犬细小病毒临床分离株VP2基因进化分析

为了对犬细小病毒临床分离株的VP2基因进行遗传变异分析,了解本地区犬细小病毒流行的优势型别及病毒变异情况。采集2例患犬细小病毒病的动物粪便,提取病毒基因组,设计特异性引物,PCR扩增VP2基因,对扩增产物测序,对序列结果与同属其他毒株VP2基因序列用MEGA 7和MegAlign进行同源性分析和遗传进化分析。同时比较其氨基酸变异情况。结果显示,PCR扩增出VP2基因,测序结果显示大小为1755 bp,2株病毒VP2基因NCBI序列登录号分别为MH155192和MH155193,MH155192与MF467233.1和JQ743891.1的核苷酸同源性为99.9%,MH155193与KY937651.1、KP260509.1、KY937641.1核苷酸同源性为99.8%。MH155192主要位点氨基酸分别为为267Y,324I,370Q,426D,440A。MH155193主要位点氨基酸分别为267Y,324I,370R,426E,440T。且2株病毒297位均为A。表明分离到的2株病毒分别为新CPV-2b和CPV-2c型。

犬细小病毒西宁分离株的分子鉴定及VP2基因序列分析

本研究首次对地处青藏高原地区的西宁的犬细小病毒分离株(命名为CPV-XN1)进行了VP2基因的克隆、测序,并与我国以及我国周边国家地区的流行株,以及参考株进行了核苷酸同源性比对和进化分析。VP2基因分子鉴定结果显示,该分离株为CPV-2b亚型株,VP2基因核苷酸序列全长1755bp,蛋白长度为584个氨基酸,分子量大小约为64.58 k Da,VP2蛋白为稳定蛋白,总体亲水性较高,可溶于水,VP2蛋白的二级结构以无规则卷曲为主;VP2基因的T-B细胞共同表位为序列的97-105位点,其序列为ALDDTHAQI,位点286-294,序列为GLPPFLNSL。西宁分离株与我国各地区流行株的核苷酸序列同源性和氨基酸同源性均在99%以上;CPV-XN1分离株VP2基因氨基酸序列中的非同义突变位点有1处,在78位氨基酸处;VP2基因进化树分析发现:CPV-XN1分离株与CPV-2b北京分离株(KT162024)和CPV-2b兰州分离株(JQ268284)组成一个微小分支,并与其它CPV-2b分离株处于同一个大支上,从进化角度上鉴定此研究分离株应属CPV-2b株。因此,本实验对青海西宁CPV-XN1分离株的VP2基因抗原表位分析和系统进化的探讨结果,有望为我国CPV分子流行病学调查提供一定的数据参考依据。

犬细小病毒新2b型分离株的分离鉴定

为了更好的了解我国东北地区犬细小病毒的流行情况,采用F81细胞从来自长春某宠物医院疑似患有肠炎的犬粪便样品中分离出1株病毒,经形态学、血清学、动物回归试验和分子生物学鉴定,分离的病毒为犬细小病毒new CPV-2b型,命名为CPV JL13-1。对该病毒主要结构蛋白VP2基因进行克隆测序和基因进化分析表明,CPV JL13-1分离株VP2基因与GenBank上提交的其他41株犬细小病毒株核苷酸和氨基酸均有较高的同源性,分别为98.6%-99.5%和97.6%-99.5%,其中核苷酸和氨基酸同源性最高的均为B-2004株。本研究为犬细小病毒分子流行病学调查和疫苗的研究奠定基础。

犬细小病毒兰州分离株VP2基因的克隆及进化树分析

本研究首次对地处西北地区的兰州的犬细小病毒分离株(命名为CPV/LZ-kbz11)进行了VP2基因克隆、测序,并与参考株、我国各地区流行株以及周边国家流行株进行了进化树分析和核苷酸同源性比较。结果显示,该毒株能在犬肾细胞系(MDCK)上成功生长,但不引起细胞病变。该分离株为CPV-2b亚型毒株,与M19296(CPV-2亚型参考毒株)、EU659118(CPV-2a亚型参考毒株)、EU145954(CPV-2b亚型参考毒株)、AB054224(CPV-2c亚型参考毒株)的核苷酸序列同源性分别为99.0%、99.3%、99.2%、99.2%;与我国及周边主要流行毒株EU213079(CPV-2a,浙江)、EF666059(CPV-2a,北京)、EF599096(CPV-2a,韩国)、EF592511(CPV-2a,台湾)、EU483512(CPV-2b,浙江)、FJ222821(CPV-2c,意大利)的核苷酸同源性分别为99.6%、99.5%、99.4%、99.4%、99.4%、99.4%。对VP2基因中非同义置换的氨基酸分析结果显示,兰州分离株与对比毒株的非同义突变位点共有4处,分别在第267位、324位、426位和440位的氨基酸处。