香猪CHD3基因3′-侧翼区264 bp结构变异的研究

【目的】探究染色质调节域解旋酶DNA结合蛋白3(chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3,CHD3)基因3′-侧翼区的一段264 bp核苷酸结构变异对CHD3基因表达的影响,并初步解析该结构变异与香猪皱皮形成的关系。【方法】以普通香猪、皱皮香猪、大白猪为研究对象,应用UCSC、miRBase、miRanda、RBPsuite软件预测CHD3基因结构变异区间所包含的重复元件、miRNA结合位点、RNA结合蛋白(RBP)的结合位点;采用PCR方法对结构变异位点进行基因分型;利用Excel完成群体基因型频率和等位基因频率的计算,同时χ^(2)检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态;用实时荧光定量PCR和Western blotting检测该变异对CHD3基因表达的影响。【结果】生物信息学分析显示,CHD3基因3′-侧翼区的结构变异是1个长254 bp的短散在元件(SINE),属于tRNA家族,位于Chr12:53115742-53115995,该片段含有35个miRNA结合位点和10个RBP结合位点。基因分型显示,在皱皮香猪、普通香猪、大白猪3个猪群中均检测到了II基因型(插入型)、ID基因型(杂合型)、DD基因型(双缺失),表明CHD3基因3′-侧翼区的264 bp结构变异在猪群中呈现丰富的多态性。基因型群体分布频率显示,皱皮香猪中的D等位基因频率极显著高于普通香猪和大白猪(P<0.01),该结构变异在皱皮香猪和普通香猪中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),在大白猪中处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05)。实时荧光定量PCR和Western blotting检测显示,香猪皮肤中CHD3基因的DD基因型和ID基因型mRNA和蛋白表达量均极显著高于II基因型(P<0.01)。【结论】CHD3基因3′-侧翼区的264 bp结构变异是1个具有调控作用的SINE元件,通过RNA结合蛋白和miRNA与该元件的结合,促进CHD3基因mRNA的代谢和转录后的翻译抑制,从而调节CHD3基因的表达,结构变异导致CHD3基因的异常表达和积累,可能与香猪皱皮形成有关。

CHD3基因突变致Snijders Blok-Campeau综合征1例报告

1岁2月龄女性患儿,体检发现头围大,眼距宽,睑裂小,右眼外斜视,鼻梁宽而低平,耳位低,扶站双膝稍过伸,双足外翻,四肢肌张力偏低,不能独站独走,会无意识喊“妈妈”。0~6岁儿童神经心理发育检查提示大运动、精细动作、适应能力、语言、社交行为均落后于同龄儿童。全外显子组检测发现CHD3基因存在新发可能致病性杂合突变c.3872G>A(p.G1291D),最终确诊为Snijders Blok-Campeau综合征。该病极为罕见,全球仅60余例报告。该病例扩展了CHD3基因的突变位点,并提示临床医生对于智力运动发育落后伴有面容异常的儿童,需想到罕见病可能并行遗传学检查,以尽早明确诊断。

CHD3基因新发变异致Snijders Blok-Campeau综合征1例报告并文献复习

目的提高对Snijders Blok-Campeau综合征(SBCS)临床表型及基因型的认识。方法回顾分析1例SBCS患儿的临床资料、全外显子组及CNV-seq检测结果,检索CNKI、万方数据知识服务平台、PubMed中的相关文献并进行总结分析。结果患儿,女,13月龄,全面性发育迟缓,有特殊面容(眼裂小、眼距宽、鼻梁宽、眉毛稀疏、耳位低)。全外显子组及CNV-seq检测发现患儿CHD 3基因存在错义变异c.3709T>C(p.F 1237L),经双亲验证为新生变异,未在HGMD、ClinVar数据库中收录,与SBCS相关。检索到SBCS相关文献4篇共61例患者,47例为新发变异,多为错义变异。患者的临床表型相似,主要表现为发育迟缓、智力障碍、言语迟缓、张力减退和独特面部特征。结论发现致SBCS新的CHD 3基因c.3709T>C变异。多种CHD 3基因变异可致SBCS,面部特征和基因检测有助于诊断。

生物信息学分析CHD3在卵巢癌中的作用

目的本研究利用生物信息学分析CHD3基因在卵巢癌中的临床作用,探究卵巢癌的潜在肿瘤标志物。方法通过Oncomine数据库检测健康卵巢样品和卵巢癌组织中CHD基因家族的mRNA表达,Kaplan-Meier plotter评估了卵巢癌患者的CHD3的预后值,并利用多种工具分析了与CHD3相关的临床作用,如突变、卵巢癌的临床分期、免疫亚型、药物敏感度和m^(6)A相关基因等。利用R软件对CHD3的GSEA基因富集分析进行了分析。结果卵巢癌患者的CHD3mRNA表达水平显著上调,且高表达CHD3mRNA水平在卵巢癌患者中显示出较好的总生存期和无进展生存期。此外,CHD3的表达水平在免疫亚型等方面比较,差异有统计学意义。CHD3与具有甲基转移酶(METL16、RBM15B)和RNA结合蛋白(YTHDC1)的调节相关基因呈显著正相关,CHD3的表达可考虑确定NSC319726化疗药物在卵巢癌患者中的治疗效果。最后,CHD3可能涉及通过Notch信号通路影响卵巢癌的发展。结论CHD3基因可能是诊断卵巢癌和影响预后的肿瘤标志物。

1p36缺失综合征合并Snijders Blok-Campeau综合征1例患者的遗传学分析

目的对1例病因不明、发育迟缓、特殊面容的患者进行基因检测,以明确其遗传学病因。方法选取2021年5月27日因"婚后10个月夫妻同居、未避孕不孕"就诊于甘肃省妇幼保健院的1例患者为研究对象。收集患者的临床资料,提取患者及其父母的外周血DNA,进行全外显子组测序(WES),对候选致病变异进行Sanger测序家系验证。结果患者1p36.33p36.32区检测出2.54 Mb的杂合缺失,CHD3基因检测出c.1123G>C(p.E375Q)杂合变异,其父母均未携带上述变异。结论本研究确诊了1例染色体1p36缺失综合征合并Snijders Blok-Campeau综合征患者,为患者的遗传咨询提供了依据。

伴癫痫发作的Snijders Blok-Campeau综合征1例基因变异分析并文献复习

目的探讨伴癫痫发作的Snijders Blok-Campeau综合征(SBCS)的临床特征及基因变异特点。方法回顾性分析1例伴癫痫发作的SBCS患儿的临床资料,并进行相关文献复习。结果患儿,男,7岁,抽搐表现为局灶性发作,语言发育迟缓、构音障碍,伴特殊面容(前额稍突出,眼距宽,眼裂稍小,鼻梁宽,上唇薄,尖下巴)。全外显子组检测发现CHD3基因存在新发可能致病性杂合突变c.1100C>T(p.S367L),最终确诊为SBCS。文献检索具有癫痫发作的SBCS共9例,国内尚未有报道;癫痫发作的严重程度从仅出现脑电图异常到难治性癫痫不等;其余临床表型相似,均主要表现为全面发育迟缓、智力障碍、语言障碍及特殊面容。结论发现与SBCS相关的CHD3基因新变异;伴癫痫发作的SBCS的变异类型及位点与临床表型无明显相关性。临床上具有癫痫发作且存在语言障碍伴特殊面容的患儿,需注意CHD3基因变异导致的SBCS,完善基因检测有助于尽早诊断。

Snijders Blok-Campeau综合征患儿1例的临床特征及基因变异分析

目的探讨Snijders Blok-Campeau综合征(SBCS)患儿的临床表型和基因变异特点。方法选取2017年6月于河南省儿童医院被确诊为SBCS的1例患儿为研究对象。收集患儿的临床病例资料,采集患儿及其父母的外周血样提取基因组DNA,进行家系全外显子组测序(trio-WES)及基因组拷贝数变异(CNV)检测,针对可疑致病变异位点,应用Sanger测序进行家系验证。结果患儿主要临床表现为语言障碍、智力障碍和运动发育迟缓,伴特殊面容(前额宽、面部呈倒三角状、眉毛稀疏、眼距宽、眼裂小、鼻梁宽、面中部凹陷、上唇薄、尖下颌、耳位低且耳壳后旋)。trio-WES和Sanger测序结果提示患儿存在CHD3基因c.4073-2A>G杂合剪接变异,其父母均为野生型,CNV检测未发现致病性CNV。结论该SBCS患儿临床特征为语言和智力障碍、运动发育迟缓,伴特殊面容。CHD3基因剪接变异可能为导致该患儿罹患SBCS的遗传学病因。