基于线粒体Cytb基因的江淮下游6个湖泊翘嘴鲌群体遗传多样性分析

以线粒体Cytb基因作为分子标记对长江、淮河下游6个湖泊翘嘴鲌群体共262尾个体的遗传多样性、遗传分化及历史动态进行分析。结果显示,翘嘴鲌Cytb基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(55.9%)高于G+C含量(44.1%)。262条Cytb基因序列检出42个变异位点,定义46个单倍型,总群体单倍型和核苷酸多样性分别为0.916±0.010和0.00256±0.00008;6个群体的单倍型多样性为(0.798±0.059)~(0.927±0.019),核苷酸多样性为(0.00204±0.00027)~(0.00285±0.00018),表明翘嘴鲌遗传多样性属于高Hd和低Pi模式。基于单倍型构建的系统发育树和进化网络图显示,6个群体的单倍型未形成明显的地理格局。分子方差分析(AMOVA)显示,遗传变异主要来自于群体内部(91.64%),群体间遗传分化系数(F_(st))为0.08362(P<0.01);6个群体间的F_(st)为-0.00427~0.15529,其中,长江群体和淮河群体间均具有显著中度或高度遗传分化(P<0.05)。中性检验结果显示,Tajima’s D和Fu’s F_(s)均为负值(P<0.05),核苷酸不配对分布曲线呈现单峰型,表明翘嘴鲌群体在历史上经历过显著的种群扩张。整体来看,江淮下游湖泊的翘嘴鲌野生种质资源遗传多样性较低,长江水系群体和淮河水系群体间有显著的遗传分化,应采取措施恢复翘嘴鲌资源量及提高其遗传多样性,并将长江流域和淮河流域湖泊群体划分为不同的管理单元进行保护。

基于cytb和rag2基因探讨叶须鱼属分子系统进化关系

【目的】探究叶须鱼属的分子系统进化关系,筛选种间鉴定分子标记。【方法】构建叶须鱼属的cytb(5个种)和rag2(修长叶须鱼和裸腹叶须鱼)基因序列的NJ及贝叶斯系统进化树,并结合核苷酸多态位点、单倍型、核酸多态性、遗传距离、遗传分化系数和基因流等,分析种间进化关系和种内遗传多样性。【结果】叶须鱼属每个种的cytb序列单独聚为一支,表明cytb基因序列能将叶须鱼属5个种区分开;种间高度遗传分化(F_(st)>0.25),物种之间基因流较弱(Nm<1);修长叶须鱼遗传多样性水平最高,锥吻叶须鱼遗传多样性水平最低。基于rag2基因序列的分子系统发育进化树显示,修长叶须鱼和裸腹叶须鱼均单独聚为一支,为独立的种。【结论】cytb和rag2可作为叶须鱼属种间鉴定的分子标记基因,这为叶须鱼属物种的鉴定和系统分类奠定了基础,也为叶须鱼属鱼类保护措施的制定提供了遗传学依据。

基于线粒体Cytb序列的广东地区大刺鳅群体遗传多样性分析

为了解广东地区大刺鳅遗传多样性特征,采集广东地区6个水系(西江、北江、东江、鉴江、漠阳江、韩江)193尾大刺鳅样本,测定其线粒体Cytb序列,并利用MEGA 6.0软件碱基组特点和遗传距离、DNAsp 5.0软件分析各群体的多样性水平和Network 5软件绘制单倍型网络关系图。结果表明:大刺鳅Cytb序列长度1138 bp,在193尾大刺鳅的Cytb序列中,A、C、T、G占比分别为25.9%、32.7%、27.7%和13.6%,遗传距离为0.0002~0.0131,遗传分化指数为0.035~0.866。6个大刺鳅群体共存在38个核苷酸变异位点,定义了20个单倍型,单倍型多样性为0.782,核苷酸多样性约为0.0072。基于线粒体Cytb序列构建的NJ树显示,广东地区的大刺鳅种群分为Ⅰ和Ⅱ两支。其中,支系Ⅰ包含了西江、北江、鉴江和漠阳江群体的部分样本以及东江和韩江群体的全部样本;支系Ⅱ包含了西江、北江、鉴江和漠阳江群体的部分样本。单倍型网络分析显示,西江水系的群体与东江、韩江以及漠阳江群体的亲缘关系较近,而北江群体与东江、西江群体间遗传分化较大。AMOVA分析表明,77.09%的变异来自于组群内群体间,37.92%的变异来自于群体内。核苷酸错配分析及中性检验结果显示,广东大刺鳅整体及各个群体在历史上均没有发生过明显的扩张。广东各水系的大刺鳅群体遗传多样性水平较低,野生种群的遗传多样性总体呈现下降趋势。

基于线粒体COⅠ和Cytb基因探讨北鲍南养对皱纹盘鲍群体遗传结构的影响

为探讨近三十年来我国皱纹盘鲍养殖模式对群体遗传结构产生的影响,利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COⅠ)基因和细胞色素b(Cytb)基因分析了定殖漳州的群体、大连培育蓬莱越冬群体、荣成培育福建越冬群体及长山列岛(砣矶岛、大钦岛、南隍城岛)皱纹盘鲍群体的遗传多样性与群体遗传结构。结果显示,在259个个体730 bp的COⅠ序列片段中检测到48个变异位点和30个单倍型,6个群体的单倍型多样性为0.586~0.897,核苷酸多样性为0.0056~0.0081。259个个体730 bp的Cytb序列片段中检测到59个变异位点和32个单倍型,6个群体的单倍型多样性为0.605~0.909,核苷酸多样性为0.0077~0.0120。基于COⅠ和Cytb基因的群体间Fst值以及AMOVA结果表明,绝大部分群体之间存在显著的遗传分化,并且遗传变异主要来源于群体内。现行的皱纹盘鲍北鲍南养模式加强了不同群体之间的基因交流,使不同遗传背景的种群二次接触,导致皱纹盘鲍6个群体均具有较高的单倍型多样性和核苷酸多样性;而各养殖群体中的不同选育条件则可能是造成显著遗传分化的重要原因。本研究对分属南北沿海的6个皱纹盘鲍群体的遗传评估将为我国皱纹盘鲍资源的合理利用以及养殖模式对遗传结构的影响提供科学依据。

石岐鸽mtDNA Cytb基因遗传多样性分析

为探究石岐鸽的遗传多样性和母系起源,研究对60只石岐鸽线粒体DNA(Mitochondrial genome,mtDNA)细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因进行PCR扩增和测序,并结合GenBank中鸽Cytb基因序列进行系统发育分析。结果显示:石岐鸽mtDNA Cytb基因序列全长为1143 bp,碱基T、C、A和G的平均比例分别为24.57%、35.79%、27.36%和12.28%;单倍型多样性为0.782±0.029,核苷酸多样性为0.00169±0.00004,平均核苷酸差异为1.927;共发现11个变异位点,其中8个为单一变异位点,3个为简约信息位点,基于变异位点定义了8种单倍型;石岐鸽和原鸽分为A和B两个分支,石岐鸽只分布于A分支。研究表明石岐鸽具有较高的线粒体遗传多样性,母系来源单一。

基于COI和Cytb基因序列的太湖河蚬遗传多样性分析

以线粒体COI和Cytb基因部分序列作为分子标记,对太湖河蚬(Corbicula fluminea)群体的遗传多样性进行分析。结果显示:COI和Cytb序列片段长度分别为614 bp和621 bp,两基因片段的碱基AT含量明显大于GC含量,碱基组成具有偏好性。COI序列有19个变异位点,定义14种单倍型,平均单倍型和核苷酸多样性分别为0.851±0.04和0.007 45±0.000 81,平均核苷酸差异数为4.572,单倍型之间的遗传距离为0.002至0.020;Cytb序列有19个变异位点,定义17种单倍型,平均单倍型和核苷酸多样性分别为0.896±0.028和0.005 10±0.000 51,平均核苷酸差异数为3.167,单倍型之间的遗传距离为0.002至0.013,河蚬的遗传多样性具有高单倍性多样性和高核苷酸多样性特征。中性检验结果和歧点分布图分析表明,太湖河蚬种群进化过程中保持相对稳定,未经历显著的种群扩张过程。

基于线粒体Cytb基因和D-loop区的鸭绿江流域细鳞鱼群体遗传多样性

旨在研究鸭绿江流域(丹东段)细鳞鱼野生群体与养殖群体的遗传多样性,并探究其种质资源情况。基于细鳞鱼线粒体DNA Cytb基因和D-loop区序列,对宽甸(KD)和丹东江域(DD)2个野生细鳞鱼群体和1个养殖群体的遗传结构与遗传多样性等进行比较研究。结果表明:Cytb基因1141 bp,A+T含量53.55%,G+C含量46.45%,D-loop区序列988 bp,A+T含量62.75%,G+C含量37.25%;基于Cytb和D-loop序列在90个样本中分别检测到42和56个多态性位点,定义了21和26种单倍型,其中KD、DD和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为14、10和7,KD、DD和YZ群体D-loop区单倍型数分别为16、15和10;遗传多样性分析Cytb基因表现出高单倍型多样性(0.986)和低核苷酸多样性(0.00466),而D-loop区表现出高单倍型多样性(0.981)和高水平的核苷酸多样性(0.01982),基于Cytb基因和D-loop区序列KD和DD群体分别具有4个和2个相同单倍型,说明2个细鳞鱼野生群体间的分化程度较小,而养殖群体与野生群体间遗传分化为中度;分子方差分析(AMOVA)发现群体内部的遗传变异(Cytb:73.38%;D-loop:85.91%)占比明显高于群体间的遗传变异(Cytb:26.62%;D-loop:14.09%),表明鸭绿江流域(丹东段)细鳞鱼群体遗传变异主要来源于群体内,不同地理群体间的遗传变异不大;群体单倍型系统发育树表明,KD、DD和YZ群体间互有交叉,均未表现出明显的地理聚集,3个群体间尚未出现明显的地理谱系结构,结果与遗传多样性研究一致。Tajima’s D和Fu and Li’s中性检验显著偏离中性,推测细鳞鱼KD和DD群体可能经历过群体扩张事件,随后处于相对平衡稳定状态。

基于Cytb和ITS1基因的两种不同体型湘华鲮遗传差异研究

研究采用Cytb和ITS1基因序列作为分子标记对平背型和高背型湘华鲮的遗传差异进行分析。研究结果表明,基于Cytb与ITS1基因序列,高背型和平背型湘华鲮在碱基组成上均表现出偏向性,且呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。遗传距离分析和NJ系统树构建的结果表明,两种不同体型湘华鲮遗传分化程度低,未达到种群分化的水平。综上所述,高背型和平背型属于同一个种群。研究结果丰富了湘华鲮分子生物学数据,为湘华鲮种质资源保护及产业发展提供了理论依据。

基于线粒体Cytb基因的凉山黑绵羊群体遗传多样性分析

【目的】研究四川省凉山黑绵羊群体的遗传多样性和亲缘关系,以期为当地黑绵羊种质资源保护及合理利用提供科学依据。【方法】利用PCR法扩增凉山黑绵羊线粒体细胞色素b(Cytb)基因并测序,通过BLAST比对确认序列长度和突变位点信息,结合从GenBank中下载的国内外22个绵羊品种的153条绵羊线粒体Cytb基因序列,用Mega 7.0软件进行碱基组成和遗传距离分析,并利用DnaSP 5.0软件进行遗传多样性分析。【结果】凉山黑绵羊群体Cytb基因大小为1 140 bp,未发现插入或缺失,AT含量高于GC含量;采集的60只黑绵羊的Cytb基因共存在13个变异位点,有13种单倍型,其中H2、H3为优势单倍型;凉山黑绵羊单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸变异数(K)分别为0.674、0.00120和1.371。系统发育树分析结果表明,凉山黑绵羊与乌拉黑羊遗传距离最小,与盘羊遗传距离最大。【结论】凉山州本地黑绵羊Cytb基因遗传多样性较低,其中盐源黑绵羊群体Cytb基因遗传多样性远低于布拖、普格黑绵羊群体,3个黑绵羊群体之间的亲缘关系较近,初步推测具有2个母系起源。凉山州本地黑绵羊群体与乌拉黑羊等亲缘关系最近,与盘羊亲缘关系较远。

基于CO1、CytB及28S基因的西藏圆柏大痣小蜂分子系统发育研究

圆柏大痣小蜂Megastigmus sabinae是西藏自治区昌都市大果圆柏的主要种实害虫,对该树种的自然更新和育种等工作造成了严重的危害,为此本研究对圆柏大痣小蜂CO1、CytB及28S基因的部分序列进行了测序分析,以期为该害虫的防治和鉴定提供理论基础。结果表明:圆柏大痣小蜂CO1和CytB基因具有昆虫线粒体基因的核苷酸组成特征,而28S基因偏向使用碱基G和C,与线粒体基因形成了对比。CO1、CytB和28S基因碱基的使用频率存在偏向性。圆柏大痣小蜂与M. bipunctatus、M. amicorum等有较近的遗传进化距离。三种基因的转换率明显大于颠换率,而不同基因间,其转换和颠换的具体模式存在差异性。大痣小蜂线粒体CO1和CytB基因密码子使用具有节肢动物样的偏向性。进化分析表明,圆柏大痣小蜂与M. bipunctatus有很近的进化关系。该研究结果为大痣小蜂的综合防治提供了理论依据。

基于线粒体Cytb基因序列的褐石斑鱼种群遗传多样性分析

为评估种质资源状况被世界自然保护联盟(International Union for Conservation of Nature, IUCN)评定为易危物种的褐石斑鱼(Epinephelus bruneus)野生种群的遗传多样性和遗传分化水平,采用PCR方法测定褐石斑鱼西太平洋海区的中国海南岛(HN)、福建厦门(XM)和韩国济州岛(HG)3个地理群体的线粒体细胞色素b(Cytb)基因的部分序列,并对其基因序列遗传变异、谱系结构和群体扩张历史特征进行分析。结果显示,褐石斑鱼3个地理种群(88个个体)共检测出18个多态位点,共有7种单倍型;各地理群体遗传多样性水平较低,而且单倍型在群体间分布不均,韩国群体遗传多样性最高,中国海南和厦门群体遗传多样性较低。地理距离最远的韩国群体和中国海南群体遗传分化最高(F_(ST)=0.177 5),地理距离最近的中国海南群体和厦门群体的遗传分化最低(F_(ST)=0.013 4)。Mantel检验结果显示,3个褐石斑鱼群体间遗传距离和地理距离间存在显著相关,距离隔离(Isolation by Distance, IBD)是褐石斑鱼群体遗传分化的主要因素。褐石斑鱼群体遗传变异主要来源于群体内,群体间存在中度遗传分化(F_(ST)=0.097 1)。褐石斑鱼Cytb基因单倍型网络图表现为简单星形结构,符合群体扩张的历史特征。Tajima′s D和Fu′s Fs中性检验结果也证实西太平洋海区褐石斑鱼群体存在扩张的历史特征。本研究结果表明,西太平洋海区的褐石斑鱼总体遗传多样性水平较低,野生种质资源极易受到渔业捕捞和气候变化的影响而衰退,在全球气候变化的背景下,急需加强其种质资源的保护工作。

基于Cytb基因的穿山甲科物种鉴定研究

为鉴别混有非穿山甲物种疑似检材的来源物种,基于细胞色素b基因设计了穿山甲科特异的新引物DCW-F1/DCW-R1。试验表明:其特异性良好、灵敏度较高、适用检材类型较广。采用BLAST比对法、遗传距离法和系统发育法分析了4组不同长度Cytb序列,研究序列长度对穿山甲物种鉴定的影响。结果表明,多数样本与相应穿山甲物种同源序列相似度均高于98%,建议将该值作为BLAST比对法的判别标准;除马来穿山甲(211 bp)和树穿山甲(421和211 bp)外,剩余5个穿山甲物种种间最小遗传距离均大于种内最大遗传距离,序列长度的变化和样本量的不平衡会导致该比值不稳定;除马来穿山甲和菲律宾穿山甲,其余物种均为单系,序列长度变短使得系统发育树拓扑结构和分支置信度发生相应变化。

基于Cytb基因序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性分析

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况,采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记,对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的239尾鲢进行扩增和测序。结果显示,鲢Cty b基因全长为1 141 bp, 239条Cyt b序列检出74个变异位点,定义24种单倍型,平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.697和0.010 12。太湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.830和0.015 84,长荡湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最低,分别为0.379和0.003 98。8个鲢群体间的遗传距离变幅为0.005~0.015;分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自群体内部(98.0%),群体的遗传分化指数Fst值为0.019 97;两两群体间Fst值统计表明,长江水系和淮河水系群体间有显著的遗传差异(P<0.05)。单倍型系统进化树和网络结构图显示,单倍型划分为2个谱系,但没有形成明显的地理聚群。歧点分布曲线与中性检验结果表明,鲢群体进化过程中较为稳定,没有经历过种群扩张事件。研究结果表明,应将长江水系和淮河水系鲢群体作为不同的管理单元进行保护。

苹果轮纹病菌对吡唑醚菌酯的敏感性及Cytb基因序列分析

为了明确苹果轮纹病菌Botryosphaeria dothidea对吡唑醚菌酯的敏感性和吡唑醚菌酯的靶标基因序列,采用菌丝生长速率法测定了水杨肟酸对B.dothidea菌丝生长的作用,探讨了添加或不添加水杨肟酸的情况下病原菌对吡唑醚菌酯敏感性的变化;并测定了不同产区的80株B.dothidea对吡唑醚菌酯的敏感性以及440株B.dothidea对吡唑醚菌酯的抗性;然后,扩增并分析了具有不同敏感性的菌株的细胞色素b基因(Cytb)序列。结果表明:不同浓度水杨肟酸对菌丝生长的抑制作用不同。添加40μg/mL水杨肟酸不影响吡唑醚菌酯的EC 50。菌株的敏感性频率符合近似正态分布,各产区菌株对吡唑醚菌酯的敏感性没有显著差异,吡唑醚菌酯平均EC 50为(2.95±2.11)μg/mL,没有检测到抗性菌株。靶标基因序列分析表明,Cytb基因在F129、G137和G143位密码子上没有产生点突变,首次发现在143位密码子后有内含子插入。

基于mtDNA COⅠ和Cytb基因序列对南中国海不同海域波纹唇鱼群体遗传多样性的研究

研究以海南陵水、马来西亚、西沙、南沙4个海域共101尾波纹唇鱼作为研究对象,通过线粒体DNA的COⅠ和Cytb基因序列分析方法对波纹唇鱼进行了遗传多样性研究。经PCR扩增、克隆与序列测定,分别获得1560 bp COⅠ基因和1141 bp Cytb基因序列。两者多态性遗传参数统计显示,101尾个体分别存在23(COⅠ)和30(Cytb)个变异位点,分别检测出20(COⅠ)和27(Cytb)个单倍型,总群体单倍型多样性(Hd)分别为0.629(COⅠ)和0.755(Cytb),平均核苷酸差异数(K)分别为1.195(COⅠ)和1.424(Cytb),核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.00077(COⅠ)和0.00126(Cytb)。分子方差分析(AMOVA)结果分别为26.26%(COⅠ)和4.22%(Cytb)的变异来自群体间,73.74%(COⅠ)和95.78%(Cytb)的变异来自群体内。同时,两个基因的单倍型网络图呈星状放射结构,不同地理来源的单倍型无明显分支,呈交错分布,没有体现地理差异性。研究初步认为,波纹唇鱼的遗传多样性处于较低水平,遗传分化存在但不显著,该结果可为今后波纹唇鱼的种质资源保护工作提供必要的科学依据。

基于线粒体Cytb基因全序列的松江鲈群体遗传结构分析

对松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)中国沿海7个群体和日本有明海群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定、分析。结果显示:47个个体共检测到31个单倍型,8个群体均呈现出较高的单倍型多样性(0.60—1.00)和较低的核苷酸多样性(0.0005—0.0041)的特点。AMOVA分析结果及单倍型邻接关系树和单倍型网络关系图均显示松江鲈分为中国和日本两个世系,而中国世系的7个群体未呈现出明显的地理遗传结构。基于核苷酸Kimura双参数替代模型计算得出的中国和日本两个世系的净遗传距离,再参照其他硬骨鱼类线粒体Cytb基因2%/Ma(百万年)的分歧速率,推测松江鲈中日两个世系间分化时间约为41万年前。对中国世系进行群体历史动态分析,中性检验结果均为负值且显著,核苷酸不配对分布呈单峰型,表明松江鲈中国世系曾发生过群体扩张,其扩张时间大约为12万年前。

仿刺参cytb和β-actin基因表达稳定性比较

基因表达分析需要采用内参基因来校正目的基因的表达量。采用半定量RT-PCR的方法分析了cytb和β-actin基因在仿刺参(Apostichopus japonicus)未受精卵、受精卵、多细胞期、囊胚期、原肠期、小耳状幼体、中耳状幼体、大耳状幼体、樽型幼体、五触手幼体、稚参11个发育阶段和幼参的体壁、体腔细胞、肠道和呼吸树中的表达情况。结果表明:cytb在不同发育阶段和不同组织中稳定表达;β-actin基因在稚参之前不同发育阶段中表达水平有显著差异,在幼参的体壁、肠道和呼吸树中稳定表达。此外,cytb在lipopolysaccgarides(LPS)刺激前后的原肠胚、小耳状幼体、中耳状幼体、大耳状幼体、樽型幼体、稚参和幼参四种组织中表达量无显著差异;β-actin基因在LPS刺激前后的幼参体腔细胞、肠道和呼吸树中表达量无显著差异。本研究为仿刺参功能基因表达分析中,cytb与β-actin基因作为内参基因的可行性提供了依据。

基于线粒体基因Cytb和COI的蝗科中五亚科分子系统发育关系分析(直翅目:蝗总科)(英文)

本研究基于Cytb基因和COI基因的部分序列来推断17种蝗虫之间的系统发育关系。这17种蝗虫均采自国内,代表了蝗科(Acrididae)5个亚科:黑蝗亚科(Melanoplinae)、斑腿蝗亚科(Catantopinae)、刺胸蝗亚科(Cyrtacanthacridinae)、斑翅蝗亚科(Oedipodinae)和大足蝗亚科(Gomphocerinae)。采用联合序列方法进行分析,结果显示:Cytb和COI联合序列长度为1998bp,其中A和T总含量为72.13%,G和C总含量为27.87%。联合序列共包含了889个保守位点,1109个变异位点,在这些变异位点中有838个简约信息位点。系统发生树采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和最大似然法(ML)进行构建。使用蜢总科的变色乌蜢Erianthus versicolor和Erianthus sp.两个种作为外群。结果表明:大足蝗亚科和斑腿蝗亚科的单系性没有得到支持。斑翅蝗亚科内部各种聚成一个大支,在本研究中该亚科的单系性得到支持,与前人的研究结论相同。大足蝗亚科、斑腿蝗亚科、刺胸蝗亚科和黑蝗亚科这4科关系非常近,可以考虑将其合并为一个亚科。同时,我们发现基于Cytb和COI基因联合序列推断蝗科内各亚科间的系统发生关系并不十分可靠。

三大不同品种马mtDNA Cytb基因PCR-RFLP分析

用BamHⅠ、TaqⅠ、HaeⅢ、RsaⅠ和HincⅡ5种限制性内切酶通过PCR-RFLP技术检测了包括引入品种、培育品种和地方品种的6个类型(纯血马、三河马、乌珠穆沁马、锡尼河马、乌审马和矮马)共256匹马的mtDNACytb基因部分序列多态性。用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳将酶切产物分离,并用银染法显色。结果BamHⅠ和TaqⅠ表现出多态,5种酶共检测到7种态型,归纳为3种单倍型,以单倍型Ⅰ和Ⅲ为主体单倍型,但通过一个特殊的酶型BamHⅠ-B分析推测所研究的马可能起源于一个母系祖先。

山东省猪种mtDNA CytB基因遗传多样性及系统进化研究

【目的】利用mtDNA CytB基因为标记,从分子水平探讨12个猪种166个样本(8个山东省猪种,3个引进猪种和梅山猪种)的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系,为山东省猪种合理利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对各猪种样本mtDNA CytB基因进行PCR扩增和测序,采用现代生物信息学方法进行数据处理分析。【结果】山东8个猪种种内遗传变异和种间遗传距离均较小,有共享单倍型。山东各猪种和梅山猪与大约克的遗传距离也较小,但与引进猪种杜洛克和长白的遗传距离较大。利用分子系统进化树和CytB基因4个SNP位点的分类方法将上述样本分为2个独立的支系,第一支以中国猪种为主,将除鲁烟白猪的一种单倍型在内的所有山东猪种、梅山猪和大约克的两种单倍型聚为一类,第二支以引进猪种为主,将长白、杜洛克、大约克的一种单倍型和鲁烟白猪的一种单倍型聚为一类。【结论】山东猪种有共同的母系祖先,品种内母系遗传多样性较贫乏;外来猪种引入山东后主要是用作父本以提高生产速度和瘦肉率等,对本地猪种未有母系贡献;利用CytB基因4个SNP位点对欧洲单倍型和亚洲单倍型的分类方法,可以方便地估测利用中外猪种结合培育的猪新品种(配套系)的母系血统情况。