珠海市HIV-1 CRF55_01B耐药及分子传播网络研究

目的 了解珠海市HIV-1新确证病例中CRF55_01B毒株的耐药及分子传播网络特征。方法 对2011-2020年珠海市新确证HIV-1 CRF55_01B毒株感染者的血浆样本提取RNA,扩增pol区基因序列并测序。运用美国斯坦福大学HIVdb数据库进行耐药突变分析,利用HyPhy 2.2.4以tn93模型计算序列间的两两基因距离,以1.5%作为阈值构建HIV分子传播网络,使用Cytoscape 3.7.0将网络可视化。结果 成功扩增获得66名CRF55_01B感染者的pol区基因序列。耐药性分析发现总耐药率为9.09%,其中NNRTI和NRTI的耐药率分别为6.06%(4/66)和3.03%(2/66),耐药水平均为低度耐药。NNRTIs相关的耐药性突变V179E和E138G检出率分别为96.97%(64/66)和6.06%(4/66),NRTIs相关的耐药性突变L210 W和K70 N检出率均为1.52%(1/66)。通过构建传播网络,发现45.45%(30/66)的CRF55_01B参与构成9个传播簇,其中3个传播簇包括5例现住址为外市的流动病例。结论 珠海市HIV-1 CRF55_01B毒株耐药率较高,且本市居住人口和流动人口之间可能存在HIV的相互传播,建议加强和外省市开展联合HIV分子传播网络监测。

HIV-1 CRF55_01B毒株流行特征的研究进展

CRF55_01B是我国报道的HIV-1主要流行毒株之一,具有较为独特的流行病学和基因进化特征。近几年HIV-1分子流行病学监测发现CRF55_01B已经成为我国第五个主要流行HIV-1毒株。本研究从他的发现起源、流行情况、致病性和耐药性及参与的重组等方面进行综述,并讨论了与其流行密切相关的社会和生物学因素。

江门市两条新型HIV-1 CRF55_01B/CRF07_BC重组体的基因组特征分析

不同亚型和循环重组亚型(Circulating recombinant forms,CRFs)在同一人群中的传播往往导致独特重组型(Unique recombinant forms,URFs)的出现。在本研究中,我们发现了两条新的HIV-1 CRF55_01B/CRF07_BC第二代重组体(Second-generation recombinant forms,SGRs),它们分别来自江门市的同性恋和异性恋群体。系统进化分析表明,JM.pj44和JM.pj64的近全长基因组(Near full-length genomes,NFLGs)均以CRF55_01B为骨架,插入了CRF07_BC的基因片段,但断点位置不同。将本研究发现的两种新的NFLGs与其他研究中发现的CRF55_01B/CRF07_BC SGRs进行比较,目前未发现有相同的CRF55_01B/CRF07_BC重组体。

广东省2016-2021年四类哨点监测人群HIV-1亚型分布及变化

目的研究2016-2021年广东省MSM、性病门诊男性就诊者(STD)、吸毒者(DUS)、暗娼(FSW)四类哨点监测人群HIV-1亚型分布及变化情况,探讨哨点监测同时开展分子流行病学监测的可行性。方法运用巢式PCR扩增HIV-1 pol区基因片段,鉴定基因亚型,并比较不同年份的HIV-1亚型变化。结果共计纳入分析814人。HIV-1主要流行亚型为CRF07_BC(43.2%,352/814)、CRF01_AE(27.5%,224/814)和CRF55_01B(14.9%,121/814),其他亚型占14.4%(117/814),其中CRF01_AE总体呈下降趋势,从2016年的33.9%下降到2021年的16.7%(χ_(趋势)^(2)=4.579,P=0.032);CRF07_BC和CRF55_01B在2016至2021年的趋势变化差异无统计学意义,但其构成比出现增加;存在一定比例CRF01_AE和CRF07_BC的新型重组毒株。结论2016-2021年广东省四类哨点监测人群HIV-1亚型分布以CRF07_BC、CRF01_AE和CRF55_01B为主,亚型复杂多样。CRF01_AE亚型的构成比呈下降趋势,并出现一定比例的新型重组毒株,值得重点关注。