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分子动力学模拟中支持CIF蛋白质文件格式
1
作者
王恒越
张志勇
《中国科学技术大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期1-6,I0007,共7页
分子动力学(MD)模拟能够以非常精细的时间分辨率捕捉蛋白质的全原子动态行为,因此它已经成为蛋白质动力学研究的重要工具。当前有多种MD软件包被广泛使用。MD模拟需要从一个蛋白质初始结构开始,而初始结构一般来自蛋白质数据库(PDB)。直...
分子动力学(MD)模拟能够以非常精细的时间分辨率捕捉蛋白质的全原子动态行为,因此它已经成为蛋白质动力学研究的重要工具。当前有多种MD软件包被广泛使用。MD模拟需要从一个蛋白质初始结构开始,而初始结构一般来自蛋白质数据库(PDB)。直到2014年,PDB文件格式一直是蛋白质结构的标准格式。然而,PDB格式存在一些内在缺陷,例如以固定宽度存储结构信息,这对于超大型蛋白质复合物来说存在问题。因此,CIF文件格式被提出来替代PDB格式,前者的特点是具有出色的扩展性。据我们所知,目前主流的MD软件包只支持PDB格式,而不直接支持CIF格式。在本研究中,我们修改了一个MD软件包GROMACS的源代码,使其能够支持输入CIF格式的蛋白质结构文件,并生成拓扑文件。这项工作将简化大型蛋白质复合物MD模拟中的预处理过程。
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关键词
蛋白质数据库
PDB格式
cif
格式
分子动力学模拟
GROMACS
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职称材料
CIF到PG3600格式转换的算法研究
被引量:
2
2
作者
李金儒
陈宝钦
+1 位作者
赵珉
汤跃科
《微电子学》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第2期207-209,共3页
提出了微光刻图形CIF数据格式到PG3600数据格式转换软件新的图形切割算法,该算法将L-EDIT输出的CIF格式中的四种图形当作任意多边形处理,然后把多边形切割成矩形。与其他算法相比较,该算法简单、切割理想、切割后的矩形数据量比其他算...
提出了微光刻图形CIF数据格式到PG3600数据格式转换软件新的图形切割算法,该算法将L-EDIT输出的CIF格式中的四种图形当作任意多边形处理,然后把多边形切割成矩形。与其他算法相比较,该算法简单、切割理想、切割后的矩形数据量比其他算法少很多。并以此算法为基础,编制能够运行于Windows操作系统且又能够挂靠在L-EDIT上的数据格式转换软件。
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关键词
cif
格式
PG3600格式
图形切割
数据格式转换
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职称材料
CIF格式转换为PG3600格式中任意多边形切割成矩形的算法研究(英文)
3
作者
李金儒
陈宝钦
+1 位作者
刘明
赵珉
《电子器件》
CAS
2008年第2期385-388,共4页
为了编制能够运行于Windows操作系统且又能够挂靠在L-EDIT数据格式转换软件,文章提出了微光刻图形CIF数据格式转换为PG3600数据格式的新的图形切割算法——沿边切割法,重点讨论任意多边形切割成矩形的具体算法,并与其它几种常见的切割...
为了编制能够运行于Windows操作系统且又能够挂靠在L-EDIT数据格式转换软件,文章提出了微光刻图形CIF数据格式转换为PG3600数据格式的新的图形切割算法——沿边切割法,重点讨论任意多边形切割成矩形的具体算法,并与其它几种常见的切割算法进行比较,说明该算法对于不规则图形的切割具有明显的优越性,最后给出所编软件运行的实验结果。
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关键词
数据格式转换
任意多边形
切割法
cif
算法
WINDOWS操作系统
矩形
软件运行
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职称材料
一种由CIF到PAL制的视频编码器
4
作者
罗煜
李靖华
余松煜
《数据采集与处理》
CSCD
1997年第1期61-64,共4页
提出了一种从CIF恢复到全电视信号的方法,这种方法使用了乒乓结构和查表形式,在这种结构的基础上可以扩展出画中画和汉字叠加等功能。同时还可以在信道发生误码时对错误帧进行掩盖.本文还对其中—些可以采用多种方法实现的部分作了...
提出了一种从CIF恢复到全电视信号的方法,这种方法使用了乒乓结构和查表形式,在这种结构的基础上可以扩展出画中画和汉字叠加等功能。同时还可以在信道发生误码时对错误帧进行掩盖.本文还对其中—些可以采用多种方法实现的部分作了实验和比较.对于QCIF,MPEG-1的SIF以及MPEG-2中的多种格式只需作很少的改动就能适用.因此可以广泛地应用于数字电视会议、数字监视和数字视盘等系统中.本文所描述的方法已用于实际的多个系统,具有很强的稳定住和可靠性。
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关键词
视频编码器
cif
PAL制
电视信号
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职称材料
CIF数字视频的实现
5
作者
陈洁
朱秀昌
《电视技术》
北大核心
1998年第3期6-8,共3页
对会议电视系统中包括A/D变换、亮色分离及格式转换在内的CIF数字视频电路的实现提出一种改进的实现方案。该方案经调试取得成功,不仅大大缩小了原来系统的体积,且工作可靠,性能稳定。
关键词
数字视频
PAL编解码
cif
格式
在线可编程
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职称材料
CIF格式文件展开处理程序
6
作者
陈宏
《半导体光电》
CAS
CSCD
北大核心
1993年第1期100-103,共4页
阐述对 CIF 格式文件进行展开处理在制版工作中的必要性;剖析了 CIF格式;介绍了展开处理程序的主要思想和结构。
关键词
cif
格式
制版
集成电路
处理程序
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职称材料
一种微电路封装中锡膏印刷钢网开口处理方法
被引量:
1
7
作者
张颖
李华伟
沈小刚
《微电子学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第6期846-849,共4页
针对微电路封装中的锡膏印刷钢网开口,提出了一种新的处理方法。通过自编程序,直接对CIF格式的印刷钢网数据进行焊盘自动识别和焊盘形状的自动处理。利用公开软件,实现CIF数据与其他钢网数据之间的互相转换。该方法具有处理速度快、精...
针对微电路封装中的锡膏印刷钢网开口,提出了一种新的处理方法。通过自编程序,直接对CIF格式的印刷钢网数据进行焊盘自动识别和焊盘形状的自动处理。利用公开软件,实现CIF数据与其他钢网数据之间的互相转换。该方法具有处理速度快、精度高、易于实现等特点,适用于处理各种EDA软件导出的锡膏印刷钢网开口数据。
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关键词
印刷钢网开口
自动处理
cif
数据
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职称材料
对称相位函数掩模化的研究
8
作者
白临波
杜春雷
李展
《光子学报》
EI
CAS
CSCD
2000年第3期255-259,共5页
本文对各种连续对称相位函数及其特性进行了分析 ,讨论了相位函数的 2 π调制、2 N 和 N - 1法量化等问题及数据处理过程 ,提出二元衍射元件 CIF( Caltech IntermediateForm)格式掩模数据的生成方法 ,并建立了实用软件 。
关键词
相位函数
掩模化
激光直写
衍射光学元件
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职称材料
集成电路版图数据处理中的预处理方法
9
作者
来新泉
刘文广
+2 位作者
贾新章
李伯成
李玉山
《微电子学与计算机》
CSCD
北大核心
1996年第4期48-50,共3页
本文介绍IC版图数据提取器中预处理模块的设计方法与特点。
关键词
集成电路
预处理
数据处理
集成电路版图
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职称材料
统一高清晰度电视(HDTV)标准基本参数的必要性和前景
被引量:
1
10
作者
康诵诗
李鹤芩
《电视技术》
北大核心
1993年第6期2-5,共4页
本文阐述了统一高清晰度电视(HDTV)标准的必要性和国际上为此作出的努力,对有争议的参数作了分析。
关键词
高清晰度电视
共图像格式
数据速率
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职称材料
题名
分子动力学模拟中支持CIF蛋白质文件格式
1
作者
王恒越
张志勇
机构
中国科学技术大学物理系
出处
《中国科学技术大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期1-6,I0007,共7页
基金
supported by the National Key Research and Development Program of China (2021YFA1301504)
the National Natural Science Foundation of China (91953101)
the Chinese Academy of Sciences Strategic Priority Research Program (XDB37040202)。
文摘
分子动力学(MD)模拟能够以非常精细的时间分辨率捕捉蛋白质的全原子动态行为,因此它已经成为蛋白质动力学研究的重要工具。当前有多种MD软件包被广泛使用。MD模拟需要从一个蛋白质初始结构开始,而初始结构一般来自蛋白质数据库(PDB)。直到2014年,PDB文件格式一直是蛋白质结构的标准格式。然而,PDB格式存在一些内在缺陷,例如以固定宽度存储结构信息,这对于超大型蛋白质复合物来说存在问题。因此,CIF文件格式被提出来替代PDB格式,前者的特点是具有出色的扩展性。据我们所知,目前主流的MD软件包只支持PDB格式,而不直接支持CIF格式。在本研究中,我们修改了一个MD软件包GROMACS的源代码,使其能够支持输入CIF格式的蛋白质结构文件,并生成拓扑文件。这项工作将简化大型蛋白质复合物MD模拟中的预处理过程。
关键词
蛋白质数据库
PDB格式
cif
格式
分子动力学模拟
GROMACS
Keywords
Protein Data Bank
PDB
format
cif format
molecular dynamics simulation
GROMACS
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
CIF到PG3600格式转换的算法研究
被引量:
2
2
作者
李金儒
陈宝钦
赵珉
汤跃科
机构
中国科学院微电子研究所纳米加工与新器件集成实验室
出处
《微电子学》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第2期207-209,共3页
基金
国家重点基础研究基金资助项目(G2000036504
2002CB311907
+5 种基金
2002AA325040)
国家自然科学基金资助项目(60290081
60276019
90207004
60376020
60236010)
文摘
提出了微光刻图形CIF数据格式到PG3600数据格式转换软件新的图形切割算法,该算法将L-EDIT输出的CIF格式中的四种图形当作任意多边形处理,然后把多边形切割成矩形。与其他算法相比较,该算法简单、切割理想、切割后的矩形数据量比其他算法少很多。并以此算法为基础,编制能够运行于Windows操作系统且又能够挂靠在L-EDIT上的数据格式转换软件。
关键词
cif
格式
PG3600格式
图形切割
数据格式转换
Keywords
cif format
PG3600
format
Pattern division
Data
format
trans
format
ion
分类号
TN305.6 [电子电信—物理电子学]
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职称材料
题名
CIF格式转换为PG3600格式中任意多边形切割成矩形的算法研究(英文)
3
作者
李金儒
陈宝钦
刘明
赵珉
机构
中国科学院微电子研究所纳米加工与新器件集成实验室
出处
《电子器件》
CAS
2008年第2期385-388,共4页
基金
国家自然科学基金资助(60236010,90207004,60290081,90401002,60276019)
自然科研基金项目资助(G2000036504,2002CB31190,2002AA325040)
文摘
为了编制能够运行于Windows操作系统且又能够挂靠在L-EDIT数据格式转换软件,文章提出了微光刻图形CIF数据格式转换为PG3600数据格式的新的图形切割算法——沿边切割法,重点讨论任意多边形切割成矩形的具体算法,并与其它几种常见的切割算法进行比较,说明该算法对于不规则图形的切割具有明显的优越性,最后给出所编软件运行的实验结果。
关键词
数据格式转换
任意多边形
切割法
cif
算法
WINDOWS操作系统
矩形
软件运行
Keywords
cif format
PG3600
format
pattern division
data
format
conversion
division along the Sides
分类号
TP311.13 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
TP391.41 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
一种由CIF到PAL制的视频编码器
4
作者
罗煜
李靖华
余松煜
机构
上海交通大学图象处理与模式识别研究所
出处
《数据采集与处理》
CSCD
1997年第1期61-64,共4页
文摘
提出了一种从CIF恢复到全电视信号的方法,这种方法使用了乒乓结构和查表形式,在这种结构的基础上可以扩展出画中画和汉字叠加等功能。同时还可以在信道发生误码时对错误帧进行掩盖.本文还对其中—些可以采用多种方法实现的部分作了实验和比较.对于QCIF,MPEG-1的SIF以及MPEG-2中的多种格式只需作很少的改动就能适用.因此可以广泛地应用于数字电视会议、数字监视和数字视盘等系统中.本文所描述的方法已用于实际的多个系统,具有很强的稳定住和可靠性。
关键词
视频编码器
cif
PAL制
电视信号
Keywords
video systems
digital to analog converters
PAL colour television system
cif format
分类号
TN941.1 [电子电信—信号与信息处理]
下载PDF
职称材料
题名
CIF数字视频的实现
5
作者
陈洁
朱秀昌
机构
南京邮电学院信息工程系
出处
《电视技术》
北大核心
1998年第3期6-8,共3页
文摘
对会议电视系统中包括A/D变换、亮色分离及格式转换在内的CIF数字视频电路的实现提出一种改进的实现方案。该方案经调试取得成功,不仅大大缩小了原来系统的体积,且工作可靠,性能稳定。
关键词
数字视频
PAL编解码
cif
格式
在线可编程
Keywords
Digital video PAL codec
cif
format
On line programmable
分类号
TN941.1 [电子电信—信号与信息处理]
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职称材料
题名
CIF格式文件展开处理程序
6
作者
陈宏
机构
重庆光电技术研究所
出处
《半导体光电》
CAS
CSCD
北大核心
1993年第1期100-103,共4页
文摘
阐述对 CIF 格式文件进行展开处理在制版工作中的必要性;剖析了 CIF格式;介绍了展开处理程序的主要思想和结构。
关键词
cif
格式
制版
集成电路
处理程序
Keywords
cif format
Mask Making
分类号
TN402 [电子电信—微电子学与固体电子学]
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职称材料
题名
一种微电路封装中锡膏印刷钢网开口处理方法
被引量:
1
7
作者
张颖
李华伟
沈小刚
机构
中国电子科技集团公司第二十四研究所
出处
《微电子学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第6期846-849,共4页
基金
模拟集成电路国家重点实验室基金资助项目(614280204030217)
文摘
针对微电路封装中的锡膏印刷钢网开口,提出了一种新的处理方法。通过自编程序,直接对CIF格式的印刷钢网数据进行焊盘自动识别和焊盘形状的自动处理。利用公开软件,实现CIF数据与其他钢网数据之间的互相转换。该方法具有处理速度快、精度高、易于实现等特点,适用于处理各种EDA软件导出的锡膏印刷钢网开口数据。
关键词
印刷钢网开口
自动处理
cif
数据
Keywords
opening of .printed stencil
automatic processing
cif format
data
分类号
TN41 [电子电信—微电子学与固体电子学]
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职称材料
题名
对称相位函数掩模化的研究
8
作者
白临波
杜春雷
李展
机构
中国科学院光电技术研究所
出处
《光子学报》
EI
CAS
CSCD
2000年第3期255-259,共5页
文摘
本文对各种连续对称相位函数及其特性进行了分析 ,讨论了相位函数的 2 π调制、2 N 和 N - 1法量化等问题及数据处理过程 ,提出二元衍射元件 CIF( Caltech IntermediateForm)格式掩模数据的生成方法 ,并建立了实用软件 。
关键词
相位函数
掩模化
激光直写
衍射光学元件
Keywords
Phase function
Masking
Direct laser writing
cif format
分类号
O436.1 [机械工程—光学工程]
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职称材料
题名
集成电路版图数据处理中的预处理方法
9
作者
来新泉
刘文广
贾新章
李伯成
李玉山
机构
西安电子科技大学
出处
《微电子学与计算机》
CSCD
北大核心
1996年第4期48-50,共3页
基金
军事电子预研基金
文摘
本文介绍IC版图数据提取器中预处理模块的设计方法与特点。
关键词
集成电路
预处理
数据处理
集成电路版图
Keywords
LSI
Pre - processing
Extract
cif
(Caltech Intermediate
format
)
分类号
TN431.2 [电子电信—微电子学与固体电子学]
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职称材料
题名
统一高清晰度电视(HDTV)标准基本参数的必要性和前景
被引量:
1
10
作者
康诵诗
李鹤芩
出处
《电视技术》
北大核心
1993年第6期2-5,共4页
文摘
本文阐述了统一高清晰度电视(HDTV)标准的必要性和国际上为此作出的努力,对有争议的参数作了分析。
关键词
高清晰度电视
共图像格式
数据速率
Keywords
HDTV Common image
format
(
cif
) Common data rate(CDR) Basic parameters
分类号
TN949.17 [电子电信—信号与信息处理]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
分子动力学模拟中支持CIF蛋白质文件格式
王恒越
张志勇
《中国科学技术大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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职称材料
2
CIF到PG3600格式转换的算法研究
李金儒
陈宝钦
赵珉
汤跃科
《微电子学》
CAS
CSCD
北大核心
2007
2
下载PDF
职称材料
3
CIF格式转换为PG3600格式中任意多边形切割成矩形的算法研究(英文)
李金儒
陈宝钦
刘明
赵珉
《电子器件》
CAS
2008
0
下载PDF
职称材料
4
一种由CIF到PAL制的视频编码器
罗煜
李靖华
余松煜
《数据采集与处理》
CSCD
1997
0
下载PDF
职称材料
5
CIF数字视频的实现
陈洁
朱秀昌
《电视技术》
北大核心
1998
0
下载PDF
职称材料
6
CIF格式文件展开处理程序
陈宏
《半导体光电》
CAS
CSCD
北大核心
1993
0
下载PDF
职称材料
7
一种微电路封装中锡膏印刷钢网开口处理方法
张颖
李华伟
沈小刚
《微电子学》
CAS
CSCD
北大核心
2018
1
下载PDF
职称材料
8
对称相位函数掩模化的研究
白临波
杜春雷
李展
《光子学报》
EI
CAS
CSCD
2000
0
下载PDF
职称材料
9
集成电路版图数据处理中的预处理方法
来新泉
刘文广
贾新章
李伯成
李玉山
《微电子学与计算机》
CSCD
北大核心
1996
0
下载PDF
职称材料
10
统一高清晰度电视(HDTV)标准基本参数的必要性和前景
康诵诗
李鹤芩
《电视技术》
北大核心
1993
1
下载PDF
职称材料
已选择
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