基于mtDNA COX3基因对西藏特色牦牛群体遗传结构的分析

为探究西藏特色牦牛群体的遗传多样性、系统进化及亲缘关系,本研究利用PCR和直接测序法分别测定了西藏帕里牦牛、嘉黎牦牛、类乌齐牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、桑日牦牛、江达牦牛7个群体共140头个体的mtDNA COX3基因蛋白质编码区(CDS)序列,利用DNAMAN、DNASP 5.1、MEGA 7.0软件分析了其序列多态性、单倍体多样性,并构建了系统发育树。结果表明,西藏牦牛群体的COX3基因CDS序列长度均为781 bp,共检测获得55个变异位点。在140头个体中共检测出11种单倍型,平均单倍型多样性(H_(d))及核苷酸多样性(P_(i))分别为0.665和0.00480,说明西藏牦牛具有丰富的遗传多样性。西藏7个牦牛群体可分为2大类,类乌齐牦牛单独聚为一类,其余牦牛群体为一类。此外,11种单倍型可分为2个聚类簇,说明西藏牦牛可能存在两个母系起源。西藏7个牦牛群体可划分到家牦牛、原牛和普通牛三大单倍型群体中,其中Hap_2、Hap_3、Hap_4、Hap_6、Hap_7、Hap_8、Hap_10、Hap_11这8个单倍型属于家牦牛支系,Hap_5和Hap_9属于原牛和普通牛支系,Hap_1属于野牦牛支系,说明家牦牛、原牛和普通牛是西藏牦牛的混合母系起源,但受家牦牛影响较大。研究结果旨在为西藏牦牛的演化、遗传多样性以及遗传资源保护和利用提供理论依据。

尖孢镰刀菌cox1基因的克隆与生物信息学分析

尖孢镰刀菌可引起豆科、葫芦科、茄科等100多种植物发生根腐病、茎腐病、茎基腐病等病变,本试验对尖孢镰刀菌cox1基因进行克隆,并对其编码的蛋白质进行生物信息学分析,为进行感染尖孢镰刀菌的鉴定提供理论基础。结果表明,尖孢镰刀菌cox1基因大小为1590 bp,编码530个氨基酸序列,理论等电点为8.46,具有疏水性,存在12个跨膜区域,不存在信号肽,二级结构中α-螺旋含量占比较高,为55.66%,三级结构预测结果与二级结构预测占比一致,进化上与轮枝镰刀菌位于一个分支,同源性较高。该结果为植物真菌病害的鉴定与防治提供了新线索。

尖孢镰刀菌cox1基因的生物信息学鉴定及克隆

尖孢镰刀菌可引起豆科、葫芦科、茄科等100多种植物发生根腐病、茎腐病、茎基腐病等病变,试验对尖孢镰刀菌cox1基因进行克隆,并对其编码的蛋白质进行生物信息学分析,为进行感染尖孢镰刀菌的鉴定提供理论基础。结果表明,尖孢镰刀菌cox1基因大小为1593bp,编码530个氨基酸序列,理论等电点为8.46,具有疏水性,存在12个跨膜区域,不存在信号肽,二级结构中α-螺旋含量占比较高为55.66%,三级结构预测结果与二级结构预测占比一致,进化上与轮枝镰刀菌位于一个分支,同源性较高,该结果为植物真菌病害的鉴定与防治提供了新线索。

种公牛COX基因的单核苷酸多态性与精液品质的相关性分析

用长春优质肉种公牛繁育中心的33头种公牛,通过PCR-SSCP技术,检测细胞色素氧化酶(Cytochrome c ox-idase,COX)中存在的突变点,并对多态片段进行了测序,以确定突变的碱基类型和突变点的位置。根据PCR-SS-CP检测及测序结果得知:在细胞色素氧化酶基因的外显子中,第2外显子的92bp位处存在T→C的突变,该碱基位于密码子第2位,氨基酸由异亮氨酸突变为苏氨酸。同时结合精液品质测定记录,对长春优质肉种公牛繁育中心的33头种公牛的精液品质进行了相关分析,结果显示:细胞色素氧化酶基因的第二外显子CC型的活精子比率与CD型相比存在极显著差异(P<0.01),冻精活力存在显著差异(P<0.05)。

基于核糖体DNA ITS区和COX1基因鉴别华支睾吸虫囊蚴

目的基于核糖体DNA ITS区和COX1基因,PCR鉴别鱼体内华支睾吸虫囊蚴。方法于2013年5月底采集广西横县某水库的麦穗鱼,用消化法从鱼肉组织中分离单个华支睾吸虫囊蚴及其他吸虫囊蚴;PCR检测华支睾吸虫核糖体DNA ITS区和COX1基因,并分析检测的灵敏性和特异性。结果分离到不同发育阶段的华支睾吸虫囊蚴并经PCR检测证实。用针对核糖体DNA ITS区和COX1基因的PCR均能检测到单个华支睾吸虫囊蚴DNA,其特异性扩增条带大小分别为437/549、156/249和195/166 bp。用核糖体DNA ITS1和ITS2区的通用引物和特异性引物扩增华支睾吸虫囊蚴DNA的阳性数之比分别为0.905和0.952。针对COX1基因的特异性扩增均检测到目标DNA,并且扩增条带较亮。用该方法对其他吸虫囊蚴检测的对比试验显示特异性引物均未出现任何非特异性扩增反应;用ITS区通用引物检测其他吸虫囊蚴则显示出严重的非特异性扩增反应。结论通过形态观察结合PCR法识别出了不同发育阶段的华支睾吸虫囊蚴。用华支睾吸虫核糖体DNA ITS区的特异性引物进行PCR检测的灵敏性和特异性均优于相应通用引物。针对COX1基因的特异性PCR检测的灵敏性和特异性与核糖体DNA ITS区的检测结果相当。

苎麻线粒体基因CoxⅡ和atpA与细胞质雄性不育相关性分析

【目的】探讨线粒体CoxⅡ和atpA基因与苎麻CMS的关系。【方法】根据GenBank报道的双子叶植物线粒体CoxⅡ和atpA基因编码区高度保守序列设计简并引物,通过PCR技术从苎麻细胞质雄性不育系、保持系和恢复系(简称"三系")mtDNA中扩增目的基因片段;采用DNAWalking策略从3′端和5′端扩增基因片段的未知侧翼序列,分离完整的线粒体CoxⅡ、atpA基因;基于全基因序列和基因表达(RT-PCR法)分析这两个基因在苎麻"三系"间的差异。【结果】分离的苎麻CoxⅡ和atpA基因片段与GenBank中一些双子叶植物同类基因的同源性分别高达95%和97%以上,获得的CoxⅡ、atpA全基因包含了完整的开放阅读框。"三系"的CoxⅡ基因在mtDNA水平、转录水平、蛋白质水平上均无明显差异。雄性不育系atpA基因在mtDNA水平、氨基酸序列和蛋白质二级结构上与保持系和恢复系存在比较明显的差异;RT-PCR分析还表明,不育系atpA基因在现蕾期和开花后期的表达量明显低于可育系。【结论】CoxⅡ基因与苎麻CMS可能无关,而不育系atpA基因的序列变异和/或异常表达可能与苎麻CMS关系密切。

基于线粒体cox1和Cyt b基因对四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性研究

为研究四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性和系统发生关系,用线粒体cox1基因和Cyt b基因全序列分析了20株四川山羊源多头蚴(11株寄生于脑,9株寄生于肌间)的遗传变异,并构建了系统发育树。结果显示:20株多头蚴cox1和Cyt b基因全序列长度分别为1 623和1 068bp,分别有59个和9个变异位点,其碱基变异率分别为0.1%~2.5%和0.1%~0.7%;分别检测到17个和6个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.968±0.033和0.737±0.068,核苷酸多样性分别为0.005 98±0.001 33和0.003 06±0.000 79,平均遗传距离分别为0.006和0.003。构建的系统进化树均显示来源于脑部和肌间的20株四川山羊源多头蚴与多头带绦虫同在一个支系,均为多头带绦虫,且多头带绦虫四川分离株与伊朗、土耳其分离株亲缘关系较近,而与中国甘肃、中国广州、意大利分离株亲缘关系较远。研究结果表明线粒体cox1和Cyt b基因均可作为检测多头带绦虫种群遗传多样性的有效分子标记,且Cyt b基因的多样性水平低于cox1基因。

蓖麻蚕线粒体cox2基因的克隆、序列测定和分子系统学分析

利用兼并性引物克隆出蓖麻蚕线粒体cox2基因、tRNA Leu基因和cox1基因的部分片段。cox2基因编码框包含 6 85个核苷酸 ,编码 2 2 8个氨基酸的蛋白质 ;起始密码子为ATG ,终止密码子仅有 1个T组成 ;蓖麻蚕mtDNA的cox2基因中富含AT ,含量为 75 77% ,GC的含量为 2 4 2 3%。通过同源性比较 ,发现蓖麻蚕的cox2与柞蚕cox2同源性最高 ,核苷酸和氨基酸序列同源性分别是 89 0 %和 96 0 %。根据cox2氨基酸序列进行了 12种昆虫的分子系统学分析探讨。

湖南省鸡蛔虫线粒体cox1和nad1基因的序列测定及种系发育分析

本研究旨在阐明湖南省鸡蛔虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建鸡蛔虫与其它科蛔虫的种群遗传关系。作者应用聚合酶链反应(PCR)扩增鸡蛔虫虫株的pcox1和pnad1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序MP法和Mega4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。所获得的pcox1和pnad1序列长度均为394和408bp,种系发育树表明,20个分离株鸡蛔虫位于同一分枝。由于鸡蛔虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记。本研究系首次报道鸡蛔虫的pcox1和pnad1序列,从而为鸡蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础。

湖南省猬迭宫绦虫的线粒体cox1和nad1基因的序列测定及种系发育分析

本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列重构猬迭宫绦虫与其它绦虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应(PCR)扩增猬迭宫绦虫的pcox1和pnad1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,再用Phylip3.67程序MP法和Mage4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树,同时利用DNAStar5.0中的Megalign程序进行同源性分析。结果显示所获得各样品株的pcox1和pnad1序列长度一致,分别为396和566bp,湖南分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分枝。由于猬迭宫绦虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故均可作为种间遗传变异研究的标记,从而为猬迭宫绦虫的种群体遗传学研究和其相关疾病的诊断奠定基础。

弓首蛔虫线粒体cox1基因的多态性研究

应用PCR SSCP技术和DNA 序列分析对犬弓首蛔虫(Toxocara canis)线粒体DNA(mtDNA)中的细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)进行了分析研究,并与弓首属的猫弓首蛔虫、马来西亚弓首蛔虫、牛弓首蛔虫及弓蛔属的狮弓蛔虫进行了种间比较。结果显示,犬弓首蛔虫种群内的pcox1 序列差异为2.72%,与马来西亚弓首蛔虫种群间的序列差异为11.38%,与猫弓首蛔虫种群间的序列差异为11. 20%,与牛弓首蛔虫种群间的序列差异为10.40%,与狮弓蛔虫种群间的序列差异为11.48%;马来西亚弓首蛔虫种群内的pcox1 序列差异为0.57%,与猫弓首蛔虫的序列差异为8.23%,与牛弓首蛔虫的序列差异为8.70%,与狮弓蛔虫的序列差异为10.60%。研究证实,犬弓首蛔虫不同地方虫株的pcox1 有一定差异,与同属其他种类及狮弓蛔虫的差异较大;马来西亚弓首蛔虫确为一独立种。

鸡蛔虫线粒体cox1基因的克隆及序列分析

本研究旨在阐明鸡蛔虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况,并用pcox1序列构建其与其他蛔虫的进化关系。应用聚合酶链反应(PCR)扩增鸡蛔虫虫株的pcox1,将测定获得序列应用Clustal X 1.81程序进行比对,然后用Phylip 3.67程序MP法和Mega 4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle 5.2程序构建最大似然树。所获得的pcox1序列长度一致,均为250bp,种内变异在0～2.5%之间。种系发育分析表明,8个鸡蛔虫分离株位于同一分枝。由于鸡蛔虫pcox1序列种内相对保守,种间差异较大(6.9%～15.3%),故可作为种间遗传变异研究的标记,研究结果为进一步研究鸡蛔虫的群体遗传结构奠定了基础。

烟草线粒体基因coxⅡ的SNP检测及其与CMS的相关性分析

对烟草胞质雄性不育性(CMS)的分子机理进行了研究。以7个CMS系及其相应的保持系为材料,利用特异引物PCR法扩增其线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ(coxⅡ),通过直接测序和比对,检测到coxⅡ中有3个核苷酸位点存在碱基变异,分别是:C-770G、G-772A和G-773C,其中第770位碱基的变化导致了相应位点编码氨基酸的改变,第772和773位碱基的变化共同导致了1个编码氨基酸的改变。对coxⅡ基因中第770位C→G的突变进行了240个烟草植株个体的PCR-RFLP检测及分析,结果表明,所有保持系单株的线粒体coxⅡ基因片段都可以被HapⅡ酶切,酶切后出现2种条带;而全部雄性不育系单株的线粒体coxⅡ基因片段由于第770位C→G的突变都不能被HapⅡ酶切,电泳图中仅有1条未被切开的条带。说明coxⅡ基因第770位的SNP位点与烟草CMS特性存在极显著的相关性。

辣椒核质互作雄性不育系线粒体不育基因CoxⅡ和atp6的克隆与序列分析

以辣椒核质互作雄性不育系9704A、保持系9704B和恢复系9701(简称"三系")为材料,根据GenBank报道的茄科作物线粒体CoxⅡ和atp6基因编码序列分别设计引物,PCR扩增辣椒"三系"线粒体DNA目的基因片段,研究辣椒"三系"线粒体DNACoxⅡ和atp6基因的差异及与雄性不育的关系。结果表明:从辣椒核质互作雄性不育系中扩增到两个基因的部分序列atp6-706和CoxⅡ-708,GenBank登录号分别为FJ986191和FJ986190,生物信息学分析发现分离的atp6-706和CoxⅡ-708片段与GenBank报道的茄科作物线粒体CoxⅡ和atp6基因的相似性高达95%以上;在保持系和恢复系中均未能扩增到任何序列,说明辣椒雄性不育系的CoxⅡ和atp6基因与保持系和恢复系在线粒体DNA水平上存在差异,这种结构上的变化暗示可能与辣椒雄性不育相关。

基于线粒体cox1基因序列的弹涂鱼类系统进化关系

于我国雷州半岛红树林海区捕获隶属于弹涂鱼属(Periophthalmus)、大弹涂鱼属(Boleophthalmus)与青弹涂鱼属(Scartelaos)的4种弹涂鱼,克隆4种弹涂鱼23个个体cox1基因序列,通过分析4种弹涂鱼与Gen Bank中12种弹涂鱼cox1基因序列的变异特征,探讨4种弹涂鱼与后者的种间亲缘关系。结果表明,16种弹涂鱼的82个体的cox1基因序列共检测到单倍型44个,核苷酸多态位点212个(占35.4%),种间平均核苷酸差异数为4(占2.01%);基于最大似然法(ML)和邻接法(NJ)构建的系统发育树显示,各弹涂鱼属多形成一独立分支,亲缘关系明显,齿弹涂鱼属(Periophthalmodon)镶嵌于弹涂鱼属内,大弹涂鱼属与青弹涂鱼属形成并列分支,亲缘关系较近。依化石记录标定的松散分子钟估算物种分歧时间,结果表明,各弹涂鱼属出现明显分化大约发生于渐新世末期至中新世早期(23.61~15.65 Ma)。

中华双腔吸虫线粒体cox1基因的克隆及序列分析

以从中国甘肃玛曲牦牛胆管中采集的3条中华双腔吸虫作为研究对象,用引物JB3及JB4.5扩增中华双腔吸虫的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1),并用pcox1序列构建其与其它吸虫的进化关系。将测定获得序列应用Clustal X 1.81程序进行比对,然后用Phylip 3.67程序MP法,并用Puzzle 5.2程序构建最大似然树。所获得的3个中华双腔吸虫样品pcox1序列长度一致,均为355bp。种系发育分析表明,3个中华双腔吸虫样品位于同一分枝。本研究系首次报道中华双腔吸虫的线粒体cox1序列,从而为进一步研究中华双腔吸虫进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。

鸡蛔虫线粒体cox1和nad4基因的遗传变异分析

为探究鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发育关系,对分离自四川省西昌市的15个鸡蛔虫分离株的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅳ(nad4)基因全序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并用cox1和nad4基因部分序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的NJ树和贝叶斯树。测序结果显示,所获得的鸡蛔虫cox1和nad4基因全序列长度分别为1 152和1 236bp,分别有33和40个变异位点,碱基变异率分别为0~2.1%和0~2.3%;分别检测到8和11个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.733±0.124和0.933±0.054,核苷酸多样性分别为0.00433±0.00153和0.00541±0.00157,平均遗传距离分别为0.004和0.005。构建的种系发育树均显示15个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且nad4基因比cox1基因更适合作为研究鸡蛔虫分离株遗传变异的分子标记。

基于cox1基因对中国青藏高原地区细粒棘球绦虫遗传多态性的研究

通过对中国青藏高原地区细粒棘球绦虫的遗传多态性分析,了解该地区细粒棘球绦虫的遗传变异情况,为细粒棘球蚴病的防治提供基础材料。基于线粒体cox1基因全序列(1 609bp)分析中国青藏高原地区47个细粒棘球绦虫分离株的序列变异情况,并结合NCBI数据库中已公布的中国青藏高原和中东地区所有细粒棘球绦虫cox1基因全长序列,对比分析两个种群的遗传多态性特征。结果显示,47个样品均被确定为G1基因型,分为10个单倍型(C1~C10),其中优势单倍型C1与中东优势单倍型相同,且该单倍型呈世界性分布。中国青藏高原地区细粒棘球绦虫的单倍型多样性(Hd)与核苷酸多样性(π)较低,明显低于中东种群,两个地区Tajima’s D和Fu’s Fs检验值均为负值,遗传结构差异不显著。研究结果表明:中国青藏高原细粒棘球绦虫可能是由一个起源于中东的有效种群进入该地区后,经历了近期群体扩张或遗传瓶颈,在高原地区天然的地理隔离作用下,逐渐发展成了现在的种群。

棉铃虫线粒体cox2基因的克隆、序列及系统学分析

利用兼并性引物克隆出棉铃虫线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ基因（cox2），cox2基因编码框包含682个核苷酸，编码227个氨基酸的蛋白质；起始密码子为ATG，终止密码子仅有一个T组成。利用GenBank数据库搜索了其他12种昆虫的线粒体cox2基因序列，通过同源性比较，发现棉铃虫的cox2与鳞翅目4种蚕的cox2同源性最高，核苷酸和氨基酸序列同源性分别达到85%～88%和93.0%～94.7%。同时，根据cox2核苷酸和编码的氨基酸序列进行了13种昆虫的分子系统学分析的探讨，发现分子系统树与形态分类基本一致，但略有差异。

线粒体DNA COX3基因多态性与瓢鸡生长和屠体性状的相关性分析

采用DNA测序和PCR-RFLP方法,分析了瓢鸡线粒体DNA COX3基因(mt DNA COX3)变异,并与生长和屠体性状进行了关联分析。在瓢鸡线粒体DNA COX3基因发现C10669T多态位点,建立了Eco RV PCR-RFLP分子标记,利用该标记对300日龄具有生长和屠体性状记录的82只瓢鸡进行了基因分型。结果表明,线粒体DNA COX3基因C10669T多态位点在瓢鸡群体中C基因为优势基因,基因频率为69.5%,多态信息含量和杂合度分别为0.3341与0.4240。C10669T位点基因型在体重、龙骨长、跖长、屠体重与胸肌率5个性状差异显著,C基因型个体普遍高于T基因型。线粒体DNA COX3基因对瓢鸡生长和屠体性状的作用机理有待进一步深入分析。