胃癌中COL6基因家族的生物信息学分析

目的通过生物信息学方法系统性地分析COL6基因家族各成员在胃癌中的作用。方法利用TIMER2.0和GEPIA2数据库分析COL6家族基因在胃癌组织中的表达与不同病理分期的关系。通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析COL6基因家族各成员表达水平与胃癌患者总生存期(OS)和无复发生存期(RFS)之间的关系。通过cBioPortal数据库分析胃癌患者中COL6基因的遗传变异、共表达与邻近基因网络情况。通过STRING数据库和仙桃学术绘制COL6家族蛋白互作网络图,并进行功能富集分析,分析其作用机制。结果在胃腺癌中,COL6基因家族(COL6A1、COL1A2、COL6A3、COL6A4P1、COL6A4P2、COL6A5和COL6A6)的表达相对于邻近的正常组织上调,且COL6A1(P=0.000367)、COL6A2(P=0.00017)、COL6A3(P<0.001)、COL6A4P1(P=0.864)、COL6A4P2(P=0.355)、COL6A5(P=0.187)和COL6A6(P=0.302)的表达与胃癌患者的病理分期相关。高表达的COL6A1(P=0.047)、COL6A2(P=0.017)、COL6A3(P=0.02)、COL6A5(P=0.028)和COL6A6(P=0.025)胃癌患者生存率均较低,而COL6A4P1(P=0.006)、COL6A4P2(P=0.0091)和COL6A6(P=0.002)与患者的转移或复发相关。KEGG功能富集分析显示差异表达的COL6A1、COL6A2、COL6A3、COL6A4P1、COL6A4P2、COL6A5、COL6A6的细胞功能与病灶黏附、细胞外基质受体相互作用信号通路有关。结论COL6家族是胃癌预后的潜在生物标志物,且与胃癌的免疫浸润相关。