单基因组扩增法分析HIV-1 CRF103_01B3′半长基因组准种变异特征

目的运用单基因组扩增法(single genome amplification,SGA)分析北京报告的HIV-1 CRF103_01B感染者体内3′半长基因组准种变异特征。方法选择2017—2020年北京新诊断或初始抗病毒治疗病例耐药监测中发现的6例CRF103_01B感染者,提取血浆RNA。采用系列倍比稀释法稀释3′端cDNA,巢式PCR扩增CRF103_01B准种病毒3′半长基因组序列。MEGA 11构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树,计算准种病毒基因距离,Highlighter工具可视化准种病毒遗传变异。利用Simplot 3.5软件对准种序列进行BootScan分析,以分析病毒准种间重组。经Geno2pheno在线工具预测病毒嗜性。结果6例CRF103_01B感染者中有5例经男男性行为感染,共获得144条3′半长基因组SGA序列(19~36条/例)。NJ进化树显示6例感染者3′半长基因组准种变异复杂程度不一。急性期HIV-1感染病例BL4748-00准种病毒变异较小,组内基因距离为0.002±0.000,表现出遗传同质性。BL4981-00、BL3150-00和BL3558-00病例准种病毒分别形成至少3个次级进化簇呈现不同的进化方向,其组内基因距离0.031±0.004≥BL3150-00>BL3558-00>BL4981-00≥0.016±0.002。夫妻BL3022-00(女)和BL3023-00准种病毒序列聚集成大单系进化簇(bootstrap值为100%),后者组内基因距离(0.025±0.003)高于前者(0.019±0.002)。BL3558-00病例存在准种病毒间重组现象。6例感染者的准种病毒均为CCR5嗜性。结论CRF103_01B感染者体内准种变异复杂程度与疾病进展有关,急性期病例表现遗传同质性,慢性期感染病例呈现多个进化方向。未发现共感染或超感染现象,但是部分病例存在准种间重组事件。

保定市1株新型HIV-1重组毒株的近似全长基因组鉴定分析

目的对保定市新发现的1株pol区不能明确分型的HIV-1毒株(BD226AJ)进行近似全长基因组扩增,并分析其亚型、重组模式和基因特点。方法提取患者血浆中HIV-1RNA并逆转录为cDNA,使用近末端稀释法分2段对其进行近似全长基因组扩增并测序。使用jpHMM和SimPlot 3.5软件对近似全长基因组序列进行重组模式和重组断点分析,采用MEGA 6.0软件分片段构建Neighbor-joining系统进化树进一步确认重组断点的准确性。构建该近似全长基因组序列及各亚型片段Neighbor-joining系统进化树,分析该毒株的亲本来源。结果经过近似全长基因组扩增、测序、序列拼接后,获得1条长度为8830 bp的HIV-1近似全长基因组序列。重组分析结果显示,该序列是由CRF01_AE和B亚型重组形成的,其近似全长基因组序列被3个断点分成了4个亚型片段,分别为ICRF01_AE(HXB2,823—4224 nt)、Ⅱ_(B)(HXB2,4225—5991 nt)、ⅢCRF01_AE(HX B2,5992—9295 nt)、ⅣB(HXB2,9296—9406 nt)。各亚型基因片段的系统进化树分析进一步表明该序列的可能亲本来源为CRF01_AE和B亚型。HIV BLAST的结果显示,该序列与CRF112_01B的相似性为96%,系统进化树分析进一步验证该序列与北京市男男性行为者(men who have sex with men,MSM)中的CRF112_01B序列聚集。结论本研究在保定市MSM人群中发现了1例由CRF01_AE和B亚型重组的新型重组毒株CRF112_01B,提示HIV-1CRF112_01B已通过MSM人群传入河北,并开始在保定市传播,因此加强该亚型或者类似新型毒株的监测,对有关部门采取针对性防控措施和遏制新型重组毒株在本地区的传播和流行具有重要意义。

北京市一例HIV-1 CRF15_01B亚型类似毒株的鉴定

目的通过对一例HIV-1毒株env、gag和pol基因的序列分析,表明HIV-1 CRF15_01B亚型类似毒株已在北京市出现。方法从一例在北京居住的四川籍女性HIV-1感染者(BJ06108,通过性途径感染)血浆中提取病毒RNA,使用套式PCR方法扩增env、gag和pol基因,并进行序列测定和亚型分析。结果病例BJ06108在env、gag和pol基因区与CRF15_01B亚型参考株1501B.TH.99.99TH_MU2079基因离散率较近,基因离散率分别为8.8%、6.1%和7.2%。系统进化树分析表明BJ06108与CRF15_01B亚型参考株1501B.TH.99.99TH_MU2079聚在一起。结论CRF15_10B亚型类似毒株已在北京市出现,应该加强HIV-1毒株亚型变异的监测。

广东省2016-2021年四类哨点监测人群HIV-1亚型分布及变化

目的研究2016-2021年广东省MSM、性病门诊男性就诊者(STD)、吸毒者(DUS)、暗娼(FSW)四类哨点监测人群HIV-1亚型分布及变化情况,探讨哨点监测同时开展分子流行病学监测的可行性。方法运用巢式PCR扩增HIV-1 pol区基因片段,鉴定基因亚型,并比较不同年份的HIV-1亚型变化。结果共计纳入分析814人。HIV-1主要流行亚型为CRF07_BC(43.2%,352/814)、CRF01_AE(27.5%,224/814)和CRF55_01B(14.9%,121/814),其他亚型占14.4%(117/814),其中CRF01_AE总体呈下降趋势,从2016年的33.9%下降到2021年的16.7%(χ_(趋势)^(2)=4.579,P=0.032);CRF07_BC和CRF55_01B在2016至2021年的趋势变化差异无统计学意义,但其构成比出现增加;存在一定比例CRF01_AE和CRF07_BC的新型重组毒株。结论2016-2021年广东省四类哨点监测人群HIV-1亚型分布以CRF07_BC、CRF01_AE和CRF55_01B为主,亚型复杂多样。CRF01_AE亚型的构成比呈下降趋势,并出现一定比例的新型重组毒株,值得重点关注。

HIV-1 CRF10301B近全长基因组遗传特征分析

目的描述一株新鉴定的流行重组型HIV-1 CRF103_01B在北京的检出情况,并分析其近全长基因组(near full-length genome,NFLG)遗传特征。方法对2017—2020年北京新诊断或初始抗病毒治疗病例进行HIV-1基因型耐药监测,发现5例疑似感染CRF103_01B毒株。通过逆转录、近末端稀释法,分两段巢式PCR扩增HIV-1 NFLG。获得的序列与分型参考序列进行基因比对,使用MEGA11软件构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统进化树。用SimPlot 3.5软件分析确定基因重组断点,绘制基因组结构图。基于亲本毒株同源NFLG序列比对,挑选较长的重组片段构建NJ进化树,判断可能的亲本毒株来源。用斯坦福大学HIV耐药数据库解析基因型耐药特征。结果共获得5条CRF103_01B NFLG序列,其中4例经男男性行为(men who have sex with men,MSM)感染,1例为女性。与从河北检出的4条CRF103_01B NFLG序列合并分析其重组特征:在CRF01_AE骨架上,gag、pol和nef-3'-LTR基因片段被B亚型重组替换[HXB2 nt 1111±19-1539±16,2531-4478±16(片段Ⅴ),9008±23-9615]。亲本来源分析显示,CRF103_01B的片段Ⅳ与Ⅴ分别与北京B亚型(BJMP3294B)和g5簇CRF01_AE序列(JX112804)聚集成大单系进化簇(bootstrap值分别为97%和100%)。9个CRF103_01B病例均携带非核苷类逆转录酶抑制剂类V106I突变。结论CRF103_01B毒株最可能起源于北京MSM人群,并在北京和河北等地的MSM人群中低水平持续流行,并经异性性途径向一般人群播散。需加强该毒株分子流行病学和耐药监测,关注疾病进展。

珠海市HIV-1 CRF55_01B耐药及分子传播网络研究

目的 了解珠海市HIV-1新确证病例中CRF55_01B毒株的耐药及分子传播网络特征。方法 对2011-2020年珠海市新确证HIV-1 CRF55_01B毒株感染者的血浆样本提取RNA,扩增pol区基因序列并测序。运用美国斯坦福大学HIVdb数据库进行耐药突变分析,利用HyPhy 2.2.4以tn93模型计算序列间的两两基因距离,以1.5%作为阈值构建HIV分子传播网络,使用Cytoscape 3.7.0将网络可视化。结果 成功扩增获得66名CRF55_01B感染者的pol区基因序列。耐药性分析发现总耐药率为9.09%,其中NNRTI和NRTI的耐药率分别为6.06%(4/66)和3.03%(2/66),耐药水平均为低度耐药。NNRTIs相关的耐药性突变V179E和E138G检出率分别为96.97%(64/66)和6.06%(4/66),NRTIs相关的耐药性突变L210 W和K70 N检出率均为1.52%(1/66)。通过构建传播网络,发现45.45%(30/66)的CRF55_01B参与构成9个传播簇,其中3个传播簇包括5例现住址为外市的流动病例。结论 珠海市HIV-1 CRF55_01B毒株耐药率较高,且本市居住人口和流动人口之间可能存在HIV的相互传播,建议加强和外省市开展联合HIV分子传播网络监测。

HIV-1 CRF55_01B毒株流行特征的研究进展

CRF55_01B是我国报道的HIV-1主要流行毒株之一,具有较为独特的流行病学和基因进化特征。近几年HIV-1分子流行病学监测发现CRF55_01B已经成为我国第五个主要流行HIV-1毒株。本研究从他的发现起源、流行情况、致病性和耐药性及参与的重组等方面进行综述,并讨论了与其流行密切相关的社会和生物学因素。

江门市两条新型HIV-1 CRF55_01B/CRF07_BC重组体的基因组特征分析

不同亚型和循环重组亚型(Circulating recombinant forms,CRFs)在同一人群中的传播往往导致独特重组型(Unique recombinant forms,URFs)的出现。在本研究中,我们发现了两条新的HIV-1 CRF55_01B/CRF07_BC第二代重组体(Second-generation recombinant forms,SGRs),它们分别来自江门市的同性恋和异性恋群体。系统进化分析表明,JM.pj44和JM.pj64的近全长基因组(Near full-length genomes,NFLGs)均以CRF55_01B为骨架,插入了CRF07_BC的基因片段,但断点位置不同。将本研究发现的两种新的NFLGs与其他研究中发现的CRF55_01B/CRF07_BC SGRs进行比较,目前未发现有相同的CRF55_01B/CRF07_BC重组体。

杭州市HIV-1 CRF55_01B毒株耐药及分子网络分析

目的了解杭州市新报告HIV/AIDS感染者CRF55_01B毒株耐药及分子网络特征。方法收集杭州市2019—2023年新确证且未经抗病毒治疗HIV/AIDS感染病例血样, 通过RT-PCR和巢式PCR扩增HIV-1pol基因并测序。使用MEGA7.0软件构建系统进化树判断亚型, 选取CRF55_01B亚型序列构建分子网络, 提交序列至斯坦福大学耐药数据库, 确定耐药突变位点及毒株对药物的敏感性。结果获得167条CRF55_01B感染者pol基因序列。167例HIV/AIDS感染者总体耐药率9.6%(16/167), 蛋白酶抑制剂(protease inhibitors, PIs)、核苷酸逆转录酶抑制剂(nucleostide reverse transcriptase inhibitors, NRTIs)和非核苷酸逆转录酶抑制剂(non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NNRTIs)耐药率分别为1.8%(3/167)、0.6%(1/167)和7.2%(12/167);耐药以低度耐药为主(13例), NNRTIs类耐药位点主要是V179D/E与其他位点协同出现, 另有88.0%(147/167)单独携带V179D/E的感染者表现为潜在耐药。在最适基因距离阈值(0.014)下构建分子网络, 入网率为49.7%(83/167), 鉴别出22个簇。现住址分布网络图显示, 杭州市各地区均有入网病例, 形成1个以萧山区为主和1个均为临平区病例的较大簇。结论杭州市新报告HIV/AIDS感染者CRF55_01B亚型治疗前耐药达到中度流行水平, 毒株传播关系复杂, 存在需重点关注的聚集性传播簇。