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基于CRISPR Cas12a的等温核酸检测技术用于新型隐球菌高敏诊断的临床研究
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作者 叶辛 刘伊诺 +9 位作者 张蕾 罗明明 李俊玉 张黎明 方文捷 刘馨遥 冉玉平 潘炜华 许斌 廖万清 《广西医科大学学报》 CAS 2024年第4期483-488,共6页
目的:构建基于CRISPR Cas12a的高敏等温核酸检测方法,并评估其在支气管肺泡灌洗液及脑脊液中对于新型隐球菌的诊断能力。方法:利用NCBI Blast确定新型隐球菌保守序列,针对保守序列,设计等温重组酶聚合酶扩增引物及crRNA序列。利用新型... 目的:构建基于CRISPR Cas12a的高敏等温核酸检测方法,并评估其在支气管肺泡灌洗液及脑脊液中对于新型隐球菌的诊断能力。方法:利用NCBI Blast确定新型隐球菌保守序列,针对保守序列,设计等温重组酶聚合酶扩增引物及crRNA序列。利用新型隐球菌标准菌株及其他菌株(白念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、近平滑念珠菌、金黄色葡萄球菌、脑膜炎奈瑟菌、肺炎链球菌),提取其核酸,以评估方法的特异性及最低检测限。进一步收集临床确诊的10例肺部及10例中枢神经系统新型隐球菌感染患者的支气管肺泡灌洗液及脑脊液,以评估本研究构建的核酸诊断方法的临床检测性能。结果:共设计6组引物及crRNA组合,经筛选得到1组最佳组合。本研究构建的检测方法特异性高(与7种其他类型菌株无交叉反应),最低检测限达到5 copies/μL,整个检测流程速度快(在1 h内完成)。针对10例支气管肺泡灌洗液及10例脑脊液临床标本的阳性检出率均为100%。结论:本研究构建的新型核酸检测方法,具有高度的特异性和良好的检测限,在临床标本检测中同样具有优良检测性能,具备了较强的临床新型隐球菌核酸检测的应用潜力。 展开更多
关键词 新型隐球菌 等温重组酶聚合酶扩增 crispr cas12a 临床诊断
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CRISPR/Cas12a技术在动物疫病检测方面的应用
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作者 孔玉方 王慧煜 +2 位作者 袁向芬 许晓琳 吴绍强 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第4期92-97,共6页
CRISPR/Cas系统是由簇状规则间隔的短回文重复序列(CRISPR)和CRISPR相关蛋白(Cas)组成的一种基因编辑技术,可以特异地切割和识别靶标核酸基因。该技术具有检测速度快、灵敏度高和特异性强的优势,因此被广泛应用于动物疫病检测领域。本文... CRISPR/Cas系统是由簇状规则间隔的短回文重复序列(CRISPR)和CRISPR相关蛋白(Cas)组成的一种基因编辑技术,可以特异地切割和识别靶标核酸基因。该技术具有检测速度快、灵敏度高和特异性强的优势,因此被广泛应用于动物疫病检测领域。本文就CRISPR/Cas12a结合等温核酸扩增技术和可视化技术在动物疫病检测中的应用进行综述,并对其应用前景进行展望,以期为我国的养殖业和进境动物疫病的监测提供技术支撑。 展开更多
关键词 簇状规则间隔的短回文重复序列及其相关蛋白12a(crispr/cas12a) 动物疫病 核酸检测 试纸条
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RT-RAA联合CRISPR/Cas12a快速检测新型冠状病毒方法的建立与评价
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作者 章太婵 车玉传 +5 位作者 梁雪雁 韦华贵 范向平 黄承仕 林敏 陈江涛 《临床检验杂志》 CAS 2024年第4期246-251,共6页
目的建立一种基于反转录酶-重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)联合簇状规则间隔的短回文重复序列(CRISPR)/Cas12a系统的快速检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的方法,并对其进行评价。方法根据NCBI数据库中SARS-CoV-2的核衣壳(N)基因设计R... 目的建立一种基于反转录酶-重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)联合簇状规则间隔的短回文重复序列(CRISPR)/Cas12a系统的快速检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的方法,并对其进行评价。方法根据NCBI数据库中SARS-CoV-2的核衣壳(N)基因设计RT-RAA引物和CRISPR来源RNA(crRNA),优化检测体系中乙酸镁(MgAc)用量、RT-RAA反应温度和时间以及LbCas12a反应温度。以100~106 copies/μL重组质粒和其他呼吸道病原体分别评估该方法灵敏度和特异性。采用RT-RAA-CRISPR/Cas12a法和RT-PCR法对70份临床标本进行平行检测,比较两种方法的符合率。结果优化后的RT-RAA-CRISPR/Cas12a检测方法可在37℃条件下50 min内完成SARS-CoV-2检测。荧光法检测灵敏度为10 copies/μL,侧流层析法为1×102 copies/μL。该方法能特异检测SARS-CoV-2,与其他呼吸道病原体无交叉反应。RT-RAA-CRISPR/Cas12a法检测70份临床标本的结果与RT-PCR法完全一致,符合率为100%。结论建立的RT-RAA-CRISPR/Cas12a法检测SARS-CoV-2快速、经济、灵敏度高、特异性强,无需昂贵仪器设备,可由经验不足的人员操作,为临床快速诊断和现场大规模筛查SARS-CoV-2提供了新的思路和方法。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 重组酶介导等温扩增 crispr/cas12a 侧流层析 快速检测
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CRISPR/Cas12a系统:核酸检测的多功能工具
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作者 党生 张帅 翟景波 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第4期785-796,共12页
规律成簇的间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)是原核生物的适应性免疫系统,对抗外来遗传物质(如质粒和噬菌体)的攻击。近年来,科学家们发现了一种新型基因编辑工具,一种强大的分... 规律成簇的间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)是原核生物的适应性免疫系统,对抗外来遗传物质(如质粒和噬菌体)的攻击。近年来,科学家们发现了一种新型基因编辑工具,一种强大的分子剪刀CRISPR/Cas12a系统,该系统在对靶标DNA进行切割的同时还具有对体系内单链DNA进行任意切割的活性,并将其转移到体外检测系统。本文对CRISPR/Cas12a系统组成、结构、Cas12a与Cas9的对比和CRISPR/Cas12a系统在核酸检测中的应用进行了综述。 展开更多
关键词 规律成簇的间隔短回文重复序列 cas12a crisprRNA 原间隔子相邻基序 Cas9 核酸检测
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猫杯状病毒RAA-CRISPR/Cas12a-LFS检测方法的建立及初步应用 被引量:2
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作者 周红蕾 程淑琴 +3 位作者 李佳鹏 刘涵 卓国荣 张蕾 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期494-501,共8页
为建立猫杯状病毒(FCV)基于重组酶介导的等温核酸扩增(RAA)结合CRISPR-Cas12a系统及侧向流层析试纸条(LFS)(RAA-CRISPR/Cas12a-LFS)的快速检测的方法,本研究基于FCV衣壳蛋白(VP1)基因序列保守区设计RAA引物、4对针对VP1靶标的扩增引物、... 为建立猫杯状病毒(FCV)基于重组酶介导的等温核酸扩增(RAA)结合CRISPR-Cas12a系统及侧向流层析试纸条(LFS)(RAA-CRISPR/Cas12a-LFS)的快速检测的方法,本研究基于FCV衣壳蛋白(VP1)基因序列保守区设计RAA引物、4对针对VP1靶标的扩增引物、4对VP1-cr RNA扩增引物和1条报告探针。利用4对VP1-crRNA扩增引物经退火和T7 RNA聚合酶转录合成4条靶标crRNA:VP1-1/2/3/4-crRNA,利用4对VP1靶标扩增引物经退火合成4条靶标双链DNA:VP1-1/2/3/4,经EnGen Lba Cas12a (Cpf1)核酸酶试剂的切割反应和Cas12a试纸条检测,根据出现条带的强弱筛选最佳VP1-crRNA。结果显示,VP1-2-crRNA对应的T线条带最强且C线不完全切割的条带最弱。因此选择VP1-2-crRNA进行后续试验。分别以FCV VR-782株及6株分离的FCV RNA为模板,利用RAA引物扩增其VP1基因,并通过琼脂糖凝胶电泳检测并评估RAA引物的扩增效果;利用Cas12a (Cpf1)核酸酶,以上述RAA扩增的VP1基因(来自FCV VR-782株RNA)为模板,在37℃恒温水浴30 min进行CRISPR/Cas12a-LFS检测,评估RAA产物、Cas12a、VP1-2-crRNA和ss DNA报告基团对CRISPR/Cas12a-LFS检测体系的重要性。RAA扩增效果的评估结果显示,从FCV VR-782株及6株分离的FCV RNA中均扩增到282 bp的VP1基因目的条带。重要性评估结果显示,只有上述4种试剂全部存在时CRISPR/Cas12a-LFS检测体系才能有效扩增。利用该方法检测FCV、猫疱疹病毒I型、支气管败血波氏菌、猫细小病毒、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、F81细胞,结果显示,该方法仅能够特异性检测FCV,而其他病原的检测结果 均为阴性,且分别在42℃30 min内和37℃40 min内完成对FCV的RAA扩增及CRISPR/Cas12a-LFS检测;利用该方法检测10倍倍比稀释的重组质粒标准品p MD18T-FCV-VP1以评估其敏感性,结果显示,该方法的检测限为37.5拷贝/μL,与本研究室建立的Taq Man荧光定量PCR方法的敏感性相当;分别利用同一批次和3批次配置的RAA-CRISPR/Cas12a-LFS体系分别检测不同浓度的重组质粒标准品p MD18T-FCV-VP1,以评估该方法的重复性,结果显示,该方法批内和批间重复性检测结果均一致;利用该方法和Taq Man荧光定量PCR方法同时检测临床采集的76份猫呼吸道拭子样品。结果显示,该方法检测到37份FCV阳性样品,39份阴性样品;Taq Man荧光定量PCR检测到36份FCV阳性样品,40份阴性样品。二者的阳性符合率达97.30%,阴性符合率97.50%,总符合率98.68%。本研究初步建立的FCV RAA-CRISPR/Cas12a-LFS检测方法简单、快速,且特异性强、敏感性高、重复性好、不依赖昂贵设备,为现场FCV的检测提供新的技术手段。 展开更多
关键词 猫杯状病毒 crispr-cas12a系统 侧向流层析试纸条 现场检测
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基于RT-RAPID和CRISPR-Cas12a的诺如病毒GⅡ.6亚型核酸检测方法的建立
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作者 冉红志 樊成 +4 位作者 王雪飞 刘静 康婕 钱卫东 王婷 《动物医学进展》 北大核心 2023年第9期44-50,共7页
为建立一种特异性强、灵敏度高且简单方便的诺如病毒GⅡ.6核酸快速检测方法,下载诺如病毒GⅡ.6基因组序列,用Mega7.0对基因组进行比对分析获得高度保守序列;基于保守序列设计诺如病毒GⅡ.6的反转录重组酶和聚合酶等温检测(RT-RAPID)技... 为建立一种特异性强、灵敏度高且简单方便的诺如病毒GⅡ.6核酸快速检测方法,下载诺如病毒GⅡ.6基因组序列,用Mega7.0对基因组进行比对分析获得高度保守序列;基于保守序列设计诺如病毒GⅡ.6的反转录重组酶和聚合酶等温检测(RT-RAPID)技术扩增引物、荧光探针、crRNA和报告分子;优化RT-RAPID的反应引物、反应温度和反应时间及Cas12a检测用的crRNA,并分析RT-RAPID-Cas12a方法的特异性和灵敏度。基于RT-RAPID荧光法和RT-RAPID-Cas12a荧光法的诺如病毒GⅡ.6亚型核酸快速检测方法能在1 h内完成检测并得出结果,灵敏度分别为10 copies/μL和0.5 copies/μL,且两个方法均与诺如病毒GⅡ.17型、鼻病毒、偏肺病毒和博卡病毒无交叉反应。2个检测方法与RT-qPCR阳性样本一致率均为90%,阴性样本一致率均为100%。论文建立的基于RT-RAPID和Cas12a的诺如病毒GⅡ.6核酸快速检测方法均可高效快速地检测出诺如病毒GⅡ.6,具有灵敏度高、特异性强、操作便捷且快速等特点。 展开更多
关键词 诺如病毒GⅡ.6亚型 反转录重组酶聚合酶扩增 规律间隔成簇短回文重复序列的/相关蛋白12a 核酸检测
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基于CRISPR/Cas12a系统的新型创伤弧菌试纸条检测方法的建立 被引量:2
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作者 罗元丰 林子琴 +5 位作者 王玲梦 董晶晶 袁褀恒 楼永良 赵玲玲 肖星星 《动物医学进展》 北大核心 2023年第7期55-61,共7页
创伤弧菌(VV)是一种重要的人畜共患和水生动物病原体,能引起人类和水生动物的弧菌病,严重影响人身健康和水产养殖业发展。快速、灵敏、准确的VV检测方法对于保障人民生命健康、降低水产养殖业损失至关重要。为建立一种新型VV检测方法,... 创伤弧菌(VV)是一种重要的人畜共患和水生动物病原体,能引起人类和水生动物的弧菌病,严重影响人身健康和水产养殖业发展。快速、灵敏、准确的VV检测方法对于保障人民生命健康、降低水产养殖业损失至关重要。为建立一种新型VV检测方法,基于重组酶辅助扩增(RAA)技术和基于成簇的规律间隔的短回文重复序列和CRISPR相关蛋白12a(CRISPR/Cas12a)系统,构建了一种通过试纸条(LFS)读取VV检测结果的方法RAA-CRISPR/Cas12a-LFS。该方法不依赖精密仪器,通过肉眼读取LFS结果便可快速、灵敏、准确检测VV,检测限为10 copies/μL VV基因组DNA,检测时间约为60 min。此外,该方法具有高特异性,并可准确检出血液、粪便、虾类等加标样品中的VV。因此,所构建的VV检测方法RAA-CRISPR/Cas12a-LFS兼具简便、快速、灵敏、准确的特性,有望用于弧菌病早期诊断以及水产品VV感染/污染情况的现场检测。 展开更多
关键词 创伤弧菌 crispr/cas12a 重组酶辅助扩增 试纸条 检测
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基于RAA-CRISPR/Cas12a快速检测尼帕病毒方法的建立
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作者 徐蛟 王英丽 +5 位作者 王莹 常星 张永强 李金明 包静月 王志亮 《中国动物检疫》 CAS 2023年第10期95-99,111,共6页
本研究建立了一种基于重组酶介导的扩增技术(RAA)以及CRISPR/Cas12a系统快速检测尼帕病毒(NiV)的方法。针对NiV N和F基因分别设计RAA引物和crRNA,构建反应体系,通过前期对引物、crRNA、反应温度以及反应时间等条件筛选优化建立起高效灵... 本研究建立了一种基于重组酶介导的扩增技术(RAA)以及CRISPR/Cas12a系统快速检测尼帕病毒(NiV)的方法。针对NiV N和F基因分别设计RAA引物和crRNA,构建反应体系,通过前期对引物、crRNA、反应温度以及反应时间等条件筛选优化建立起高效灵敏的检测方法,并评估了该方法的敏感性、特异性和重复性。结果显示:建立的方法在37℃恒温条件下,1h即可完成检测,最低检测限能够达到102拷贝/μL,敏感性较高;特异性强,与口蹄疫病毒(FMDV)、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)等常见猪病毒均无交叉反应;稳定性较好,对低、中、高浓度病毒质粒均能成功检出且一致性较好。结果表明,本试验建立的NiV快速检测方法操作简单、特异性强、灵敏度高、稳定性好,不需要复杂设备,在蓝光下通过肉眼即可观察结果,可为实现NiV早期快速检测提供有力的技术支持。 展开更多
关键词 重组酶介导扩增技术 crispr/cas12a 尼帕病毒 检测方法
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利用CRISPR/Cas12a与SERS技术对HPV核酸的快速检测
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作者 苏艾玲 曹修冕 +1 位作者 徐蔚青 徐抒平 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2023年第S01期191-192,共2页
为了有效预防宫颈癌的发生以及更好的术后跟踪治疗,实现对HPV病毒DNA快速可靠的检测是至关重要的。与传统方法相比,通过缩短检测时间和减少劳动力来进一步简化HPV病毒DNA检测仍然是一个挑战。该研究提出了一种基于CRISPR/Cas12a对基因的... 为了有效预防宫颈癌的发生以及更好的术后跟踪治疗,实现对HPV病毒DNA快速可靠的检测是至关重要的。与传统方法相比,通过缩短检测时间和减少劳动力来进一步简化HPV病毒DNA检测仍然是一个挑战。该研究提出了一种基于CRISPR/Cas12a对基因的SERS检测方法。主要利用目标病毒核酸与Cas12a、crRNA形成三元复合体,开启切割体系中的底物单链DNA(ssDNA)。ssDNA可以连接探针1(AuNPs@MBN@DNA1)和探针2(AuNPs@MBN@DNA2)。探针1和探针2是否被桥连可引起SERS信号的变化,即可知待检样品中是否含有目标核酸。利用特异性的crRNA可以实现对病毒核酸的准确快速检测。该传感方法可在40 min内实现对HPV基因的高灵敏度检测。由于DNA探针和crRNA设计的灵活性,该CRISPR/Cas-SERS传感系统可以扩展成一种通用的基因检测工具,有望在体外诊断领域和检测中具有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 crispr/cas12a SERS 病毒基因检测
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Crispr-Cas12a在成人弥漫性胶质瘤异柠檬酸脱氢酶2基因突变检测中的应用
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作者 冯哲斌 张宇 +4 位作者 孔东生 武其嘉 王俊祥 余新光 冯世宇 《中国临床神经外科杂志》 2023年第8期517-521,共5页
目的探讨Crispr-Cas12a方法对成人弥漫性胶质瘤异柠檬酸脱氢酶2(IDH2)基因R172K单核苷酸多态性的检测效能。方法选择2019年1月至2022年9月手术切除的初治成人弥漫性胶质瘤组织样本112例,利用Crispr-Cas12a方法和直接测序法检测样本IDH2-... 目的探讨Crispr-Cas12a方法对成人弥漫性胶质瘤异柠檬酸脱氢酶2(IDH2)基因R172K单核苷酸多态性的检测效能。方法选择2019年1月至2022年9月手术切除的初治成人弥漫性胶质瘤组织样本112例,利用Crispr-Cas12a方法和直接测序法检测样本IDH2-R172K位点突变情况,以直接测序法为金标准。结果112例中,9例IDH2-R172K突变型,103例IDH2-R172K野生型。ROC曲线分析显示,曲线下面积为0.967,约登指数为0.892,最佳截断值为590。以590作为IDH2-R172K突变型和野生型样本的阈值,Crispr-Cas12a法的灵敏性为96.3%(95%CI 81.7%~99.3%),特异性为92.9%(95%CI 89.5%~95.3%)。Crispr-Cas12a法与直接测序法一致性检验Kappa值为0.658,一致性较好。结论Crispr-Cas12a方法能快速、准确地检测成人弥漫性胶质瘤组织样IDH2-R172K突变情况,可作为术中快速检测IDH2-R172K突变的方法。 展开更多
关键词 成人弥漫性胶质瘤 异柠檬酸脱氢酶2 基因突变 crispr-cas12a 基因直接测序
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基于RPA-CRISPR/Cas12a技术快速检测犬猫皮肤癣菌方法的建立
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作者 郜平平 付金玉 +3 位作者 王丽仰 史硕博 张跃平 张迪 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期4702-4711,共10页
旨在建立重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification,RPA)结合CRISPR/Cas12a技术的荧光检测方法,以快速、灵敏、可视化检测犬猫皮肤癣菌。以犬小孢子菌、石膏样小孢子菌及须毛癣菌为研究对象,针对真菌内转录间隔区,设... 旨在建立重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification,RPA)结合CRISPR/Cas12a技术的荧光检测方法,以快速、灵敏、可视化检测犬猫皮肤癣菌。以犬小孢子菌、石膏样小孢子菌及须毛癣菌为研究对象,针对真菌内转录间隔区,设计并合成特异性RPA引物和CRISPR RNA(crRNA),建立可同时或分别检测上述皮肤癣菌的荧光检测方法,并评价其检测灵敏度,通过检测临床样本评价本检测方法的敏感性和特异性。结果表明:RPA-CRISPR/Cas12a在37℃、总反应时间30 min的条件下,对三种皮肤癣菌的检测灵敏度可低至单拷贝。对24份临床样本进行检测,以真菌培养和菌落测序结果作为标准,使用可同时识别犬小孢子菌、石膏样小孢子菌及须毛癣菌的皮肤癣菌crRNA(dermatophyte crRNA,crRNA-DM)和可特异性识别犬小孢子菌的犬小孢子菌crRNA(Microsporum canis crRNA,crRNA-Mc)参与RPA-CRISPR/Cas12a反应时,敏感性和特异性均为100%。RPA-CRISPR/Cas12a技术可同时和分别检测犬小孢子菌、石膏样小孢子菌及须毛癣菌,所需时间短,结果可视化,敏感性和特异性高,无需昂贵仪器,适合临床快速诊断。 展开更多
关键词 RPA crispr/cas12a 犬猫皮肤癣菌 快速检测
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微小隐孢子虫RPA-CRISPR/Cas12a可视化检测方法的建立及应用
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作者 王丽 李珊 +5 位作者 李璐 张西臣 王晓岑 李新 张楠 宫鹏涛 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期4793-4804,共12页
【目的】建立一种快速、准确、灵敏的微小隐孢子虫可视化检测方法。【方法】本研究将重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)技术与CRISPR/Cas12a系统相结合,通过荧光检测法和侧流层析试纸条读取结果。针对微小隐... 【目的】建立一种快速、准确、灵敏的微小隐孢子虫可视化检测方法。【方法】本研究将重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)技术与CRISPR/Cas12a系统相结合,通过荧光检测法和侧流层析试纸条读取结果。针对微小隐孢子虫的小亚基核糖体RNA(small subunit ribosome RNA,SSU rRNA)基因设计和筛选crRNA和RPA引物,利用两种不同的单链DNA报告分子以荧光数值和侧流层析试纸条呈现检测结果。通过检测微小隐孢子虫和7个其他病原体评估RPA-CRISPR/Cas12a检测方法的特异性。通过梯度稀释的重组质粒和微小隐孢子虫基因组评估RPA-CRISPR/Cas12a检测方法的敏感性,并将该方法应用于临床样本的检测。【结果】本研究建立的RPA-CRISPR/Cas12a检测方法可在90 min内完成对样本中微小隐孢子虫的检测,与大肠杆菌、十二指肠贾第虫、华支睾吸虫、弓形虫、肝片吸虫、人五毛滴虫、沙门菌均无交叉反应,可特异性检测出微小隐孢子虫;敏感性试验结果显示,该方法的最低检测限为10个卵囊/mL。利用此方法对70份牛粪便样本和50份人粪便样本进行检测,经荧光检测法和侧流层析试纸条读取结果,微小隐孢子虫的阳性率分别为15.7%(11/70)和6.0%(3/50),与套式PCR检测结果完全一致。【结论】本研究建立的微小隐孢子虫RPA-CRISPR/Cas12a可视化检测方法具有高特异性和高灵敏度,且检测结果直观,不依赖昂贵的仪器设备,在微小隐孢子虫的现场检测和风险监测方面具有广阔的应用价值。 展开更多
关键词 crispr/cas12a 微小隐孢子虫 重组酶聚合酶扩增 可视化检测
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CRISPR-Cas12a检测牛奶中大肠杆菌方法的建立与评价
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作者 冀霞 代绍密 +3 位作者 余若菁 黄冰冰 刘家铭 李玮玮 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2023年第18期179-184,共6页
为提高牛奶中大肠杆菌的检测效率,简化分析流程,该文建立基于成簇的规则间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)的牛奶中大肠杆菌快速检测体系。首先,构建CRISPR相关蛋白(CRISPR-associ... 为提高牛奶中大肠杆菌的检测效率,简化分析流程,该文建立基于成簇的规则间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)的牛奶中大肠杆菌快速检测体系。首先,构建CRISPR相关蛋白(CRISPR-associated protein,CRISPR-Cas),CRISPR-Cas12a的重组表达质粒,并将其转化至BL21感受态细胞,利用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(lsopropyl β-D-thiogalactoside,IPTG)诱导表达Cas12a蛋白。然后,通过麦芽糖结合蛋白(maltose binding protein,MBP)亲和层析、凝胶过滤层析等方法将Cas12a蛋白进行纯化。最后,设计靶向大肠杆菌16S rDNA目的片段的特异性CRISPR RNA (crRNA),将特异性的crRNA、大肠杆菌16S rDNA的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)胶纯化产物和纯化的Cas12a蛋白进行混合,建立CRISPR-Cas12a靶向切割体系。验证结果显示该体系可用于检测牛奶样品中的大肠杆菌。 展开更多
关键词 crispr-cas12a 牛奶 大肠杆菌 细菌检测 16S rDNA
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基于ERA-CRISPR/Cas12a-LFD的犀牛特异性检测技术
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作者 王瑛 张冲 +4 位作者 蔡一村 王鑫杰 林颖峥 冯之航 潘良文 《野生动物学报》 北大核心 2023年第4期798-806,共9页
野生犀牛(Rhinocerotidae)种群的生存正面临极大威胁,包括栖息地减少、碎片化及偷猎等,在对打击犀牛角等非法贸易的努力中,物种的特异性检测至关重要,为了在现场就可以迅速完成犀牛源性成分鉴定,将酶促重组等温扩增(enzymatic recombina... 野生犀牛(Rhinocerotidae)种群的生存正面临极大威胁,包括栖息地减少、碎片化及偷猎等,在对打击犀牛角等非法贸易的努力中,物种的特异性检测至关重要,为了在现场就可以迅速完成犀牛源性成分鉴定,将酶促重组等温扩增(enzymatic recombinase amplification,ERA)、CRISPR/Cas12a和侧向流试纸条(lateral flow dipstick,LFD)技术相结合,研发了一种适于现场使用的犀牛特异性核酸检测方法。结果表明:该方法只能检测出5种现生犀牛特异性核酸,与其他哺乳动物核酸测试样本没有交叉反应,最低检测下限可达100拷贝/孔,具有较好的特异性和灵敏度。该方法可以在36.5~40.0℃条件下,27~30 min完成特异性识别,无需高规格的实验室环境和精密仪器,从而提供更快、更准确和更灵敏的检测方案。 展开更多
关键词 犀牛源性成分 crispr/cas12a 酶促重组等温扩增 侧向流试纸条
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基于双重CRISPR-Cas12a的新型冠状病毒核酸胶体金检测试纸条的研制
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作者 黄涛 魏道舜 +5 位作者 钱纯亘 李永聪 刘仲明 李辉军 汪大明 张赛 《检验医学与临床》 CAS 2023年第21期3126-3131,共6页
目的为实现快速检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2),干预和防止病毒的传播,研制一种基于双重CRISPR-Cas12a的SARS-CoV-2核酸胶体金快速检测试纸条。方法通过设计基于ORF1ab和N基因靶序列内的正反两个依赖原间隔邻近基序(PAM)位点crRNAs,将恒... 目的为实现快速检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2),干预和防止病毒的传播,研制一种基于双重CRISPR-Cas12a的SARS-CoV-2核酸胶体金快速检测试纸条。方法通过设计基于ORF1ab和N基因靶序列内的正反两个依赖原间隔邻近基序(PAM)位点crRNAs,将恒温扩增技术与CRISPR-Cas12a检测相结合,并结合侧向层析试纸条技术,实现对SARS-CoV-2 ORF1ab和N基因同时扩增与双重CRISPR的可视化检测。结果检测试纸条可在37℃条件下20 min内取得结果,具有较好的灵敏度、特异度及热稳定性。对SARS-CoV-2假病毒的检测灵敏度为250 copy/mL,检测16种其他呼吸道病原体均无交叉反应,在37℃条件下存放8 d仍然具有较好检测效果。临床研究显示,检测SARS-CoV-2总符合率为95.00%(57/60)。结论基于双重CRISPR-Cas12a的SARS-CoV-2核酸胶体金快速检测试纸条提高检测效率和准确度的同时降低了成本,可用于SARS-CoV-2的现场快速检测。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 重组酶聚合酶等温扩增 成簇规律间隔短回文重复序列相关核酸内切酶12a 胶体金 免疫层析 快速检测
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Crispr-Cas12a法快速检测脑胶质瘤异柠檬酸脱氢酶1基因突变的效能研究
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作者 冯哲斌 孔东生 +1 位作者 冯世宇 余新光 《临床神经病学杂志》 CAS 2023年第4期283-288,共6页
目的运用Crispr-Cas12a法快速检测冰冻脑胶质瘤组织样本中异柠檬酸脱氢酶1(IDH1)基因R132H单核苷酸多态性,初步评价该方法的检测效能及其与直接测序方法的一致性。方法选择30例脑胶质瘤冰冻组织样本,分别使用Crispr-Cas12a法、免疫组织... 目的运用Crispr-Cas12a法快速检测冰冻脑胶质瘤组织样本中异柠檬酸脱氢酶1(IDH1)基因R132H单核苷酸多态性,初步评价该方法的检测效能及其与直接测序方法的一致性。方法选择30例脑胶质瘤冰冻组织样本,分别使用Crispr-Cas12a法、免疫组织化学法(IHC)以及直接测序法对样本IDH1-R132H位点突变情况进行检测,计算Crispr-Cas12a法的灵敏度、特异性等效能指标,并利用配对χ^(2)检验(McNemar检验)及Kappa一致性检验分析Crispr-Cas12a法、IHC法与金标准(直接测序方法)的一致性。结果利用Crispr-Cas12a法初步实现了60 min内对冰冻脑胶质瘤组织样本IDH1-R132H位点突变的快速检测。以直接测序为金标准,Crispr-Cas12a法的灵敏度为87.7%,特异性为97.0%,一致性为91.1%,Kappa一致性检验显示两种方法一致性较好(k=0.816)。结论Crispr-Cas12a法能快速、准确地对冰冻脑胶质瘤组织样本IDH1-R132H突变进行检测,且稳定性较好,有望成为一种检测IDH1突变的术中检测方法。 展开更多
关键词 异柠檬酸脱氢酶1 crispr-cas12a 即时检测
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基于CRISPR-Cas12a检测成人型弥漫性胶质瘤MGMT启动子甲基化
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作者 冯哲斌 孔东生 +4 位作者 许军鹏 武其嘉 张宇 余新光 冯世宇 《临床神经外科杂志》 2023年第6期664-670,共7页
目的应用成簇规律间隔短回文重复序列相关12a(CRISPR-Cas12a)方法检测成人型弥漫性胶质瘤O 6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化情况,并初步评价该方法的检测效能及其与高通量测序结果的一致性。方法选择2022年3月—2022年4... 目的应用成簇规律间隔短回文重复序列相关12a(CRISPR-Cas12a)方法检测成人型弥漫性胶质瘤O 6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化情况,并初步评价该方法的检测效能及其与高通量测序结果的一致性。方法选择2022年3月—2022年4月解放军总医院第一医学中心神经外科手术切除的初治成人型弥漫性胶质瘤组织样本,分别利用CRISPR-Cas12a方法和高通量测序对样本MGMT启动子甲基化情况进行检测。计算CRISPR-Cas12a方法的灵敏度、特异性等效能指标,并利用配对χ2检验(McNemar检验)及Kappa一致性检验分析CRISPR-Cas12a方法与高通量测序结果的一致性。结果共纳入32例成人型弥漫性胶质瘤组织样本。CRISPR-Cas12a方法检测成人型弥漫性胶质瘤组织样本MGMT启动子甲基化序列的灵敏度为98.4%,特异性为90.9%;检测MGMT启动子非甲基化序列的灵敏度为100%,特异性为90.5%。两种CRISPR-Cas12a方法的检测结果与高通量测序结果一致性均较好。结论Crispr-Cas12a方法能较准确地对成人型弥漫性胶质瘤组织样本MGMT启动子甲基化情况进行检测,有望成为一种新兴的检测MGMT启动子甲基化情况的方法。 展开更多
关键词 crispr-cas12a 成人型弥漫性胶质瘤 MGMT启动子甲基化 NGS测序 MGMT蛋白
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基因编辑工具CRISPR-Cas9与CRISPR-Cas12a的比较与应用
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作者 王炀坤 纪世新 +2 位作者 苏莹莹 孙英旗 宋相伟 《长春师范大学学报》 2023年第12期107-112,共6页
基因编辑技术的突飞猛进,使得生物体的遗传与改造技术具有空前的深度与广度。基因编辑技术中的CRISPR-Cas系统由于其在检测、诊断方面的高灵活性、敏感性和特异性而为人们所熟知。CRISPR-Cas系统中的Class2是由单个多域蛋白组成的效应模... 基因编辑技术的突飞猛进,使得生物体的遗传与改造技术具有空前的深度与广度。基因编辑技术中的CRISPR-Cas系统由于其在检测、诊断方面的高灵活性、敏感性和特异性而为人们所熟知。CRISPR-Cas系统中的Class2是由单个多域蛋白组成的效应模块,Class2中的CRISPR-Cas9和CRISPR-Cas12a是广泛应用的基因编辑工具。对CRISPR-Cas9和CRISPR-Cas12a的作用机制和应用领域进行比较,以便更好应用该项技术。 展开更多
关键词 crispr-Cas9 crispr-cas12a 作用机制
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基于CRISPR/Cas12a系统的比色检测方法探究
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作者 元超群 《中国科技纵横》 2023年第15期98-100,共3页
基于Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats/Cas12a(CRISPR/Cas12a)系统的特征基因识别检测技术,已经可以实现DNA的普适性检测。同时,基于CRISPR/Cas12a系统的反式酶切活性,可以降解(有目标DNA)或者不降解(无目标D... 基于Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats/Cas12a(CRISPR/Cas12a)系统的特征基因识别检测技术,已经可以实现DNA的普适性检测。同时,基于CRISPR/Cas12a系统的反式酶切活性,可以降解(有目标DNA)或者不降解(无目标DNA)检测体系中添加的指示探针,设计一对通用的DNA纳米金探针进行裸眼可视化DNA比色检测。整个检测过程与结果读出不依赖于实时定量荧光PCR仪、恒温培养箱等大型仪器,整个流程可以在1小时之内完成。 展开更多
关键词 crispr/cas12a 反式酶切活性 DNA纳米金探针 比色检测
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跨越式滚环等温扩增技术结合CRISPR/Cas12a定量检测海产品中的副溶血性弧菌 被引量:6
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作者 董换哲 苑宁 +4 位作者 张蕴哲 杨倩 卢鑫 郭威 张伟 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第14期289-295,共7页
将CRISPR/Cas12a系统与跨越式滚环等温扩增技术(saltatory rolling circle amplification,SRCA)相结合,建立一种快速、灵敏定量检测海产品中副溶血性弧菌(Vibrio parahemolyticus)的方法(SRCA-Cas12a)。通过SRCA扩增靶标DNA,CRISPR/Cas... 将CRISPR/Cas12a系统与跨越式滚环等温扩增技术(saltatory rolling circle amplification,SRCA)相结合,建立一种快速、灵敏定量检测海产品中副溶血性弧菌(Vibrio parahemolyticus)的方法(SRCA-Cas12a)。通过SRCA扩增靶标DNA,CRISPR/Cas12a系统识别靶标DNA并裂解单链报告探针,从而建立SRCA-Cas12a检测方法。分析该方法的特异性与灵敏度,并进行加标回收实验和实际样品检测。结果显示该方法可区分副溶血性弧菌和其他食源性致病菌,特异性良好。在最优检测体系下,建立了副溶血性弧菌菌液浓度的对数与荧光信号强度的线性关系,线性方程为y=1.8472x+2.4738(R^(2)=0.9866),检出限为3.6 CFU/mL(R_(SN)=3)。在人工污染样品中副溶血性弧菌的加标回收率为95.5%~104.4%。在实际样品检测中,该方法的敏感性为100.0%、特异性为95.2%、符合率为97.2%。本研究所建立的SRCA-Cas12a方法具有特异性好、检测限低的优点,为副溶血性弧菌的快速定量检测提供了一种新策略。 展开更多
关键词 crispr/cas12a 跨越式滚环等温扩增 副溶血性弧菌 定量检测 海产品
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