COL6A3基因多态性与中国散发孤立性肌张力障碍的关联

目的探讨COL6A3基因41外显子多态性与中国散发孤立性肌张力障碍的关系。方法 2014年9月至2017年8月本院门诊就诊的散发孤立性肌张力障碍患者127例(病例组),以及同期130例性别、年龄匹配的健康体检者(对照组),留取外周血提取基因组DNA。在千人基因组数据库中筛选COL6A3基因41外显子目标单核苷酸多态性(SNP),采用限制性片段长度多态性聚合酶链反应检测COL6A3基因多态性。比较组间基因型及等位基因分布。结果共筛选到COL6A3基因41外显子2个SNP位点,分别为rs1131296和rs2270669。这2个SNP基因型和等位基因分布,患者组与对照组间无显著性差异(χ2<1.829,P>0.05),患者组各基因型间发病年龄也无显著性差异(P>0.05)。结论 COL6A3基因41外显子多态性并非中国孤立性肌张力障碍的遗传易感因素。

ELISA检测KRT10_C和COL6A3_C短肽抗体的方法建立及作为RA诊断的应用价值

目的建立角蛋白I型细胞骨架10[keratin type I cytoskeletal 10,KRT10)和VI型胶原蛋白A3[collagen alpha-3(VI)chain,COL6A3]短肽抗体的ELISA检测方法,并探讨两种瓜氨酸化短肽抗体在类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)实验室诊断中的价值。方法以合成短肽为包被抗原,抗人IgA,IgG及IgM为二抗,检测100例抗瓜氨酸化蛋白抗体(anti-citrullinated protein antibodies,ACPA)阳性组、100例健康对照组和29例RA确诊患者血清中的KRT10,KRT10_C,COL6A3及COL6A3_C短肽抗体水平,比较不同短肽抗体与RA的相关性,采用ROC曲线分析KRT10_C和COL6A3_C短肽抗体对于RA的诊断价值,并对此ELISA方法进行精密度评价。结果与临床诊断相比,KRT10_C短肽抗体诊断RA的灵敏度为58.62%,特异度为52.17%,用于诊断抗CCP抗体阳性RA患者的ROC曲线下面积达0.895;COL6A3_C短肽抗体诊断RA的灵敏度为65.52%,特异度为78.95%,用于诊断抗CCP抗体阴性的RA患者的ROC曲线下面积可达0.956。ELISA检测值KRT10_C(以抗人IgG为二抗)的批内变异系数分别为11.2%(低值)、7.8%(中值)和6.7%(高值)。ELISA检测COL6A3_C(以抗人IgM为二抗)的批内变异系数分别为12.9%(低值)、8.4%(中值)和8.9%(高值)。结论KRT10_C和COL6A3_C短肽抗体对RA诊断具有重要意义,有望加入并完善实验室诊断体系,提高RA的早期诊断率。

COL6A3基因在胃癌中的表达及临床意义

背景从分子水平探析胃癌(gastric cancer, GC)病理机制对改善患者预后至关重要.目前, COL6A3在GC中的表达情况及临床意义鲜有报道.目的研究COL6A3基因在GC中的表达情况和临床意义,并探究可能的作用机制.方法收集GC相关生物大数据,对肿瘤样本的基因表达谱数据及其对应的临床信息进行回顾性分析和生存分析;采用基因集富集分析方法探讨COL6A3在GC中可能的作用机制.结果 COL6A3在GC中表达明显升高(P <0.0001),且具有较大诊断价值(AUC=0.9516). COL6A3高表达与T分期显著相关(P=0.001), COL6A3高表达的GC浸润深度更大. COL6A3高表达患者的预后明显差于低表达患者(P=0.0018). COL6A3高表达样本中,富集了多个肿瘤相关通路的基因集(n=68).结论 COL6A3高表达与GC的发生发展相关,具有较大的临床意义.

拉布拉多犬与金毛寻回猎犬基因组中与髋关节发育不良相关基因COL6A3、FN1的SNP位点检测

目的检测拉布拉多犬与金毛寻回猎犬基因组DNA中与髋关节发育不良密切相关的COL6A3基因、FN1基因中的3个SNP位点,以期为拉布拉多犬与金毛寻回猎犬幼犬的选育提供有效的遗传学诊断方法。方法全国范围内募集经过影像学诊断的髋关节发育不良的拉布拉多犬8只、金毛寻回猎犬5只,中国导盲犬大连培训基地提供经影像学诊断的健康的拉布拉多犬23只、金毛寻回猎犬7只作为实验对象,静脉采血,提取血细胞的基因组DNA样本,采用PCR/测序方法对COL6A3基因上的2个SNP位点(CFA25∶51031100,51040259)和FN1基因的1个SNP位点(CFA37∶25095511)进行基因型检测,并统计分析SNP位点的基因型与髋关节发育不良的关联度。结果 COL6A3(CFA25∶51031100,51040259)和FN1(CFA37∶25095511)SNP位点的基因型与犬的髋关节发育不良没有显著相关性(P>0.05)。结论 COL6A3(CFA25∶51031100,51040259)和FN1(CFA37∶25095511)SNP位点均不能成为拉布拉多犬与金毛寻回猎犬髋关节发育不良的实用性遗传学诊断指标。

COL6A3促进胃癌细胞增殖进而导致预后不良

COL6A3是COL6家族的一员,在多个生物过程中发挥关键作用,已被报道与多种恶性肿瘤的进展相关.然而,它在胃癌中的作用仍不清楚.在这项研究中,通过分析TCGA数据库,发现COL6A3 mRNA在胃癌组织中上调,并与胃癌患者的预后呈现负相关.通过分析我院收集的胃癌组织,发现COL6A3在人类胃癌组织中高表达.数据进一步证实了COL6A3的表达与胃癌患者的临床病理特征包括肿瘤大小(P=0.006)之间的关联性.在人类胃癌细胞系MGC-803和AGS中,通过CCK-8和细胞集落形成实验发现敲低COL6A3能抑制细胞增殖,动物实验结果表明,敲低COL6A3可以明显减小小鼠的肿瘤体积.综上所述,COL6A3可能成为治疗胃癌的新靶点和预后标志物.

COL6A3基因新突变导致的Bethlem肌病家系研究

目的应用遗传性肌病基因芯片捕获测序对一个肌营养不良家系进行分子遗传学检测，从基因水平确定其病因，进而分析其临床特点，为遗传咨询和产前诊断提供依据。方法针对一个肌营养不良家系，首先通过表型进行临床诊断，检测特定的基因。在未能找到致病突变情况下，采用遗传性肌病目标捕获测序芯片，应用高通量目标区域捕获测序结合Sanger测序和生物信息学分析，确定该家系患者的致病突变。利用PolyPhen网站与NCBI网站对突变类型进行致病性与保守性分析，预测突变位点致病性。结果基因芯片捕获测序方式提示先证者COL6A3基因存在C．3353A〉C杂合突变，进一步的Sanger测序证实该家系中4例患者均存在同样的突变，而家系中正常成员则无此突变。生物信息学分析该突变导致编码氨基酸由组氨酸变成了脯氨酸，该位点区高度保守，突变后具有高度致病性。患者智力正常，肌活检提示肌源性损害，血清肌酸激酶轻度升高，疾病进展缓慢，亦符合Bethlem肌病临床特征。结论目标区域捕获测序是一种高效的基因诊断方法，应用该技术在一个遗传性肌病家系中发现COL6A3基因第8外显子c3353A〉C杂合突变，该突变可能导致Bethlem肌病，呈常染色体显性遗传方式。

胃癌相关基因COL1A2、FN1、COL6A3预后分析

目的分析胃癌和癌旁组织差异表达基因,筛选出胃癌相关的关键基因,分析关键基因与胃癌预后的关系。方法利用NCBI(美国国立生物技术信息中心)公共数据平台GEO(Gene Expression Omnibus)中胃癌基因芯片数据GSE2685、GSE19826、GSE79973,采用GEO在线分析工具GEO2R分析数据,选取TOP250,输出差异表达基因,并通过在线生物信息学绘制韦恩图,获得共有差异基因;通过KM plotter数据库的应用分析COL1A2、FN1、 COL6A3与预后的关系。结果通过分析GSE2685、GSE19826、GSE79973芯片数据,共获得6个共表达基因,利用差异倍数作图,选取差异倍数在2倍以上的基因COL1A2、FN1、COL6A3进行分析,KM plotter数据库的分析显示COL1A2、FN1、COL6A3与胃癌的总生存期成负相关。结论 COL1A2、FN1、COL6A3在胃癌组织中表达高于癌旁组织,是胃癌的危险因素,其表达水平越高预后越差。

Bethlem肌病一家系临床表型及基因突变分析

目的分析Bethlem肌病临床表型和基因突变特点。方法报道一家系3例女性患者临床表型、肌电图、肌肉活检、肌肉病理学和基因检测结果,并结合相关文献进行分析。结果先证者于13岁发病,以进行性四肢近端无力为主要临床表现。血清学肌酸激酶水平显著升高,肌电图呈肌源性损害,肌肉病理学显示骨骼肌局灶坏死等非特异性肌源性损害。基因检测显示,先证者及其母、其妹存在相同基因突变,即COL6A3基因错义突变c.4270C>T。结论该家系Bethlem肌病患者为COL6A3基因突变致病,临床通过基因测序手段可提高诊断率,有助于产前诊断,减少遗传病发生率。