2004-2022年我国HIV-1 CRF08_BC亚型感染者抗病毒治疗前耐药分析

目的了解我国HIV-1 CRF08_BC未抗病毒治疗感染者对蛋白酶类抑制剂(PIs)、核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)、非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)的耐药情况。方法收集2004—2022年全国耐药调查以及Los Alamos HIV基因数据库中未治疗感染者的CRF08_BC亚型序列,利用美国斯坦福大学Los Alamos HIV基因数据库进行耐药判定,采用HIV-TRACE软件进行HIV-1耐药传播网络分析。结果收集HIV-1 CRF08_BC序列4539条,总耐药率为15.27%(693/4539)。PIs、NRTIs和NNRTIs的耐药率分别为1.70%(77/4539)、1.85%(84/4539)、12.91%(586/4539);其中利匹韦林(RPV)的耐药率最高,为11.28%(512/4539)。多重耐药率为0.1%(44/4539)。结论近年来我国CRF08_BC感染者耐药率不断升高,主要由NNRTIs药物耐药率逐年上升引起,其中RPV的耐药率最高,且存在耐药毒株的传播,治疗前耐药对我国抗病毒治疗效果的影响还需进一步监测和分析。

HIV-1 CRF08_BC亚型感染者治疗前耐药和多态性位点分析

目的了解我国HIV-1 CRF08_BC感染者治疗前耐药情况与基因多态性特征。方法采用横断面调查方法,收集2018年全国治疗前耐药调查中的HIV感染者血浆样本,提取RNA,扩增蛋白酶和逆转录酶(PR/RT)区基因片段并测序,利用HIVdb软件进行耐药判定,使用χ2检验分析治疗前耐药与非耐药感染者氨基酸位点突变的差异,利用CorMut R包分析耐药位点与多态性位点间突变共变异情况,运用HIV-TRACE软件构建分子传播网络。结果共获得来自25个省市的465个CRF08_BC感染者的HIV序列,总耐药率为17.8%(83/465),非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)、核苷类逆转录酶抑制剂(NRTIs)、蛋白酶类抑制剂(PIs)耐药率分别为16.6%(77/465)、1.1%(5/465)、0.9%(4/465),其中利匹韦林(RPV)的耐药率最高(15.7%,73/465)。位点E138A耐药突变的频率最高(11.6%,54/465),有6个多态性位点(S162C、K102Q、T200A、V179E、I202V、T200M)与E138A具有协同突变关系。分子传播网络显示,含有E138耐药突变位点的感染者在云南和四川地区聚集成簇,其中云南临沧聚集程度最高。结论我国CRF08_BC感染者针对二代NNRTIs药物RPV的耐药比例较高,E138A耐药突变与多态性位点的协同突变是否会对HIV耐药程度和复制适应性产生影响,还需进一步验证。

HIV-1感染者不同人群的亚型分析

目的研究河北省2008年新确认的HIV-1感染者不同人群的亚型分布情况。方法选取2008年新确认的HIV-1感染者,利用分子生物学方法进行分型后,对不同人群的亚型分布情况进行分析,探讨不同HIV-1感染者人群的亚型分布比例有无差异。结果在58例已确定亚型的HIV-1感染者中,来源于性传播、吸毒、血液和不详4种不同的人群,包含了B、CRF01-AE、CRF07-BC、CRF08-BC和C5种亚型。在这4种人群中,性传播途径的人群以B亚型(42.1%)和CRF01-AE(34.2%)为主,但是5种亚型的毒株均存在;血液传播途径中,均为B亚型;在吸毒人群中,均为CRF07-BC亚型;不详人群中亚型相对较复杂,包含了C亚型除外4种亚型。结论河北省HIV感染者亚型的分布具有明显的人群特点。

HIV-1 C亚型、CRF07_BC和CRF08_BC重组毒株的起源和分子流行病学研究进展

过去二十多年里,HIV-1 C亚型仍然是目前全球HIV-1最广泛流行的毒株。C亚型毒株传入我国后虽然没有引起广泛的流行,但B/C重组毒株CRF07_BC和CRF08_BC在中国的流行趋势呈逐步扩大化,感染人群呈多样化,流行形式趋于复杂化。本文结合HIV-1 C亚型、CRF07_BC和CRF08_BC分子流行病学研究的文献,对这三种毒株的起源、传播和流行病学研究等方面进行了综述,阐明流行特征,供从事艾滋病防治的科研人员、实验室工作者以及医护人员学习与参考,同时为我国HIV-1的精准防控提供科学依据。

新疆静脉吸毒者HIV-1原发耐药分析

目的研究新疆伊犁州经静脉吸毒(IDU)感染人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)未经抗病毒治疗者原发耐药株的流行情况。方法于2009年12月—2010年3月收集新疆伊犁州77例IDU HIV-1感染者血样及流行病学信息,提取血浆病毒RNA,逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和巢式PCR方法扩增pol基因区1.3 kb片段并测序;构建系统进化树分析病毒亚型,提交斯坦福大学HIV耐药数据库进行耐药性分析。结果 77例感染者中,76例(98.7%)为CRF07_BC亚型,1例(1.3%)为B亚型;蛋白酶区未检出主要耐药突变,耐药相关次要突变主要出现在第10、58和71位;其中71位氨基酸突变发生频率最高(11/77),其次为第10位(6/77)和第58位(3/77);第71位氨基酸由野生型的A突变为V者7例,突变为T者3例,突变为I者1例;第10位氨基酸由野生型的L突变为I者5例,突变为V者1例;第58位氨基酸由野生型的Q突变为E者3例;1例病例逆转录酶区同时存在Y181C及M184V耐药突变。结论新疆伊犁州未接受抗病毒治疗的IDU感染者中检出原发耐药株,原发耐药率处于较低水平,但应加强该地区IDU感染者的耐药监测,防止耐药株产生和流行。

基于CRISPR-Cas13a和RT-RAA的HIV核酸检测方法的建立

目的探索一种基于成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)和反转录重组酶介导的等温扩增(RTRAA)技术HIV核酸检测新方法的可行性。方法在HIV网络数据库www.hiv.lanl.gov下载HIV CRF07_BC亚型基因序列,根据保守序列设计RT-RAA引物和crRNA。通过荧光法CRISPR核酸检测筛选crRNA;利用梯度稀释的HIV RNA模板评价荧光法和试纸法CRISPR核酸检测的灵敏度;利用6种病原体核酸和不同亚型的HIV临床样本评价该方法的特异性。结果从5条候选的crRNA中筛选出了1条检测灵敏度较高的crRNA;荧光法和试纸法CRISPR核酸检测HIV RNA的灵敏度均为10拷贝/μL,与RT-qPCR法的灵敏度一致。荧光法和试纸法CRISPR核酸检测均可特异性检出HIV CRF07_BC亚型,与其他病原体核酸无明显交叉反应。在20例HIV临床样本检测中,试纸法CRISPR核酸检测准确检出了10例CRF07_BC以及1例B亚型。结论本研究建立了针对HIV CRF07_BC亚型的CRISPR核酸检测方法,具有便携、快速、高灵敏度和特异性的特点,为HIV感染者的检测和抗病毒治疗过程监测提供新的方法。