山东地区1株牛病毒性腹泻病毒的分离鉴定及遗传进化分析

【目的】了解并掌握山东地区牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)流行毒株的生物学特性和遗传变异情况,为BVDV防控提供理论依据和技术支持。【方法】采集养牛场疑似BVDV感染样品制备组织上清液,利用RT-PCR方法进行病原鉴定,接种MDBK细胞进行病毒分离培养,采用间接免疫荧光试验(IFA)和电镜观察对分离毒株进行鉴定,对分离毒株全基因组进行分段扩增、克隆和测序,并采用Lasergene等软件分别对全基因组序列、N^(pro)和E2基因进行比对和遗传演化分析。【结果】病料样品BVDV特异性引物RT-PCR扩增得到大小约504 bp的目的条带,与预期大小一致。IFA结果显示特异性绿色荧光;电镜下可见直径约50 nm的病毒粒子,表明分离到1株非致细胞病变型BVDV毒株,命名为SDNF9株。分离株基因组全长为12232 nt,与BVDV参考毒株的全基因组核苷酸相似性为79.1%~93.8%,其中,与中国分离毒株22AH-1和澳大利亚毒株Bega-like的相似性最高,为93.8%;N^(pro)和E2蛋白氨基酸存在多个位点变异;SDNF9分离毒株与BVDV2型毒株和BVDV3型毒株处于遗传演化的不同分支,而与BVDV 1型毒株处于同一分支,属于BVDV 1c基因型。【结论】本研究成功分离到1株BVDV 1c流行毒株,并进行基因组和遗传演化分析,与中国分离毒株22AH-1亲缘关系最近,为山东地区牛病毒性腹泻的防控和疫苗研制提供数据和材料支持。

牛病毒性腹泻病毒陕西分离株的鉴定及E2基因的克隆与序列分析

为分析陕西省牛病毒性腹泻病毒(BVDV)分子变异情况,采集陕西省某牛场腹泻患牛粪便样品,经处理后接种至MDBK细胞后,进行病毒分离鉴定并对分离的BVDV进行E2基因的克隆和遗传进化分析。结果显示,样品经过RT-PCR鉴定后接毒,第4天出现明显的细胞病变(CPE),通过设计特异性引物对收获的病毒成功扩增出BVDV E2基因,证明分离的病毒为BVDV。对该病毒的E2基因进行序列分析,所得序列与GenBank上已发表的BVDV毒株的核苷酸序列同源性为84.5%~100%,氨基酸序列同源性为82.1%~100%。结果表明,成功分离到牛病毒性腹泻病毒并进行了E2基因的克隆与序列分析,研究结果可为陕西地区BVDV的流行病学、致病性及生物学特性研究提供依据,为BVDV的区域流行及有效防控提供参考,为新疫苗的研发提供地方种毒。

犬副流感病毒的分离鉴定及部分基因序列分析

目的分离并鉴定犬副流感病毒（canine parainfluenza virus,CPIV）,并对该病毒N、HN和F基因进行序列分析,研究其遗传变异情况;为CPIV诊断、治疗以及预防奠定分子生物学基础。方法用Vero细胞接种感染CPIV阳性犬肺组织,盲传3代,观察病变情况,收集72 h培养液进行PCR鉴定、血凝特性以及形态学观察。同时,用3对特异性引物,扩增N、HN和F全基因,进行序列测定和分析,并制作系统进化树。结果从犬肺中成功分离出一株犬副流感病毒,并命名为QF20100726。该病毒能凝集豚鼠、猪、鸡和人O型血,电镜观察病毒呈圆形、长丝状等形态多样、大小不等的颗粒状;序列分析表明,与人源、犬源等10株有代表性的副流感病毒基因相比,N基因核苷酸同源性为95.7%~99.8%,氨基酸同源性为97.4%~99.6%,其中有两处氨基酸发生新的变异,分别是第257位由V变成了A,第301位由A变成了T;HN基因核苷酸同源性为95.5~99.8%,氨基酸同源性为96.3~99.6%,F基因核苷酸同源性为94.7%~99.6%,氨基酸同源性为95.6%~99.3%。有两处发生特异变异,分别是56位由T变成了S,89位由T变成了M。结论成功分离犬副流感病毒QF20100726分离株,其血凝特性及超微形态特征均符合CPIV特性,N、HN和F全基因生物进化树显示,该分离株与犬副流感病毒分离株08-1990（登录号：KC237063）亲缘关系最近;N基因氨基酸在第257位（由V变成了A）和第301位（由A变成了T）,F基因氨基酸在第56位（由T变成了S）和89位（由T变成了M）发生了特异性变异。这些数据将为CPIV的防控奠定基础。

新型鸭肝炎病毒的分离鉴定及VP1基因序列分析

为了解新型鸭肝炎病毒(N-DHV)的变异情况,本实验从广西、河南、山东临床发病鸭体内分离到3株病毒。通过RT-PCR检测为N-DHV。将分离株进行鸭胚传代培养,并测定鸭胚毒的ELD50为10-3.29/0.2 mL～10-4.65/0.2 mL。以1型和N-DHV阳性血清分别与分离株进行血清交叉中和试验,结果表明,Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-1)阳性血清对分离株无保护性。动物回归试验表明,分离株致死雏鸭的临床症状和病变与DHV-1相同,分离株的致死率为30%～70%。将分离株接种鸡胚,不产生任何病变,在鸡胚成纤维细胞中连续传5代后,细胞产生明显、规律的病变。扩增3株分离株的VP1基因,并进行氨基酸序列比对,结果表明3个分离株与DHV-C的同源性最高,与DHV-A的同源性最低,并存在氨基酸的插入和缺失。本实验表明3个分离株与韩国N-DHV属于同一血清型。

牛病毒性腹泻病毒基因2型代表株全基因组序列分析

为了解我国牛病毒性腹泻(BVD)的分子流行病学情况,本研究对分离的3株牛病毒性腹泻病毒基因2型(BVDV-2)代表株全基因组进行序列分析,应用RT-PCR法分段扩增3株BVDV-2(XJ-04、SD-09和QH-09)的全基因组序列,共分为18个片段:A～Q以及5'-UTR和3'-UTR的部分序列。除5'-UTR和3'-UTR部分序列外,A～Q基因片段末端相互重叠。经序列拼接获得3株全基因组序列,全长均为12 284 bp。将测序结果与GenBank登录的瘟病毒科代表毒株序列、自我裂解酶(Npro)、结构蛋白(C、Erns、E1、E2)以及标准株BVDV-1 NADL和BVDV-2 890进行核苷酸以及氨基酸序列同源性分析。结果表明:XJ-04、SD-09和QH-09的全基因组序列同源性高于99.6%,3株BVDV-2分离株与890和NewYork93株亲缘关系最近,属于BVDV-2a亚型。在致细胞病变型的XJ-04、SD-09、QH-09株的NS2/3基因上无外源基因的插入。本研究分离的BVDV-2株为国内首次鉴定国内分离株全基因组序列,为我国BVD的分子流行病调查提供依据。

一起腺病毒引起的聚集性呼吸道感染的实验室调查

目的对一起幼儿园聚集性发热事件开展病原学调查,为疫情处置提供依据。方法采集部分患者呼吸道样品,应用real-time RT-PCR法筛查,腺病毒核酸阳性样品接种HEp-2细胞系,PCR扩增部分腺病毒Hexon高变区基因片段并测序,确定病毒型别并进行变异分析。结果从10份咽拭子标本中检测到7份腺病毒核酸阳性。经分离培养得到7株人腺病毒毒株。系统进化分析确定均为人腺病毒7型。推导的氨基酸序列分析显示,与近年来国内外流行株相比,分离株的Hexon蛋白高变区无氨基酸位点突变。结论结合病例临床表现以及流行病学调查结果,此事件证实系人腺病毒7型引起的急性呼吸道感染聚集性事件。

1株牛病毒性腹泻病毒的分离鉴定及其结构蛋白E2序列分析

为了解河北省唐山市规模化奶牛场中牛病毒性腹泻病毒(BVDV)流行毒株的基因特征,本试验于唐山市2个规模化奶牛场采集了49份临床样品进行逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测,并对阳性样品进行病毒的分离,最终成功分离到1株非致细胞病变的BVDV毒株,命名为HB-1株。电镜观察结果显示,HB-1株具有典型的BVDV病毒粒子形态。对HB-1株全基因组序列进行扩增和测序,基因遗传进化分析结果显示,HB-1株属于BVDV-1m亚型。HB-1株结构蛋白E2全长序列糖基化位点和抗原表位预测结果显示,HB-1株E2蛋白含有4个保守的糖基化位点,其中抗原表位1高度保守。本试验为河北省进一步开展牛病毒性腹泻(BVD)流行病学调查、疫苗株筛选以及检测方法建立提供数据支撑。

牛病毒性腹泻病毒LN-1株的分离鉴定及基因组序列分析

【目的】查明并掌握辽宁地区牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)的流行特性及生物学特点,为BVDV的防治提供理论基础和技术支持。【方法】采集辽宁省某养牛场疑似发生BVDV感染的病死牛脾脏组织,用牛传染性鼻气管炎病毒(Infectious bovine rhinotracheitis virus,IBRV)、牛呼吸道合胞体病毒(Bovine respiratory syncytial virus,BRSV)、牛副流感病毒3型(Bovine parainfluenza virus type 3,BPIV3)及BVDV基因特异性引物进行RT-PCR鉴定,将组织液接种MDBK细胞分离病毒。对细胞进行细胞病变效应(CPE)观察后再通过电镜观察、间接免疫荧光试验(IFA)鉴定病毒,PCR扩增病毒全基因组序列并对其进行遗传进化分析。【结果】BVDV特异性引物RT-PCR鉴定结果为阳性,在280 bp处有条带,与预期条带大小相符,其余病原特异性引物未扩增出条带,证明未感染其他病原;分离得到的毒株在MDBK细胞中培养未出现明显细胞病变效应;病毒纯化后,经电镜观察可见直径约为50 nm的病毒粒子;免疫荧光试验结果显示,在接种分离毒株的MDBK细胞内可观察到亮绿色荧光,而对照细胞没有荧光,将分离得到的病毒命名为LN-1株;全基因组扩增序列大小为12269 bp,遗传进化分析发现,LN-1株与XC、SD-15及ZM-95株在同一分支,与XC株核苷酸相似性为96.2%,属于BVDV-1m型。【结论】本研究成功分离出1株1m型BVDV毒株,对后续疫苗研发、流行病学调查及致病机理等方面研究具有重要意义。

黑龙江省某规模化牧场BVDV病毒分离鉴定及生物学信息分析

为了探讨黑龙江某规模化牧场发病奶牛的致病原及其生物学特征,对黑龙江省某规模化牛场采集到的育成牛肺脏组织样本进行病毒分离鉴定,确定了样本的基因型为BVDV-1d,5’UTR的同源性比对显示,与中国北京株BJ1023(Genbank:KF925509)同源性最高。E2基因的同源性比对显示,与中国北京株BJ1308(Genbank:KT951841)同源性最高。对样本进行E2基因序列分析和理化性质分析可知,E2核苷酸水平上有58.9%的可变性位点(763/1296),保守区有两段:核苷酸位置394~541以及919~1234。有两个潜在的跨膜信号区域:30~50和410~420。蛋白不稳定性为33.62,可以将该蛋白质分类为稳定的蛋白质。E2基因的抗原表位与瑞士毒株SuwaCp(Genbank:KC853441)的抗原表位优势部分走势基本一致。分离获得的毒株为我国BVDV毒株资源与分子流行病学提供了资料。

牛病毒性腹泻病毒JN株的分离鉴定及E2基因的序列分析

本研究从疑似牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)感染牛的分泌物与排泄物中分离鉴定1株牛病毒性腹泻病毒,并进行E2基因序列分析。结果表明,分离株病毒命名为JN株;Reed-Muench法测定分离株病毒TCID50为10-7.5/0.1mL;病毒中和试验结果表明,BVDV JN分离株可被BVDV阳性血清特异性中和,而不能被BVDV阴性血清中和;分离株病毒E2基因序列测序结果表明,该分离毒株属于BVDVⅠa亚型。

广东登革3型病毒株的分离培养和鉴定

目的对2009年发生于广东地区的3例家庭聚集性登革热患者血清进行登革病毒的鉴定和病毒株的培养分离。方法用胶体金法检测患者血清中登革病毒特异性IgM、IgG抗体;C6/36细胞培养患者血清中登革病毒;RT-PCR扩增C-PrM基因序列的片段以检测患者血清中登革病毒RNA,PCR产物经序列测定后进行生物信息学分析。结果3例患者血清学检测均为登革病毒特异性IgM阳性、IgG阴性;特异性RT-PCR产物长约290bp,经琼脂糖电泳和测序分析,证实3例患者血清中均存在登革3型病毒;从1例患者血清中培养分离到了登革病毒株,经RT-PCR和测序证实为登革3型病毒。结论2009年发生于广东地区的3例登革热患者经病毒培养和分子生物学鉴定,证实均为登革3型病毒感染。

两种肠道腺病毒基因型分型方法的比较

目的研究简便快速肠道腺病毒基因型分型方法。方法采集137例非腹泻人群的粪便样本,在A549细胞中培养,提取病变细胞的基因组DNA进行PCR扩增或直接提取粪便悬液过滤上清基因组DNA进行巢式PCR扩增,对PCR阳性者进行克隆、测序以及基因型分型。结果 137份样本中,两种方法均有17份样本检出腺病毒,阳性率为12.4%(17/137)。序列分析显示,两种方法检出的腺病毒型别一致。这17份样本分别属于人腺病毒5型(5份)、7型(3份)、12型(3份)及48型(6份)。结论两种方法的敏感性、特异性一样,但方法二是直接提取粪便悬液过滤上清基因组DNA进行巢式PCR扩增,无需方法一需进行3次体外细胞感染实验后从病变细胞中提取基因组DNA进行PCR扩增,节省实验的时间及成本,特别是避免体外细胞感染过程中可能出现的污染,值得推荐。

广州地区非腹泻人群肠道腺病毒的分子流行病学研究

目的研究广州地区非腹泻人群肠道腺病毒的分布特点。方法采集73例成人、41例儿童共114例非腹泻人群的粪便样本,进行体外细胞感染实验,同时提取粪便悬液过滤上清基因组DNA进行巢式PCR扩增,对PCR阳性者进行克隆、测序以及基因型分型。结果 114份样本中,共有12份样本检出腺病毒,阳性率为10.5%(12/114)。其中儿童组阳性率为14.6%(6/41),成人组阳性率为8.2%(6/71),两组间比较差异显著有统计学意义(P<0.05)。经序列分析显示,12份样本分别属于人腺病毒5型(3份)、7型(2份)、12型(3份)及48型(4份)。成人的人腺病毒型别为5型、7型、及48型,婴幼儿的人腺病毒型别为12型、48型。结论广州地区人群粪便样本中检测到人腺病毒5型、7型、12型及48型的存在,其中12型及48型为首次发现,并且12型仅在婴幼儿中发现。此外,文献报道人腺病毒48型为罕见血清型,但其占本研究中阳性样本的33%,其在我国是否属于罕见,需要慎重对待。

牛病毒性腹泻病毒TC株的分离鉴定及E0基因的序列分析

从新疆塔城地区某牛场采集患病犊牛全血,将RT-PCR方法鉴定为牛病毒性腹泻病毒（BVDV）阳性的样品接种到MDBK细胞,传代至第4代,出现典型病变（CPE）。通过间接免疫荧光试验,证明该分离病毒为BVDV,命名为BVDV-TC。设计引物对E0基因进行扩增和序列分析。所得片段与GenBank上已发表的BVDV毒株核苷酸序列的同源性为69.3%~93.8%,氨基酸同源性为73.6%~97.8%,TC株的遗传距离与VEDEVAC株最接近。BVDV-TC是第一个在新疆地区报道的1b亚型BVDV毒株,为新疆地区BVDV感染的防控提供依据。