研究2013-2015年宁夏地区普通手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)分离株基因特征。将2013-2015年收集的普通HFMD病例标本中所有非肠道病毒A71型(enterovirus,71)和非柯...研究2013-2015年宁夏地区普通手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)分离株基因特征。将2013-2015年收集的普通HFMD病例标本中所有非肠道病毒A71型(enterovirus,71)和非柯萨奇病毒16型(Coxsackievirus A16,CV-A16)的其它肠道病毒(Enterovirus,EV)核酸阳性标本,使用RD细胞进行病毒分离,获得的毒株使用兼并引物进行VP1区基因扩增和测序,测序结果编辑后通过BLAST比对进行型别鉴定,选择CV-A6毒株进行基因进化分析。2013-2015年共收集非EV71和非CV-A16的EV阳性标本998份,共分离到227株毒株,其中61株鉴定为CV-A6,同源性分析表明宁夏61株CVA6间核苷酸和氨基酸序列同源性分别是96.1%-99.8%和98%-100%,与Gudla原型株同源性为82%-83.5%和93.8%-95.7%,遗传距离较远。CV-A6成为宁夏地区2013年和2015年其它肠道病毒中导致HFMD的主要病原体与国内流行的CV-A6具有较高的同源性,流行趋势一致,并且在宁夏地区存在多个传播链。展开更多
目的分析江苏省2012-2013年流行的柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CV-A6)毒株VP1区序列特征。方法采集江苏省2012-2013年10例CV-A6感染引发的手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿的咽拭子或肛拭子样本,通过RT-PCR扩增...目的分析江苏省2012-2013年流行的柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CV-A6)毒株VP1区序列特征。方法采集江苏省2012-2013年10例CV-A6感染引发的手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿的咽拭子或肛拭子样本,通过RT-PCR扩增完整VP1区。应用DNAStar软件包的MegAlign对CV-A6毒株的VP1区进行核苷酸和氨基酸序列比对分析,构建系统进化树。结果同源性和系统进化分析结果显示,10株流行株与2008年芬兰流行株同属于分支F,核苷酸同源性为95.1%~96.5%,而与原型株Gdula核苷酸同源性较低,为82.4%~84.0%。01-PZ/JS/2012、02-PZ/JS/2012、03-PZ/JS/2012、04-BY/JS/2012和08-PZ/JS/2013属于分支F2,05-PZ/JS/2013、06-PZ/JS/2013、07-PZ/JS/2013、09-PZ/JS/2013和10-BY/JS/2013属于F3,不同亚分支毒株之间核苷酸同源性为95.8%~97.2%。结论江苏省2012-2103年流行的10株毒株分别属于F2和F3分支,属于F2的5株毒株的VP1第30位氨基酸位点为V,而属于F3的5株毒株该位点为A。开展CV-A6流行株分子流行病学研究,了解毒株进化变异的趋势,对防控CV-A6引发的HFMD具有重要意义。展开更多
目的研究2016年山东省烟台地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原谱组成特点,分析烟台HFMD病原谱中柯萨奇病毒A组6型(coxsackie virus A group 6 type,CV-A6)流行株的进化及VP1区重要氨基酸位点的变异情况。方法采用rea...目的研究2016年山东省烟台地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原谱组成特点,分析烟台HFMD病原谱中柯萨奇病毒A组6型(coxsackie virus A group 6 type,CV-A6)流行株的进化及VP1区重要氨基酸位点的变异情况。方法采用real-time RT-PCR方法,对2016年烟台地区采集于HFMD患者的738份样品进行肠道病毒(enterovirus,EV)核酸检测和分子定型,统计各型EV阳性标本数量及比例。根据EV的优势型别,选取8株CV-A6进行VP1区扩增,并进行核苷酸序列测定和分析,然后进行系统进化分析。结果从738份标本中检出EV 460份,主要病原构成为柯萨奇病毒A组16型(coxsackie virus A group 16 type,CV-A16)(56.09%,258/460)、肠道病毒A组71型(enterovirus A group 71 type,EV-A71)(13.48%,62/460)、柯萨奇病毒A组10型(coxsackie virus A group 10 type,CV-A10)(10.65%,49/460)、CV-A6(9.57%,44/460)、柯萨奇病毒A组4型(coxsackie virus A group 4 type,CV-A4)(1.96%,9/460)。其中成功分离到8份CV-A6阳性标本毒株,并进行了全长VP1区核苷酸序列分析,8株CV-A6的序列分析结果表明,其核苷酸相似性为96.12%~100%,氨基酸相似性为97.78%~100%。系统进化分析显示8株CV-A6烟台株均属于D基因型中的D3基因亚型。与参考株CVA6-Gdula-AY421764相比,烟台市CVA16分离株VP1第10、14、174、194、279、283、305位氨基酸出现突变。结论CV-A16、EV-A71、CV-A10、CV-A6是引起2016年烟台地区HFMD发病的常见病原体,本次分离到的CV-A6均属于D基因型中的D3基因亚型。展开更多
文摘目的分析江苏省2012-2013年流行的柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CV-A6)毒株VP1区序列特征。方法采集江苏省2012-2013年10例CV-A6感染引发的手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿的咽拭子或肛拭子样本,通过RT-PCR扩增完整VP1区。应用DNAStar软件包的MegAlign对CV-A6毒株的VP1区进行核苷酸和氨基酸序列比对分析,构建系统进化树。结果同源性和系统进化分析结果显示,10株流行株与2008年芬兰流行株同属于分支F,核苷酸同源性为95.1%~96.5%,而与原型株Gdula核苷酸同源性较低,为82.4%~84.0%。01-PZ/JS/2012、02-PZ/JS/2012、03-PZ/JS/2012、04-BY/JS/2012和08-PZ/JS/2013属于分支F2,05-PZ/JS/2013、06-PZ/JS/2013、07-PZ/JS/2013、09-PZ/JS/2013和10-BY/JS/2013属于F3,不同亚分支毒株之间核苷酸同源性为95.8%~97.2%。结论江苏省2012-2103年流行的10株毒株分别属于F2和F3分支,属于F2的5株毒株的VP1第30位氨基酸位点为V,而属于F3的5株毒株该位点为A。开展CV-A6流行株分子流行病学研究,了解毒株进化变异的趋势,对防控CV-A6引发的HFMD具有重要意义。
文摘目的研究2016年山东省烟台地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原谱组成特点,分析烟台HFMD病原谱中柯萨奇病毒A组6型(coxsackie virus A group 6 type,CV-A6)流行株的进化及VP1区重要氨基酸位点的变异情况。方法采用real-time RT-PCR方法,对2016年烟台地区采集于HFMD患者的738份样品进行肠道病毒(enterovirus,EV)核酸检测和分子定型,统计各型EV阳性标本数量及比例。根据EV的优势型别,选取8株CV-A6进行VP1区扩增,并进行核苷酸序列测定和分析,然后进行系统进化分析。结果从738份标本中检出EV 460份,主要病原构成为柯萨奇病毒A组16型(coxsackie virus A group 16 type,CV-A16)(56.09%,258/460)、肠道病毒A组71型(enterovirus A group 71 type,EV-A71)(13.48%,62/460)、柯萨奇病毒A组10型(coxsackie virus A group 10 type,CV-A10)(10.65%,49/460)、CV-A6(9.57%,44/460)、柯萨奇病毒A组4型(coxsackie virus A group 4 type,CV-A4)(1.96%,9/460)。其中成功分离到8份CV-A6阳性标本毒株,并进行了全长VP1区核苷酸序列分析,8株CV-A6的序列分析结果表明,其核苷酸相似性为96.12%~100%,氨基酸相似性为97.78%~100%。系统进化分析显示8株CV-A6烟台株均属于D基因型中的D3基因亚型。与参考株CVA6-Gdula-AY421764相比,烟台市CVA16分离株VP1第10、14、174、194、279、283、305位氨基酸出现突变。结论CV-A16、EV-A71、CV-A10、CV-A6是引起2016年烟台地区HFMD发病的常见病原体,本次分离到的CV-A6均属于D基因型中的D3基因亚型。