血清SELDI蛋白质指纹图谱在乳腺癌腋淋巴结转移中的应用研究

目的:应用SELDI技术和生物信息学方法从血清中筛选乳腺癌蛋白质标志物并构建检测模型,为预测腋淋巴结(axillary lymph nodes,ALN)转移等提供可能的简便易行的方法。方法:应用SELDI-TOF-MS作为蛋白质组学摘要目的:应用SELDI技术和生物信息学方法从血清中筛选乳腺癌蛋白质标志物并构建检测模型,为预测腋研究平台,采用CM10芯片,对乳腺癌的血清进行了检测,探讨了乳腺癌患者血清蛋白质指纹图谱与是否发生ALN转移的关系,并结合生物信息学方法建立了相应的检测模型。结果:通过对ALN有(无)转移的乳腺癌患者血清蛋白指纹图谱数据的比较,找到了11个差异蛋白质峰(P<0.05),M/Z为M2164.16,M3269.90和M3272.31的3个蛋白质峰被选择用于构建分类决策树模型,该模型的交叉验证(测试组)总准确率为81.8%,ALN有转移的乳腺癌患者检出率为83.3%,ALN无转移的检出率为80%。结论:构建的分类决策树模型能达到区分ALN是否有转移的最佳效果,SELDI技术在确定乳腺癌患者是否发生腋淋巴结转移方面有一定的意义。

中药肾康灵干预阿霉素肾病大鼠血蛋白质质谱表达的实验研究

目的：应用血蛋白质组学筛选阿霉素肾病（AN）大鼠血清中差异表达的蛋白质,旨在蛋白质分子水平探索频复发性肾病综合征（FRNS）的诊断标志物及中药肾康灵治疗的作用靶点。方法：利用表面增强激光解析-电离飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）联合CM10蛋白质芯片技术检测各组大鼠血蛋白质组质谱的表达,采用PBSⅡ-C型蛋白质芯片阅读机自动收集数据,使用Ciphergen Proteinchip Software3.2.1和Biomarker Wizard分析软件筛选出各组大鼠血清差异表达的蛋白质。结果：在质荷比值（M/Z）2000~50000范围内,P〈0.05,芯片共捕获到30种差异蛋白质,质谱仪筛选出B组与A组比较的25种差异蛋白,C组与B组比较筛选出5种差异蛋白,其中3种差异蛋白在B、C、D、E组间差异有统计学意义,且从B组→C组→D、E组→A组呈递减趋势,这3种蛋白峰分别为8837.7、15013.0、15053.2。结论：SELDI-TOF-MS能有效分析阿霉素肾病大鼠血清蛋白质质谱,中药肾康灵干预治疗后蛋白质质谱表达差异有统计学意义。

阿霉素肾病大鼠尿蛋白质组质谱的检测及中药肾康灵的干预作用

目的:应用尿蛋白质组学筛选阿霉素肾病(AN)大鼠尿液中差异表达的蛋白质,并检测中药肾康灵的干预作用,旨在蛋白质分子水平探索频复发性肾病(FRNS)的诊断标记物及药物治疗的作用靶点。方法:用阿霉素(ADR)5.5mg/kg诱导大鼠复制的阿霉素肾病(AN)模型,即类似于人类微小病变型(MCD)肾病模型。实验共分为5组,分别为正常组(A组)、AN病模组(B组)、泼尼松治疗组(C组)、泼尼松+肾康灵(低浓度)治疗组(D组)、泼尼松+肾康灵(高浓度)治疗组(E组)。利用表面增强激光解析-电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术联合CM10蛋白质芯片技术检测各组大鼠尿蛋白质组质谱的表达,采用PBSⅡ-C型蛋白质芯片阅读机自动收集数据,使用Ciphergen Proteinchip Software3.2.1和Biomarker Wizard分析软件筛选出各组大鼠尿液差异表达的蛋白质。并观察各组治疗前后尿蛋白、血清白蛋白(Alb)、胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)、尿素氮(BUN)、血清肌酐(Scr)及肾脏病理形态学等变化。结果:在质荷比值(M/Z)2000～50000范围内(P<0.05),芯片共捕获到近40种差异蛋白质,质谱仪筛选出B组与A组比较的38种差异蛋白,其中3种差异蛋白从B组→C组→D、E组→A组呈递减趋势。这3种差异蛋白峰的M/Z值分别为9321.0、9393.1、9477.5。结论:SELDI-TOF-MS能有效分析阿霉素肾病大鼠尿液蛋白质质谱,中药肾康灵干预治疗后蛋白质质谱表达差异有统计学意义,且中药肾康灵联合泼尼松治疗AN大鼠的疗效优于单用泼尼松治疗。

肾康灵干预阿霉素肾病大鼠血蛋白质组的实验研究

目的应用蛋白质组学筛选阿霉素肾病大鼠血清中差异表达的蛋白质,旨在观察频复发性肾病综合征的诊断标志物及肾康灵的作用靶点。方法利用表面增强激光解析-电离飞行时间质谱合CM10蛋白质芯片技术检测5组大鼠血蛋白质组质谱的表达,用Ciphergen Proteinchip Soft-ware 3.2.1和Biomarker Wizard分析软件筛选出5组大鼠血清差异表达的蛋白质。结果在质荷比值2000～50000范围内,P<0.05,质谱仪筛选出B组与A组比较的25种差异蛋白,C组与B组比较筛选出5种差异蛋白,其中3种差异蛋白在B、C、D、E组间有显著差异,且从B组→C组→D、E组→A组呈递减趋势。结论表面增强激光解析-电离飞行时间质谱能有效分析阿霉素肾病大鼠血清蛋白质质谱,肾康灵干预治疗后蛋白质质谱表达有显著差异,且肾康灵合强的松组治疗阿霉素肾病大鼠的疗效优于强的松组。

基于血清蛋白组学的慢性肾衰预测模型探讨

目的通过比较慢性肾衰(CRF)患者与正常人血清蛋白表达谱的差异,筛选血清蛋白标志物并建立诊断模型,探讨其在慢性肾衰血清学诊断中的意义。方法收集62例CRF患者和28例正常人的血清,经表面增强激光解析离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)检验并筛选血清蛋白标志物。经生物信息学分析建立预测模型并进行验证。结果在质荷比(m/z)1500～30000范围内,检测到51个有效蛋白峰,发现有19个峰有显著差异(P<0.001),其中18个峰呈低表达,1个峰呈高表达;且CRF组和正常组的聚类性质明显不同;组内样本彼此靠近,组间样本彼此分开。构建的"慢性肾衰组-正常组"诊断决策树模型,预测正确率为87.8%,灵敏度为87.1%,特异度为89.3%。结论该决策树模型能对慢性肾衰做出较为准确的预测判断,为慢性肾衰的临床早期发现提供一定的实验依据。

利用SELDI技术检测大鼠肝纤维化组织的实验研究

目的初步建立表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF/MS)技术检测大鼠肝纤维化组织样本的方法。方法采用SELDI技术及弱阳离子交换表面蛋白芯片(CM10)对组织样本进行分析,从组织样本制备、组织裂解液选择、上样浓度控制、重复性验证等方面进行实验条件的优化,并对大鼠肝纤维化组和对照组肝组织各4例进行差异蛋白分析。结果液氮研磨法结合含两性电解液和蛋白酶抑制剂的裂解液处理样本,以及组织蛋白样本浓度为5μg/μl时,芯片检测得到的蛋白峰强度和蛋白数量最优;对两组样本重复检测3次,蛋白丰度的平均变异系数(CV值)分别为0.105和0.155;两组样本共检测到292个蛋白峰,其中差异表达蛋白54个,在肝纤维化组中表达上调16个,表达下调38个。结论初步建立了SELDI技术检测组织样本的方法,并初步筛选出大鼠肝纤维化差异表达蛋白。

益肾活血法干预阿霉素肾病大鼠蛋白质组学的实验研究

目的:应用蛋白质组学筛选阿霉素肾病(AN)大鼠血清中差异表达的蛋白质,旨在蛋白质分子水平探索原发性肾病综合征(PNS)的诊断标志物及益肾活血中药肾康灵治疗的作用靶点。方法:实验分为正常组(A组)、AN病模组(B组)、AN病模+泼尼松组(C组)、AN病模+肾康灵组(D组)、AN病模+泼尼松+肾康灵组(E组)。利用表面增强激光解析-电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)联合CM10蛋白质芯片技术检测各组大鼠血蛋白质组质谱的表达,采用PBS II-C型蛋白质芯片阅读机自动收集数据。结果:在质荷比值(M/Z)2 000-50 000Da范围内,P<0.05,质谱仪筛选出B组与A组比较的11种差异蛋白,其中4种差异蛋白在B组中高表达,7种蛋白低表达;蛋白峰9069、15005、15047Da在B、C、D、E组间比较有显著差异,经鉴定可能分别为Cortexin-1、Interleukin-17A、Podoplanin,其中蛋白峰15005、15047从B组→C组→D、E组→A组呈递减趋势,蛋白峰9069呈递增趋势。结论:SELDI-TOF-MS能有效分析阿霉素肾病大鼠血清蛋白质质谱,益肾活血中药肾康灵干预治疗后蛋白质质谱表达有显著差异。

基于血清蛋白组学的慢性肾衰中医湿证鉴别证型探讨

目的:通过分析慢性肾功能衰竭中医湿证与非湿证的血清蛋白质谱差异,筛选血清蛋白标志物并建立湿证诊断鉴别证型,探讨其在慢性肾衰湿证血清学诊断中的意义。方法:收集56例慢性肾衰湿证患者和27例非湿证患者的血清,经表面增强激光解析离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)检验并筛选血清蛋白标志物。经生物信息学分析建立预测证型并进行验证。结果:在质荷比(M/Z)1500-30000范围内,检测到64个有效蛋白峰,发现有6个峰有显著差异(P<0.01),湿证组表达较低;主成分分析显示,组内样本彼此靠近,组间样本彼此分开。构建的湿证鉴别诊断证型,预测正确率为83.13%,灵敏度为82.14%,特异度为85.19%。结论:该证型能对慢性肾衰湿证做出较为准确的鉴别判断,为慢性肾衰湿证的临床诊断、辨证及治疗提供一定的实验依据。

尿样在SELDI技术中的优化研究

目的:建立表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF/MS)技术检测尿液样本的方法。方法:采用SELDI技术及弱阳离子交换表面蛋白芯片(CM10)对糖尿病病例组和正常对照组的尿液样本进行分析,从尿液标本的采集、样品保存、上样浓度的控制、实验仪器的内外校准、实验结果重复性验证与分析等方面进行实验条件的优化。结果:反复冻融3次以上的样品经SELDI检测的出峰数量和峰强度情况较差;以1:1或1:2的浓度作倍比稀释后的样本经芯片检测得到的蛋白峰强度和蛋白数量最优;对两组样本重复检测3次,蛋白丰度的平均变异系数(CV值)分别为0.121和0.095;两组样本共检测到202个蛋白峰,其中差异表达蛋白29个,在肝纤维化组中表达上调13个,表达下调16个。结论:初步建立了SELDI技术检测尿液样本的方法,提高了SELDI技术检测尿液样本的质量。