类方式分为不同类型的片段。将基因组中所有第一内含子序列的长度标准化处理后,计算最佳匹配片段和各类片段CG对在第一内含子上的相对位置,并分析其物种差异性。结果显示,最佳匹配片段的相对位置分布没有显示出物种差异性,而其CG对的相对位置分布显示了物种差异性,且1CG类片段的CG对最可几位置随物种进化呈定向进化趋势。研究结果表明,这些最佳匹配片段可能是具有某些组织和功能的生物学元件,而CG模体体现了这些功能元件的重要特征。