目的利用生物信息学方法对H5N8高致病性禽流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)蛋白的T细胞的优势抗原表位进行预测,探索高致病性禽流感抗原表位快速预测方法。方法以甲型流感病毒[A/chicken/Moscow/94/2017(H5N8),ID:ATE48581.1]为原始毒...目的利用生物信息学方法对H5N8高致病性禽流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)蛋白的T细胞的优势抗原表位进行预测,探索高致病性禽流感抗原表位快速预测方法。方法以甲型流感病毒[A/chicken/Moscow/94/2017(H5N8),ID:ATE48581.1]为原始毒株,从GenBank数据库中获取其血凝素(hemagglutinin,HA)蛋白的氨基酸序列,综合应用多个生物信息学工具对HA蛋白潜在的细胞毒性T细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位和辅助T细胞(helper T lymphocyte,HTL)表位进行预测。结果H5N8高致病性禽流感病毒的HA蛋白保守性较高,44条不同病毒株HA蛋白可以装进同一系统进化枝。经预测,HA蛋白的一级、二级结构明确,三级结构模型可信度高,构象合理。最终筛选到具有免疫原性且抗原性较好、无致敏性、无毒性的CTL表位8条,筛选到抗原性较好、无致敏性、无毒性、能诱导γ-干扰素(interferon-γ,IFN-γ)、白介素4(interleukin 4,IL-4)分泌的HTL表位8条。预测的16条表位在不同的44条H5N8蛋白序列之间的保守性最好,在10条H5N6的HA蛋白序列之间的保守性次之,在13条H5N1的HA蛋白序列之间保守性较差。结论通过本研究的预测流程可以快速筛选出HA蛋白的CTL表位和HTL抗原表位,为快速高效研发新型重组多肽流感疫苗提供了技术路线和理论参考。展开更多
文摘目的利用生物信息学方法对H5N8高致病性禽流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)蛋白的T细胞的优势抗原表位进行预测,探索高致病性禽流感抗原表位快速预测方法。方法以甲型流感病毒[A/chicken/Moscow/94/2017(H5N8),ID:ATE48581.1]为原始毒株,从GenBank数据库中获取其血凝素(hemagglutinin,HA)蛋白的氨基酸序列,综合应用多个生物信息学工具对HA蛋白潜在的细胞毒性T细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位和辅助T细胞(helper T lymphocyte,HTL)表位进行预测。结果H5N8高致病性禽流感病毒的HA蛋白保守性较高,44条不同病毒株HA蛋白可以装进同一系统进化枝。经预测,HA蛋白的一级、二级结构明确,三级结构模型可信度高,构象合理。最终筛选到具有免疫原性且抗原性较好、无致敏性、无毒性的CTL表位8条,筛选到抗原性较好、无致敏性、无毒性、能诱导γ-干扰素(interferon-γ,IFN-γ)、白介素4(interleukin 4,IL-4)分泌的HTL表位8条。预测的16条表位在不同的44条H5N8蛋白序列之间的保守性最好,在10条H5N6的HA蛋白序列之间的保守性次之,在13条H5N1的HA蛋白序列之间保守性较差。结论通过本研究的预测流程可以快速筛选出HA蛋白的CTL表位和HTL抗原表位,为快速高效研发新型重组多肽流感疫苗提供了技术路线和理论参考。
