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CRISPR/Cpf1双切刻系统的构建与活性检测
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作者 张权威 都萌萌 +2 位作者 翟双双 赵金山 李和刚 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期254-259,共6页
Cpf1是2类V型CRISPR-Cas系统的单个RNA引导的核酸内切酶,具有切割DNA的核酸酶活性。该系统由Cpf1核酸酶和CRISPR RNA(crRNA)组成,对于如何提高CRISPR/Cpf1系统的基因编辑效率主要集中在增强crRNA的稳定性、设计对PAM要求更简单的Cpf1变... Cpf1是2类V型CRISPR-Cas系统的单个RNA引导的核酸内切酶,具有切割DNA的核酸酶活性。该系统由Cpf1核酸酶和CRISPR RNA(crRNA)组成,对于如何提高CRISPR/Cpf1系统的基因编辑效率主要集中在增强crRNA的稳定性、设计对PAM要求更简单的Cpf1变体或者鉴定新型Cpf1核酸内切酶。然而,其是否适用于构建双切刻系统还有待验证。因此,本研究旨在设计3种AsCpf1突变体以及成对的crRNA,进行瞬时转染,利用双荧光素酶报告基因检测评估AsCpf1双切刻系统的编辑效率;同时探究人工改造的crRNA能否提高AsCpf1双切刻系统的编辑效率;以及设计6对具有拓展PAMs序列的crRNA靶向位点,评估HkCpf1双切刻系统在哺乳动物基因组中的编辑效率。结果显示:3种AsCpf1突变体均能不同程度地提高报告基因的相对活性,并具有切割DNA单链的能力。在AsCpf1 crRNA发生突变和延伸后,它们仍然具有引导AsCpf1双切刻系统切割DNA单链的能力。HkCpf1不仅可以用做构建双切刻系统还具有较高的切割活性,并且可以识别5’-YTN和5’-TYYN PAMs序列,与AsCpf1相比,显著拓宽了其靶向范围。 展开更多
关键词 crispr/cpf1 双切刻系统 突变体 人工改造 crRNA
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利用CRISPR/Cpf1系统构建人ABCG1和ABCG4基因敲除的293T细胞株 被引量:1
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作者 覃鸿妮 谢钰珍 +1 位作者 马傲 蔡一林 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期741-750,共10页
【目的】基于CRISPR/Cpf1(AsCpf1/LbCpf1)技术构建人ABCG1和ABCG4基因敲除的人胚肾细胞(HEK293T)稳定细胞株,旨在研究ABCG1和ABCG4基因的生物学功能。【方法】针对ABCG1和ABCG4基因作用的功能域,设计2对靶向ABCG1和ABCG4基因前7个外显子... 【目的】基于CRISPR/Cpf1(AsCpf1/LbCpf1)技术构建人ABCG1和ABCG4基因敲除的人胚肾细胞(HEK293T)稳定细胞株,旨在研究ABCG1和ABCG4基因的生物学功能。【方法】针对ABCG1和ABCG4基因作用的功能域,设计2对靶向ABCG1和ABCG4基因前7个外显子的sgRNA序列,分别克隆到AsCpf1和LbCpf1的载体上。将测序验证正确的重组质粒转染到HEK293T细胞中,T7E1酶切和测序验证敲除效率,对敲除成功的293T细胞利用有限稀释法筛选获得基因双突变的敲除细胞株,对其基因组进行PCR扩增并双向测序验证编辑结果,选择有正确编辑结果的PCR产物进行TA克隆,进而测序验证单克隆细胞株编辑效率。【结果】结果获得敲除ABCG1和ABCG4基因的稳定细胞株各1株(AsCpf1-ABCG1-sgRNA 1-1和LbCpf1-ABCG4-sgRNA 2-1)。【结论】通过利用新型基因编辑技术CRISPR/Cpf1系统,获得了永久性敲除目的细胞靶基因的细胞株,可为进一步探索和证实ABCG1和ABCG4在细胞中胆固醇代谢和调节作用提供帮助。 展开更多
关键词 crispr/cpf1 ABCG1 ABCG4 基因敲除 稳定细胞株
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利用CRISPR/Cpf1系统构建稳定敲除LncRNA458314的肾癌细胞株及其功能探讨 被引量:3
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作者 周洋 陈兵海 王诚悦 《江苏大学学报(医学版)》 CAS 2020年第1期29-33,共5页
目的:通过新基因编辑系统CRISPR/Cpf1稳定敲除肾癌细胞769P中的LncRNA458314,并初步研究LncRNA458314在肾癌中的作用。方法:使用CRISPR/Cpf1系统敲除肾癌细胞769P的LncRNA458314,并通过荧光定量PCR检测敲除效率。通过CCK8实验检测LncRNA... 目的:通过新基因编辑系统CRISPR/Cpf1稳定敲除肾癌细胞769P中的LncRNA458314,并初步研究LncRNA458314在肾癌中的作用。方法:使用CRISPR/Cpf1系统敲除肾癌细胞769P的LncRNA458314,并通过荧光定量PCR检测敲除效率。通过CCK8实验检测LncRNA458314敲除后769P细胞的增殖能力;蛋白质印迹法检测LncRNA458314敲除后769P细胞pAKT、pERK和LC3A/B蛋白的表达。结果:荧光定量PCR结果表明CRISPR/Cpf1系统成功敲除了目标LncRNA458314,并且通过多次荧光定量PCR检测对比后,挑选了两个稳定LncRNA458314低表达的769P单克隆细胞(6#和13#)用于后续实验。CCK8实验表明,LncRNA458314下调后,肾癌769P细胞的增殖能力明显下降;蛋白质印迹结果表明,LncRNA458314敲除后的769P细胞pAKT、pERK表达水平明显下降,LC3A/B表达水平明显上升。结论:LncRNA458314可能通过调控pAKT、pERK和LC3A/B表达发挥其生物学功能。 展开更多
关键词 肾癌 长链非编码RNA crispr/cpf1 LncRNA458314 基因编辑系统
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Generation of pigs with a Belgian Blue mutation in MSTN using CRISPR/Cpf1-assisted ssODN-mediated homologous recombination 被引量:3
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作者 ZOU Yun-long LI Zhi-yuan +4 位作者 ZOU Yun-jing HAO Hai-yang HU Jia-xiang LI Ning LI Qiu-yan 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2019年第6期1329-1336,共8页
CRISPR/Cpf1 has emerged recently as an effective tool for genome editing in many organisms,but its use in pigs to generate precise genetic modifications has seldom been described.Myostatin(MSTN)is a well-characterized... CRISPR/Cpf1 has emerged recently as an effective tool for genome editing in many organisms,but its use in pigs to generate precise genetic modifications has seldom been described.Myostatin(MSTN)is a well-characterized negative regulator of muscle development,and natural mutations in this gene cause a double-muscled phenotype in many species.However,to the best of our knowledge,no naturally occurring mutation in MSTN has been found in pigs.In addition,no living pig models with sophisticated modifications orthologous to natural mutations in MSTN have yet been reported.In this study,we exploited the CRISPR/Cpf1 system to introduce a predefined modification orthologous to the natural MSTN mutation found in Belgian Blue cattle(thus known as the Belgian Blue mutation).Our research demonstrated that the cutting efficiency of CRISPR/Cpf1 was 12.3%in mixed porcine fetal fibroblasts in drug free medium,and 41.7%in clonal colonies obtained using G418 selection.Then,the Cpf1-sgRNA vector,ssODN template,and a self-excision cassette were co-transfected into porcine fetal fibroblasts.After G418 selection,8 clonal colonies were examined and 5 with genetic modification were found.Of these 5,2 harbored the precise 11-bp deletion.Using 1 heterozygous clonal colony,2 cloned Duroc piglets were successfully generated,which was heterozygous for the Belgian Blue mutation.In summary,our results demonstrate that CRISPR/Cpf1 system can be used efficiently to generate double-stranded breaks,and also to mediate homologous recombination to introduce precise genomic modifications in pigs. 展开更多
关键词 MSTN crispr/cpf1 Belgian BLUE MUTATION genetically modified PIGS single stranded OLIGODEOXYNUCLEOTIDE
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CRISPR/Cas9和CRISPR/Cpf1基因组编辑技术在农作物基因功能中的研究进展 被引量:1
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作者 聂利珍 房永雨 《北方农业学报》 2019年第4期27-32,共6页
基因组编辑技术是研究植物基因功能和农作物品种改良的强有力工具。文章对CRISPR/Cas9和CRISPR/Cpf1两种基因组编辑技术的作用机理、区别及其在模式植物和农作物研究中取得的进展进行了综述,进一步揭示了基因组编辑技术在农作物分子育... 基因组编辑技术是研究植物基因功能和农作物品种改良的强有力工具。文章对CRISPR/Cas9和CRISPR/Cpf1两种基因组编辑技术的作用机理、区别及其在模式植物和农作物研究中取得的进展进行了综述,进一步揭示了基因组编辑技术在农作物分子育种中的应用前景,以期为基因组编辑技术在农作物育种中的应用提供理论依据。 展开更多
关键词 crispr/Cas9 crispr/cpf1 农作物
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基于CRISPR/Cpf1系统下的诱导型多基因激活体系的建立
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作者 黄秋月 李中瀚 殷旖珂 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期160-164,共5页
为开发高效率的内源多基因激活工具,利用CRISPR/Cpf1系统能够促使pre-crRNA中多个crRNA自我剪切和释放的特性,将As/Fn/LbCpf1的核酸酶区域定点突变形成dCpf1,并在C端和N端分别引入了VPR三元转录激活域和不稳定结构域(DD-domain)、四环... 为开发高效率的内源多基因激活工具,利用CRISPR/Cpf1系统能够促使pre-crRNA中多个crRNA自我剪切和释放的特性,将As/Fn/LbCpf1的核酸酶区域定点突变形成dCpf1,并在C端和N端分别引入了VPR三元转录激活域和不稳定结构域(DD-domain)、四环素控制的操纵子,构建了TRE3G-DD-dCpf1-VPR激活系统.结果显示,Oct4基因的转录水平提升高达104倍,且Myod1、Oct4基因的转录水平分别在Dox和TMP单药的控制下,能够实现不同程度的转录水平的提升,在加双药的条件下Myod1、Oct4基因可分别提高80、120多倍.证明该系统能够通过靶向DNA快捷、高效的进行诱导内源性多基因激活. 展开更多
关键词 crispr/cpf1系统 诱导性 多基因激活
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利用CRISPR/Cas9技术构建斑马鱼prkd1基因敲除品系 被引量:1
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作者 吕丹 陈宇 +4 位作者 谭志霞 李永青 吴秀山 江志钢 叶湘漓 《生命科学研究》 CAS 2024年第1期18-25,共8页
蛋白激酶D1 (protein kinase D1, PKD1;也称作PRKD1)是蛋白激酶家族成员之一,该家族由3种结构相关的应激激活酶组成,可调节机体多种生物学功能,主要涉及细胞增殖、分化、凋亡、免疫调节、心脏收缩、血管生成和癌症等,其中PRKD1与心脏肥... 蛋白激酶D1 (protein kinase D1, PKD1;也称作PRKD1)是蛋白激酶家族成员之一,该家族由3种结构相关的应激激活酶组成,可调节机体多种生物学功能,主要涉及细胞增殖、分化、凋亡、免疫调节、心脏收缩、血管生成和癌症等,其中PRKD1与心脏肥大、收缩和缺血再灌注损伤的底物磷酸化有关。相关研究报道,先天性心脏病患者存在PRKD1基因突变,但其在心脏中的特异性功能和分子机制并未阐明。为了便于后期研究PRKD1基因在人类早期心脏发育的作用机制,本文拟利用CRISPR/Cas9技术构建斑马鱼prkd1基因敲除品系。首先,通过生物信息学网站筛选出两个最佳的基因敲除靶位点,合成相应靶位点的单链向导RNA (single guide RNA,sg RNA)和引物;然后,将两个靶位点的sg RNA进行体外转录,并将其与Cas9蛋白混合后共同注射到斑马鱼的1-细胞期;最后,对基因敲除后的F0、F1、F2及F3代斑马鱼的胚胎和成鱼进行有效性鉴定及表型观察。结果显示,靶位点附近出现了不同程度的碱基缺失;成功构建了F1代能够稳定遗传的prkd1基因敲除的3个亚系;与野生型相比, F3代纯合子胚胎表现出不同程度的心腔膨大、环化异常及心管线性化等畸形现象。综上可知,本研究利用CRISPR/Cas9技术成功构建了斑马鱼prkd1基因敲除品系,为进一步研究该基因在人类心脏发育中的特异性功能提供了有益参考,并为后期的先天性心脏病筛查和精准医疗提供了重要依据。 展开更多
关键词 prkd1基因 crispr/Cas9技术 基因敲除 先天性心脏病(CHD)
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利用CRISPR/Cas9技术编辑GmBADH1基因改变大豆耐盐性 被引量:1
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作者 石宇欣 刘欣玥 +4 位作者 孙建强 李晓菲 郭潇阳 周雅 邱丽娟 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期100-109,共10页
耐盐基因功能鉴定对于大豆品种改良以及盐碱地的开发利用至关重要。盐害胁迫下作物通过合成和积累甜菜碱作为渗透保护剂,减小盐害对作物产量的影响。BADH基因已在多种植物中被证实调节植物对逆境胁迫的响应,但在大豆中的调控机制尚不清... 耐盐基因功能鉴定对于大豆品种改良以及盐碱地的开发利用至关重要。盐害胁迫下作物通过合成和积累甜菜碱作为渗透保护剂,减小盐害对作物产量的影响。BADH基因已在多种植物中被证实调节植物对逆境胁迫的响应,但在大豆中的调控机制尚不清晰。本研究克隆了GmBADH1基因,qRT-PCR显示该基因在根、茎、叶中均有表达,尤其在根中的表达丰度最高。通过农杆菌介导的大豆遗传转化技术将CRISPR/Cas9系统构建的表达载体转入到大豆品种JACK中,产生了3种可以调控大豆耐盐性状的靶向突变,均发生在编码区,分别为缺失19 bp、插入1 bp、插入9bp替换2 bp。前两者,过早出现的终止密码子,使其均产生截断的BADH1蛋白,后者发生移码突变。在出苗期和苗期分别对突变纯合植株进行盐处理,结果表明,出苗期耐盐性与野生型相比显著下降,苗期与野生型相比无明显差异。这说明GmBADH1基因可能主要调控出苗期的耐盐性状。本研究为深入挖掘大豆耐盐基因和培育大豆耐盐品种提供了依据。 展开更多
关键词 大豆 GmBADH1 crispr/Cas9 耐盐性
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基于CRISPR/Cas9技术构建IDO1基因敲除的THP-1细胞株及其表型研究
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作者 李雪银 吴传新 +3 位作者 刘慧玲 李丽 程莎 孙航 《免疫学杂志》 CAS CSCD 2024年第1期87-95,共9页
目的 采用CRISPR/Cas9技术构建吲哚胺-2,3-双加氧酶1(IDO1)基因敲除的THP-1细胞株,为研究IDO1在巨噬细胞中的作用提供细胞模型。方法 设计靶向IDO1基因的3条向导RNA(guide RNA,gRNA),分别构建IDO1-gRNA重组质粒,酶切及测序鉴定后,包装成... 目的 采用CRISPR/Cas9技术构建吲哚胺-2,3-双加氧酶1(IDO1)基因敲除的THP-1细胞株,为研究IDO1在巨噬细胞中的作用提供细胞模型。方法 设计靶向IDO1基因的3条向导RNA(guide RNA,gRNA),分别构建IDO1-gRNA重组质粒,酶切及测序鉴定后,包装成Lenti-IDO1-gRNA慢病毒。利用Cas9慢病毒感染THP-1细胞获得稳定表达Cas9蛋白的细胞株,再经Lenti-IDO1-gRNA慢病毒感染敲除IDO1基因,有限稀释法获得单克隆细胞株。T7E1酶切检测gRNA打靶效率,PCR产物测序和Western blot鉴定IDO1基因敲除效果。CCK8法检测IDO1基因敲除对THP-1细胞增殖活性的影响,流式细胞术检测对巨噬细胞标志物CD11b、CD68和CD14表达的影响,中性红法检测巨噬细胞吞噬功能。结果 成功构建了3种IDO1-gRNA重组质粒,3条gRNA均能有效编辑IDO1基因,以gRNA2编辑效率最高。经PCR产物测序和Western blot验证获得了3株THP-1 IDO1-KO单克隆细胞株,并发现IDO1基因敲除可抑制THP-1细胞增殖,下调THP-1巨噬细胞CD11b、CD68表达,上调CD14表达,增强THP-1巨噬细胞吞噬功能。结论 成功构建IDO1基因敲除的THP-1细胞株;IDO1对THP-1细胞增殖活性、分化调节以及THP-1巨噬细胞吞噬功能调节有重要作用,为后续进一步探讨IDO1基因在巨噬细胞中的功能及机制研究奠定基础。 展开更多
关键词 crispr/Cas9 吲哚胺-2 3-双加氧酶1 基因敲除 THP-1细胞 巨噬细胞
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基于CRISPR/Cas9基因编辑技术构建PD-L1-GFP报告基因HT29细胞株
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作者 谢钰珍 覃鸿妮 +2 位作者 吴凡 孙曙光 孟丽君 《山东理工大学学报(自然科学版)》 2024年第2期67-72,共6页
利用CRISPR/Cas9基因编辑技术和同源重组技术在PD-L1基因的特定位置敲入绿色荧光蛋白(GFP)序列,构建含有PD-L1-GFP报告基因的结肠癌细胞(HT29)稳定细胞株。根据CRISPR-Cas9靶点设计原则,针对PD-L1基因终止密码子设计两对sgRNA,退火形成... 利用CRISPR/Cas9基因编辑技术和同源重组技术在PD-L1基因的特定位置敲入绿色荧光蛋白(GFP)序列,构建含有PD-L1-GFP报告基因的结肠癌细胞(HT29)稳定细胞株。根据CRISPR-Cas9靶点设计原则,针对PD-L1基因终止密码子设计两对sgRNA,退火形成双链后连接至Lenti-V2空载质粒中,转化培养后提取质粒并测序验证。对于正确的Lenti-V2-sgRNA重组质粒,T7E1酶切验证其基因编辑效率。根据靶点位置设计左同源臂+GFP+右同源臂序列合成Donor片段,双酶切后连接至pUC19,重组载体转化扩增后同样进行质粒提取和测序验证。将验证成功的Lenti-V2-sgRNA和pUC19-donor-GFP共转染HT29细胞,荧光显微镜检测GFP表达情况,菌落PCR及基因测序验证GFP报告基因的靶向插入效果。经酶切和测序鉴定,靶向编辑PD-L1的Cas9载体Lenti-V2-gRNA和含GFP基因的Donor质粒pUC19-donor-GFP构建成功。两个重组质粒转染HT29细胞后,显微观察、多克隆验证、单克隆筛选及鉴定结果显示,GFP成功转入HT29细胞并进行了表达,经有限稀释法筛选出的单克隆细胞荧光均一,且与对照组相比,阳性细胞克隆的基因组PCR均检测到特异条带,表明在PD-L1终止密码子前成功插入了GFP片段,细胞株构建成功。通过基因编辑技术成功构建了稳定表达PD-L1-GFP报告基因的HT29结肠癌细胞株,建立了一个可以直观在细胞上观察PD-L1是否表达以及表达的强弱程度的系统,为后期体内外筛选调控PD-L1的上游新靶点及药物奠定了基础。 展开更多
关键词 PD-L1 crispr/Cas9 报告基因 GFP
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利用CRISPR/Cas9技术构建Pmepa1基因敲除的TCMK1小鼠肾小管上皮细胞系
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作者 张宏民 龙雯 +7 位作者 劳筱清 陈雯妍 商雪梅 王洪连 王丽 粟宏伟 沈宏萍 沈宏春 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期73-79,共7页
【目的】利用CRISPR/Cas9技术构建Pmepa1基因敲除的TCMK1小鼠肾小管上皮细胞系,并探讨Pmepa1敲除对TGF-β刺激下TCMK1细胞纤维化的影响,为研究Pmepa1在纤维化模型中的作用提供细胞模型。【方法】根据CRISPR/Cas9设计原则设计靶向小鼠Pme... 【目的】利用CRISPR/Cas9技术构建Pmepa1基因敲除的TCMK1小鼠肾小管上皮细胞系,并探讨Pmepa1敲除对TGF-β刺激下TCMK1细胞纤维化的影响,为研究Pmepa1在纤维化模型中的作用提供细胞模型。【方法】根据CRISPR/Cas9设计原则设计靶向小鼠Pmepa1基因组序列的sgRNA序列,构建pX333载体并转染进入TCMK1细胞,采用流式分选m Cherry阳性细胞、单克隆细胞扩增和测序鉴定Pmepa1敲除细胞,Western blot验证Pmepa1基因敲除情况。采用RT-PCR和Western blot分析Pmepa1敲除对TGF-β1诱导的R-Smad的活化和纤维化的影响。【结果】将sgRNA设计在Pmepa1第2个外显子,pX333-Pmepa1质粒转染TCMK1细胞48 h后,观察到mCherry荧光蛋白的表达,流式细胞分析转染效率约为17%,pX333-Pmepa1质粒转染阳性细胞经流式分选和单克隆扩增培养,得到19个细胞克隆,对Pmepa1基因位点上sgRNA靶点序列PCR扩增测序分析发现2个双等位基因移码突变细胞,Western blot验证Pmepa1蛋白表达缺失,表明Pmepa1基因敲除TCMK1细胞株构建成功,与未敲除细胞相比,Pmepa1敲除细胞在TGF-β1刺激下,p-Smad2和p-Smad3的表达显著升高,并且促进纤维化基因Fibronectin和Collagen I的表达。【结论】利用CRISPR/Cas9技术成功构建Pmepa1基因敲除TCMK1小鼠肾小管上皮细胞系,为Pmepa1蛋白的功能研究建立了细胞模型以及Pmepa1在纤维化中的重要作用。 展开更多
关键词 crispr/Cas9技术 Pmepa1 TCMK1细胞系 纤维化
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基于CRISPR/Cas9系统构建裸鼹鼠HIF-1α基因敲除质粒及其功能验证
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作者 张静远 姜晓龙 崔淑芳 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期202-209,共8页
目的利用簇状规则间隔回文重复序列(CRISPR)/Cas9基因编辑系统构建质粒并敲除裸鼹鼠皮肤成纤维(NMR skin fibroblasts,NSF)细胞HIF-1α基因,为研究裸鼹鼠的耐低氧机制及缺氧相关疾病的发生发展机制提供体外细胞模型。方法针对裸鼹鼠HIF-... 目的利用簇状规则间隔回文重复序列(CRISPR)/Cas9基因编辑系统构建质粒并敲除裸鼹鼠皮肤成纤维(NMR skin fibroblasts,NSF)细胞HIF-1α基因,为研究裸鼹鼠的耐低氧机制及缺氧相关疾病的发生发展机制提供体外细胞模型。方法针对裸鼹鼠HIF-1α基因的1~4号外显子区域设计4对sgRNA序列,并成功构建表达质粒。筛选得到最优sgRNA后,转染HEK-293T细胞收集上清液测定病毒滴度。前期用pLenti-Cas9(blast)病毒感染NSF细胞,后用制备的HIF-1α-sgRNA病毒感染表达Cas9蛋白的NSF细胞。经药筛后观察荧光表达,同时提取细胞gDNA和蛋白。通过T7E1酶和Western Blot检测NSF细胞中HIF-1α基因变化及蛋白表达情况。结果Sanger测序显示,所设计的sgRNA成功插入到pX459和pKLV2-U6-sgRNA2载体上,序列验证正确,重组质粒构建成功;T7E1酶切实验成功切除3条带,sgRNA的打靶效率为54%,Western Blot结果表明,经药筛后的裸鼹鼠NSF细胞HIF-1α基因敲除成功,蛋白水平显著降低(P=0.0019);且未发现HIF-1α敲除细胞形态的明显变化,基因敲除对细胞增殖能力无明显影响。结论成功构建靶向裸鼹鼠HIF-1α基因的CRISPR/Cas9质粒,且质粒靶向敲除HIF-1α基因功能验证成功,将有利于裸鼹鼠耐低氧机制研究,并为人类缺氧相关疾病防治提供理论依据。 展开更多
关键词 裸鼹鼠 HIF-1Α 基因敲除 crispr/Cas9系统
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利用CRISPR/Cpf1技术构建HEK293细胞DDX21基因稳定敲除株及功能鉴定 被引量:1
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作者 鲁国涛 王辉 +4 位作者 曾为俊 邵玉乐 许曼 陈洪岩 孟庆文 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期257-263,共7页
利用CRISPR/Cpf1基因编辑技术构建DDX21基因稳定敲除的细胞株,并检测其生物学功能。设计、构建靶向DDX21基因向导RNA表达载体,与Cpf1表达载体共转染HEK293细胞,通过流式筛选、基因测序、Western blot和细胞增殖能力检测鉴定细胞株;荧光... 利用CRISPR/Cpf1基因编辑技术构建DDX21基因稳定敲除的细胞株,并检测其生物学功能。设计、构建靶向DDX21基因向导RNA表达载体,与Cpf1表达载体共转染HEK293细胞,通过流式筛选、基因测序、Western blot和细胞增殖能力检测鉴定细胞株;荧光定量PCR检测病毒感染后模式识别受体(TLR-3、TLR-7、MDA-5)、Ⅰ型干扰素、IL-6以及抗病毒蛋白OAS mRNA水平表达情况。结果显示:成功筛选到2株DDX21基因敲除的细胞株,蛋白免疫印迹显示DDX21蛋白不表达;与野生型(wild type,WT)相比敲除株形成细胞单层的时间明显延长(P<0.01);H9N2亚型禽流感病毒感染试验表明,模式识别受体TLR-3、MDA-5的mRNA表达水平上调,TLR-7表达水平无明显差异,IFN-α、IFN-β、IL-6及抗病毒蛋白OAS的mRNA表达水平下调,表明DDX21基因敲除阻断了DDX21-TRIF-MyD88信号通路;TCID50测定结果显示,差异最高可达到WT的3.01倍,表明DDX21基因敲除后流感病毒复制增加。本研究利用CRISPR/Cpf1系统获得2株DDX21基因稳定敲除的HEK293细胞株,为深入研究DDX21基因功能、病毒感染的天然免疫应答和调控研究奠定理论基础。 展开更多
关键词 DDX21基因 H9N2亚型禽流感病毒 crispr/cpf1 HEK293细胞 基因敲除
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家蚕CRISPR/Cpf1基因编辑系统建立 被引量:1
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作者 董战旗 秦琪 +3 位作者 张新铃 李柯洁 陈鹏 潘敏慧 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期4342-4350,共9页
自CRISPR/Cas9基因编辑系统成功应用于模式生物以来,因其快速、高效、便捷等特点,广泛应用于基因功能研究、基因治疗和基因工程等研究领域。与此同时,CRISPR/Cas系统不断在微生物界的发现也加速了新的基因编辑工具的不断涌现。CRISPR/C... 自CRISPR/Cas9基因编辑系统成功应用于模式生物以来,因其快速、高效、便捷等特点,广泛应用于基因功能研究、基因治疗和基因工程等研究领域。与此同时,CRISPR/Cas系统不断在微生物界的发现也加速了新的基因编辑工具的不断涌现。CRISPR/Cpf1是第二类(Ⅴ型)能够编辑哺乳动物基因组的CRISPR系统,相比于CRISPR/Cas9基因编辑系统,能够利用5′T-PAM富集区增加基因组覆盖率,具有其切割位点为粘性末端和更不易同源重组修复等诸多优势。基于此,本研究构建了能够在家蚕细胞表达的3个不同来源的CRISPR/Cpf1 (AsCpf1、FnCpf1和LbCpf1)表达载体,选择高度保守的家蚕热休克蛋白基因BmHSP60和家蚕ATP酶家族BmATAD3A基因分别设计靶标gRNA,构建gHSP60-266R和gATAD3A-346R基因编辑载体。通过T7E1酶切分析和T克隆测序,鉴定3个Cpf1基因编辑系统AsCpf1、FnCpf1和LbCpf1对靶标基因BmHSP60和BmATAD3A的编辑效率。同时,利用Western blotting分析不同基因编辑系统敲除靶基因后对其BmATAD3A和BmHSP60蛋白翻译的影响。本研究成功构建了家蚕CRISPR/Cpf1基因编辑系统,能够在家蚕细胞中有效编辑家蚕基因组,为家蚕基因功能研究、基因工程和遗传育种开发了新技术与新方法。 展开更多
关键词 家蚕 基因编辑 crispr/cpf1
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新一代基因组编辑系统CRISPR/Cpf1 被引量:20
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作者 杨帆 李寅 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期361-371,共11页
CRISPR/Cas系统几乎存在于所有的细菌和古菌中,是用来抵御外来病毒和噬菌体入侵的获得性免疫防御机制。2012年起CRISPR/Cas9被改造为基因编辑工具,并衍生出一系列高效、便捷的基因编辑工具,迅速在基础理论、基因诊断和临床治疗等研究领... CRISPR/Cas系统几乎存在于所有的细菌和古菌中,是用来抵御外来病毒和噬菌体入侵的获得性免疫防御机制。2012年起CRISPR/Cas9被改造为基因编辑工具,并衍生出一系列高效、便捷的基因编辑工具,迅速在基础理论、基因诊断和临床治疗等研究领域中得到广泛应用。然而,CRISPR/Cas9也存在细胞毒性、脱靶效应和基因插入困难等一些亟待解决的问题,在一定程度上限制了CRISPR/Cas9的应用。Cpf1是2015年报道的一种新型CRISPR效应蛋白,具有许多与Cas9不同的特性,有利于克服CRISPR/Cas9应用中的一些限制。本文综述了近两年来对CRISPR/Cpf1的研究进展和应用,并对其应用前景和发展方向进行了展望。 展开更多
关键词 cpf1 Cas9 crispr 基因编辑
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谷氨酸棒状杆菌CRISPR-Cpf1/ssDNA基因组编辑系统优化 被引量:1
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作者 王婷 马洪坤 +3 位作者 赵桂红 蔡柠匀 张德志 陈宁 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2019年第19期1-7,共7页
谷氨酸棒状杆菌作为重要的微生物细胞工厂,基因组修饰已经成为调节目标代谢物的首要途径。为了提高基因定点突变的编辑效率,建立了高效省时的CRISPR-Cpf1/ssDNA基因组编辑系统。利用卡那霉素抗性作为筛选标记,构建了1株严谨的单链模式菌... 谷氨酸棒状杆菌作为重要的微生物细胞工厂,基因组修饰已经成为调节目标代谢物的首要途径。为了提高基因定点突变的编辑效率,建立了高效省时的CRISPR-Cpf1/ssDNA基因组编辑系统。利用卡那霉素抗性作为筛选标记,构建了1株严谨的单链模式菌M-1,用于验证与统计编辑效率。首先,采用强启动子Ptuf,优化了切割效率;其次,利用重组酶RecT和合理长度与添加量的ssDNA,优化了重组效率。实验结果显示:在启动子Ptuf和RecT的双重作用下,采用滞后链(70bp、12.5μg)优化组合方式,使基因编辑效率提升至(80±5.7)%。由RecT介导的CRISPR-Cpf1/ssDNA基因组编辑系统可在很大程度上加快谷氨酸棒状杆菌代谢工程改造。 展开更多
关键词 crispr-cpf1 SSDNA 谷氨酸棒状杆菌 优化 基因组编辑
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CRISPR/dCas9-KRAB系统沉默猪LncRNA-NEAT1基因
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作者 赵为民 戴超辉 +6 位作者 陈哲 涂枫 李辉 付言峰 李碧侠 任守文 程金花 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第4期1036-1042,共7页
本研究利用RT-PCR检测LncRNA-NEAT1基因表达在细胞中的亚定位,采用5′RACE获得LncRNA-NEAT1基因的转录起始位点;利用CRISPOR软件对-300~0 bp区域的LncRNA-NEAT1启动子序列设计sgRNA并构建到px330载体,通过转染细胞与T7E1酶切验证sgRNA效... 本研究利用RT-PCR检测LncRNA-NEAT1基因表达在细胞中的亚定位,采用5′RACE获得LncRNA-NEAT1基因的转录起始位点;利用CRISPOR软件对-300~0 bp区域的LncRNA-NEAT1启动子序列设计sgRNA并构建到px330载体,通过转染细胞与T7E1酶切验证sgRNA效率;利用酶切和亚克隆方法将dCas9-KRAB-BSD片段替换px330载体的Cas9序列,形成重组px330-dCas9-KRAB载体;将验证有效的sgRNA构建到px330-dCas9-KRAB载体,形成px330-sgRNA-dCas9-KRAB载体。添加不同质量浓度的Blasticidin S处理细胞,以最小致死质量浓度来确定筛选质量浓度。转染px330-sgRNA-dCas9-KRAB载体并用Blasticidin S筛选细胞7 d后进行LncRNA-NEAT1基因的表达检测,同时对sgRNA在LncRNA-NEAT1基因启动子上的结合位点进行Sanger测序,以进一步验证上述结合位点是否发生切割。结果显示LncRNA-NEAT1主要表达于细胞核,而在细胞质中几乎不表达。5′RACE获得了LncRNA-NEAT15′端大约270 bp的序列。qPCR检测结果显示,与对照组相比,sgRNA1和sgRNA2能够显著抑制LncRNA-NEAT1的表达(P<0.05)。Sanger测序结果表明sgRNA1和sgRNA2所在的位点并没有发生碱基缺失和插入。研究结果为后续进一步研究LncRNA-NEAT1在先天性免疫反应中的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 crispr dCas9-KRAB LncRNA-NEAT1基因 基因沉默
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利用改良的CRISPR/Cas9n double nick系统构建DPF2基因敲除的人胰腺癌PANC-1细胞株
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作者 黄卫东 张文胜 +1 位作者 陈一帆 郭嘉义 《宁夏医科大学学报》 2023年第12期1189-1193,共5页
目的利用改良的CRISPR/Cas9n double nick系统构建DPF2基因敲除的PANC-1人胰腺癌细胞模型。方法设计两对靶向DPF2基因第四外显子上下游的单链向导RNA(single guide RNA,sgRNA),化学合成sgRNA寡核苷酸序列,并克隆至pGL3-U6-sgRNA-PGK-pur... 目的利用改良的CRISPR/Cas9n double nick系统构建DPF2基因敲除的PANC-1人胰腺癌细胞模型。方法设计两对靶向DPF2基因第四外显子上下游的单链向导RNA(single guide RNA,sgRNA),化学合成sgRNA寡核苷酸序列,并克隆至pGL3-U6-sgRNA-PGK-puromycin真核表达质粒中。将克隆正确的DPF2-sgRNA重组真核表达质粒与Cas9真核表达载体pST1374-N-NLS-flag-linker-Cas9共转染至PANC-1细胞中,通过嘌呤霉素和杀稻瘟菌素筛选阳性转染细胞,进一步通过有限稀释法筛选获得单克隆细胞株。提取细胞基因组DNA对敲除位点进行聚合酶链反应(PCR)鉴定和测序鉴定。Western blot检测细胞中DPF2蛋白表达情况。结果sgRNA成功插入pGL3-U6-sgRNA-PGK-puromycin中且序列正确。PCR扩增鉴定和测序结果表明,PANC-1细胞中一段包括完整第四外显子在内的长度为401 bp的DPF2基因片段被敲除。Western blot检测结果表明,DPF2基因敲除细胞中的DPF2蛋白表达缺失。结论通过改良的CRISPR/Cas9n double nick基因编辑系统成功构建DPF2基因敲除PANC-1稳定细胞株。 展开更多
关键词 DPF2基因 crispr/Cas9n double nike系统 基因敲除 PANC-1细胞株
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通过CRISPR/Cas9敲除PD-1有效增强EGFR-CAR-T细胞对肺癌的抗肿瘤活性
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作者 姜伟华 高永山 +5 位作者 刘娜 张媛 杨燕君 王贵刚 董跃华 张振明 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2023年第14期3483-3487,共5页
目的探索基于规律间隔成簇短回文重复序列(CRISPR)/CRISPR关联蛋白质(Cas)9敲除程序性死亡受体(PD)-1的靶向表皮生长因子受体(EGFR)的嵌合抗原受体(CAR)-T细胞是否可以有效抑制肺癌的进展。方法通过慢病毒感染获得CAR-T细胞,并通过电转... 目的探索基于规律间隔成簇短回文重复序列(CRISPR)/CRISPR关联蛋白质(Cas)9敲除程序性死亡受体(PD)-1的靶向表皮生长因子受体(EGFR)的嵌合抗原受体(CAR)-T细胞是否可以有效抑制肺癌的进展。方法通过慢病毒感染获得CAR-T细胞,并通过电转引导RNA(gRNA)及Cas9蛋白敲除PD-1;流式细胞术检测CAR-T细胞阳性率、肿瘤细胞表面EGFR表达、与靶细胞共孵育后CAR-T细胞中PD-1表达及肿瘤浸润T细胞的比例;乳酸脱氢酶(LDH)释放实验检测CAR-T细胞对靶细胞的细胞毒性;免疫缺陷鼠移植瘤模型检测体内抑瘤能力;免疫组化法检测肿瘤组织中PD-1表达;结果CAR-T细胞的阳性率均超过40%;肿瘤细胞中NCI-H23及A549高表达EGFR,NCI-H1650低表达EGFR,HCC827不表达EGFR;CAR-T及PD-1-CAR-T细胞均可以以抗原依赖的方式杀伤肿瘤细胞,且PD-1-CAR-T细胞的杀伤活性较CAR-T细胞更强(P<0.05);此外,PD-1-CAR-T细胞与靶细胞共孵育后PD-1细胞比例更低(P<0.01);PD-1-CAR-T细胞的体内抑瘤能力更强,且可以更显著地延长小鼠生存期;PD-1-CAR-T细胞在肿瘤中的增殖水平更高(P<0.001),且PD-1-CAR-T组肿瘤中PD-1细胞数更低(P<0.001)。结论CRISPR/Cas9介导的PD-1敲除可以在体外和体内改善CAR-T细胞的效应功能,增强其对肺癌的抑制活性。 展开更多
关键词 肺癌 CAR-T细胞 表皮生长因子受体(EGFR) 程序性死亡受体(PD)-1 crispr/cas9
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T7E1检测CRISPR-Cas9基因编辑效果实验设计
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作者 王宏刚 魏远 +1 位作者 李艳君 朱玉山 《实验技术与管理》 CAS 北大核心 2023年第5期38-41,共4页
CRISPR-Cas9是一种现代生命科学研究中普遍使用的新型基因编辑技术。为了升级课程内容体系,使实验教学贴近科研实际,提升实验课程教学质量,设计了T7核酸内切酶1(T7E1)检测CRISPR-Cas9基因编辑效果实验。以CRISPR-Cas9基因编辑技术对mfn... CRISPR-Cas9是一种现代生命科学研究中普遍使用的新型基因编辑技术。为了升级课程内容体系,使实验教学贴近科研实际,提升实验课程教学质量,设计了T7核酸内切酶1(T7E1)检测CRISPR-Cas9基因编辑效果实验。以CRISPR-Cas9基因编辑技术对mfn1编辑过的HeLa细胞为实验材料,提取基因组DNA,PCR扩增mfn1基因片段,切胶回收后,变性,退火,使用T7E1对编辑效果进行检测。经1%琼脂糖凝胶电泳,可观察到T7E1将略大于500 bp的mfn1基因片段切成两条大小约为250 bp的DNA片段,表明CRISPR-Cas9成功地对mfn1进行了编辑。 展开更多
关键词 T7核酸内切酶1 crispr-Cas9 实验教学 科研反哺教学
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