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CRISPR/Cas13d介导猪胎儿成纤维细胞SUV39H1/SUV39H2基因敲降
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作者 毕登峰 王煜 +1 位作者 姚婧 赵建国 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第6期1957-1966,共10页
研究旨在利用CRISPR/Cas13d系统对猪胎儿成纤维细胞(PEF)中的胚胎发育相关基因SUV39H1/SUV39H2进行RNA水平的敲降,从而在猪上建立CRISPR/Cas13d介导的基因敲降系统。根据SUV39H1、SUV39H2基因的编码序列各设计3个靶向编码链的sgRNAs,并... 研究旨在利用CRISPR/Cas13d系统对猪胎儿成纤维细胞(PEF)中的胚胎发育相关基因SUV39H1/SUV39H2进行RNA水平的敲降,从而在猪上建立CRISPR/Cas13d介导的基因敲降系统。根据SUV39H1、SUV39H2基因的编码序列各设计3个靶向编码链的sgRNAs,并以单链寡核苷酸的形式合成,退火后与BspQⅠ线性化的sgRNA表达载体进行连接,构建SUV39H1-sgRNA和SUV39H2-sgRNA表达载体,用Sanger软件进行测序;将Cas13d表达载体和靶向SUV39H1/SUV39H2基因的sgRNA载体按照1∶1、1∶2、1∶4、2∶1和4∶1比例转染猪胎儿成纤维细胞,48 h后收集细胞,用流式细胞术分选检测细胞转染效率,用半定量PCR和实时荧光定量PCR检测敲降效率;用半定量PCR和免疫荧光检测敲降SUV39H1/SUV39H2基因后,靶基因转录水平及组蛋白H3K9me3水平的变化。测序结果表明,针对2个基因设计的各3条sgRNAs均成功连入载体中;流式细胞术分选结果显示,转染效率约70%;半定量PCR结果表明,与对照组相比,3个sgRNAs均极显著降低了SUV39H1和SUV39H2基因的表达(P<0.01),其中SUV39H1-sgRNA-2和SUV39H2-sgRNA-1均可使SUV39H1和SUV39H2的表达降低50%;Cas13d∶sgRNA为1∶1、1∶2和1∶4组细胞的存活率高于2∶1和4∶1组;实时荧光定量PCR结果表明,Cas13d∶sgRNA为1∶2、1∶4、2∶1和4∶1组敲降效率均显著高于1∶1组(P<0.05),且Cas13d∶sgRNA为1∶2组敲降效率最高(70%)。半定量PCR结果显示,转染SUV39H1-sgRNA-2和SUV39H2-sgRNA-1极显著降低SUV39H1和SUV39H2的表达,表达量为对照组的25%~30%(P<0.01)。免疫荧光检测结果表明,敲降SUV39H1和SUV39H2基因后,组蛋白H3K9me3水平显著降低(P<0.05)。因此,本研究利用CRISPR/Cas13d系统在猪胎儿成纤维细胞中成功敲降SUV39H1和SUV39H2,并下调其催化的H3K9me3水平。 展开更多
关键词 CRISPR/cas13d SUV39H1/SUV39H2基因 敲降 猪胎儿成纤维细胞
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Robust genome and RNA editing via CRISPR nucleases in PiggyBac systems
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作者 Yuqian Jiang Rachel Catherine Hoenisch +3 位作者 Yun Chang Xiaoping Bao Craig E.Cameron Xiaojun Lance Lian 《Bioactive Materials》 SCIE 2022年第8期313-320,共8页
CRISPR/Cas-mediated genome editing in human pluripotent stem cells(hPSCs)offers unprecedented opportunities for developing in vitro disease modeling,drug screening and cell-based therapies.To efficiently deliver the C... CRISPR/Cas-mediated genome editing in human pluripotent stem cells(hPSCs)offers unprecedented opportunities for developing in vitro disease modeling,drug screening and cell-based therapies.To efficiently deliver the CRISPR components,here we developed two all-in-one vectors containing Cas9/gRNA and inducible Cas13d/gRNA cassettes for robust genome editing and RNA interference respectively.These vectors utilized the PiggyBac transposon system,which allows stable expression of CRISPR components in hPSCs.The Cas9 vector PB-CRISPR exhibited high efficiency(up to 99%)of inducing gene knockout in both protein-coding genes and long non-coding RNAs.The other inducible Cas13d vector achieved extremely high efficiency in RNA knockdown(98%knockdown for CD90)with optimized gRNA designs.Taken together,our PiggyBac CRISPR vectors can serve as powerful toolkits for studying gene functions in hPSCs. 展开更多
关键词 CRISPR-Cas9 Genome editing cas13d RNA editing PiggyBac transposon Human pluripotent stem cells
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