黄瓜Ca^(2+)家族序列特征及其表达特性分析

通过黄瓜基因组数据库,采用生物信息学方法获得15个黄瓜Ca^(2+)家族序列,并对其染色体位置、基因组位置、氨基酸长度、转录起始位点和Pfam匹配结构域数进行预测;利用RT-PCR方法对所有搜索到的Ca^(2+)家族基因进行组织特异性分析;对黄瓜植株进行低温处理,分析黄瓜Ca^(2+)基因家族的表达情况。结果显示:15个基因中除Csa021245未定位以外,其余均匀分布在1~6号染色体上,一致性为47.67%;Csa001688、Csa009857和Csa009360等3个基因的5′区出现CpG岛结构;组织表达特异性分析结果显示,Csa001688、Csa006826、Csa010172和Csa016434在叶中表达量最高,Csa003758、Csa010172和Csa018949在根中表达量最高;进化树分析结果显示,只有Csa010172和Csa009360与拟南芥AtACA2亲缘关系最近,这些基因可能在Ca^(2+)家族信号传导过程中起着主要作用;实时定量表达分析表明,Ca^(2+)基因家族参与黄瓜对低温胁迫的应答。