Loop-mediated isothermal ampliifcation （LAMP） is a novel nucleic acid diagnostic method that can amplify rapidly a target template under isothermal conditions. In this study, a LAMP assay for rapid detection of Chin...Loop-mediated isothermal ampliifcation （LAMP） is a novel nucleic acid diagnostic method that can amplify rapidly a target template under isothermal conditions. In this study, a LAMP assay for rapid detection of Chinese giant salamander ranavirus（CGSRV） was developed from culture isolates and clinical samples. The LAMP assay was developed by designing one set of four speciifc primers, targeting the major capsid protein （MCP） gene of CGSRV. Reaction time and temperature were optimal for 40 min at 62°C. The developed LAMP assay is speciifc and highly sensitive for CGSRV detection, the detection limit could reach about 5 copies of cloned viral genomic fragments. The sensitivity of the LAMP assay was about 1000 and 10-fold higher than that of both conventional and nested PCR, respectively. The LAMP ampliifcation produces a typical ladder-like pattern of products on an agarose gel that can be visually inspected after addition of ethidium bromide. The LAMP assay was evaluated further with clinical samples, and the results indicated the suitability and simplicity of the test as a rapid diagnostic tool for the detection of CGSRV.展开更多
为了更好地了解大鲵在感染蛙病毒过程中的生理生化及抗病毒反应,通过十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)辅以密度分析,对大鲵正常血清和感染血清、正常黏液和感染黏液的蛋白图谱分别进行测试比较。结果显示:在正常血清(CS)、...为了更好地了解大鲵在感染蛙病毒过程中的生理生化及抗病毒反应,通过十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)辅以密度分析,对大鲵正常血清和感染血清、正常黏液和感染黏液的蛋白图谱分别进行测试比较。结果显示:在正常血清(CS)、包括自然感染血清(NS)和人工感染血清(AS)在内的感染血清中,蛋白带集中在60—80 k D,其含量超过血清蛋白总量的42%;正常血清在14—57 k D之间有16条蛋白带:57、53、50、43、40、38、36、31、27、26、25、22、16、15.5、15和14 k D,其中正常与感染血清(包括NS和AS)比较,有10条共有蛋白带:57、43、40、31、27、26、25、15.5、15和14 k D和4条差异蛋白带:53、33、22和16 k D。正常黏液(CM)和感染黏液(NM或AM)共有11条蛋白带:116、100、75、57、53、45、27、18、17、16和15 k D,但感染黏液多出7条蛋白带:90、52、43、32、26、20和13 k D。还有些蛋白带含量出现变化,如45 k D条带在CM中占总蛋白量的19.3%,而在AM中仅占总蛋白的3.8%。研究证实蛙病毒感染能导致大鲵黏液和血清蛋白图谱发生变化,也为深入探寻两栖类抗病毒相关的蛋白生物标记提供了有价值的信息。展开更多
为了进行大鲵蛙病毒(Chinese giant salamander ranavirus,CGSRV)的早期诊断,以US22家族基因作为靶基因,建立大鲵蛙病毒Taq Man MGB实时荧光定量PCR检测方法,同时对该方法进行特异性、敏感性、重复性评估,并对73份未知大鲵血液样品进行...为了进行大鲵蛙病毒(Chinese giant salamander ranavirus,CGSRV)的早期诊断,以US22家族基因作为靶基因,建立大鲵蛙病毒Taq Man MGB实时荧光定量PCR检测方法,同时对该方法进行特异性、敏感性、重复性评估,并对73份未知大鲵血液样品进行检测。结果显示,标准曲线在所选浓度范围内具有良好的线性关系,相关系数为0.997;该方法对大鲵蛙病毒的检测有高度特异性,与其他8种病毒或细菌之间均无交叉反应;灵敏性良好,能检测到2.00×101copies/L的标准品浓度,比普通PCR高1 000倍;批内和批间重复的变异系数均小于2%,重复性好;在73份未知样品检测中,Taq Man MGB实时荧光定量PCR能够检测到更低浓度的病毒,较常规PCR的敏感性更佳。鉴于该方法快速、特异、敏感、可重复、可定量的优点,对大鲵蛙病毒早期潜伏感染的快速诊断具有重要意义。展开更多
基金supported by the Sichuan Technology Support Planning (No. 2014 NZ0027)
文摘Loop-mediated isothermal ampliifcation （LAMP） is a novel nucleic acid diagnostic method that can amplify rapidly a target template under isothermal conditions. In this study, a LAMP assay for rapid detection of Chinese giant salamander ranavirus（CGSRV） was developed from culture isolates and clinical samples. The LAMP assay was developed by designing one set of four speciifc primers, targeting the major capsid protein （MCP） gene of CGSRV. Reaction time and temperature were optimal for 40 min at 62°C. The developed LAMP assay is speciifc and highly sensitive for CGSRV detection, the detection limit could reach about 5 copies of cloned viral genomic fragments. The sensitivity of the LAMP assay was about 1000 and 10-fold higher than that of both conventional and nested PCR, respectively. The LAMP ampliifcation produces a typical ladder-like pattern of products on an agarose gel that can be visually inspected after addition of ethidium bromide. The LAMP assay was evaluated further with clinical samples, and the results indicated the suitability and simplicity of the test as a rapid diagnostic tool for the detection of CGSRV.
文摘为了更好地了解大鲵在感染蛙病毒过程中的生理生化及抗病毒反应,通过十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)辅以密度分析,对大鲵正常血清和感染血清、正常黏液和感染黏液的蛋白图谱分别进行测试比较。结果显示:在正常血清(CS)、包括自然感染血清(NS)和人工感染血清(AS)在内的感染血清中,蛋白带集中在60—80 k D,其含量超过血清蛋白总量的42%;正常血清在14—57 k D之间有16条蛋白带:57、53、50、43、40、38、36、31、27、26、25、22、16、15.5、15和14 k D,其中正常与感染血清(包括NS和AS)比较,有10条共有蛋白带:57、43、40、31、27、26、25、15.5、15和14 k D和4条差异蛋白带:53、33、22和16 k D。正常黏液(CM)和感染黏液(NM或AM)共有11条蛋白带:116、100、75、57、53、45、27、18、17、16和15 k D,但感染黏液多出7条蛋白带:90、52、43、32、26、20和13 k D。还有些蛋白带含量出现变化,如45 k D条带在CM中占总蛋白量的19.3%,而在AM中仅占总蛋白的3.8%。研究证实蛙病毒感染能导致大鲵黏液和血清蛋白图谱发生变化,也为深入探寻两栖类抗病毒相关的蛋白生物标记提供了有价值的信息。
文摘为了进行大鲵蛙病毒(Chinese giant salamander ranavirus,CGSRV)的早期诊断,以US22家族基因作为靶基因,建立大鲵蛙病毒Taq Man MGB实时荧光定量PCR检测方法,同时对该方法进行特异性、敏感性、重复性评估,并对73份未知大鲵血液样品进行检测。结果显示,标准曲线在所选浓度范围内具有良好的线性关系,相关系数为0.997;该方法对大鲵蛙病毒的检测有高度特异性,与其他8种病毒或细菌之间均无交叉反应;灵敏性良好,能检测到2.00×101copies/L的标准品浓度,比普通PCR高1 000倍;批内和批间重复的变异系数均小于2%,重复性好;在73份未知样品检测中,Taq Man MGB实时荧光定量PCR能够检测到更低浓度的病毒,较常规PCR的敏感性更佳。鉴于该方法快速、特异、敏感、可重复、可定量的优点,对大鲵蛙病毒早期潜伏感染的快速诊断具有重要意义。
