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原钙粘蛋白基因簇调控区域中成簇的CTCF结合位点分析
被引量:
15
1
作者
翟亚男
许泉
+1 位作者
郭亚
吴强
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第4期323-336,共14页
哺乳动物中原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含50多个串联排列的基因,这些基因形成3个紧密相连的基因簇(Pcdh?、Pcdh?和Pcdh?),所编码的原钙粘蛋白质群在神经元多样性(Neuronal diversity)和单细胞特异性(Single cell identity)...
哺乳动物中原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含50多个串联排列的基因,这些基因形成3个紧密相连的基因簇(Pcdh?、Pcdh?和Pcdh?),所编码的原钙粘蛋白质群在神经元多样性(Neuronal diversity)和单细胞特异性(Single cell identity)以及神经突触信号转导中发挥重要作用。前期的工作已证实转录因子CTCF(CCCTC-binding factor)与CTCF结合位点(CTCF-binding site,CBS)的方向性结合能够决定增强子和启动子环化的方向以及其远距离交互作用的特异性,并进一步在Pcdh基因座(Locus)形成两个(Pcdh?和Pcdh?)染色质拓扑结构域(CTCF/cohesin-mediated chromatin domain,CCD),而且染色质拓扑结构域对于控制基因表达调控至关重要。本文通过生物信息学方法对比人类和小鼠序列,发现Pcdh??染色质拓扑结构域调控区域中的DNase I超敏位点(DNase I hypersensitive sites,HSs)较为保守。染色质免疫沉淀及大规模测序实验(Chromatin immunoprecipitation and massive parallel sequencing,Ch IP-Seq)揭示CBS位点在Pcdh??调控区域中成簇分布并且具有相同的方向。凝胶电泳迁移实验(Electrophoresis mobility shift assay,EMSA)确定Pcdh??调控区域内具体的42 bp CBS位点并且发现一个CTCF峰包含两个CBS位点。在全基因组范围内,运用计算生物学方法分析CTCF和增强子、启动子等调控元件的关系,发现CBS位点在调控元件附近有较多分布,推测CTCF通过介导增强子和启动子的特异性交互作用,在细胞核三维基因组内形成活性转录枢纽调控基因精准表达。
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关键词
原钙粘蛋白基因簇
转录因子CTCF
CTCF结合位点
染色质拓扑结构域CCD
基因表达调控
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职称材料
RFX5调控原钙粘蛋白α基因簇的表达
被引量:
7
2
作者
王娜
甲芝莲
吴强
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第8期760-774,共15页
基因的表达调控与基因组在细胞核内的三维空间架构相辅相成,原钙粘蛋白(protocadherin,Pcdh)基因簇在大脑发育中起到关键作用,可以作为研究基因表达调控机制的模式基因。转录因子RFX5(regulatory factor x 5)是翼螺旋家族(winged HLH fa...
基因的表达调控与基因组在细胞核内的三维空间架构相辅相成,原钙粘蛋白(protocadherin,Pcdh)基因簇在大脑发育中起到关键作用,可以作为研究基因表达调控机制的模式基因。转录因子RFX5(regulatory factor x 5)是翼螺旋家族(winged HLH family)的成员,其蛋白由寡聚化结构域、DNA结合域、螺旋结构域和激活域组成,在调控免疫系统的主要组织相容性复合物Ⅱ类(major histocompatibility complex classⅡ,MHCⅡ)的表达中起着至关重要的作用。本研究发现RFX5与CTCF在全基因组上结合的位点有部分重叠,利用CRISPR/Cas9 DNA大片段编辑技术,构建了RFX5基因缺失的HEC-1-B细胞系。通过RNA-seq实验,发现RFX5敲除能够显著升高Pcdhα6、Pcdhα12、Pcdhαc2的表达水平。通过ChIP-nexus实验,发现敲除RFX5导致染色质架构蛋白CTCF和cohesin在原钙粘蛋白α基因簇处的结合增加。最后,染色质构象捕获QHR-4C实验发现Pcdhα6、Pcdhα12启动子与远端增强子HS5-1的染色质远距离相互作用增强。上述研究表明RFX5蛋白可能通过调控染色质高级结构影响原钙粘蛋白α基因簇的表达,为未来进一步探索RFX5的功能提供了参考。
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关键词
RFX5
Pcdh
CTCF
COHESIN
CRISPR/Cas9
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职称材料
T细胞受体基因Tcra和Tcrd的重排过程及其调节机制
3
作者
朱永常
郝冰涛
《中华微生物学和免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第9期737-743,共7页
T细胞受体(T cell receptor,TCR)的高度多样性是其识别抗原的基础,在适应性免疫中发挥重要作用。TCR多样性来自胸腺T细胞发育过程中的V(D)J重排。在4个TCR基因中,Tcra和Tcrd基因位于同一个基因座,共用特定的V基因,因此其重排和调节具有...
T细胞受体(T cell receptor,TCR)的高度多样性是其识别抗原的基础,在适应性免疫中发挥重要作用。TCR多样性来自胸腺T细胞发育过程中的V(D)J重排。在4个TCR基因中,Tcra和Tcrd基因位于同一个基因座,共用特定的V基因,因此其重排和调节具有一定的特殊性。抗原受体基因的调控研究主要集中于顺式和反式调控作用。然而,近期的研究表明染色质空间组织在抗原受体基因重排中发挥重要功能。其中染色质组织蛋白质CTCF-Cohesin通过环挤出方式影响重排的效率和TCR组库多样性,而重组酶RAG也可以扫描染色质。本综述描述Tcra和Tcrd基因的重排及其调节机制研究的新进展,特别是染色质空间组织对重排的影响。
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关键词
T细胞受体基因
V(D)J重排
染色质构象
ctcf-cohesin
RAG
原文传递
题名
原钙粘蛋白基因簇调控区域中成簇的CTCF结合位点分析
被引量:
15
1
作者
翟亚男
许泉
郭亚
吴强
机构
上海交通大学系统生物医学研究院比较生物医学研究中心
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第4期323-336,共14页
基金
国家自然科学基金项目(编号:91519302)资助~~
文摘
哺乳动物中原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含50多个串联排列的基因,这些基因形成3个紧密相连的基因簇(Pcdh?、Pcdh?和Pcdh?),所编码的原钙粘蛋白质群在神经元多样性(Neuronal diversity)和单细胞特异性(Single cell identity)以及神经突触信号转导中发挥重要作用。前期的工作已证实转录因子CTCF(CCCTC-binding factor)与CTCF结合位点(CTCF-binding site,CBS)的方向性结合能够决定增强子和启动子环化的方向以及其远距离交互作用的特异性,并进一步在Pcdh基因座(Locus)形成两个(Pcdh?和Pcdh?)染色质拓扑结构域(CTCF/cohesin-mediated chromatin domain,CCD),而且染色质拓扑结构域对于控制基因表达调控至关重要。本文通过生物信息学方法对比人类和小鼠序列,发现Pcdh??染色质拓扑结构域调控区域中的DNase I超敏位点(DNase I hypersensitive sites,HSs)较为保守。染色质免疫沉淀及大规模测序实验(Chromatin immunoprecipitation and massive parallel sequencing,Ch IP-Seq)揭示CBS位点在Pcdh??调控区域中成簇分布并且具有相同的方向。凝胶电泳迁移实验(Electrophoresis mobility shift assay,EMSA)确定Pcdh??调控区域内具体的42 bp CBS位点并且发现一个CTCF峰包含两个CBS位点。在全基因组范围内,运用计算生物学方法分析CTCF和增强子、启动子等调控元件的关系,发现CBS位点在调控元件附近有较多分布,推测CTCF通过介导增强子和启动子的特异性交互作用,在细胞核三维基因组内形成活性转录枢纽调控基因精准表达。
关键词
原钙粘蛋白基因簇
转录因子CTCF
CTCF结合位点
染色质拓扑结构域CCD
基因表达调控
Keywords
protocadherin
transcription factor CTCF
CTCF-binding site
CTCF/cohesin-mediated chromatin domain
regulation of gene expression
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
RFX5调控原钙粘蛋白α基因簇的表达
被引量:
7
2
作者
王娜
甲芝莲
吴强
机构
上海交通大学系统生物医学研究院比较生物医学研究中心
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第8期760-774,共15页
基金
国家自然科学基金项目(编号:91640118,31630039)资助。
文摘
基因的表达调控与基因组在细胞核内的三维空间架构相辅相成,原钙粘蛋白(protocadherin,Pcdh)基因簇在大脑发育中起到关键作用,可以作为研究基因表达调控机制的模式基因。转录因子RFX5(regulatory factor x 5)是翼螺旋家族(winged HLH family)的成员,其蛋白由寡聚化结构域、DNA结合域、螺旋结构域和激活域组成,在调控免疫系统的主要组织相容性复合物Ⅱ类(major histocompatibility complex classⅡ,MHCⅡ)的表达中起着至关重要的作用。本研究发现RFX5与CTCF在全基因组上结合的位点有部分重叠,利用CRISPR/Cas9 DNA大片段编辑技术,构建了RFX5基因缺失的HEC-1-B细胞系。通过RNA-seq实验,发现RFX5敲除能够显著升高Pcdhα6、Pcdhα12、Pcdhαc2的表达水平。通过ChIP-nexus实验,发现敲除RFX5导致染色质架构蛋白CTCF和cohesin在原钙粘蛋白α基因簇处的结合增加。最后,染色质构象捕获QHR-4C实验发现Pcdhα6、Pcdhα12启动子与远端增强子HS5-1的染色质远距离相互作用增强。上述研究表明RFX5蛋白可能通过调控染色质高级结构影响原钙粘蛋白α基因簇的表达,为未来进一步探索RFX5的功能提供了参考。
关键词
RFX5
Pcdh
CTCF
COHESIN
CRISPR/Cas9
Keywords
RFX5
Pcdh
CTCF
cohesin
CRISPR/Cas9
分类号
Q786 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
T细胞受体基因Tcra和Tcrd的重排过程及其调节机制
3
作者
朱永常
郝冰涛
机构
郑州大学人民医院
南方医科大学基础医学院
出处
《中华微生物学和免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第9期737-743,共7页
基金
国家自然科学基金(32170885,31970836)。
文摘
T细胞受体(T cell receptor,TCR)的高度多样性是其识别抗原的基础,在适应性免疫中发挥重要作用。TCR多样性来自胸腺T细胞发育过程中的V(D)J重排。在4个TCR基因中,Tcra和Tcrd基因位于同一个基因座,共用特定的V基因,因此其重排和调节具有一定的特殊性。抗原受体基因的调控研究主要集中于顺式和反式调控作用。然而,近期的研究表明染色质空间组织在抗原受体基因重排中发挥重要功能。其中染色质组织蛋白质CTCF-Cohesin通过环挤出方式影响重排的效率和TCR组库多样性,而重组酶RAG也可以扫描染色质。本综述描述Tcra和Tcrd基因的重排及其调节机制研究的新进展,特别是染色质空间组织对重排的影响。
关键词
T细胞受体基因
V(D)J重排
染色质构象
ctcf-cohesin
RAG
Keywords
T cell receptor gene
V(D)J rearrangement
Chromatin conformation
ctcf-cohesin
RAG
分类号
R392 [医药卫生—免疫学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
原钙粘蛋白基因簇调控区域中成簇的CTCF结合位点分析
翟亚男
许泉
郭亚
吴强
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2016
15
下载PDF
职称材料
2
RFX5调控原钙粘蛋白α基因簇的表达
王娜
甲芝莲
吴强
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2020
7
下载PDF
职称材料
3
T细胞受体基因Tcra和Tcrd的重排过程及其调节机制
朱永常
郝冰涛
《中华微生物学和免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022
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