全基因组关联分析鉴定绿壳色素含量拷贝数变异

为鉴定影响蛋壳色素含量的基因组拷贝数变异,试验以长顺绿壳蛋鸡为研究对象,依据蛋壳表型设置2个试验组:B2 vs B1和B3 vs B1,通过CGH芯片全基因组检测筛选和Ac⁃cuCopyTM多重基因拷贝数检测验证,在全基因组范围内进行鉴定,选择其中12个注释功能基因开展关联验证。结果显示:两个试验组分别检测到绿壳表型差异关联区域22个和24个;腺苷酸环化酶10(ADCY10)基因拷贝数变异与原卟啉色素含量呈极显著负相关(R=-0.424,P=0.001),与胆绿素色素含量呈显著正相关(R=0.299,P=0.018)。研究提示,ADCY10基因可能是影响蛋壳中不同色素含量的关键基因之一。

瑶山鸡与长顺绿壳蛋鸡鸡蛋营养成分比较研究

【目的】探究相同饲养管理条件下贵州瑶山鸡与长顺绿壳蛋鸡鸡蛋营养成分的差异。【方法】随机抽取43周龄瑶山鸡与长顺绿壳蛋鸡的鸡蛋各60枚,测定其常规营养成分、微量元素、脂肪酸与氨基酸的含量;对2个品种鸡蛋各营养成分进行比较,并采用氨基酸比值系数法对其营养价值进行评价。【结果】长顺绿壳蛋鸡鸡蛋中的微量元素铁和硒显著高于瑶山鸡(P<0.05);长顺绿壳蛋鸡鸡蛋中不饱和脂肪酸的含量显著高于瑶山鸡(P<0.05);长顺绿壳蛋鸡鸡蛋鲜味氨基酸中的脯氨酸显著高于瑶山鸡而丙氨酸含量显著低于瑶山鸡(P<0.05);2个品种鸡蛋各必需氨基酸含量均高于WHO/FAO推荐值,氨基酸比值系数分别高达86.04、86.36。【结论】瑶山鸡和长顺绿壳蛋鸡鸡蛋的营养价值均较高,但长顺绿壳蛋鸡鸡蛋的营养价值要优于瑶山鸡。

长顺绿壳蛋鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析

为更好地对长顺绿壳蛋鸡进行品种保护和利用,并从母系遗传角度深入阐明长顺绿壳蛋鸡的群体遗传背景,利用PCR直接测序法,测定了114只长顺绿壳蛋鸡的线粒体DNA(mt DNA)D-loop第1高变区568 bp片段序列。结果表明:在所分析的长顺绿壳蛋鸡mt DNA D-loop区序列中,A、C、G、T平均比例为27.1%、29.5%、13.4%、30.0%;共检测到核苷酸变异位点37个,核苷酸多样度为0.0111,24种单倍型,单倍型多样度为0.845,表明长顺绿壳蛋鸡遗传多样性较丰富,具有较好的选育潜力。聚类分析结果表明,长顺绿壳蛋鸡与红原鸡亲缘关系较近。

OC-116基因第1外显子多态性对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响

为探讨OC-116基因第1外显子多态性对鸡蛋壳品质的影响,试验以长顺绿壳蛋鸡为材料,采用PCR产物直接测序法对OC-116基因第1外显子区域进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,利用一般线性模型分析多态位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的遗传效应。结果显示,在OC-116基因第1外显子共检测到2个中度多态且完全连锁的SNP位点,分别为g.45667632 T>C和g.45667671 G>A,均产生3种基因型。通过卡方(χ2)检验发现,2个SNPs基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),共存在2种单倍型和3种双倍型。基因型CC、AA和双倍型H2H2在蛋质量上显著高于基因型TT、GG和双倍型H1H1(P<0.05),基因型TT、GG和双倍型H1H1在蛋形指数上显著高于基因型CT、AG和双倍型H1H2(P<0.05),基因型CT、AG和双倍型H1H2在蛋壳强度上显著高于基因型TT、GG和双倍型H1H1(P<0.05)。综上,基因型CC、AA和双倍型H2H2是改善蛋壳品质的有利基因型和双倍型,揭示g.45667632 T>C位点和g.45667671 G>A位点可作为蛋壳性状选择的标记性位点。

贵州地方鸡IL8RB基因多态性及其对肉品质的影响

为了挖掘IL8RB基因的单核苷酸多态性(SNP)位点,以长顺绿壳蛋鸡、黔画乌鸡和威宁鸡为材料,采用PCR产物直接测序法对IL8RB基因进行SNP筛查,对突变前后序列进行生物信息学分析.结果表明:在3个鸡群体IL8RB基因中共检测到2个错义突变位点,g.22589443 C>T突变共产生3种基因型,为中度多态,引起亮氨酸变成丝氨酸;g.22589512 C>T突变共产生2种基因型,为低度多态,引起苏氨酸变成甲硫氨酸.卡方(χ^2)检测结果表明:g.22589443 C>T位点在长顺绿壳蛋鸡群体的基因型分布极显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.01),在黔画乌鸡和威宁鸡群体基因型分布显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05);g.22589512 C>T突变位点在3个鸡群体基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05).连锁不平衡分析结果显示:3个鸡群体IL8RB基因2个SNP位点间不存在强连锁不平衡;2个SNP位点联合共产生3种单倍型和4种双倍型,单倍型H1和双倍型H1H1出现的频率最高,单倍型H3和双倍型H2H2出现的频率最低.生物信息学分析表明:3种单倍型自由能为:TC>CC>CT,稳定性为:CT>CC>TC;2个SNP位点引起氨基酸变化但未引起蛋白质二级结构和三级结构变化.IL8RB基因变异与黔画乌鸡肉品质关联性分析发现,双倍型H1H1个体的肉色指标显著高于H1H3个体(P<0.05),其他各SNP位点及双倍型在各指标之间的差异未达到显著水平(P>0.05).所检测到的这2个SNP位点或许可作为改善鸡肉品质遗传标记,为今后深入研究提供数据参考和理论支持.

两种贵州地方鸡线粒体DNA控制区全序列分析

采用PCR和直接测序的方法测定兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列,分析比较两者mtDNA D-loop序列3个区的变异。结果表明,兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列长分别为1 231和1 230 bp,其中兴义矮脚鸡mtDNA控制区的碱基摩尔分数分别为A 26.92%、T33.41%、G 13.39%、C 26.29%,长顺绿壳蛋鸡的分别是A 27.13%、T 33.58%、G 13.20%、C 26.09%。t检验显示两种贵州地方鸡种间线粒体DNA控制区碱基A与C的含量差异显著,说明A与C之间的颠换较多。兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡的遗传距离是0.038 6,根据分子钟计算,二者大约在193万年前分歧进化。

长顺绿壳蛋鸡体尺体重、产蛋量、蛋壳色素测定及相关性分析

为研究长顺绿壳蛋鸡种质特性,对长顺绿壳蛋鸡的体尺体重、产蛋量和蛋壳色素进行测定和分析。结果表明:长顺绿壳蛋鸡5个月产蛋量与龙骨长呈极显著负相关(P<0.01),与其他体尺指标间相关不显著(P>0.05);体重与体斜长、胸角、胸深、龙骨长、胫围等相关极显著(P<0.01);蛋壳中胆绿素色素含量与原卟啉色素含量呈极显著负相关(P<0.01),与其它体重体尺指标相关均不显著(P>0.05)。研究结果为长顺绿壳蛋鸡的品种选育提供了理论依据。

百宜黑鸡与长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列分析

采用PCR和直接测序的方法测定百宜黑鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列,并分析mtDNA D-loop序列3个区的变异。结果表明,百宜黑鸡和长顺绿壳蛋鸡mtDNA控制区全序列长度分别为1 231 bp、1 230 bp,2种贵州地方鸡之间,mtDNA D-loop序列Ⅰ区序列变异率为4.43%,变异速率最快,其他两区的变异率分别为:Ⅱ区0.64%,Ⅲ区1.56%。百宜黑鸡mtDNA控制区的碱基含量分别为A 27.10%、T 33.63%、G 13.12%、C 26.16%,长顺绿壳蛋鸡的碱基含量分别是A 27.13%、T 33.58%、G 13.20%、C 26.09%。百宜黑鸡和长顺绿壳蛋鸡的遗传距离是0.036 2,根据分子钟计算,二者大约在181万a前分歧进化。

利用微卫星标记分析长顺绿壳蛋鸡的遗传多样性

利用8对微卫星引物对长顺绿壳蛋鸡遗传多样性进行检测。结果表明,该群体的平均有效等位基因数为3.585 6个,平均多态信息含量为0.659 7,平均期望杂合度为0.713 1,平均基因杂合度为0.710 2,表明长顺绿壳蛋鸡群体遗传变异较大,遗传多样性较为丰富。研究结果为长顺绿壳蛋鸡品种资源合理保护与开发利用提供了科学依据。

日粮蛋白水平对长顺绿壳蛋鸡产蛋性能的影响

为了研究日粮中不同蛋白水平对长顺绿壳蛋鸡产蛋性能的影响,选取健康无病、体重相近的长顺绿壳蛋鸡450只随机分为3组,每组150只,分为CP14%、CP15%、CP16%3个试验组进行试验研究。结果表明:(1)蛋鸡生产性能:试验全程CP16%组产蛋率均高于其他2组,在26 w达到最大值65.46%;试验后期,3组产蛋率均缓慢下降并趋于同一水平,但CP16%组下降速度较慢,说明粗蛋白水平对产蛋率呈正相关。(2)鸡蛋品质:各组蛋形指数均在标准值范围内,且3组之间差异不显著(P>0.05);蛋壳平均厚度均在0.33 mm以上,蛋壳质量良好,且随着粗蛋白质水平的增加而增厚。(3)鸡蛋营养含量:各组鸡蛋中灰分、蛋白质及赖、蛋、精、色、苏5种氨基酸含量随着蛋白水平的增加而增加,但赖、蛋、精、色、苏5种氨基酸相差不大;胆固醇和脂肪含量的变化未表现出一定规律性。

70周龄长顺绿壳蛋鸡HO-1基因在不同组织中表达差异研究

为研究HO-1基因在70周龄长顺绿壳蛋鸡不同组织中的表达差异,选取70周龄长顺绿壳蛋鸡9只(每种基因型3只),采集每只鸡的大脑、肝脏、肾脏、卵巢、输卵管和子宫组织,提取其总RNA进行反转录,利用实时荧光定量PCR方法检测样品中HO-1基因的表达水平,比较同一组织不同基因型及同一基因型不同组织间HO1基因mRNA的表达差异。结果表明,在同一组织不同基因型及同一基因型不同组织间HO-1基因的表达存在差异;其中HO-1基因在肝脏中表达量最高,且3种基因型间肝脏表达量存在极显著差异(P<0.01);白壳蛋鸡子宫中HO-1基因表达量极显著高于其他两种(P<0.01),纯合绿壳蛋鸡与杂合绿壳蛋鸡无显著差异(P>0.05)。

长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR结构域的多态性对蛋壳品质的影响

为了探究贵州特产长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR结构域的多态性对蛋壳品质的影响,采用在线引物设计软件Primer Premier 3.0设计1对引物,扩增ITPR1基因RYDR-ITPR结构域,利用双向直接测序和序列比对法挖掘单核苷酸多态性(SNP)位点,应用SPSS 18.0软件分析SNP位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响。结果显示,在ITPR1基因第17~19内含子区共发现3个SNP位点,分别为位于18内含子上的g.18853584 G>T、g.18853600 A>G突变位点和19外显子上的g.18853848 C>T突变位点;3个SNP位点均为中度多态,均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),共检测到4种单倍型和7种双倍型。关联分析结果显示,位于19外显子上的g.18853848 C>T突变对蛋壳厚度有显著影响,TT、CC基因型显著高于TC基因型(P<0.05);双倍型H3H3的蛋壳厚度和蛋壳强度测定值最高。综上,长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR结构域中g.18853848 C>T突变可能是影响蛋壳厚度的标记位点,双倍型H3H3可能是蛋壳厚度和蛋壳强度的有利双倍型。

长顺绿壳蛋鸡OC–116基因变异对蛋壳品质的影响

以长顺绿壳蛋鸡为试验对象,采用PCR产物直接测序法,对OC-116基因g.45670562—g.45670994和g.45669431—g.45670163区域进行单核苷酸多态性筛查;运用一般线性模型,分析多态位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的遗传效应。结果显示:OC-116基因存在4个SNP位点,分别为位于第2外显子上的g.45668081 G>T、第3外显子上的g.45669143 T>C、第3内含子上的g.45669061 A>G和g.45669101 T>A,g.45668081 G>T和g.45669143 T>C为同义突变,4个SNP位点均表现为中度多态;卡方(χ2)检验表明,4个SNP位点的基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);关联性分析结果表明,g.45669061 A>G位点的AA和AG基因型的蛋壳厚度显著高于GG基因型的(P<0.05),g.45669143 T>C位点的TT和CT基因型的蛋壳强度和蛋壳厚度显著高于CC基因型的(P<0.05),揭示g.45669061 A>G和g.45669143 T>C位点可作为蛋壳性状选择的标记性位点。

长顺绿壳蛋鸡SLC8A1基因多态性及其对蛋壳品质的影响

【目的】探究溶质载体家族8成员A1(solute carrier family 8 member A1,SLC8A1)基因多态性对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响,为今后改善蛋壳品质提供参考。【方法】根据GenBank数据库中鸡SLC8A1基因序列(登录号:NC_052534.1),使用Primer Premier 3.0软件设计引物进行PCR扩增,采用直接测序法筛选SLC8A1基因SNP位点,并利用SPSS 22.0软件检测SNP位点不同基因型蛋壳指标的差异。【结果】在SLC8A1基因外显子11上共发现3个新的SNPs:g.16085681 T>C、g.16085766 C>T和g.16085781 T>C,共存在3种单倍型:H1(TCT)、H2(CTC)、H3(TTC),以及6种双倍型:H1H1(TTCCTT)、H1H2(TCTCTC)、H1H3(TTTCTC)、H2H2(CCTTCC)、H2H3(CTTTCC)、H3H3(TTTTCC)。χ~2检验结果显示,3个SNPs位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),均表现为中度多态。关联性分析结果显示,g.16085681 T>C位点TC基因型个体蛋壳强度显著高于TT基因型(P<0.05),g.16085681 T>C位点和单倍型H2(C_(16085681)T_(16085766)C_(16085781))对SLC8A1基因mRNA二级结构产生明显的影响;g.16085766 C>T位点CC基因型个体蛋形指数显著高于TT基因型(P<0.05);双倍型H1H1、H1H3个体蛋形指数显著高于H2H3,H2H3个体蛋壳强度和蛋壳厚度均显著高于H1H3,H1H2、H2H2个体蛋重均显著高于H3H3(P<0.05)。【结论】g.16085681 T>C位点可作为影响蛋壳强度的标记位点,g.16085766 C>T位点可作为影响蛋形指数的标记位点,双倍型H2H3可能是蛋壳强度和蛋壳厚度的有利双倍型。

OCX-32基因表达载体构建及其对鸡子宫上皮细胞Ca^(2+)浓度和脂质指标的影响

为探究卵黄蛋白原-32(ovocalyxin-32,OCX-32)基因过表达与鸡子宫上皮细胞Ca^(2+)含量和脂质指标之间的关联性,本研究采用Ⅳ型胶原酶法分离培养长顺绿壳蛋鸡子宫上皮细胞,构建pcDNA3.1(+)+OCX-32+Flag表达载体并转染子宫上皮细胞,测定OCX-32基因过表达量、Ca^(2+)浓度和脂质指标并进行相关性分析。结果显示,试验组的总胆固醇(TCHO)浓度显著高于对照组(P<0.05),对照组的Ca^(2+)浓度显著高于试验组(P<0.05)。OCX-32基因过表达量与Ca^(2+)浓度呈显著负相关关系(P<0.05),与甘油三酯(TG)浓度呈显著正相关关系(P<0.05),与TCHO浓度呈极显著负相关关系(P<0.01),TCHO浓度与TG浓度呈极显著负相关关系(P<0.01),研究结果揭示了OCX-32基因过表达能够调控鸡子宫上皮细胞的Ca^(2+)含量和脂质的合成转运,为深入阐释鸡子宫上皮细胞中脂质和钙分泌的调控机制提供试验基础和数据支持。

长顺绿壳蛋鸡绿壳基因SLCO1B3多态性分析

为了筛选出产绿壳蛋的纯合子基因型鸡群。本试验采用双重PCR方法检测长顺绿壳蛋鸡群体中EAV-HP在SLCO1B3基因中的插入频率,结果显示,该群体中包含3种基因型:N/N、LC/N和LC/LC,其基因型频率分别为5.23%、52.33%和42.44%;LC基因频率为68.60%,绿壳蛋频率达到94.77%。该插入位点在长顺绿壳蛋鸡群体中处于Hardy-Weinberg不平衡状态(p<0.01)。表明长顺绿壳蛋鸡群体拥有大量EAV-HP插入整合的个体,其基因纯合度较高,是优良的地方品种资源。

长顺绿壳蛋鸡绿壳基因的扩增与鉴定

长顺绿壳蛋鸡是贵州特有的一个地方品种,为了更好地保护和利用该品种,有必要对长顺绿壳蛋鸡进行提纯。本试验随机抽取735只长顺绿壳蛋鸡作为研究对象,以绿壳基因(oocyan,O)作为候选基因,设计3条特异性引物,利用多重PCR技术对长顺绿壳蛋鸡进行纯合基因型的筛选。结果显示,在试验群体中,显性纯合基因型个体为172,隐形纯合基因型个体为69,其余的基因型个体为杂合子(494)。对该基因位点进行遗传特性分析,发现该位点属中度多态,且该位点在本群体中未达到Hardy-Weinberg平衡状态,这可能跟本群体经过了一定的选育有关。群体杂合基因型偏高,占67.21%,杂合子会在后代出现性状分离,所以有必要提高群体纯合绿壳基因频率和纯合基因型频率,从而提高群体绿壳蛋率,增加经济效益。

长顺绿壳蛋鸡SFRP5基因外显子1的SNPs鉴定及其与常规肌肉品质的关联性分析

分泌型卷曲相关蛋白-5(SFRP5)对畜禽脂质代谢起着至关重要的调控作用。为了探讨鸡SFRP5基因SNPs与肌肉品质的相关性,采用PCR产物直接测序法检测SFRP5基因外显子1的SNPs位点,分析其对长顺绿壳蛋鸡胸肌肌肉品质的影响。结果显示:在SFRP5基因外显子1的CDS区中发现3个SNP沉默突变位点:g.23251706 C>T为低度多态位点,g.23251882 C>T和g.23252056 C>T为中度多态位点;3个位点的等位基因C和基因型CC均处于优势地位,且基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡状态。连锁不平衡分析表明:3个SNP位点之间不存在强连锁不平衡,发现4种单倍型和10种双倍型,单倍型H1和双倍型H1H1频率最高。关联性分析结果表明:g.23251706C>T位点对胸肌蒸煮损失的影响达到显著水平(P<0.05),TT基因型有利于降低蒸煮损失;g.23252056C>T位点则对失水率的影响达到显著水平(P<0.05),TT基因型有利于提高肌肉保水力;3个SNP位点联合组成的双倍型对胸肌的5个常规肉品质指标均有不同程度的影响。综合所有指标在双倍型之间的差异,双倍型H2H2是改善长顺绿壳蛋鸡肌肉品质最有利的双倍型,揭示在SFRP5基因外显子1中发现的3个SNP位点相互联合能显著影响肉质,可作为鸡肌肉品质选择的遗传标记。