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基于梯度增量level-set方法的复杂物体入水砰击数值模拟
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作者 石伏龙 李洪鑫 +2 位作者 辛建建 袁琪 季孟洁 《船舶力学》 EI CSCD 北大核心 2024年第6期877-886,共10页
复杂结构物自由表面砰击问题,如空投鱼雷、水空无人航行器潜水和高速船出入水,一直是海洋工程领域的研究热点。本文采用梯度增量level-set和虚拟网格法数值模拟复杂结构物的入水砰击,采用时间半隐式有限差分法求解不可压缩Navier-Stoke... 复杂结构物自由表面砰击问题,如空投鱼雷、水空无人航行器潜水和高速船出入水,一直是海洋工程领域的研究热点。本文采用梯度增量level-set和虚拟网格法数值模拟复杂结构物的入水砰击,采用时间半隐式有限差分法求解不可压缩Navier-Stokes方程,虚拟网格法可重构复杂结构物界面插值模块并施加无滑移边界条件,梯度增量level-set法可捕捉非线性自由表面翻卷、射流等物理现象。基于以上方法模拟二维圆柱的常速入水砰击,并与试验和数值结果对比,验证本文数值方法的正确性。最后,数值模拟二维船型剖面和飞机剖面的入水砰击,分析了冲击压力、运动响应、压力分布和自由表面运动随入水角度的变化规律。同时,通过模拟可观察到复杂结构浸入水中后的流体分离、射流和小角度空气腔等典型砰击物理现象。 展开更多
关键词 虚拟网格 浸入边界法 levelset 砰击 复杂结构
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SETD1A与KDM4A在非小细胞肺癌中的表达及临床价值 被引量:2
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作者 朱小慧 李亚云 +2 位作者 张海燕 刘海涛 于志娟 《疑难病杂志》 CAS 2023年第9期945-950,共6页
目的研究非小细胞肺癌(NSCLC)组织中组蛋白赖氨酸甲基转移酶SET结构域包含1A(SETD1A)和赖氨酸去甲基酶4A(KDM4A)表达及与临床病理特征及预后的关系。方法选取2017年1月—2020年1月南通市肿瘤医院综合内科收治NSCLC患者116例为研究对象... 目的研究非小细胞肺癌(NSCLC)组织中组蛋白赖氨酸甲基转移酶SET结构域包含1A(SETD1A)和赖氨酸去甲基酶4A(KDM4A)表达及与临床病理特征及预后的关系。方法选取2017年1月—2020年1月南通市肿瘤医院综合内科收治NSCLC患者116例为研究对象。采用免疫组织化学法检测NSCLC组织中SETD1A、KDM4A表达,二者相关性分析采用Spearman秩相关分析。Kaplan-Meier生存分析SETD1A、KDM4A表达对NSCLC患者生存预后的影响。Cox回归分析影响NSCLC患者预后因素。结果NSCLC癌组织中SETD1A棕黄色阳性染色主要位于细胞核,KDM4A阳性染色主要位于细胞浆和细胞膜。NSCLC癌组织SETD1A阳性率为61.21%(71/116),高于癌旁组织的6.90%(8/116),差异有统计学意义(χ^(2)=76.546,P<0.001)。NSCLC癌组织中KDM4A阳性率为65.52%(76/116),高于癌旁组织的8.62%(10/116),差异有统计学意义(χ^(2)=80.487,P<0.001)。NSCLC癌组织中SETD1A与KDM4A表达呈显著正相关(rs=0.722,P<0.001)。TNM分期Ⅲ期、低分化程度、伴淋巴结转移患者在NSCLC癌组织中SETD1A、KDM4A阳性率显著高于TNM分期Ⅰ~Ⅱ期、高中分化程度、无淋巴结转移者(SETD1A:χ^(2)/P=15.808/<0.001,7.108/0.008,17.136/<0.001;KDM4A:χ^(2)/P=9.050/0.003,5.480/0.019,10.208/0.001)。SETD1A阳性组和阴性组患者3年总体生存率分别为49.28%(34/69)、78.72%(37/47)。SETD1A阳性组患者3年累积生存率明显低于阴性组患者(χ^(2)=12.984,P<0.001);KDM4A阳性组和阴性组3年总体生存率分别为48.65%(36/74)、83.33%(35/42),KDM4A阳性组患者3年累积生存率明显低于阴性组患者(χ^(2)=17.175,P<0.001)。TNM分期Ⅲ期、合并淋巴结转移、SETD1A阳性、KDM4A阳性是影响NSCLC患者不良预后的独立危险因素[OR(95%CI)=1.610(1.221~2.122)、1.904(1.307~2.774)、1.835(1.228~2.742)、1.744(1.245~2.443)]。结论NSCLC癌组织中SETD1A、KDM4A表达升高,两者表达与TNM分期、分化程度及淋巴结转移有关,检测NSCLC组织中SETD1A、KDM4A表达有助于评估NSCLC患者临床预后。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 组蛋白赖氨酸甲基转移酶set结构域包含1A 赖氨酸去甲基酶4A 预后
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组蛋白甲基化转移酶SETD4对鼻咽癌细胞增殖和迁移的影响 被引量:1
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作者 封慕茵 郑阿秀 +4 位作者 白建荣 曾玉梅 罗泊涛 申志华 揭伟 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期259-268,共10页
目的:明确组蛋白甲基化转移酶含SET结构域蛋白4 (SET-domain-containing protein 4, SETD4)在临床鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma, NPC)组织中的表达,分析SETD4对NPC细胞增殖和迁移的影响。方法:采用免疫组织化学法检测86例临床NPC标... 目的:明确组蛋白甲基化转移酶含SET结构域蛋白4 (SET-domain-containing protein 4, SETD4)在临床鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma, NPC)组织中的表达,分析SETD4对NPC细胞增殖和迁移的影响。方法:采用免疫组织化学法检测86例临床NPC标本与对照组30例鼻咽黏膜慢性炎症(nasopharyngeal chronic inflammation,NPI)组织中SETD4蛋白的表达;基于CRISPR/Cas9技术敲除CNE2细胞中SETD4基因,DNA测序结合半定量RTPCR进行鉴定;以SETD4敲除前后的CNE2细胞为研究对象,于倒置显微镜下观察细胞形态,采用CCK-8实验分析细胞增殖活性、Transwell实验观察细胞迁移能力变化、Western blot检测增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen, PCNA)、细胞周期相关蛋白、上皮-间充质转化标志物和组蛋白赖氨酸甲基化的变化,并通过生物信息学富集SETD4相关联的功能和信号通路。结果:SETD4蛋白主要定位于NPC细胞核中,NPC组织中SETD4阳性表达率显著低于NPI对照组(P<0.01)。基于CRISPR/Cas9技术成功敲除了CNE2细胞的SETD4基因,获得基因敲除的纯合子细胞。与野生型(wild-type, WT)细胞株相比,SETD4敲除(knockout, KO)细胞株呈现更明显的梭形和多角形,增殖活性和迁移能力均显著增加(P<0.01),E-cadherin和p21蛋白表达显著下调(P<0.05),而cyclin D1、cyclin E1、Ncadherin和vimentin蛋白表达则显著上调(P<0.05)。此外,与WT组相比,SETD4KO组细胞中H3K4me2、H3K4me3、H3K9me1、H3K27me3、H3K79me2和H4K20me2水平显著降低(P<0.05)。基因集富集结果显示,SETD4与细胞周期的功能和信号通路相关。结论:临床NPC组织中SETD4蛋白的表达减弱或缺失;SETD4表达减弱通过上调细胞周期相关蛋白促进NPC细胞增殖,通过诱导上皮-间充质转化而促进细胞迁移;SETD4影响NPC细胞中H3K4、H3K9、H3K27、H3K79和H4K20多个位点的甲基化。 展开更多
关键词 鼻咽癌 组蛋白甲基转移酶 set结构域蛋白4 细胞增殖 细胞迁移 基因集富集
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A new level set model for cell image segmentation 被引量:4
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作者 马竟锋 侯凯 +1 位作者 包尚联 陈纯 《Chinese Physics B》 SCIE EI CAS CSCD 2011年第2期568-574,共7页
In this paper we first determine three phases of cell images: background, cytoplasm and nucleolus according to the general physical characteristics of cell images, and then develop a variational model, based on these... In this paper we first determine three phases of cell images: background, cytoplasm and nucleolus according to the general physical characteristics of cell images, and then develop a variational model, based on these characteristics, to segment nucleolus and cytoplasm from their relatively complicated backgrounds. In the meantime, the preprocessing obtained information of cell images using the OTSU algorithm is used to initialize the level set function in the model, which can speed up the segmentation and present satisfactory results in cell image processing. 展开更多
关键词 cell image segmentation 3-phase level set OTSU algorithm
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Effect of ^(211)At treating pollen and stigma on generative cells and seed setting of rice
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作者 JinJian-Nan ChenFang 《Nuclear Science and Techniques》 SCIE CAS CSCD 1998年第3期173-175,共3页
1IntroductionTraditionalγrayisstilusedasamainmutagenicsourcefortheradiationinducedmutationresearchinplants.I... 1IntroductionTraditionalγrayisstilusedasamainmutagenicsourcefortheradiationinducedmutationresearchinplants.Inthemeantime,t... 展开更多
关键词 稻谷 种子 细胞 211At 处理
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Fuzzy Set Identification of Bone Marrow Cells
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作者 Wang Reikang Nuttall Kern L. Fenn JoAnn P. Wittwer Carl T. (School of Medicine, University of Utah, USA) 《Advances in Manufacturing》 SCIE CAS 1999年第1期70-73,共4页
Using rubricytes and lymphocytes as examples,this paper presents a fuzzy set theory and method to identify human bone marrow hematopoiesis system cells (BMCs).On the basis of the Cauchy’s distribution function,this p... Using rubricytes and lymphocytes as examples,this paper presents a fuzzy set theory and method to identify human bone marrow hematopoiesis system cells (BMCs).On the basis of the Cauchy’s distribution function,this paper sets up a series of membership function formulae of the BMC feature fuzzy subsets,general identification formulae of fuzzy sets for the BMCs,as well as identification formulae of fuzzy sets for rubricytes and lymphocytes.These formulae will assist with the quantitation of unknown cells compared to standard cells. 展开更多
关键词 cell feature cell IDENTIFICATION FUZZY set
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PCNA在子宫内膜癌组织中的表达及临床意义
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作者 郑春兰 王文文 +5 位作者 何政霞 张婵丽 唐智华 王艳 马骞 郭红军 《河南医学研究》 CAS 2024年第4期577-582,共6页
目的探讨增殖细胞核抗原(PCNA)基因在子宫内膜癌(UCEC)组织中的表达及与临床病理特征及潜在的生物学功能的关系。方法通过肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库获取PCNA mRNA在UCEC中的表达数据及相关病理参数。收集2020年1月至2022年12月通过术... 目的探讨增殖细胞核抗原(PCNA)基因在子宫内膜癌(UCEC)组织中的表达及与临床病理特征及潜在的生物学功能的关系。方法通过肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库获取PCNA mRNA在UCEC中的表达数据及相关病理参数。收集2020年1月至2022年12月通过术后病理确诊的UCEC组织标本20例和正常内膜组织标本20例。免疫组化技术检测PCNA蛋白在上述组织中的表达。采用单因素Cox回归、多因素Cox回归分析PCNA基因在UCEC患者中的预后价值。利用TIMER数据库分析PCNA基因与免疫细胞浸润的关系。利用基因集富集分析(GSEA)预测PCNA表达的相关通路。利用STRING在线分析以PCNA为中心相关蛋白之间的相互作用。结果PCNA基因mRNA和编码蛋白在UCEC组织中表达水平上调(P<0.001),且具有诊断价值。免疫组化染色显示,PCNA蛋白在UCEC细胞核中高表达。Cox回归分析结果显示年龄、临床分期、主要治疗结果、病理分级、残留组织、组织学分级、肿瘤侵袭度、放射治疗可作为UCEC潜在的预后因素。PCNA表达水平与免疫浸润细胞的丰度相关。GSEA预测结果显示PCNA高表达富集于细胞周期、同源重组、DNA修复等通路。结论PCNA基因可能是UCEC潜在的诊断和预后标志物。 展开更多
关键词 增殖细胞核抗原 子宫内膜癌 基因集富集分析 免疫细胞浸润
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干扰SET8调节血管平滑肌细胞增殖、凋亡促进血管钙化 被引量:3
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作者 张东雪 李同妙 +1 位作者 高少辉 张胜雷 《中国动脉硬化杂志》 CAS 2018年第1期41-45,共5页
背景与目的 血管平滑肌细胞(VSMC)凋亡在许多血管钙化疾病的病理过程中起关键作用。近期研究表明,赖氨酸甲基转移酶SET8参与调节细胞增殖、凋亡过程。文章旨在探寻SET8是否通过调节VSMC增殖、凋亡而影响血管钙化。 方法 体外培养原代... 背景与目的 血管平滑肌细胞(VSMC)凋亡在许多血管钙化疾病的病理过程中起关键作用。近期研究表明,赖氨酸甲基转移酶SET8参与调节细胞增殖、凋亡过程。文章旨在探寻SET8是否通过调节VSMC增殖、凋亡而影响血管钙化。 方法 体外培养原代大鼠VSMC,将VSMC随机分为正常对照组、空质粒组和SET8-shRNA组。以脂质体LipofectamineTM2000为载体,转染VSMC。采用茜素红染色法和钙含量测定法判断细胞钙化程度;采用MTT法检测三组细胞的增殖能力;实时荧光定量PCR、Western blot法检测三组细胞中增殖基因Survivin和凋亡基因Caspase-3的表达水平,分析干扰SET8对VSMC增殖、凋亡及其相关基因和蛋白表达的影响。 结果 ①干扰SET8可成功抑制VSMC中SET8蛋白的表达(P〈0.05)。②转染VSMC后,与正常对照组和空质粒组比较,SET8-shRNA组钙含量明显升高(P〈0.05)。③MTT结果显示,在第12 h、24 h、36 h、48 h,SET8-shRNA组VSMC的增殖能力较正常对照组和空质粒组明显降低(P〈0.05)。④实时荧光定量PCR和Western blot结果显示SET8-shRNA组Survivin的mRNA和蛋白表达较正常对照组和空质粒组明显下降,而Caspase-3的mRNA和蛋白表达则相反(P〈0.05)。 结论 干扰SET8能够增加促凋亡基因表达,抑制增殖基因表达,SET8有可能参与调节大鼠血管钙化。 展开更多
关键词 血管平滑肌细胞 赖氨酸甲基转移酶set8 细胞增殖 细胞凋亡 RNA干扰 血管钙化
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量化肿瘤浸润免疫细胞的分析方法研究进展
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作者 王建平 霍子天 +1 位作者 秦钧 白明泽 《生命科学研究》 CAS 2024年第2期143-151,共9页
免疫细胞一直被认为是维持机体平衡的重要调节因子,对肿瘤浸润免疫细胞进行量化分析有望揭示免疫系统在肿瘤中的多方面作用。本文总结了量化肿瘤浸润免疫细胞的计算方法及相关的分析工具,包括基于标志基因富集分析方法和反卷积分析方法... 免疫细胞一直被认为是维持机体平衡的重要调节因子,对肿瘤浸润免疫细胞进行量化分析有望揭示免疫系统在肿瘤中的多方面作用。本文总结了量化肿瘤浸润免疫细胞的计算方法及相关的分析工具,包括基于标志基因富集分析方法和反卷积分析方法开发的算法模型与工具,列举了它们在揭示疾病发病机制以及药物治疗反应、确定肿瘤潜在生物标志物、辨别肿瘤免疫分型中的应用,提出了它们当前存在的局限性,并针对这些局限性问题进行了分析和展望,以促进该领域的发展。 展开更多
关键词 肿瘤 肿瘤浸润免疫细胞(TIC) 基因集富集分析(GSEA) 反卷积
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沉默SET基因对急性早幼粒白血病NB4-R1细胞的作用 被引量:5
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作者 王嫄 张梅 +3 位作者 贺鹏程 齐珺 刘雁峰 朱华超 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期41-45,共5页
目的:探讨沉默SET基因对耐维甲酸急性早幼粒白血病NB4-R1细胞生物学特性的影响。方法:将含SET基因特异shRNA干扰序列的慢病毒载体pGCSIL,与其他包装质粒在293T细胞中包装成具有感染性的慢病毒质颗粒。收集并浓缩慢病毒,转染体外培养的NB... 目的:探讨沉默SET基因对耐维甲酸急性早幼粒白血病NB4-R1细胞生物学特性的影响。方法:将含SET基因特异shRNA干扰序列的慢病毒载体pGCSIL,与其他包装质粒在293T细胞中包装成具有感染性的慢病毒质颗粒。收集并浓缩慢病毒,转染体外培养的NB4-R1细胞并建立稳定转染的细胞株。用荧光实时定量PCR和蛋白凝胶电泳Western blot验证转染后SET基因在NB4-R1细胞中的干扰效率,并检测沉默SET基因对蛋白磷酸酶PP2A表达的影响。用流式细胞术分析沉默SET基因前后NB4-R1细胞周期的变化。结果:与对照组相比,实验组SET基因的表达被有效抑制,PP2A表达增高。沉默SET基因导致NB4-R1细胞G_0/G_1期明显增加,S期细胞比例明显减少,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论:利用慢病毒靶向干扰SET基因的表达可以使PP2A表达增高,并扰乱NB4-R1细胞的增殖周期。本研究为进一步研究SET相关的急性早幼粒细胞白血病临床靶向治疗奠定实验基础。 展开更多
关键词 set基因 NB4-R1细胞 急性早幼粒细胞白血病
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SET-NUP214融合基因在急性T淋巴细胞白血病患者中的表达及临床意义 被引量:6
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作者 戴海萍 王谦 +7 位作者 吴丽丽 平娜娜 吴春晓 解珺丹 潘金兰 薛永权 吴德沛 陈苏宁 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期1047-1051,共5页
本研究旨在探讨SET-NUP214融合基因在急性T淋巴细胞白血病(T-ALL)中的表达,分析伴有SET-NUP214的T-ALL的临床及分子生物学特征。运用RT-PCR检测58例T-ALL患者骨髓标本中SET-NUP214的表达,以间期荧光原位杂交(FISH)及微阵列比较基因组杂... 本研究旨在探讨SET-NUP214融合基因在急性T淋巴细胞白血病(T-ALL)中的表达,分析伴有SET-NUP214的T-ALL的临床及分子生物学特征。运用RT-PCR检测58例T-ALL患者骨髓标本中SET-NUP214的表达,以间期荧光原位杂交(FISH)及微阵列比较基因组杂交(Array-CGH)检测9q34缺失,基因测序法检测PHF6和NOTCH1基因突变。结果表明,仅在6例T-ALL患者中检测到SET-NUP214融合基因的表达。除T系抗原标记外,这些患者均表达髓系抗原CD13和(或)CD33,其中4例患者经FISH检测到9q34缺失,3例患者经Array-CGH检测到del(9)(q34.11q34.33)。6例SET-NUP214阳性的T-ALL患者中有4例检测到PHF6基因突变,5例检测到NOTCH1基因突变。结论:SET-NUP214融合基因多由染色体9q34的缺失所致,SET-NUP214阳性的T-ALL常伴有PHF6及NOTCH1基因突变。 展开更多
关键词 set-NUP214融合基因 急性T淋巴细胞白血病 白血病
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SET蛋白对精原细胞株GC-1spg增殖和凋亡的影响 被引量:1
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作者 朱倩 徐文丹 +5 位作者 张蓓 许波群 高超 高莉 刘嘉茵 崔毓桂 《生殖医学杂志》 CAS 2016年第5期449-454,共6页
目的探讨SET蛋白对精原细胞株GC-1spg增殖和凋亡的影响。方法使用含10%胎牛血清的DMEM高糖培养基在37℃、5%CO2条件下培养GC-1spg细胞,分对照组(转染无关序列腺病毒)和实验组[转染SET干涉腺病毒(AdH1-siRNA/SET)];GC-1spg接种于96孔板或... 目的探讨SET蛋白对精原细胞株GC-1spg增殖和凋亡的影响。方法使用含10%胎牛血清的DMEM高糖培养基在37℃、5%CO2条件下培养GC-1spg细胞,分对照组(转染无关序列腺病毒)和实验组[转染SET干涉腺病毒(AdH1-siRNA/SET)];GC-1spg接种于96孔板或者6孔板,转染腺病毒48h、72h后收集细胞,免疫荧光和共聚焦激光扫描显微镜检测SET蛋白在GC-1spg细胞中的表达与定位;提取细胞总蛋白,Western Blot检测转染前后SET蛋白的表达;细胞计数试剂盒-8(CCK8)和5-溴脱氧尿嘧啶核苷(BrdU)标记法检测细胞的数目和增殖情况;流式细胞仪检测细胞凋亡的变化。结果 SET蛋白表达于GC-1spg细胞的胞核和胞浆中,且胞浆分布多于胞核;转染SET干涉腺病毒后,干涉组GC-1spg细胞中的SET蛋白相对表达量为(0.217±0.044)显著低于对照组的(0.629±0.170)(P<0.05),同时GC-1spg细胞的数目减少,增殖减慢,且细胞凋亡率显著增加[干涉组(21.663±1.287)%,对照组(8.813±0.671)%](P均<0.01)。结论SET蛋白在精原细胞GC-1spg胞核和胞浆中均有表达,且胞浆分布多于胞核;GC-1spg细胞中SET蛋白表达降低,能够抑制细胞增殖、促进细胞凋亡,提示SET蛋白可能参与调节精子发生的过程。 展开更多
关键词 set蛋白 精子发生 精原细胞 细胞增殖 细胞凋亡
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牙髓和牙周韧带间充质干细胞成骨能力差异分析研究
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作者 李欢 苗博 +1 位作者 韩智慧 张保荣 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1102-1107,1115,共7页
目的探究牙髓间充质干细胞(dental pulp stem cells,DPSCs)和牙周韧带间充质干细胞(periodontal ligament stem cells,PDLSCs)在成骨能力上的差异机制。方法培养人牙髓干细胞和牙周干细胞(分为DPSCs组和PDLSCs组),比较两种干细胞诱导成... 目的探究牙髓间充质干细胞(dental pulp stem cells,DPSCs)和牙周韧带间充质干细胞(periodontal ligament stem cells,PDLSCs)在成骨能力上的差异机制。方法培养人牙髓干细胞和牙周干细胞(分为DPSCs组和PDLSCs组),比较两种干细胞诱导成骨分化能力的差异,通过实时荧光定量PCR检测成骨分化过程中关键转录因子的转录表达差异。同时,从GEO官网下载牙组织单细胞测序数据(GSE161267_RAW),通过比较干细胞亚群占比差异、调控成骨分化基因表达差异及生物学功能富集等揭示两种组织干细胞成骨分化功能差异的原因。结果成骨诱导分化结果显示,DPSCs组茜素红着色较PDLSCs组更深,运用RT-PCR检测成骨分化关键转录因子骨钙素(osteocalcin,OC)、Runt相关转录因子2(runt-related transcription factor 2,RunX2)、碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,ALP)、破骨细胞抑制因子(osteoprotegerin,OPG)和骨形态发生蛋白-2(bone morphogenetic protein-2,BMP-2)。结果显示,与PDLSCs组相比,DPSCs组Osteocalin、ALP、RunX2、OPG和BMP-2基因转录水平显著升高(**P<0.01,*P<0.05)。单细胞测序数据分析结果显示,牙周和牙髓组织中干细胞构成比例不同,其中牙周组织中MSC2和MSC3亚群占比多,牙髓组织中MSC1亚群占比多;MSC1中调控成骨分化基因表达显著高于MSC2和MSC3。差异基因生物学功能富集结果显示,MSC1亚群主要表现为成骨分化及参与成骨分化的信号通路。结论DPSCs较PDLSCs有更高的成骨分化功能,是由于DPSCs中成骨分化功能强大的细胞亚群含量高于PDLSCs。 展开更多
关键词 间充质干细胞 成骨诱导分化 碱性磷酸酶 单细胞测序 基因富集分析
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细胞外基质相关基因预后模型在脑胶质瘤中预测预后能力分析
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作者 贾牧原 刘羽阳 +7 位作者 胡文涛 陈俊燚 张洪俊 龚欢欢 吴剑慧 任博文 刘嘉霖 陈凌 《国际神经病学神经外科学杂志》 2024年第2期35-47,共13页
目的构建细胞外基质(ECM)相关基因预后模型,评价其预测胶质瘤患者预后的能力,探索基于该模型的胶质瘤免疫微环境特征。方法基于肿瘤基因组图谱(TCGA)和基因型-组织表达(GTEx)数据库中胶质瘤以及正常脑组织数据,筛选获得差异基因(DEGs);... 目的构建细胞外基质(ECM)相关基因预后模型,评价其预测胶质瘤患者预后的能力,探索基于该模型的胶质瘤免疫微环境特征。方法基于肿瘤基因组图谱(TCGA)和基因型-组织表达(GTEx)数据库中胶质瘤以及正常脑组织数据,筛选获得差异基因(DEGs);基于基因本体论(GO)数据库获取ECM相关基因,基于单因素Cox回归分析获取胶质瘤预后基因。将上述三部分取交集获得重叠候选基因,再经由Lasso分析获取最佳的4基因预后模型,并于TCGA以及中国脑胶质瘤图谱数据库(CGGA)中胶质瘤队列中进行生存分析和Cox回归分析。基于4基因预后模型以及TCGA患者预后数据构建预后列线图,并在CGGA胶质瘤队列中进行验证。最后,基于富集分析、免疫检查点分析以及免疫浸润分析探索4基因预后模型相关的免疫微环境特征。结果22个重叠候选基因经由Lasso分析后获得最佳4基因预后模型,该模型的风险评分能够较好地预测TCGA以及CGGA胶质瘤患者的预后,并且是危险因素。细胞系验证实验中提示U251细胞系(人源胶质瘤细胞)最佳4基因表达均高于HA1800(人源星形胶质细胞),符合TCGA以及CGGA数据库分析结果。基于4基因预后模型构建的预后列线图同样具有较好地预测患者预后的能力。高风险组患者肿瘤组织内具有较高水平的M2型巨噬细胞浸润且免疫检查点相关分子(PD-L1,B7-H3,CTLA4,PD1,TIM3以及LAG3)高于低风险组。结论ECM相关基因模型以及预后列线图均能够较好地预测胶质瘤患者的预后,高风险组患者具有抑制性免疫微环境特征,免疫检查点抑制剂可能是该类患者的潜在治疗方式。 展开更多
关键词 细胞外基质 胶质瘤 基因富集分析 免疫细胞浸润 预后
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基于GEO数据库的慢性自发性荨麻疹基因集富集及免疫细胞浸润分析
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作者 韩露 周扬 +3 位作者 万月 管宁 方如男 李建红 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1405-1410,I0001,共7页
目的:基于基因表达数据库(GEO)对慢性自发性荨麻疹(CSU)表达谱芯片数据筛选差异表达基因并进行基因集富集分析(GSEA)和免疫细胞浸润分析,深入了解CSU的发病机制。方法:从GEO数据库中获取GSE72541芯片数据,利用R软件获取差异表达基因并... 目的:基于基因表达数据库(GEO)对慢性自发性荨麻疹(CSU)表达谱芯片数据筛选差异表达基因并进行基因集富集分析(GSEA)和免疫细胞浸润分析,深入了解CSU的发病机制。方法:从GEO数据库中获取GSE72541芯片数据,利用R软件获取差异表达基因并构建蛋白质相互作用(PPI)网络;利用GSEA软件进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;利用ssGSEA方法对表达谱进行免疫细胞浸润分析。结果:与血小板活化及其功能密切相关的基因在CSU血清中上调,与Th1细胞趋化相关的基因在CSU血清中下调;与凝血级联反应、血管通透性的调节、免疫及炎症反应以及神经精神的调控等方面相关的生物过程及信号通路在CSU组上调;免疫细胞浸润分析显示活化的B细胞、未成熟B细胞、滤泡辅助性T细胞以及Th2细胞在CSU组显著下调。结论:血小板活化、凝血级联反应与Th1/Th2免疫细胞失衡在CSU的发病中有重要意义。 展开更多
关键词 慢性自发性荨麻疹 基因集富集分析 免疫细胞浸润 凝血级联反应 自身免疫 TH1/TH2细胞
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基于Level Set方法的木材细胞显微图像分割
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作者 管雪梅 孙丽萍 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期55-56,60,共3页
为解决木材细胞纤维图像分割中的某些图像分割不连续的现象,引入了基于形变模型(DeformableModels)的水平集(LevelSet)方法对木材细胞图像进行分割,并用Matlab实现了基于该形变模型的窄带(NarrowBand)快速算法。对针叶材和阔叶材的显微... 为解决木材细胞纤维图像分割中的某些图像分割不连续的现象,引入了基于形变模型(DeformableModels)的水平集(LevelSet)方法对木材细胞图像进行分割,并用Matlab实现了基于该形变模型的窄带(NarrowBand)快速算法。对针叶材和阔叶材的显微图片进行仿真试验表明,该方法适合于对具有分支、突触以及拓扑结构变化的木材细胞图像进行快速精确分割,不但具有全局优化的能力,而且可以检测出模糊或离散状边界,对噪声也有一定的鲁棒性。 展开更多
关键词 水平集 图像分割 木材细胞 显微图像 窄带方法
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稳定干扰SET肝细胞株的生物学鉴定
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作者 周丽 李杰 +2 位作者 黄遂 杨细飞 刘建军 《癌变.畸变.突变》 CAS CSCD 2012年第3期209-212,共4页
目的:对稳定干扰SET(patient SE translocation)的肝细胞株进行生物学性状鉴定,为研究SET蛋白在肝细胞中的作用奠定基础。方法:培养人肝L-02细胞、慢病毒载体介导的稳定干扰(siRNA)SET L-02肝细胞及psiRNAc L-02肝细胞(空载体转染细胞)... 目的:对稳定干扰SET(patient SE translocation)的肝细胞株进行生物学性状鉴定,为研究SET蛋白在肝细胞中的作用奠定基础。方法:培养人肝L-02细胞、慢病毒载体介导的稳定干扰(siRNA)SET L-02肝细胞及psiRNAc L-02肝细胞(空载体转染细胞),于倒置显微镜下观察细胞形态,利用MTT吸光度与细胞数目间关系绘制生长曲线,采用染色体畸变试验观察染色体有无结构异常,软琼脂克隆实验检测细胞的恶性转化。结果:与正常肝细胞比较,稳定干扰SET肝细胞及psiRNAc肝细胞的生长形态无明显变化,3组细胞的生长曲线趋于一致。染色体畸变分析表明SET基因沉默的人肝L-02细胞染色体结构与数目未发生明显改变。软琼脂克隆实验表明SET基因沉默的人肝L-02细胞未发生恶性转化。结论:SET siRNA的导入未引起细胞生物学特征的改变,遗传性状保持稳定,说明所构建的SE7基因沉默的人肝L-02细胞模型是稳定的,为后续的研究提供了工具细胞。 展开更多
关键词 三氯乙烯 稳定干扰set肝细胞 生物学性状 细胞增殖
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基于集对分析和证据理论的铝电解槽健康状态评估
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作者 姬凤武 高黎航 +2 位作者 李学文 康聪波 孔晔 《轻金属》 2024年第8期27-34,共8页
为及时准确地评估铝电解槽的健康状态,提出一种基于集对分析和证据理论的铝电解槽健康状态评估方法。首先建立电解槽健康状态评估指标体系。然后运用模糊层次分析法和熵权法分别确定各指标的主客观权重,运用博弈论和变权理论确定各指标... 为及时准确地评估铝电解槽的健康状态,提出一种基于集对分析和证据理论的铝电解槽健康状态评估方法。首先建立电解槽健康状态评估指标体系。然后运用模糊层次分析法和熵权法分别确定各指标的主客观权重,运用博弈论和变权理论确定各指标的组合权重与变权重。之后运用集对分析法确定各指标与各状态等级之间的联系度,采用证据理论对各指标的联系度进行合成。最后利用最大隶属度原则与信度准则共同判定电解槽的健康状态等级。 展开更多
关键词 铝电解槽 状态评估 变权 集对分析 证据理论
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三氯乙烯致L-02细胞毒性中SET蛋白介导的组蛋白泛素化及类泛素化修饰鉴定 被引量:2
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作者 杨思霞 李深盼 +3 位作者 任晓虎 陈效 刘云岗 刘建军 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS 北大核心 2022年第7期502-508,共7页
目的探讨SET蛋白在三氯乙烯(TCE)致肝细胞毒性中表观遗传效应的作用。方法以TCE8.0 mmol·L^(-1)分别处理L-02细胞和SET稳定低表达的L-02细胞(SET-siRNA细胞)24 h,酸法提取组蛋白后通过乙酸尿素-SDS-PAGE胶双向分离,经胶内酶解后,... 目的探讨SET蛋白在三氯乙烯(TCE)致肝细胞毒性中表观遗传效应的作用。方法以TCE8.0 mmol·L^(-1)分别处理L-02细胞和SET稳定低表达的L-02细胞(SET-siRNA细胞)24 h,酸法提取组蛋白后通过乙酸尿素-SDS-PAGE胶双向分离,经胶内酶解后,用液相色谱-电喷雾串联质谱定性和定量分析组蛋白泛素化及类泛素化水平。结果TCE处理的L-02细胞共鉴定出31个组蛋白赖氨酸泛素化修饰位点,32个赖氨酸类泛素化位点,其中15个泛素化位点和17个类泛素化位点与TCE致肝细胞毒性相关。经TCE处理后,L-02细胞有7个位点泛素化水平降低,8个位点泛素化水平升高;14个位点类泛素化水平降低,3个位点类泛素化水平升高。经TCE处理的SET-siRNA细胞中,SET介导了组蛋白H1和组蛋白H2B的10个位点泛素化修饰改变,同时还介导了组蛋白H2B中9个类泛素化修饰位点改变。结论TCE致L-02细胞毒性中,SET介导改变了组蛋白泛素化及类泛素化水平。 展开更多
关键词 三氯乙烯 L-02细胞 肝毒性 set蛋白 泛素化 类泛素化
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贫数据条件下燃料电池汽车故障分类方法
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作者 聂振宇 李良雨 +2 位作者 张广秀 陈帅 张晓辉 《汽车文摘》 2024年第6期39-44,共6页
燃料电池汽车是未来汽车工业可持续发展的重要方向,但现存燃料电池整车相关的测试评价标准尚未对燃料电池汽车存在的故障类型及其分类进行深入研究,缺乏统一故障分级分类方案。为改善该问题,提出一套完善的燃料电池汽车故障模式的分级... 燃料电池汽车是未来汽车工业可持续发展的重要方向,但现存燃料电池整车相关的测试评价标准尚未对燃料电池汽车存在的故障类型及其分类进行深入研究,缺乏统一故障分级分类方案。为改善该问题,提出一套完善的燃料电池汽车故障模式的分级分类评价指标以统一相关故障等级,重点研究在缺乏数据条件下的燃料电池汽车故障分类方法。基于因子分析法和模糊集理论,提出一种针对燃料电池汽车在贫数据条件下的故障模式分类评价方法,为燃料电池汽车故障等级的分类提供指导意见。 展开更多
关键词 燃料电池汽车 贫数据 故障分类 模糊集理论 因子分析法
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