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靶向RNA的CRISPR-Cas13系统及其研究进展 被引量:3
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作者 陈静 赵燕波 +1 位作者 赵兰 欧阳松应 《福建师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2021年第2期10-17,共8页
CRISPR-Cas(clustered regularly interspaced short palindromic repeats-associated proteins)系统是细菌和古菌抵御外源核酸物质入侵的适应性免疫系统,发挥作用时经过3个阶段:适应阶段、表达阶段和干扰阶段.其中,靶向DNA的CRISPR-Cas... CRISPR-Cas(clustered regularly interspaced short palindromic repeats-associated proteins)系统是细菌和古菌抵御外源核酸物质入侵的适应性免疫系统,发挥作用时经过3个阶段:适应阶段、表达阶段和干扰阶段.其中,靶向DNA的CRISPR-Cas9研究较为深入,在基因组编辑领域具有广泛应用.而靶向RNA的CRISPR-Cas技术仍处于初步研究阶段.CRISPR-Cas13系统(Cas13a-d)的发现为RNA编辑等领域提供了新思路.Cas13家族蛋白是RNA介导的具有RNase活性的效应蛋白,结构上有保守的HEPN结构域(higher eukaryotes and prokaryotes nucleotide-binding domain),能自我加工precursor crRNA和切割靶RNA.从Cas13家族蛋白的发现与基本功能、结构基础,以及在病毒核酸检测、RNA编辑、疾病治疗等方面的应用进行综述,旨在为CRISPR-Cas13系统的合理改造和应用奠定基础. 展开更多
关键词 crispr-cas13系统 type VI-A/B/D 核酸检测 RNA编辑
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CRISPR-Cas13a系统在病原体检测应用中的最新研究进展
2
作者 李青松 赵聪平 +3 位作者 刘静 杨均 燕思羽 张银河 《现代检验医学杂志》 CAS 2024年第3期199-204,共6页
规律成簇的间隔短回文重复序列及相关蛋白(CRISPR-Cas)系统已作为近年来兴起的新一代分子诊断工具,被广泛应用于基因编辑、核酸检测等领域,其中Cas13a亚型因其在核酸检测中高特异度、高灵敏度、无需昂贵设备、操作简单、费用低廉等特点... 规律成簇的间隔短回文重复序列及相关蛋白(CRISPR-Cas)系统已作为近年来兴起的新一代分子诊断工具,被广泛应用于基因编辑、核酸检测等领域,其中Cas13a亚型因其在核酸检测中高特异度、高灵敏度、无需昂贵设备、操作简单、费用低廉等特点,在病原体检测领域展现出巨大的潜力。该文综述了CRISPR-Cas13a的作用机制、在病原体检测中的应用以及相关检测方法,并对Cas13a应用前景进行了展望。以期为CRISPR-Cas13a系统的进一步研究及其在病原体检测中的应用提供借鉴和参考。 展开更多
关键词 规律成簇的间隔短回文重复序列及相关蛋白13a 系统 病原体 核酸检测
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CRISPR-Cas13-mediated RNA editing in the silkworm Bombyx mori
3
作者 Yao-Hao Tang Xing Zhang +6 位作者 Zong-Cai Dai Hao Li Yan Yang Tu-Jing Zhao Dong-Qin Yuan Wen-Liang Qian Dao-Jun Cheng 《Zoological Research》 SCIE CSCD 2024年第6期1249-1260,共12页
The CRISPR-Cas13 system,an RNA-guided editing tool,has emerged as a highly efficient and stable RNA editing technique.Although the CRISPR-Cas13 system has been developed in several insect species,its application in le... The CRISPR-Cas13 system,an RNA-guided editing tool,has emerged as a highly efficient and stable RNA editing technique.Although the CRISPR-Cas13 system has been developed in several insect species,its application in lepidopterans has not yet been reported.In the present study,we evaluated the RNA cleavage activity of the CRISPR-Cas13 system in the silkworm(Bombyx mori),a model lepidopteran insect,both ex vivo and in vivo.We established two stable silkworm BmE cell lines expressing PspCas13b and CasRx,respectively.Further analysis demonstrated that both PspCas13b and CasRx effectively down-regulated the transcription of exogenouslyintroduced target and endogenous genes in these cell lines.In addition,we generated two transgenic silkworm strains,one expressing CasRx and the other expressing RNA-guided CRISPR RNA targeting Sex combs reduced(Scr).Further crossing experiments showed that CasRx induced a down-regulation of Scr transcription in silkworms,which impaired systemic growth of larvae.Overall,this study demonstrated that the CRISPR-Cas13RNA editing system works efficiently in the silkworm,providing a potential alternative approach for RNA manipulation in lepidopteran insects. 展开更多
关键词 SILKWORM CRISPR PspCas13b CasRx RNA editing
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基于CRISPR-Cas13家族的RNA编辑系统及其最新进展 被引量:6
4
作者 陈敏洁 唐桂月 +3 位作者 洪香娜 郝沛 江静 李轩 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期1-8,共8页
存在于细菌和古菌中的获得性免疫系统CRISPR-Cas目前已被广泛应用到生物技术领域,尤其是靶向DNA的CRISPR-Cas9技术。然而CRISPR-Cas系统靶向RNA的技术还处于初步应用阶段。Ⅵ型CRISPR-Cas系统(CRISPR-Cas13)的发现,揭示了RNA引导的RNA... 存在于细菌和古菌中的获得性免疫系统CRISPR-Cas目前已被广泛应用到生物技术领域,尤其是靶向DNA的CRISPR-Cas9技术。然而CRISPR-Cas系统靶向RNA的技术还处于初步应用阶段。Ⅵ型CRISPR-Cas系统(CRISPR-Cas13)的发现,揭示了RNA引导的RNA靶向性。CRISPR-Cas13是目前CRISPR-Cas家族中唯一只靶向ssRNA的系统,为RNA靶向和RNA编辑奠定了基础。根据Cas13系统发育已证明将Ⅵ型CRISPR-Cas系统分为4种亚型(A-D)。主要对目前最新的靶向RNA技术的CRISPR-Cas13家族的分类以及防御机制进行了综述,介绍了CRISPR-Cas13技术的应用以及基于CRISPR-Cas13家族的RNA编辑系统的最新研究进展。最后,对目前CRISPR-Cas13 RNA编辑技术体系存在的问题进行了分析和对未来的发展进行展望。 展开更多
关键词 crispr-cas13 RNA编辑 RNA技术 A>I C>U
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PCR扩增技术联合CRISPR-Cas13a系统对MTB DNA检测方法的初步研究 被引量:4
5
作者 于佳佳 张旭霞 +5 位作者 张雨晴 任卫聪 姚丛 李传友 刘毅 唐神结 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2020年第12期1280-1288,共9页
目的建立一种聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)联合CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas13a识别靶基因核酸序列对结核分枝杆菌脱氧核糖核酸(Mycobacterium tuberculosis deoxyribonuc... 目的建立一种聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)联合CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas13a识别靶基因核酸序列对结核分枝杆菌脱氧核糖核酸(Mycobacterium tuberculosis deoxyribonucleic acid,MTB DNA)进行检测的方法。方法将MTB保守序列IS6110片段插入pMDTM19-Tsimple Vector克隆载体,构建含待检测靶序列的模拟MTB质粒。同时针对待检测靶序列MTB保守序列IS6110设计可以检测MTB DNA的3条不同的特异性规律成簇间隔短回文重复序列RNA(CRISPR RNA,crRNA)探针(IS6110-1crRNA、IS6110-2crRNA、IS6110-3crRNA),引导CRISPR-Cas13a识别转录产物。将筛选出的特异性crRNA、不同待检测标本的PCR扩增转录产物、Cas13a、crRNA和Background RNA等按比例混合构建PCR-CRISPR反应体系。利用荧光定量PCR仪对含有MTB DNA不同稀释浓度的质粒模板、标准菌株H37Rv及6种非结核分枝杆菌进行检测。通过测定的相对荧光强度值分析检测的敏感度及特异度,最终建立基于MTB CRISPR-Cas13a系统的PCR-CRISPR检测方法。结果选择相对荧光强度值最大的IS6110-1crRNA[相对荧光强度值为197680.64(98364.94,304271.25)]作为后续MTB DNA检测的crRNA探针。PCR-CRISPR检测最低拷贝数为101拷贝/μl的质粒和100拷贝/μl的H37Rv扩增产物的相对荧光强度值[分别为38655.34(31975.51,45410.32)和17691.50(17612.36,17793.29)]明显高于阴性对照[29989.48(29435.72,30263.20)和13725.83(13652.43,13804.95)](Z=-6.713、-9.448;P值均<0.001),显示敏感度较好;阴性对照[37635.57(37168.74,38199.20)]和戈登分枝杆菌[39351.83(38903.70,39769.53)]、胞内分枝杆菌[39191.30(39018.51,39434.95)]、堪萨斯分枝杆菌[25172.20(24586.95,26046.45)]、脓肿分枝杆菌[37328.03(36959.01,37546.78)]、鸟分枝杆菌[37942.29(37455.63,38401.13)]、偶发分枝杆菌[29491.19(29148.63,30058.62)]等6种非结核分枝杆菌的相对荧光强度值均明显低于106拷贝/μl的MTB DNA质粒的相对荧光强度值[89204.07(66253.60,108819.13)](Z值均=-9.448,P值均<0.001),显示特异度良好。结论首次成功建立并验证了针对MTB的PCR-CRISPR检测技术,具有敏感度及特异度高、稳定性好、成本低等特点,有望进一步用于临床样本的检测。 展开更多
关键词 结核 分枝杆菌 聚合酶链反应 DNA探针 微阵列分析 crispr-cas13a
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基于CRISPR-Cas13的单增李斯特菌RNA快速检测方法的建立 被引量:3
6
作者 曾红棱 张婷 +2 位作者 邓锐杰 任尧 贾利蓉 《现代食品科技》 CAS 北大核心 2021年第5期256-261,309,共7页
为实现食品中单增李斯特菌污染的快速检测,本研究构建了一种基于CRISPR-Cas系统和Broccoli适配体的RNA均相检测技术。利用Cas 13与cr RNA锚定序列结合形成识别元件cr RNA-Cas13复合物,靶标RNA存在时可激活Cas 13的非特异性RNase活性,并... 为实现食品中单增李斯特菌污染的快速检测,本研究构建了一种基于CRISPR-Cas系统和Broccoli适配体的RNA均相检测技术。利用Cas 13与cr RNA锚定序列结合形成识别元件cr RNA-Cas13复合物,靶标RNA存在时可激活Cas 13的非特异性RNase活性,并利用点亮型RNA适配体Broccoli作为信号探针,监测cr RNA此-Cas13的活化状态。荧光值的变化与单增李斯特菌浓度存在线性关系,利用来检测单增李斯特菌。本研究所构建的检测可在30min内完成对于单增李斯特菌的的识别与检测,检出限为148CFU/m L,对细菌具有良好的检测特异性,可区分大肠杆菌、鼠伤寒沙门氏菌和蜡样芽孢杆菌。在牛奶模型中单增李斯特菌的加标回收率为95.15%~97.99%。该方法具有较好的灵敏度、特异性,可直接靶向检测致病菌RNA,无需逆转录、PCR扩增和核酸标记,简化了实验流程,对于实现食品中单增李斯特菌的现场检测及生物安全控制具有重要意义。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 crispr-cas13 快速检测 食品安全
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CRISPR-Cas13a抑制RNA病毒的多靶标基因编辑技术构建 被引量:1
7
作者 解屹 徐翔 +9 位作者 葛明 张万红 黄坤 江连强 赵世民 王玉洁 彭子忠 廖成 杨金广 王凤龙 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2021年第6期36-44,共9页
CRISPR-Cas适应性免疫系统为细菌和古细菌免受外来核酸和噬菌体的侵害提供了保护。其中2类VI-A型CRISPR-Cas效应子Cas13a(之前称为C2c2),可受CRISPR RNA的引导,靶向切割与原始间隔区反向互补的单链RNA。本研究利用CRISPR-Lsh-Cas13a系统... CRISPR-Cas适应性免疫系统为细菌和古细菌免受外来核酸和噬菌体的侵害提供了保护。其中2类VI-A型CRISPR-Cas效应子Cas13a(之前称为C2c2),可受CRISPR RNA的引导,靶向切割与原始间隔区反向互补的单链RNA。本研究利用CRISPR-Lsh-Cas13a系统,多靶标编辑烟草花叶病毒(TMV)RdRP、MP和CP基因,以抑制病毒在寄主烟草体内的侵染与扩散,从而达到保护寄主的作用。该系统在瞬时表达测定中表现出对野生型TMV-U1和表达绿色荧光蛋白的TMV-30b的干扰以及对病毒累积和病毒病症状的抑制。靶向TMV RdRP基因的CRISPR RNA表现出比靶向MP和CP基因更好的编辑效能。经过适当设计的CRISPR-Lsh-Cas13a系统被赋予了广谱抗性,可以特异性编辑多种TMV菌株。研究表明,CRISPR-Cas13a系统可以用于针对RNA病毒的抑制干扰。 展开更多
关键词 基因编辑 crispr-cas13a 烟草花叶病毒 病毒防控 多靶标编辑
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基于CRISPR-Cas13a技术的乙型肝炎病毒cccDNA检测方法临床应用评价 被引量:2
8
作者 田原 万妍 +3 位作者 徐玲 张向颖 任锋 吴剑 《临床检验杂志》 CAS 2022年第12期886-890,共5页
目的 评价基于CRISPR-Cas13a技术的乙型肝炎病毒(HBV)共价闭合环状DNA(cccDNA)检测方法的应用价值。方法 收集25例HBV感染患者和5例非HBV感染患者的肝组织标本,提取肝组织的总DNA,依次使用HindⅢ内切酶和质粒安全性ATP依赖DNA酶(PSAD)消... 目的 评价基于CRISPR-Cas13a技术的乙型肝炎病毒(HBV)共价闭合环状DNA(cccDNA)检测方法的应用价值。方法 收集25例HBV感染患者和5例非HBV感染患者的肝组织标本,提取肝组织的总DNA,依次使用HindⅢ内切酶和质粒安全性ATP依赖DNA酶(PSAD)消化;设计HBV cccDNA的特异性引物,扩增消化后的产物;利用CRISPR/Cas13a技术建立CRISPR-HBV cccDNA检测方法,通过HBV cccDNA质粒和临床样本对该方法进行评价,并利用数字PCR和荧光定量PCR方法进行比较。结果 本研究建立的方法检测HBV cccDNA质粒的灵敏度为1 copies/μL,显著高于数字PCR(10 copies/μL,P<0.01)和荧光定量PCR(10^(3)copies/μL,P<0.01);建立的方法检测HBV cccDNA阳性样本的灵敏度为1 copies/μL,与数字PCR相同,高于荧光定量PCR(10 copies/μL,P<0.01);建立的方法对25例HBV感染的临床肝组织样本的检出阳性率为80%,均高于数字PCR(64%)和荧光定量PCR(48%)。结论 本研究建立的CRISPR-HBV cccDNA检测方法在乙肝患者肝组织标本HBV cccDNA检测中具有较高的灵敏度,为评价乙肝患者的临床治疗效果和监测停药复发等情况提供了有效帮助。 展开更多
关键词 crispr-cas13a 乙型肝炎病毒 共价环状闭合DNA 数字PCR 荧光定量PCR
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CRISPR-Cas13技术在疫病诊断与抗病毒领域的研究进展 被引量:1
9
作者 吴伟鑫 盖新娜 周磊 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2019年第9期58-60,共3页
CRISPR-Cas是细菌抵御噬菌体的免疫防御系统,由其介导的基因编辑技术发展迅速。当前,对双链DNA具有剪切作用的CRISPR-Cas9系统使用最为广泛,除此之外,多种新型CRISPR-Cas系统被相继发现,其中CRISPR-Cas13属于2类CRISPR系统中的Ⅵ型,与C... CRISPR-Cas是细菌抵御噬菌体的免疫防御系统,由其介导的基因编辑技术发展迅速。当前,对双链DNA具有剪切作用的CRISPR-Cas9系统使用最为广泛,除此之外,多种新型CRISPR-Cas系统被相继发现,其中CRISPR-Cas13属于2类CRISPR系统中的Ⅵ型,与Cas9特异性切割DNA不同,该系统在gRNA引导下可特异性结合并切割RNA,并可对其进行编辑。本文聚焦CRISPR-Cas13基因编辑系统,对其起源、分类、作用原理及技术应用进行了综述,并展望了其在兽医疫病诊断与控制领域的潜在应用价值。 展开更多
关键词 crispr-cas13 基因编辑 核酸检测 抗病毒 疾病控制
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PCR扩增技术联合CRISPR-Cas13a系统对MTB DNA检测方法的初步研究
10
作者 于佳佳 张旭霞 +5 位作者 张雨晴 任卫聪 姚丛 李传友 刘毅 唐神结 《结核病与胸部肿瘤》 2021年第1期6-14,共9页
目的建立一种聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)联合CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas13a识别靶基因核酸序列对结核分枝杆菌脱氧核糖核酸(Mycobacterium tuberculosis deoxyribonuc... 目的建立一种聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)联合CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas13a识别靶基因核酸序列对结核分枝杆菌脱氧核糖核酸(Mycobacterium tuberculosis deoxyribonucleic acid,MTB DNA)进行检测的方法。方法将MTB保守序列IS6110片段插入pMD^(TM)19-Tsimple Vector克隆载体,构建含待检测靶序列的模拟MTB质粒。同时针对待检测靶序列MTB保守序列IS6110设计可以检测MTB DNA的3条不同的特异性规律成簇间隔短回文重复序列RNA(CRISPR RNA,crRNA)探针(IS6110-lcrRNA、IS6110-2crRNA、IS6110-3crRNA),引导CRISPR-Cas13a识别转录产物。将筛选出的特异性crRNA、不同待检测标本的PCR扩增转录产物、Cas13a、crRNA和Background RNA等按比例混合构建PCR-CRISPR反应体系。利用荧光定量PCR仪对含有MTB DNA不同稀释浓度的质粒模板、标准菌株H37Rv及6种非结核分枝杆菌进行检测。通过测定的相对荧光强度值分析检测的敏感度及特异度,最终建立基于MTB CRISPR-Cas13a系统的PCR-CRISPR检测方法。结果选择相对荧光强度值最大的IS6110-lcrRNA[相对荧光强度值为197680.64(98364.94,304271.25)]作为后续MTB DNA检测的crRNA探针。PCR-CRISPR检测最低拷贝数为10^(1)拷贝/μl的质粒和10^(0)拷贝/μl的H37Rv扩增产物的相对荧光强度值[分别为38655.34(31975.51,45410.32)和17691.50(17612.36,17793.29)]明显高于阴性对照[29989.48(29435.72,30263.20)和13725.83(13652.43,13804.95)](Z=-6.713、-9.448;P值均<0.001),显示敏感度较好;阴性对照[37635.57(37168.74,38199.20)]和戈登分枝杆菌[39351.83(38903.70,39769.53)]、胞内分枝杆菌[39191.30(39018.51,39434.95)]、堪萨斯分枝杆菌[25172.20(24586.95,26046.45)]、脓肿分枝杆菌[37328.03(36959.01,37546.78)]、鸟分枝杆菌[37942.29(37455.63,38401.13)]、偶发分枝杆菌[29491.19(29148.63,30058.62)]等6种非结核分枝杆菌的相对荧光强度值均明显低于10^(6)拷贝/μl的MTE DNA质粒的相对荧光强度值[89204.07(66253.60,108819.13)](Z值均9.448,P值均<0.001),显示特异度良好。结论首次成功建立并验证了针对MTB的PCR-CRISPR检测技术,具有敏感度及特异度高、稳定性好、成本低等特点,有望进一步用于临床样本的检测。 展开更多
关键词 结核 分枝杆菌 聚合酶链反应 DNA探针 微阵列分析 crispr-cas13a
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CRISPR-Cas13a检测在肺结核诊断中的价值 被引量:1
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作者 张治国 尚媛媛 +5 位作者 张旭霞 刘荣梅 马丽萍 秦林 孔忠顺 任卫聪 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2023年第6期589-593,共5页
目的:评价应用CRISPR-Cas13a检测临床样本对肺结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,收集首都医科大学附属北京胸科医院2022年9月至2022年12月收治住院的102例经GeneXpert MTB/RIF检测(简称“Xpert检测”)确诊的肺结核患者的支气管... 目的:评价应用CRISPR-Cas13a检测临床样本对肺结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,收集首都医科大学附属北京胸科医院2022年9月至2022年12月收治住院的102例经GeneXpert MTB/RIF检测(简称“Xpert检测”)确诊的肺结核患者的支气管肺泡灌洗液标本,作为结核病组;收集同期收治入院的100例非结核病患者(包括肺癌,细菌性肺炎,支气管扩张,慢性阻塞性肺疾病)的支气管肺泡灌洗液标本,作为非结核病组。所有患者的支气管肺泡灌洗液标本均进行涂片抗酸杆菌染色镜检、培养、Xpert检测及CRISPR-Cas13a检测。以Xpert检测结果为参照,评价CRISPR-Cas13a检测支气管肺泡灌洗液对肺结核的诊断价值。结果:结核病组102份标本中,CRISPR-Cas13a检测阳性为99份(97.1%),涂片阳性40份(39.2%),培养阳性68份(66.7%)。CRISPR-Cas13a检测阳性率明显高于涂片和培养法,差异有统计学意义(涂片:χ^(2)=58.141,P<0.001;培养:χ^(2)=30.250,P<0.001)。与传统检测方法相比,CRISPR-Cas13a比涂片和培养法多检测出28份标本。Xpert检测结核病组阳性率为100.0%;Xpert检测非结核病组阴性率为100.0%。以Xpert检测结果作为参照,CRISPR-Cas13a检测肺结核的敏感度为97.1%(99/102)、特异度为96.0%(96/100),准确度为96.5%(195/202),阳性预测值为96.1%(99/103),阴性预测值为97.0%(96/99)。结论:CRISPR-Cas13a检测与传统方法相比简单、快捷,检测支气管肺泡灌洗液对肺结核的诊断具有较高敏感度及特异度,具有良好的应用前景。 展开更多
关键词 重复序列 核酸 结核 支气管肺泡灌洗液 crispr-cas系统
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CRISPR-Cas13a system: a novel approach to precision oncology
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作者 Junxia Zhang Yongping You 《Cancer Biology & Medicine》 SCIE CAS CSCD 2020年第1期6-8,共3页
A paper titled"The CRISPR-Cas13 a gene-editing system induces collateral cleavage of RNA in glioma cells",recently published in Advanced Science by the Kang group,reports the promising application of the CRI... A paper titled"The CRISPR-Cas13 a gene-editing system induces collateral cleavage of RNA in glioma cells",recently published in Advanced Science by the Kang group,reports the promising application of the CRISPR-Cas13 a system in cancer cells1. 展开更多
关键词 crispr-cas13a system a novel approach to precision oncology
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新RNA编辑技术CRISPR-Cas13
13
作者 刘彦均 陈志胜 《生物技术进展》 2019年第6期571-578,共8页
CRISPR-Cas13系统(clustered regularly interspaced short palindromic repeats associated Cas system,CRISPR-Cas)是一种快速、高效、精准的新型RNA编辑工具,具有易于设计、结构简单、操作方便、特异性强的特点。综述了CRISPR-Cas13... CRISPR-Cas13系统(clustered regularly interspaced short palindromic repeats associated Cas system,CRISPR-Cas)是一种快速、高效、精准的新型RNA编辑工具,具有易于设计、结构简单、操作方便、特异性强的特点。综述了CRISPR-Cas13在CRISPR分类系统中的地位、CRISPR-Cas13的结构基础以及作用机制、与其他RNA水平调节方法的比较以及目前的应用前景,以期为相关研究提供参考。 展开更多
关键词 crispr-cas13系统 HEPN结构域 RNA干扰 TYPE Ⅵ-A/B/D
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RNA编辑技术CRISPR-Cas13及其应用研究进展
14
作者 强焕然 徐澍 《中文科技期刊数据库(引文版)医药卫生》 2023年第3期160-167,共8页
CRISPR-Cas系统存在于细菌及古细菌中,作为基因编辑工具可以兼顾高效性和准确性。过去的十年,大部分研究都集中在CRISPR–Cas9系统及其在生物学领域的应用上,均以DNA为目标。 Cas13是靶向RNA的基因编辑工具,在RNA水平进行基因编辑,不会... CRISPR-Cas系统存在于细菌及古细菌中,作为基因编辑工具可以兼顾高效性和准确性。过去的十年,大部分研究都集中在CRISPR–Cas9系统及其在生物学领域的应用上,均以DNA为目标。 Cas13是靶向RNA的基因编辑工具,在RNA水平进行基因编辑,不会永久改变遗传信息,因此具有独特优势。文章中我们讨论了不同亚型的Cas13及其作用,并回顾其机制,分析了其局限性和未来可能的应用方向,将其与其他的RNA水平编辑工具进行了比较,还讨论了Cas13靶向circRNA,lncRNA进行编辑和在RNA水平的修饰。 展开更多
关键词 基因调控 crispr-cas13 碱基编辑 RNAI
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CRISPR-Cas13a系统在基因编辑和分子诊断领域中的研究进展 被引量:3
15
作者 陈佳灵 黄颖而 +5 位作者 邓昊 吴鸿峰 张婧 赵奕君 罗佳豪 郝文波 《检验医学》 CAS 2022年第1期97-100,共4页
成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)-CRISPR相关蛋白(Cas)系统是一个强大的基因编辑工具。相对于Cas9,Cas13a可靶向多基因转录产物,从而调控基因功能表达,填补了Cas9仅限于DNA水平的编辑及脱靶效应等缺陷。不仅如此,利用Cas13a靶向... 成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)-CRISPR相关蛋白(Cas)系统是一个强大的基因编辑工具。相对于Cas9,Cas13a可靶向多基因转录产物,从而调控基因功能表达,填补了Cas9仅限于DNA水平的编辑及脱靶效应等缺陷。不仅如此,利用Cas13a靶向RNA的特性,该系统被成功地改造成下一代核酸诊断工具。文章概述了CRISPR-Cas13系统在基因编辑及分子诊断领域的最新研究进展,并对该系统的应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 成簇的规律间隔的短回文重复序列 成簇的规律间隔的短回文重复序列相关蛋白13a 附带切割 基因编辑 特异性高灵敏度酶报告系统
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Emerging applications of catalytically inactive CRISPR-Cas13 system in mRNA engineering
16
作者 Yan-Hua Chen Qian-Qian Zhou Fu-Wen Yuan 《Biomedical Engineering Communications》 2022年第1期2-7,共6页
Posttranscriptional regulations of different types of RNA,including rRNA,tRNA,mRNA and ncRNA are widely involved in normal physiology and diseases.m RNA,as the intermediary product between gene and protein,whose postt... Posttranscriptional regulations of different types of RNA,including rRNA,tRNA,mRNA and ncRNA are widely involved in normal physiology and diseases.m RNA,as the intermediary product between gene and protein,whose posttranscriptional regulations such as alternative splicing,alternative polyadenylation and modifications impact its coded protein expression and functions.However,the functional significance and therapeutic potential of RNA posttranscriptional regulations are not well studied due to the lack of suitable RNA engineering platforms.The discovery of a novel CRISPR-Cas system termed CRISPR-Cas13 in 2015 that specifically targets RNA templates brought a new role to CRISPR to target and edit RNA with high specificity,which opened a new era of RNA manipulations to some degree.This review will summarize the emerging applications of the catalytically inactive CRISPR-Cas13 system(CRISPR-dCas13)in mRNA engineering and highlight the prospection of the CRISPR-dCas13 system for other RNA modification regulations and its therapeutic potential. 展开更多
关键词 CRISPR-dCas13 RNA posttranscriptional regulations alternative splicing alternative polyadenylation m 6 A modification base editing
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CRISPR-Cas13a辅助RAA快速检测金黄色葡萄球菌的研究 被引量:12
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作者 苏璇 葛以跃 +10 位作者 张倩 朱小娟 陈银 吴涛 乔乔 赵康辰 吴斌 王祥喜 庞正 朱凤才 崔仑标 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2020年第3期253-258,共6页
目的建立一种金黄色葡萄球菌快速分子检测技术。方法根据金黄色葡萄球菌耐热核酸酶基因(nuc)保守区序列设计合成特异性引物,通过对反应条件进行优化,建立金黄色葡萄球菌重组酶介导的等温扩增技术(Recombi-naseaidedamplification,RAA);... 目的建立一种金黄色葡萄球菌快速分子检测技术。方法根据金黄色葡萄球菌耐热核酸酶基因(nuc)保守区序列设计合成特异性引物,通过对反应条件进行优化,建立金黄色葡萄球菌重组酶介导的等温扩增技术(Recombi-naseaidedamplification,RAA);表达纯化CRISPR-Cas13a蛋白,设计特异的crRNA(CRISPR RNA),以crRNA引导CRISPR-Cas13a蛋白对RAA产物进行检测;对优化的方法进行灵敏性和特异性评价,同时采用该方法与real-timePCR法对食品标本中的金黄色葡萄球菌进行检测,评价方法的一致性。结果CRISPR-Cas13a辅助RAA检测金黄色葡萄球菌的灵敏度为101 CFU/ml,高于real-timePCR,约102 CFU/ml,检测时间仅需30min,与其他食源性致病菌无交叉反应;该方法和real-timePCR检测80份食品样品的阳性率均为8.75%,具有高度一致性(Kappa=1,P>0.05)。结论建立的CRISPR-Cas13a辅助RAA方法具有简便、快速、灵敏、特异等优点,为金黄色葡萄球菌的检测提供了新的技术手段。 展开更多
关键词 RAA crispr-cas13a 金黄色葡萄球菌 快速分子检测
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重组酶介导的等温扩增技术联合CRISPR-Cas13a快速检测4种腹泻病原菌 被引量:6
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作者 安柏霖 苏璇 +4 位作者 郭悦 王祥喜 葛以跃 朱凤才 崔仑标 《中国食品卫生杂志》 CSCD 北大核心 2023年第3期381-389,共9页
目的重组酶介导的等温扩增技术(RAA)联合规律间隔性成簇短回文重复序列相关Cas13a蛋白(CRISPR-Cas13a),建立对沙门菌、志贺菌、霍乱弧菌、肠出血性大肠杆菌O157:H74种腹泻病原菌的快速分子检测方法,即RAA-Cas13a。方法设计4种腹泻病原菌... 目的重组酶介导的等温扩增技术(RAA)联合规律间隔性成簇短回文重复序列相关Cas13a蛋白(CRISPR-Cas13a),建立对沙门菌、志贺菌、霍乱弧菌、肠出血性大肠杆菌O157:H74种腹泻病原菌的快速分子检测方法,即RAA-Cas13a。方法设计4种腹泻病原菌的RAA特异性引物和CRISPR RNA(crRNA),利用RAA技术扩增样本核酸,并进行CRISPR-Cas13a恒温荧光检测,以实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)为对照方法,评价RAA-Cas13a优化方法的灵敏度与特异性。结果RAA-Cas13a方法可在35 min内完成检测。检测志贺菌、霍乱弧菌、肠出血性大肠杆菌O157:H7的最低检测限为10 copies/μL,沙门菌最低检测限为1 copy/μL;特异性实验表明每一种病原菌与其余10种对照细菌均无交叉反应。应用建立的方法检测200份实际样本和40份人工污染样本,结果表明同RT-qPCR检测结果一致性高(分别为Kappa=0.927和Kappa=1.000)。结论RAA-Cas13a检测方法具有灵敏度高,特异性强等优点,能用于4种腹泻病原菌的快速检测。 展开更多
关键词 重组酶介导的等温扩增技术 crispr-cas13a 腹泻病原菌 快速分子检测
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重组酶介导的等温扩增技术结合CRISPR-Cas13a蛋白检测8种境外输入性病毒 被引量:1
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作者 郭悦 安柏霖 +6 位作者 刘丹丹 罗君红 赵康辰 朱小娟 葛以跃 吴宏斌 崔仑标 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2022年第3期245-251,共7页
目的基于重组酶介导的扩增技术(recombinase aided amplification,RAA)和CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas13a(CRISPR-associated protein 13a)检测,建立一种快速、灵敏且特异的重要境外输入性... 目的基于重组酶介导的扩增技术(recombinase aided amplification,RAA)和CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas13a(CRISPR-associated protein 13a)检测,建立一种快速、灵敏且特异的重要境外输入性病毒检测方法。方法以流行性乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)、黄热病毒(Yellow fever virus,YEV)、西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)、中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV)、埃博拉病毒(Ebola virus,EBOV)、登革病毒(Dengue virus,DENV)、裂谷热病毒(Rift Valley fever virus,RVFV)、寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)为检测对象,设计特异性RAA扩增引物和CRISPR RNA(crRNA),建立RAA扩增结合CRISPR-Cas13a蛋白检测反应,评价方法的灵敏度和特异性,使用登革热疑似临床样本进行检测,并与荧光RT-PCR技术进行比较,同时检测其余7种病毒临床模拟样本。结果RAA扩增结合CRISPR-Cas13a蛋白检测方法能在39℃条件下,40~52 min内检测出8种输入性传染病病原体,灵敏度达到1~10拷贝/μl,并且这8种病原体之间无交叉反应,临床样本均可100%检测出。结论建立的RAA扩增结合CRISPR-Cas13a蛋白检测方法能够灵敏、特异且快速地检测出8种境外输入性传染病病原体。 展开更多
关键词 输入性传染病 病毒 重组酶介导的扩增技术 crispr-cas13a
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基于CRISPR-Cas13a系统的新冠病毒快速可视化检测方法研究 被引量:2
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作者 赵可心 刘莹莹 +1 位作者 马雪征 胡孔新 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2022年第4期257-259,共3页
目的 建立一种基于CRISPR-Cas13a系统的新冠病毒核酸快速可视化检测方法。方法 使用自行研制的核酸释放剂用于核酸提取,通过CRISPR-Cas系统进行扩增,并利用胶体金侧向流层析试纸实现结果的可视化读取;将核酸释放剂与商品化核酸提取纯化... 目的 建立一种基于CRISPR-Cas13a系统的新冠病毒核酸快速可视化检测方法。方法 使用自行研制的核酸释放剂用于核酸提取,通过CRISPR-Cas系统进行扩增,并利用胶体金侧向流层析试纸实现结果的可视化读取;将核酸释放剂与商品化核酸提取纯化试剂盒进行对比,评价核酸释放效率,测试建立方法的灵敏度,并验证方法的特异性和重复性。结果 建立的新冠病毒检测方法与中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)、甲型H1N1、H5N1流感病毒无交叉反应;使用核酸释放剂和商品化核酸提取纯化试剂盒处理的样本的检测限均能达到10^(3)拷贝/ml,对10^(4)和10^(3)拷贝/ml的新冠病毒以及10^(4)拷贝/ml的MERS-CoV、甲型H1N1、H5N1流感病毒的批内和批间重复结果一致。结论建立的基于CRISPR-Cas13a系统的新冠病毒检测方法具有良好的特异性和重复性,结合核酸免提取策略,可实现新冠病毒的快速可视化检测。 展开更多
关键词 新冠病毒 crispr-cas13a系统 核酸释放剂 胶体金
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