基于混沌游走方法的Rh血型系统中RHD基因的分析

利用基于经典HP模型的蛋白质序列混沌游走方法(chaos game representation,CGR),给出了RHD基因的蛋白质序列CGR图,可视作蛋白质序列二级结构的一个特征图谱描述,对临床上的血型鉴别有一定的参考价值.另外,还根据由Jeffrey在1990年提出的描绘DNA序列的CGR方法,给出了RHD基因的DNA序列的CGR图,并且根据RHD基因DNA序列的CGR图算出了RHD基因相应的马尔可夫两步转移概率矩阵,从概率矩阵表可以看出RHD基因对编码氨基酸的三联子的第3个碱基的使用偏好性.

甲型流感病毒蛋白质序列的长记忆模型

基于CGR-游走模型和分数阶差分,运用时间序列模型分析甲型流感病毒。基于详细HP模型,先将甲流病毒H5N1的蛋白质序列转化成CGR时间序列,再引入长记忆ARFIMA(p,d,q)模型拟合此类序列。发现随机得到的9条H5N1的蛋白质序列都具有长相关性且拟合良好,还发现这类序列都可以用ARFIMA(1,d,1)模型加以识别。

基于矩阵图谱表达法的蛋白质序列的相似性分析

在DNA序列的混沌游走方法(CGR)及DNA序列的4线图谱表达方法(4-LGR)的基础上,提出了一种新型DNA序列的表达方法—矩阵图谱表达法(MGR),并进一步,在DNA序列的上述三种表达式基础上,分别推广建立了基于经典HP模型的蛋白质序列的图谱表达法,对蛋白质序列的相似性进行了比较验证。研究表明:矩阵图谱表达方法不仅能够说明蛋白质序列间的相似性,而且与传统的方法相比,该方法更具有灵活性和变通性。

流感大爆发的多重早期预警信号

基于CGR-混沌游走模型,本文对选取自1913-2012年的流感病毒HA蛋白质序列用时间序列方法来研究,从而得出流感大爆发的早期预警信号的多重指标值.基于详细HP模型先对蛋白质序列建立CGR-混沌游走模型,再求方差、延迟2自相关系数,发现大流行年(-+1至2年)的混沌游走序列的方差和自相关系数都明显高于相邻年,而在非大流行年它们通常较小.