新型耐药基因传播元件:ISCR

随着抗生素的广泛使用和滥用,细菌的耐药问题日益严重。转座子和整合子可以解释大多数耐药基因在DNA分子间的移动,但它们不能解释耐药基因移动的实质和耐药基因亚种的增长。本文介绍一类传播耐药基因元件——ISCR,并阐明抗生素耐药基因广泛传播的实质。通过借鉴近几年来国内外研究的成果,概括论述ISCR因子与各类抗生素耐药基因的关系,这对耐药基因传播研究具有一定的指导意义。

大肠埃希菌临床分离株aac(6)′-Ib-cr基因的检测

目的:了解温州地区大肠埃希菌临床株中质粒介导的喹诺酮类耐药基因aac(6)′-Ib-cr的分布、耐药情况。方法:收集温州医学院附属第一医院环丙沙星耐药的大肠埃希菌临床株60株,应用PCR方法检测其aac(6)′-Ib基因,琼脂稀释法检测菌株的耐药情况,DNA测序aac(6)′-Ib-cr基因变异体,用接合传递试验方法验证细菌质粒介导的耐药性的可转移性。结果:60株大肠埃希菌临床株检出10株aac(6)′-Ib,其扩增产物进行测序,结果表明4株菌在第223位(T→C或T→A)发生变异,均携带aac(6)′-Ib-cr基因;这4株菌接合传递试验成功,临床株对喹诺酮类的耐药性传递给了受体株。结论:温州地区aac(6)′-Ib-cr介导的喹诺酮类耐药的大肠埃希菌较普遍存在。

隐花色素CRY2基因片段克隆及RNAi植物表达载体的构建

隐花色素是植物向光反应的主要的光受体,介导蓝光/近紫外光调控的反应。在拟南芥中CRY2调节去黄化反应并控制开化时间。我们根据在GenBank中已经发表的拟南芥(NM_100320)、中国大白菜(AY176689)、油菜(AJ889779)CRY2基因的cDNA保守序列设计并合成同源引物。通过RT-PCR方法从"津田"芜菁(Brassica rapa L.subsp.rapa"Tsuda")总RNA中扩增出CRY2基因的cDNA部分片段,采用gateway技术中的BP反应将其克隆到pDONR221中。测序表明,该片段与拟南芥具有87%的同源性,与油菜和中国大白菜的同源性达97%以上。采用gateway技术中的LR反应,以植物表达载体pH7GWIWG2(I)为基础,构建了由组成型启动子35S调控的CRY2基因的ihpRNAi植物表达载体。

鲍曼不动杆菌耐药基因aac（6＇）-Ib和aac（6＇）-Ib-cr的检测

目的了解阿米卡星耐药的鲍曼不动杆菌中aac（6＇）-Ib-cr基因的分布情况。方法收集2007年1月2009年10月临床标本中分离对阿米卡星耐药的鲍曼不动杆菌73株，利用聚合酶链反应（PCR）方法扩增aac（6＇）-Ib基因，PCR产物进行电泳分析和测序，aac（6＇）-Ib基因阳性PCR产物用内切酶FOK酶切后电泳分析。统计菌株对亚胺培南等12种抗生素的耐药率。结果aac（6＇）-Ib基因的检出率为89．0％，其中7．7％为突变了的aac（6＇）-Ib-cr基因。所有菌株对除亚胺培南外的其它抗生素的耐药率均大于80％。结论aac（6’）．Ib基因广泛存在于这些耐药菌株中，突变成aac（6＇）-Ib-cr基因的发生率较低。这些对阿米卡星耐药的菌株，对其它抗生素的耐药也十分严重。

aac(6')-Ib-cr基因是微生物对喹诺酮类抗菌药的又一耐药途径

aac(6')-Ib-cr基因表达的氨基糖苷乙酰转移酶通过质粒介导方式对环丙沙星等乙酰化,使其抗菌生物活性降低,并与其他耐药因素产生协同作用,导致MIC值大幅升高。该基因分布范围广,检出率高,使得微生物对喹诺酮类抗菌药物耐药更加复杂。本文检索了近年来aac(6')-Ib-cr基因相关研究报道,归纳论述该基因在喹诺酮类抗菌药物耐药中的作用,提醒临床医务工作者应高度重视aac(6')-Ib-cr基因对临床用药的影响,以促进喹诺酮类抗菌药的合理应用。

奶牛PRL基因CRS-PCR多态性与产奶性状的关联分析

采用CRS-RFLP技术对中国荷斯坦牛PRL基因第4外显子C8377G位点及第4内含子T8510C位点进行单核苷酸多态性分析。最小二乘分析表明:在8377位点GG基因型个体产奶量最小二乘均值显著高于CC基因型(P<0.05),GC基因型个体乳蛋白率最小二乘均值显著高于CC基因型(P<0.05);在8510位点CC基因型个体产奶量最小二乘均值显著高于TT基因型(P<0.05)。

针刺对CRS抑郁大鼠海马糖皮质激素基因表达的影响与相关基因生物信息学分析

目的针刺治疗慢性束缚(chronic restraint stress,CRS)抑郁模型大鼠,观察大鼠海马糖皮质激素基因的变化,利用生物信息学分析针刺后逆转基因与神经精神疾病的相关性。方法将雄性SD大鼠分为三组:对照组(9只),束缚组(9只)和针刺组(9只)。适应性喂养后进行CRS造模,造模后针刺组进行治疗。行为学采用旷野实验(open field test,OFT)、强迫游泳实验(forced swimming test,FST)和新环境抑制实验(novelty suppressed feeding test,NSFT)。实验结束后取三组大鼠海马进行基因检测与生物信息学分析。结果造模后大鼠表现出运动活动减弱、记忆受损、焦虑样和抑郁样行为,针刺治疗可以逆转上述行为。糖皮质激素基因检测结果显示:对照组大鼠和束缚组有19个差异基因。针刺治疗后,束缚模型大鼠以上19个差异基因中有11个被逆转。生物信息学分析表明,被逆转基因在双相情感障碍、焦虑症、精神分裂症、阿尔茨海默病和抑郁症的相关基因组中高度富集。结论针刺能够逆转束缚模型大鼠行为学和糖皮质激素相关基因的表达,生物信息学证实逆转的基因与神经精神疾病相关基因组密切相关。补充针刺治疗抑郁症糖皮质激素基因水平的相关机制。

鲍曼不动杆菌耐药基因aac（6’）－Ib和aac（6’）－Ib－cr的检测

目的了解阿米卡星耐药的鲍曼不动杆菌中aac（6’）－Ib—cr基因的分布情况。方法收集2007年1月到2009年10月临床标本中分离对阿米卡星耐药的鲍曼不动杆菌73株，利用聚合酶链反应（PCR）方法扩增aac（6’）-Ib基因，PCR产物进行电泳分析和测序，aac（6’）-Ib基因阳性PCR产物用内切酶FOKI酶切后电泳分析。统计菌株对亚胺培南等12种抗生素的耐药率。结果aac（6＇）-Ib基因的检出率为89．0％，其中7．7％为突变了的aac（6’）-Ib-cr基因。所有菌株对除亚胺培南外的其它抗生素的耐药率均大于80％。结论aac（6＇）-Ib基因广泛存在于这些耐药菌株中，突变成aac（6’）-Ib—cr基因的发生率较低。这些对阿米卡星耐药的菌株，对其它抗生素的耐药也十分严重。

芜菁种质根肿病抗性鉴定及CR基因连锁标记分析

根肿病是大白菜等十字花科作物重要病害之一,鉴定和挖掘新的根肿病抗性资源,是培育抗病品种、有效防止根肿病发生的前提。本研究利用大白菜2份抗病自交系和2份感病自交系,对文献中报道的与供试抗病自交系中CR基因紧密连锁的分子标记进行PCR筛选,在此基础上,以重庆武隆和河北唐山地方菌为病原菌,对国内外收集的63份芜菁种质进行苗期根肿菌接种抗性鉴定,并对抗/耐病芜菁进行CR基因分子标记分析。结果从20个供试标记中获得CRa连锁标记2个、CRb连锁标记1个,CRb^(kato)连锁标记5个,CRd连锁标记1个。从荷兰遗传资源中心引进的材料鉴定出同时对两个地方菌表现较好抗性的芜菁种质6份,包括饲用芜菁3份、菜用芜菁3份,均来自欧洲国家。CR基因分子标记分析表明,这些芜菁种质遗传背景杂合,其中CGN1、CGN10、CGN11检测到CRa、CRb^(kato)、CRb、CRd 4个抗性位点,CGN23和CGN36检测到CRa、CRb^(kato)、CRd 3个抗性位点,CGN30检测到CRa和CRb^(kato) 2个抗性位点,其是否含有新的抗性位点尚需进一步研究。研究结果为新型CR基因的挖掘及大白菜等十字花科作物抗根肿病新品种的选育提供了基础材料。

猪整合素β_1基因CRS-PCR多态性与产仔数的关联性分析

文章采用CRS-RFLP技术对长白猪、大白猪和杜洛克猪3个品种的整合素β1基因第5外显子T32207C位点及第7外显子A35230G位点进行单核苷酸多态性分析,并将基因多态性与猪的产仔数进行关联分析。结果表明:32207多态位点的基因型效应对3个品种的总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)影响均不显著;35230多态位点的基因型效应对大白猪和长白猪头胎、二胎及所有胎次的TNB和NBA的影响达到显著(P<0.05)或者极显著水平(P<0.01),基因型GG、AG与AA对产仔数的影响存在差异,其效应为GG,AG>AA。可见整合素β1基因35230位点的G等位基因对大白猪和长白猪的产仔数性状有显著影响。

基于线粒体Cyt b基因和CR序列的养殖貉(Nyctereutes procyonoides)种群遗传多样性和结构分析

貉(Nyctereutes procyonoides)是一种重要的经济动物。经过50年的人工驯养繁育,国内养殖种群不断扩大,但对其遗传多样性和结构了解很少,难以开展有效的遗传管理。本研究分析了东北、华北地区养殖貉种群(N=160)的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因和控制区(CR)序列,并与已经发表的同源序列进行比较。结果定义了5个Cyt b基因和6个CR序列单倍型,其中与俄罗斯产乌苏里亚种共享单倍型分别是3个和4个。种群遗传多样性分析表明,养殖貉种群单倍型多样性处于临界点(Hd=0.50)、核苷酸多样性处于较高水平(Pi>0.5%),但二者均明显低于俄罗斯野生乌苏里貉种群。这种遗传多样性模式可能主要是由奠基者效应(founder effect)导致的。此外,红褐色型貉遗传多样性水平显著低于野生型和白色型貉。系统发育分析表明国内养殖貉种群分为3个世系,主要是乌苏里亚种、与同亚种的俄罗斯野生种群亲缘关系密切。研究还发现有1个单倍型(CH5-DH5)与越南产指名亚种共享同一个单倍型世系。这说明建群引种中可能偶然引入了华南地区分布的指名亚种。综上分析,我国养殖貉种群已经出现遗传多样性下降的迹象,需要监控种群遗传多样性的变化,引入具有新基因型的野生貉种,制定科学的交配模式,避免近交衰退。

单环刺螠对六价铬暴露响应的转录组学分析

六价铬[hexavalent chromium,Cr(VI)]是海洋中常见的重金属污染元素之一。为探究Cr(VI)对海洋底栖动物的毒性作用,采用高通量测序技术(RNA-seq)对Cr(VI)暴露前后单环刺螠(Urechis unicinctus)体腔细胞进行转录组测序和比较分析。结果表明:Cr(VI)暴露后,筛选到1 352个差异表达基因(DEGs),其中有729个基因表达上调,623个基因表达下调。GO功能注释显示,DEGs主要富集于催化活性、结合、转运体活性、信号转导和抗氧化活性等功能。451个DEGs被注释到172个KEGG信号通路中,主要富集于真核生物核糖体生物合成、醚脂代谢、高级糖基化终末产物-受体信号通路和谷胱甘肽代谢等通路。q PCR结果显示荧光定量结果与转录组测序结果一致,证实了转录组测序结果的可靠性。本研究推测Cr(VI)暴露可激活单环刺螠GSH代谢通路,与通路相关的GSH、GST、PRDX6、RRM1、γ-GT等基因在抵御Cr(VI)暴露过程中发挥重要作用,研究结果可为重金属对海洋底栖动物的毒性机制和水环境监测研究提供参考。

H-FABP基因多态性与铬营养对猪肉质脂肪性状的影响

将18头约60kg的杜长大三元杂交猪随机分为2个处理组,分别饲喂基础日粮和试验日粮,试验日粮为基础日粮中添加吡啶羧酸铬,铬在日粮中的添加浓度为200μg·kg^-1。在体重大约90kg时屠宰,并且进行基因表达和肉质测定、H-FABP基因分型及其与肉质性状的关联分析。结果表明：（1）H-FABP基因型对肌内脂肪和大理石花纹存在显著影响（p〈0.05）,Dd基因型具有最高的肌内脂肪含量和大理石花纹得分,分别为2.358%和1.919;（2）铬营养素对肌内脂肪含量、大理石花纹和基因表达量有显著的影响（p〈0.05）,与对照组相比分别提高16.49%、19.19%和52.94%;（3）H-FABP基因和铬营养的交互作用对肌内脂肪含量有显著的影响（p〈0.05）,试验组DD基因型肌内脂肪含量为2.537%,与对照组DD基因型肌内脂肪含量相比提高了20.24%,提高幅度最大。试验结果表明,铬能够显著提高肌肉组织H-FABP基因表达量,提高肌内脂肪含量和大理石花纹,在改善肉质的研究中应同时考虑遗传和营养效应。

牛TLR4基因的遗传多态性与乳房炎的关联分析

TLR4通过识别病原体而激活免疫细胞,在先天免疫和适应性免疫防御中起着重要作用。以中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛共397头为研究对象,利用创造酶切位点PCR法扩增243 bp的目的片段,通过限制性内切酶HinfⅠ酶切来检测TLR4第3外显子的多态性,结果发现扩增产物的27 bp处C到T的突变使得多态位点产生,编码的氨基酸由苏氨酸变为异亮氨酸。A、B 2个等位基因在3个群体中均有分布,A等位基因占优势(大于78%),经χ2适合性检验,三河牛在该位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。运用SAS 8.2软件采用最小二乘法拟合线性模型,将该基因座不同基因型与奶牛乳房炎进行了关联分析,结果表明:AA基因型为乳房炎抗性基因型(P<0.05),A等位基因为乳房炎抗性的有利基因。

湘西黄牛LPL基因第2外显子的遗传多态性及其与生长性状的关联分析

为了探讨湘西黄牛分子遗传特征及寻找与生长性状相关的分子标记,采用创造酶切位点PCR-RFLP(CRS-PCR-RFLP)和测序技术检测了湘西黄牛LPL基因第2外显子的多态性,并进行了LPL基因的基因型与湘西黄牛生长性状的关联分析。多态性分析结果表明,湘西黄牛群体LPL基因第2外显子存在g.355420C>T和g.355427T>A 2个突变位点,且都处于中度多态,其中g.355420C>T位点为本试验新发现的突变位点,g.355427T>A位点所编码的氨基酸由苏氨酸转变为丝氨酸。基因型与生长性状的关联分析结果表明,g.355420C>T位点CC基因型个体的体高、体长和体重均显著大于CT和TT基因型个体(P<0.05),C等位基因对湘西黄牛的生长性状为正效应。g.355427T>A位点的TT和AT基因型个体的体高、体长、胸围和体重均极显著大于AA基因型个体(P<0.01),T等位基因为正效应。表明LPL基因第2外显子的g.355420C>T和g.355427T>A位点对湘西黄牛生长性状有显著影响,可能为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。

应用创造酶切位点法检测单碱基突变

应用引物错配技术结合单碱基突变位点而配合成一个酶切位点,使之成为可用PCR-RFLP方法分析的突变位点,是对单碱基突变位点进行基因型鉴定的有效而简捷的手段。本文以鸡胞外脂肪酸结合蛋白(Extracelluarfattyacidbindingprotein,EX-FABP)基因单碱基突变的基因型检测为例,探讨了应用创造酶切位点PCR(CreatedRe strictionSitePCR,CRS-PCR)检测单碱基突变基因型的思路、方法和策略。

奶牛TLR2基因遗传变异与乳房炎体细胞评分的相关研究

选用中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛共207头奶牛为研究对象,采用PCR-RFLP和创造酶切位点RFLP(CRS-RFLP)技术对其TLR2基因进行多态性研究,发现TLR2基因第2外显子上T/G,G/A和G/A 3个突变,分别是EcoRⅤ,HaeⅢ和HhaⅠ限制性内切酶的酶切多态位点,其中T/G突变引起蛋白质氨基酸天冬氨酸/谷氨酸的变化。对3个酶切多态位点进行基因型分析,χ2检验表明:中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛在3个酶切多态位点都达到了Hardy-Weinberg平衡。中国西门塔尔牛在3个酶切多态位点PIC为最高。运用SAS9.0软件,采用最小二乘拟合一般线性模型分析了3个酶切多态位点与中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛体细胞评分(SCS)的关系,结果表明:在这3个酶切多态位点中,只有EcoRⅤ酶切多态位点BB基因型个体的SCS显著低于AA和AB基因型个体(P<0.05),说明BB基因型可能为抵御乳房炎的有利基因型。

5-氮杂胞苷抑制肝癌细胞恶性表型和逆转甲基化状态的作用及机制

目的:探讨DNA异常甲基化与肝细胞肝癌间的相关性及5-氮杂胞苷(5-aza-CR)抑制肝癌细胞恶性表型和逆转甲基化状态的作用及其机制.方法:用5-aza-CR处理肝癌细胞株HuH-7和裸鼠移植瘤模型,然后用相差显微镜观察药物处理前后细胞形态变化,MTT法观察细胞生长速度变化,流式细胞仪检测细胞周期、细胞凋亡率,甲基化特异性PCR(MSP)检测p16基因5'CpG岛甲基化状态,RT-PCR法检测p16 mRNA的表达情况.结果:5-aza-CR对肿瘤细胞HuH-7和裸鼠移植瘤细胞均有明显的抑制作用;实验组HuH-7细胞周期G0/G1期延长41.1%±3.2%,S期缩短39.0%±1.4%,G2期缩短2.2%±0.7%,凋亡细胞增加30.0%±4.5%;裸鼠移植瘤细胞周期G0/G1期延长27.4%±3.1%,S期缩短25.8%±2.1%,G2期缩短1.6%±1.8%,凋亡细胞增加2.9%±0.6%;对照组HuH-7与裸鼠细胞仅甲基化引物扩增出特异PCR条带,实验组HuH-7细胞仅非甲基化引物扩增出特异PCR条带,而实验组裸鼠细胞甲基化和非甲基化引物均扩增出特异PCR条带;实验组肿瘤细胞HuH-7和裸鼠移植瘤细胞的p16 mRNA均有表达,而对照组则无表达.结论:5-aza-CR在体外和体内均有抑制肝癌细胞生长、阻滞细胞周期G1/S和促进p16 mRNA表达的作用;5-aza-CR可抑制肝癌细胞恶性表型和逆转p16甲基化状态.

风疹病毒研究进展(综述)

风疹病毒是披膜病毒科风疹病毒属的惟一成员,是第一个被证明具有致畸性的病毒。如果在妊娠的前3个月感染了风疹病毒,具有很高的先天性风疹综合症(CRS)的风险,特别是那些没有免疫保护的妇女。应用先进的产前诊断技术鉴别鉴别诊断胎儿有无损伤是非常必要的,因为当在妊娠前3个月被诊断为原发性风疹病毒感染,孕妇要考虑是否妊娠终止。在这篇文章里我们主要综述了风疹病毒(RV)的流行病学、基因结果、临床特征和RV的实验室诊断。

中国荷斯坦牛TLR2基因遗传多态性的研究

以297头中国荷斯坦奶牛为研究对象,以TLR2(Toll like receptor 2)基因为目的基因,扩增目的片段,结合测序结果采用PCR-RFLP和CRS-RFLP技术方法来检测TLR2基因第2外显子的遗传多态性。结果发现:exon 2存在10098(T/G),10111(G/A)和11541(C/T)3个单核苷酸突变,其中11541位点的T/C突变为首次报道。分别选择EcoRV、HaeⅢ、DraⅠ等3种限制性内切酶检测其多态性。10098位点有3种基因型(AA,AB,BB),A、B等位基因频率分别为0.784 5,0.215 5;10111位点有2种基因型(CC,CD),C、D等位基因频率分别为0.9858,0.0142;11541位点有3种基因型(EE,EF,FF),E、F等位基因频率分别为0.0993,0.9007。10098位点T-G碱基突变导致天冬氨酸突变为谷氨酸(Asp63Glu),10111位点G-A碱基突变引起甘氨酸突变为丝氨酸(Gly68Ser)。TLR2基因外显子2上的3个位点基因型在研究群体中的分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(p>0.05)。10098,10111,11541 3个位点的多态信息含量、杂合度、有效等位基因数分别为0.2809/0.3381/1.5108,0.0279/0.0279/1.0287和0.1434/0.1789/1.2179。10098位点达到中度多态,其余2个位点处于低度多态。TLR2基因可作为候选遗传标记,进行深入研究。