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Genetic Diversity Analysis of Guangxi Donglan Black-bone Chicken 被引量:2
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作者 廖玉英 莫国东 +2 位作者 黄英飞 吴强 韦凤英 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2016年第1期136-140,共5页
[Objective] This study aimed to understand the genetic diversity and breed conservation effect, and to provide reference for future germplasm resources protection and breeding researches of Guangxi Donglan black-bone ... [Objective] This study aimed to understand the genetic diversity and breed conservation effect, and to provide reference for future germplasm resources protection and breeding researches of Guangxi Donglan black-bone chicken. [Method] The wing venous blood of Donglan Black-bone chicken(silky feather and contour feather) was collected, and the total DNA was extracted. The 18 microsatellite loci were amplified by PCR technology, and the obtained gene fragments were scanned. The number of alleles(Na), number of effective alleles(Ne), heterozygosity(H) and polymorphism information content(PIC) were determined using Pop Gen 32 biological software to do cluster analysis of Guangxi indigenous chicken breeds. [Result] The18 microsatellite loci of Donglan black-bone chicken were found to be highly polymorphic. A total of 98 alleles were detected out from 80 Donglan black-bone chicken samples. The averages of Na, Ne, PIC and H per locus were 5.44, 2.78, 0.5382 and 0.596 3, respectively. A total of 93 and 98 alleles were detected out from silky- and contour-feather Donglan black-bone chickens, respectively. The averages of Ne per locus were 2.62 and 2.76, of PIC per locus were 0.508 8 and 0.539 8,of H per locus were 0.624 7 and 0.599 1, respectively. The results of cluster analysis showed that there was greater genetic distance between Donglan black-bone chicken and any of other Guangxi indigenous chicken breeds, including three yellow chicken, Xiayan chicken and Nandan Yao chicken, which was consistent with the breed evolution, geographical distribution and breeding history of Donglan black-bone chicken. [Conclusion] There are greater genetic variation and abundant genetic diversity in the conserved population of Donglan black-bone chicken, suggesting abundant genetic diversity and great breeding potential of Donglan black-bone chicken. 展开更多
关键词 Donglan black-bone chicken Microsatellite marker ALLELE Genetic diversity Cluster analysis
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Effects of NPY Gene on Total Number of Eggs at 300 Days of Age in Donglan Black-bone Chicken 被引量:1
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作者 Yuying LIAO Junli SUN +3 位作者 Xinwang WEN Yingfei HUANG Bing ZHANG Fengying WEI 《Agricultural Biotechnology》 CAS 2015年第4期23-24,28,共3页
In this study, PCR-RFLP technique was employed to detect the genetic polymorphism of NPY gene and analyze the effects of various genotypes on the total number of eggs at 300 days of age in 135 Donglan black-bone chick... In this study, PCR-RFLP technique was employed to detect the genetic polymorphism of NPY gene and analyze the effects of various genotypes on the total number of eggs at 300 days of age in 135 Donglan black-bone chicken. According to the results, there were three genotypes (AA, AB and BB) of NPYgene in Donglan black-bone chicken group. Different genotypes exhibited significant effects (P 〈 0. 05 ) on the total number of eggs at 300 days of age. The total number of eggs at 300 days of age of AA genotype was significantly higher than that of BB genotype (P 〈 0. 05). Therefore, the polymorphic site of NPY gene could be used as a candidate molecular marker that affects egg laying in Donglan black-bone chicken. 展开更多
关键词 Donglan black-bone chicken NPY gene Total number of eggs at 300 days of age
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Effects of Chinese Herbal Medicine Feed Additives on Growth Performance and Dietary Nutrient Metabolism of Black-bone Chickens
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作者 Cui YANG Fulin WANG +7 位作者 Siqian WU Zhuyue WU Limei QIN Huofu WAN Zhengzhong XIAO Chunhua HUANG Jiahuang YANG Fengying WEI 《Asian Agricultural Research》 2022年第11期86-91,共6页
[Objectives]To study the effects of Chinese herbal medicine feed additives on the growth performance and dietary nutrient metabolic rate of black-one chickens.[Methods]480 pieces of 1-day-old Donglan Black-bone Chicke... [Objectives]To study the effects of Chinese herbal medicine feed additives on the growth performance and dietary nutrient metabolic rate of black-one chickens.[Methods]480 pieces of 1-day-old Donglan Black-bone Chickens were selected and divided into 4 groups,with 6 replicates in each group,with 20 pieces in each replicate.Among them,group A was the control group and was fed the basal diet;the groups B,C,and D were the experimental groups,which were separately supplemented with 0.25%,0.50%and 1.00%of Chinese herbal medicine additives in the basal diet,and the experimental period was 70 d.At the end of the feeding experiment,24 experimental chickens with similar body weight were selected from each group,and the same design of the feeding experiment was used to continue to feed the original diet for the metabolic experiment to determine the nutrient metabolic rate.[Results]Except the 50-70 d stage,the average daily gain(ADG)of group B in other stages was increased by 5.00%-9.15%(P<0.05),and the average body weight of group B at 70 d was also increased by 4.86%(P<0.05);the ADG of group C at 36-49,1-49 and 1-70 d and the average individual weight at 70 d were also higher than that of group A by 5.90%,2.66%,2.68%and 2.57%,respectively(P>0.05);at 36-49 d,the average daily feed intake(ADFI)of group A was higher than that of group B by 6.04%(P<0.01),and was also higher than that of groups C and D by 5.12%and 4.13%(P<0.05),respectively;at 1-49 d,the ADFI of group A was higher than that of group C by 2.86%(P<0.05),and there was no significant difference between the four groups of experimental chickens at each stage(P>0.05);at 22-35 and 1-70 d,the feed to gain ratio(F/G)of group B was 6.32%and 3.41%lower than that of group A(P<0.05),and at 36-49 and 1-49 d,the F/G of group B was even lower;at 36-49 d,the F/G of group C was 10.15%lower than that of group A(P<0.05),and at 1-49 d,it was also lower than that of group A by 5.29%(P<0.01);there was no significant difference between the two groups at other stages.In terms of nutrient metabolism:the three different amounts of this additive have increased the metabolic rate of DM,CP,CF,NFE,CA,Ca,P,TE and other nutrients in the diet to varying degrees,especially the addition of 0.25%and 0.50%had the significant increase.[Conclusions]The addition of 0.25%Chinese herbal medicine additives in the diet can significantly improve the growth performance and main nutrient metabolic rate of Donglan Black-bone Chickens. 展开更多
关键词 Donglan black-bone chickens Chinese herbal medicine additives Growth performance Nutrient metabolic rate Antioxidant effect
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赤水乌骨鸡ADSL基因的组织表达特征及其干扰载体构建
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作者 余欢 王成栋 +5 位作者 李辉 陈友波 石钰仕 赵德鹏 龙霞 谭启松 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期226-234,共9页
【目的】探究赤水乌骨鸡胸肌组织中腺苷琥珀酸裂解酶基因(ADSL)表达特征及其目的基因的干扰载体构建,为深入研究畜禽组织肌肉中肌苷酸(IMP)的表达规律及ADSL基因影响畜禽风味的机制提供理论参考。【方法】以不同月龄(3、4、5和6月龄)的... 【目的】探究赤水乌骨鸡胸肌组织中腺苷琥珀酸裂解酶基因(ADSL)表达特征及其目的基因的干扰载体构建,为深入研究畜禽组织肌肉中肌苷酸(IMP)的表达规律及ADSL基因影响畜禽风味的机制提供理论参考。【方法】以不同月龄(3、4、5和6月龄)的赤水乌骨鸡(公鸡和母鸡各半)为试验材料,运用实时荧光定量PCR检测不同月龄及不同性别赤水乌骨鸡胸肌组织中ADSL基因的表达情况;同时根据GenBank中鸡ADSL基因mRNA序列(NM_205529.2)设计4对短发夹RNA(shRNA)干扰序列(sh1-ADSL、sh2-ADSL、sh3-ADSL和sh4-ADSL)和1对阴性对照序列(sh-NC)与pGPH1/GFP/Neo载体连接后进行测序,将构建成功的ADSL基因干扰载体转染至成肌细胞,检测并筛选出干扰效率最高的干扰载体。【结果】ADSL基因在不同月龄赤水乌骨鸡胸肌组织中的相对表达量排序为5月龄>4月龄>6月龄>3月龄,赤水乌骨母鸡3月龄母鸡的ADSL基因相对表达量极显著高于公鸡(P<0.01,下同),4月龄母鸡ADSL基因的相对表达量显著高于公鸡(P<0.05),6月龄母鸡ADSL基因的相对表达量极显著低于公鸡;ADSL基因质粒的测序结果显示干扰质粒构建成功,质粒转染后干扰组及阴性对照均可见绿色荧光,空白对照不发光,说明各重组质粒成功转染赤水乌骨鸡成肌细胞;ADSL基因沉默结果显示,sh2-ADSL沉默效果最佳,干扰效率为90.30%。【结论】赤水乌骨鸡胸肌中ADSL基因的相对表达量随着月龄增加表现为先上升后下降的变化趋势;3、4和5月龄赤水乌骨母鸡ADSL基因的相对表达量高于公鸡,随着月龄增加ADSL基因的相对表达量增加,公鸡和母鸡间的差异减小。成功分离提取赤水乌骨鸡成肌细胞,并筛选出RNA干扰效果最佳载体sh2-ADSL,为后续研究ADSL基因调控鸡肉肌苷酸及风味的分子机制提供参考。 展开更多
关键词 赤水乌骨鸡 ADSL基因 组织表达 成肌细胞 干扰载体 肉质风味
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赤水乌骨鸡线粒体Cytb基因全序列遗传和起源分析
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作者 吴芸 李盼盼 +1 位作者 闫吉美 黄锡阳 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第8期1871-1875,共5页
【目的】探明赤水乌骨鸡品种群体的遗传多样性和起源进化特点,为赤水乌骨鸡的种质资源评估,遗传资源保护和利用提供理论依据。【方法】采用PCR扩增及测序技术对60只赤水乌骨鸡的Cytb基因进行全长序列研究,采用生物信息学方法进行遗传多... 【目的】探明赤水乌骨鸡品种群体的遗传多样性和起源进化特点,为赤水乌骨鸡的种质资源评估,遗传资源保护和利用提供理论依据。【方法】采用PCR扩增及测序技术对60只赤水乌骨鸡的Cytb基因进行全长序列研究,采用生物信息学方法进行遗传多样性及起源进化分析。【结果】赤水乌骨鸡Cytb基因序列全长为1143 bp,碱基T、C、A和G的平均占比分别是24.1%、36.4%、27.5%和12.0%。Cytb基因序列分析发现共有13个突变位点,均为颠换,单倍型多样性(Hd)为0.796,核苷酸多样性(Pi)是0.001 91,平均核苷酸差异(K)为2.180。单倍型网络图显示在赤水乌骨鸡Cytb基因序列的9种单倍型中Hap3和Hap2为优势单倍型。赤水乌骨鸡Cytb基因9种单倍型与红色原鸡5个亚种Cytb基因序列构建的系统发育树表明Hap1与GGS12聚为一类,Hap2与GGM1聚为一类,Hap6、Hap7和Hap3聚在一起,与GGM3形成一个小分支,Hap8和Hap9与GGS3、GGS4和GGM2聚在一起形成一个分支,Hap4和Hap5则是自成一支。【结论】赤水乌骨鸡群体遗传多样性较高,可能起源于原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)和原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)。 展开更多
关键词 赤水乌骨鸡 MTDNA CYTB基因 遗传多样性
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紫玉米花青素对产蛋后期淘汰赤水乌骨鸡生长性能、血浆生化指标和肉品质的影响
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作者 覃继肖 周迪 +7 位作者 李辉 李佳轩 王旭 许一清 谢双龙 陈睿 卢琦 田兴舟 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期1652-1664,共13页
本试验旨在研究紫玉米花青素对产蛋后期淘汰赤水乌骨鸡生长性能、血浆生化指标及肉品质的影响。采用单因素完全随机试验设计,将360只体况良好、体重相近的88周龄赤水乌骨鸡随机分为4组,每组6个重复,每个重复15只鸡。对照组饲喂基础饲粮... 本试验旨在研究紫玉米花青素对产蛋后期淘汰赤水乌骨鸡生长性能、血浆生化指标及肉品质的影响。采用单因素完全随机试验设计,将360只体况良好、体重相近的88周龄赤水乌骨鸡随机分为4组,每组6个重复,每个重复15只鸡。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中分别添加120、240和360 mg/kg的紫玉米花青素,试验持续74 d,其中预试期14 d,正试期60 d。结果显示:与对照组相比,1)饲粮中添加240 mg/kg紫玉米花青素可显著提高平均净增重和平均日增重(P<0.05),显著降低料重比(P<0.05);2)饲粮中添加120、240或360 mg/kg紫玉米花青素均可显著降低第60天血浆总胆红素和肌酐含量(P<0.05),显著降低肌肉失水率(P<0.05);3)饲粮中添加240或360 mg/kg紫玉米花青素可显著提高肌肉中各氨基酸、鲜味氨基酸和必需氨基酸的含量(P<0.05);4)饲粮中添加120、240或360 mg/kg紫玉米花青素均可显著提高肌肉中C16∶1、C18∶1n9t、C20∶2n6、C22∶0、C20∶3n6、C20∶4n6、C22∶5n3和C22∶6n3的含量(P<0.05)。由此可见,饲粮中添加紫玉米花青素可提高产蛋后期淘汰赤水乌骨鸡的生长性能和饲料转化效率,降低肌肉失水率,上调肌肉鲜味氨基酸、必需氨基酸和不饱和脂肪酸的含量,改善鸡肉品质。综合来看,本试验条件下,紫玉米花青素添加量为240 mg/kg时效果最佳。 展开更多
关键词 紫玉米花青素 淘汰赤水乌骨鸡 生长性能 血浆生化指标 肉品质
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基于转录组学和蛋白组学的鸡蛋绿壳性状形成分子机制研究
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作者 石钰仕 肖涛 +5 位作者 陈有波 余欢 赵德鹏 龙霞 谭启松 李辉 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期638-649,共12页
【目的】挖掘参与绿壳蛋形成的潜在调控基因和蛋白,为开展赤水乌骨鸡品种选育及揭示家禽蛋壳颜色形成分子机制提供理论依据。【方法】以280日龄的绿壳纯系赤水乌骨鸡为研究对象,分别采集产深绿(SL)和白壳(BK)鸡蛋的母鸡蛋壳腺组织样品,... 【目的】挖掘参与绿壳蛋形成的潜在调控基因和蛋白,为开展赤水乌骨鸡品种选育及揭示家禽蛋壳颜色形成分子机制提供理论依据。【方法】以280日龄的绿壳纯系赤水乌骨鸡为研究对象,分别采集产深绿(SL)和白壳(BK)鸡蛋的母鸡蛋壳腺组织样品,通过转录组测序和TMT定量蛋白组学技术分别筛选出差异表达基因(DEGs)和差异表达蛋白(DEPs),并对转录组学和蛋白组学进行联合分析,筛选出调控绿壳鸡蛋颜色深浅的候选基因和候选蛋白。【结果】经转录组测序,从SL组与BK组间共筛选出82个DEGs,其中46个DEGs呈上调表达、36个DEGs呈下调表达;有4个DEGs与蛋壳色素的合成及沉积相关,分别是SLC22A4、SPP1、FAM26E和HSP5基因,且均为上调表达的DEGs;KEGG信号通路分析结果显示,DEGs显著富集的信号通路有α-亚麻酸代谢和花生四烯酸代谢等。通过TMT定量蛋白组学分析,共鉴定获得167个DEPs,其中104个DEPs呈上调表达、63个DEPs呈下调表达;KEGG信号通路富集分析发现,DEPs主要富集于甘油磷脂代谢、半胱氨酸和蛋氨酸代谢及醚脂质代谢等信号通路。转录组学和蛋白组学的联合分析结果表明,转录组与蛋白组无共同注释的GO功能条目,而82个DEGs和167个DEPs富集到19条KEGG信号通路上,其中甘油磷脂代谢和醚脂类代谢2条信号通路在转录组与蛋白组中均有出现。【结论】SLC22A4、SPP1、FAM26E和HSP5基因及FAM102A、FAM107B和SLCO1B1蛋白可能参与蛋壳色素的合成、转运和沉积,尤其是SLC家族发挥着重要作用,故推测这些基因和蛋白是影响赤水乌骨鸡蛋绿壳形成的候选基因和候选蛋白,且富集到的甘油磷脂代谢和醚脂类代谢可能是调节鸡蛋绿壳形成的关键信号通路。 展开更多
关键词 赤水乌骨鸡 胆绿素 绿壳性状 转录组学 蛋白组学
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鸡腺苷琥珀酸裂解酶互作蛋白的筛选及其功能分析
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作者 余欢 李辉 +4 位作者 陈友波 石钰仕 赵德鹏 龙霞 谭启松 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期515-526,共12页
通过探究鸡腺苷琥珀酸裂解酶(adenylosuccinate lyase)基因ADSL与其互作基因的调控关系,为进一步研究ADSL在肌肉中高表达的原因和ADSL影响肌肉风味的机制提供参考。本研究构建了鸡(gallus)ADSL基因的重组真核表达载体pEGFP-C1-ADSL,将pE... 通过探究鸡腺苷琥珀酸裂解酶(adenylosuccinate lyase)基因ADSL与其互作基因的调控关系,为进一步研究ADSL在肌肉中高表达的原因和ADSL影响肌肉风味的机制提供参考。本研究构建了鸡(gallus)ADSL基因的重组真核表达载体pEGFP-C1-ADSL,将pEGFP-C1-ADSL和pEGFP-C1质粒分别转染鸡成肌细胞,提取表达成功的细胞总蛋白,利用免疫共沉淀(co-immunoprecipitation,Co-IP)联合质谱分析鉴定与鸡ADSL蛋白互作的细胞蛋白,并对结果进行GO功能注释、KEGG通路和蛋白互作网络分析。通过分析筛选出RPL4、PDLIM5、ACTG1和SRSF10蛋白,检测在ADSL基因过表达和沉默状态下,RPL 4、PDLIM 5、ACTG 1和SRSF 10基因在成肌细胞中的表达情况。结果表明,与ADSL互作的蛋白共94个;生物信息学分析表明,这些蛋白定位于细胞结构体、胞内和含蛋白质的复合物上,它们主要参与细胞进程、生物调节和刺激反应等生物进程。间接免疫荧光结果显示,重组蛋白pEGFP-C1-ADSL主要定位于细胞核和细胞质。ADSL过表达时,成肌细胞内RPL 4基因和PDLIM 5基因的表达下调,ACTG 1和SRSF 10基因的表达上调;当ADSL被沉默后,成肌细胞内RPL 4和ACTG 1基因的表达上调。研究结果丰富了调控风味的ADSL蛋白,为进一步了解ADSL的功能及该基因在肌肉中高表达提供了参考。 展开更多
关键词 腺苷琥珀酸裂解酶 赤水乌骨鸡 免疫共沉淀 互作蛋白
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赤水乌骨鸡SLCO1B3基因SNPs鉴定及与蛋品质的关联性分析
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作者 叶涛 李辉 +3 位作者 罗韦 肖涛 余欢 陈友波 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2023年第2期25-31,共7页
为了探究赤水乌骨鸡SLCO1B3基因外显子上的遗传变异位点对蛋壳颜色、蛋品质指标的影响,对300只赤水乌骨鸡SLCO1B3基因的功能突变位点EAV-HP进行基因分型,筛选出109只绿壳纯合基因型(SL/SL)的母鸡。通过直接测序方法鉴定纯合子基因型(SL/... 为了探究赤水乌骨鸡SLCO1B3基因外显子上的遗传变异位点对蛋壳颜色、蛋品质指标的影响,对300只赤水乌骨鸡SLCO1B3基因的功能突变位点EAV-HP进行基因分型,筛选出109只绿壳纯合基因型(SL/SL)的母鸡。通过直接测序方法鉴定纯合子基因型(SL/SL)个体的SLCO1B3基因外显子上存在的SNPs,并构建这些SNPs的双倍型,再与蛋品质指标进行相关性分析。结果表明:在赤水乌骨鸡SLCO1B3基因外显子上共检测到3个SNPs,第5外显子上的g.65235858G>A位点为非同义突变,突变后mRNA二级结构发生改变;关联性分析表明,赤水乌骨鸡SLCO1B3基因的这3个SNPs构建的双倍型对蛋壳颜色ΔL*值、蛋壳颜色Δb*值、蛋形指数有显著影响(P<0.05)。结果表明,SLCO1B3基因的遗传变异与蛋壳颜色、蛋形指数存在显著相关。 展开更多
关键词 赤水乌骨鸡 SLCO1B3 SNPS
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赤水乌骨鸡PITX1基因克隆、生物信息学及组织表达分析
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作者 吴芸 欧正淼 +2 位作者 李秋玉 陈粉粉 闫吉美 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期3896-3905,共10页
【目的】克隆赤水乌骨鸡成对样同源结构域转录因子1(paired-like homeodomain transcription factor 1,PITX1)基因并进行生物信息学分析,检测PITX 1基因在赤水乌骨鸡不同组织中的表达水平,为探究PITX 1基因在鸡肌肉生长发育中的生物学... 【目的】克隆赤水乌骨鸡成对样同源结构域转录因子1(paired-like homeodomain transcription factor 1,PITX1)基因并进行生物信息学分析,检测PITX 1基因在赤水乌骨鸡不同组织中的表达水平,为探究PITX 1基因在鸡肌肉生长发育中的生物学功能提供材料。【方法】以赤水乌骨鸡胸肌组织cDNA为模板,克隆PITX 1基因CDS区序列并测序,利用在线软件对所获序列进行比对及生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR检测PITX 1基因在赤水乌骨鸡心脏、肝脏、脾脏、肾脏、肺脏、胸肌和腿肌组织中的表达量。【结果】赤水乌骨鸡PITX 1基因CDS区长909 bp,存在5处同义突变,编码302个氨基酸。赤水乌骨鸡PITX 1基因氨基酸序列与原鸡、绿头鸭、日本鹌鹑、兔、小鼠的相似性分别为100%、99.7%、99.0%、85.0%和84.4%,与人、牛和野猪的相似性均为85.7%。系统进化树分析表明,赤水乌骨鸡和原鸡的亲缘关系最近,与人的亲缘关系最远。赤水乌骨鸡PITX1蛋白属于亲水性蛋白,无跨膜结构和信号肽,有47个潜在磷酸化位点、1个N-糖基化修饰位点和15个O-糖基化修饰位点,主要分布在细胞核中。PITX1蛋白二级结构由无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角组成,三级结构预测结果与其一致。蛋白互作分析结果显示,PITX1蛋白可能与BARX1、NKX2-8、POU1F1、EGR1、NR5A1、CTNNB1、TBX5和TBX4蛋白存在相互作用。实时荧光定量PCR结果显示,PITX 1基因在赤水乌骨鸡各组织中均有表达,其中在肺脏中的表达量最高,其次是肝脏和腿肌,在胸肌中的表达量最低。【结论】赤水乌骨鸡PITX 1基因CDS区长909 bp,编码302个氨基酸,为亲水性蛋白,主要分布在细胞核中。PITX 1基因在赤水乌骨鸡各组织中均有表达,且在肺脏中表达量最高。试验结果为进一步研究鸡PITX 1基因功能提供参考。 展开更多
关键词 赤水乌骨鸡 PITX 1基因 生物信息学 表达
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基于转录组测序筛选鸡蛋绿壳性状相关基因 被引量:1
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作者 肖涛 李辉 +6 位作者 罗韦 叶涛 余欢 陈友波 石钰仕 赵德鹏 吴芸 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1594-1605,共12页
【背景】绿壳蛋深受消费者喜爱,蛋壳绿色的深浅在市场上是影响绿壳蛋定价销售的重要参考指标。绿壳蛋的形成受多基因共同调控,蛋壳绿色深浅不一,其分子机理尚不清楚。通过对赤水乌骨鸡蛋壳腺组织进行转录组测序,挖掘其调控绿壳蛋蛋壳颜... 【背景】绿壳蛋深受消费者喜爱,蛋壳绿色的深浅在市场上是影响绿壳蛋定价销售的重要参考指标。绿壳蛋的形成受多基因共同调控,蛋壳绿色深浅不一,其分子机理尚不清楚。通过对赤水乌骨鸡蛋壳腺组织进行转录组测序,挖掘其调控绿壳蛋蛋壳颜色深浅的候选基因以及关键信号通路,探究影响蛋壳颜色遗传性,以期发展绿壳蛋的选种选育和提高经济效益。【目的】探讨赤水乌骨鸡的遗传基础,并通过SLCO1B3基因分型对其进行鉴定和筛选,以期通过分子标记在青壳鸡育种规划中提供新的见解,并在后期的选择策略中帮助控制和提高赤水乌骨鸡蛋壳品质的同质性。【方法】以纯系的280日龄赤水乌骨鸡为研究对象,屠宰产浅绿色蛋(QL)和深绿色蛋(SL)的母鸡各3只,采集蛋壳腺以RNA-seq技术检测分析,筛选与蛋壳颜色密切相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对这些DEGs进行GO和KEGG富集分析。利用qRT-PCR技术检测与蛋壳颜色相关的6个候选基因的转录水平变化以验证转录组数据可靠性。【结果】在深绿组与浅绿组中共筛选到93个显著DEGs,有59个基因在深绿组中显著上调,34个显著下调。DEGs注释到GO数据库进行比对,主要显著性富集的是钠离子转运、负离子结合、肌质网膜等。KEGG分析富集程度最显著的是醛固酮调节钠的重吸收,以及富集的矿物质吸收、亚油酸的新陈代谢等信号通路。通过qRT-PCR验证,结果显示这些基因的表达趋势与转录组的测序结果一致。【结论】经功能分析,TF基因、SCNN1家族基因、CYP450家族基因、SLC家族基因和FAM家族基因,以及醛固酮调节钠的重吸收信号通路参与蛋壳色素合成、转运和沉积。上述基因和信号通路可能是影响赤水乌骨鸡蛋壳绿色深浅不一的候选基因和关键信号通路。 展开更多
关键词 转录组测序 赤水乌骨鸡 绿壳蛋 蛋壳颜色 QRT-PCR
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鸡OATP1B3互作蛋白筛选及其相关基因的转录表达分析 被引量:1
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作者 陈友波 叶涛 +5 位作者 余欢 石钰仕 赵德鹏 龙霞 谭启松 李辉 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期3683-3696,共14页
【目的】筛选鉴定鸡有机阴离子转运多肽1B3(OATP1B3)的互作蛋白,并探究其对鸡蛋绿壳颜色形成的影响,为提高绿壳蛋鸡群体选育准确性提供参考依据。【方法】以真核表达载体p EGFP-SLCO1B3和空载体pEGFP-C1分别转染绿壳型赤水乌骨母鸡蛋壳... 【目的】筛选鉴定鸡有机阴离子转运多肽1B3(OATP1B3)的互作蛋白,并探究其对鸡蛋绿壳颜色形成的影响,为提高绿壳蛋鸡群体选育准确性提供参考依据。【方法】以真核表达载体p EGFP-SLCO1B3和空载体pEGFP-C1分别转染绿壳型赤水乌骨母鸡蛋壳腺上皮细胞,通过免疫共沉淀(Co-IP)结合液相色谱与串联质谱联用技术(LC-MS/MS)筛选鸡OATP1B3互作蛋白,经GO功能注释分析、KEGG信号通路富集分析及蛋白相互作用网络分析鉴定出与鸡蛋绿壳性状形成相关的OATP1B3互作蛋白。同时,通过构建SLCO1B3基因沉默及过表达载体分别转染蛋壳腺上皮细胞,检测SLCO1B3基因过表达或沉默时部分OATP1B3互作蛋白基因(FXR1、CTTN、RPL12和RPS17)在蛋壳腺上皮细胞中的表达情况,并根据鸡蛋壳颜色分为白壳、浅绿和深绿3种类型,分析蛋壳颜色△a*值与FXR1、CTTN、RPL12和RPS17基因表达的相关性。【结果】共筛选鉴定出37个与鸡OATP1B3相互作用的蛋白,其中FXR1、CTTN、RPL12和RPS17与鸡蛋的绿壳性状有密切关系。SLCO1B3基因过表达能极显著下调蛋壳腺上皮细胞内FXR1基因的表达(P<0.01,下同),显著上调RPL12基因表达(P<0.05,下同),极显著上调RPS17基因表达;当SLCO1B3基因沉默后,蛋壳腺上皮细胞内FXR1和CTTN基因的表达极显著上调,而RPL12基因的表达显著下调。白壳类型赤水乌骨母鸡下丘脑中的FXR1基因相对表达量极显著高于绿壳类型赤水乌骨母鸡,肝脏中的RPL12和RPS17基因相对表达量极显著或显著高于绿壳类型赤水乌骨母鸡;此外,FXR1基因在下丘脑中的相对表达量与蛋壳颜色△a*值极显著正相关,RPL12基因在蛋壳腺和肝脏中的相对表达量与蛋壳颜色△a*值极显著正相关。【结论】筛选鉴定出的37个鸡OATP1B3互作蛋白主要定位于细胞质和细胞核,具有蛋白结合能力及结构分子活性,主要参与细胞过程、生物调节和能量代谢。在鸡壳腺上皮细胞内SLCO1B3基因与FXR1、CTTN、RPL12和RPS17基因间存在调控关系,其中,FXR1和RPL12基因在鸡蛋绿壳性状的形成过程中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 赤水乌骨鸡 有机阴离子转运多肽1B3(OATP1B3) SLCO1B3基因 互作蛋白 表达调控
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赤水乌骨鸡CHRDL1基因多态性与肤色性状的关联分析 被引量:1
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作者 张小玉 李辉 +6 位作者 叶涛 余欢 肖涛 罗韦 陈友波 石钰仕 赵德鹏 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1529-1538,共10页
【目的】分析赤水乌骨鸡腱蛋白样蛋白1基因(CHRDL1)多态性与肤色性状的关联性,筛选出CHRDL1基因调控赤水乌骨鸡肤色的关键SNP位点,为揭示乌骨鸡黑色素沉积调控机理及推进赤水乌骨鸡肤色性状改良提供理论依据。【方法】以赤水乌骨鸡为研... 【目的】分析赤水乌骨鸡腱蛋白样蛋白1基因(CHRDL1)多态性与肤色性状的关联性,筛选出CHRDL1基因调控赤水乌骨鸡肤色的关键SNP位点,为揭示乌骨鸡黑色素沉积调控机理及推进赤水乌骨鸡肤色性状改良提供理论依据。【方法】以赤水乌骨鸡为研究对象,通过测定赤水乌骨鸡CHRDL1基因外显子序列筛选出SNP位点,采用Prot-Param、TargetP、PSORT II、NetPhos 2.0、TMHMM、SMART及STRING等在线软件进行生物信息学分析,并对CHRDL1基因多态性与赤水乌骨鸡肤色性状进行关联分析。【结果】在赤水乌骨鸡CHRDL1基因第2、4和5外显子上发现3个SNPs位点,分别是g.2752T→C(无义突变)、g.8459G→T(Ser→ILe)和g.27148T→C(无义突变),属于中度多态性(0.25<PIC≤0.50),均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P_(HWE)>0.05),g.8459G→T和g.27148T→C位点表现出弱连锁不平衡。赤水乌骨鸡CHRDL1蛋白理论等电点(pI)为8.17,属于疏水性不稳定蛋白,具有磷酸化位点和糖基化位点;主要定位于细胞外(占44.4%)、细胞核(占22.2%)和线粒体(占22.2%);不存在跨膜结构,但有3个保守的血管性血友病C型重复序列(VWC结构域);跨膜结构、功能结构域及其互作蛋白在突变前后均无变化。关联分析结果表明,除了g.2752T→C位点TT基因型个体的ΔL显著高于CC基因型和CT基因型个体(P<0.05,下同),g.8459G→T位点TT基因型个体的ΔL显著高于GG基因型和GT基因型个体外,其余SNP位点不同基因型个体间的胸部肤色参数差异均不显著(P>0.05)。【结论】在赤水乌骨鸡CHRDL1基因第2、4和5外显子检测到3个SNPs位点,分别是g.2752T→C、g.8459G→T和g.27148T→C,其中g.2752T→C和g.8459G→T位点表现出肤色差异性,可能是赤水乌骨鸡肤色性状的标记位点。 展开更多
关键词 赤水乌骨鸡 CHRDL1基因 肤色 黑色素 多态性
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Wuji Baifeng Wan White Phoenix Bolus of Black-Bone Chicken 乌鸡白凤丸
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《Chinese Journal of Integrative Medicine》 SCIE CAS 2001年第1期67-68,共1页
关键词 White Phoenix Bolus of black-bone chicken
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赤水乌骨鸡肌肉生长抑制素基因多态性及其与肉质性状的关联分析 被引量:8
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作者 李维 祖盘玉 +2 位作者 李洪林 林家栋 张福平 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第4期1115-1121,共7页
本研究旨在探讨肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因多态性及其与赤水乌骨鸡肉质的关联性。采用DNA池、PCR产物直接测序方法对赤水乌骨鸡MSTN基因的外显子进行多态性检测,结果发现,在赤水乌骨鸡MSTN基因的外显子1中检测到1个SNP位点C32... 本研究旨在探讨肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因多态性及其与赤水乌骨鸡肉质的关联性。采用DNA池、PCR产物直接测序方法对赤水乌骨鸡MSTN基因的外显子进行多态性检测,结果发现,在赤水乌骨鸡MSTN基因的外显子1中检测到1个SNP位点C324T,表现为3种基因型,分别命名为CC、CT和TT,而在MSTN基因外显子2、3上没有发现多态位点。对基因型与肉质性状关联分析显示,CT基因型胸肌、腿肌pH均显著高于CC和TT基因型(P<0.05),CT基因型剪切力显著高于TT基因型(P<0.05),其他肉质性状在不同基因型间差异均不显著(P>0.05)。此结果提示,MSTN基因对赤水乌骨鸡pH和剪切力具有较大的遗传效应,初步推断MSTN是控制这一性状的众多基因之一,且可能是影响赤水乌骨鸡pH和剪切力的一个主效基因或与主效基因相连锁,可作为选育赤水乌骨鸡pH和剪切力的分子标记,用于标记辅助选择意义重大。 展开更多
关键词 赤水乌骨鸡 MSTN基因 肉质
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赤水乌骨鸡绿壳蛋颜色测定分析 被引量:1
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作者 肖涛 李辉 +5 位作者 罗韦 叶涛 余欢 陈友波 赵忠海 司宗贵 《安徽农业科学》 CAS 2022年第20期177-179,192,共4页
[目的]探究赤水乌骨鸡绿壳蛋的蛋壳颜色规律。[方法]以赤水乌骨鸡所产的绿壳蛋为研究对象,利用NR型蛋壳颜色色差计测定300日龄时深绿色、中绿色、浅绿色各100枚绿壳蛋的蛋壳颜色数值,并从各组中选取30枚鸡蛋进行蛋品质检测。[结果]深绿... [目的]探究赤水乌骨鸡绿壳蛋的蛋壳颜色规律。[方法]以赤水乌骨鸡所产的绿壳蛋为研究对象,利用NR型蛋壳颜色色差计测定300日龄时深绿色、中绿色、浅绿色各100枚绿壳蛋的蛋壳颜色数值,并从各组中选取30枚鸡蛋进行蛋品质检测。[结果]深绿色组△L在44.90~52.57,中绿色组△L在53.07~56.99,浅绿色组△L在57.02~61.37;蛋壳厚度深绿组极显著高于中绿组和浅绿组(P<0.01),蛋白高度和哈氏单位均是深绿组显著高于中绿组和浅绿组(P<0.05)。蛋壳颜色△L在45~53为深绿色,>53~57为中绿色,>57为浅绿色,且深绿组蛋品质高于中绿组和浅绿组,中绿组蛋品质高于浅绿组。[结论]该研究为赤水乌骨鸡所产绿壳蛋蛋壳颜色深浅的市场定价和其他绿壳蛋提供参考依据。 展开更多
关键词 赤水乌骨鸡 绿壳蛋 蛋壳颜色 蛋品质
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赤水河流域毛竹林下植被生物量变化及乌骨鸡养殖技术研究 被引量:10
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作者 张喜 文弢 +6 位作者 张佐玉 黄仕平 霍达 姜霞 袁克礼 沈晓君 黄小伟 《世界竹藤通讯》 2015年第5期1-7,共7页
采用野外样地调查和企业(专业合作社)调研相结合的方法,研究了赤水河流域毛竹林下植被生物量变化及竹乡乌骨鸡养殖技术。结果表明:1)毛竹母竹林、丰产林、低产林和社区林的林下植被生物量分别为68.35 t/hm^2、67.90 t/hm^2、20.81 t/hm^... 采用野外样地调查和企业(专业合作社)调研相结合的方法,研究了赤水河流域毛竹林下植被生物量变化及竹乡乌骨鸡养殖技术。结果表明:1)毛竹母竹林、丰产林、低产林和社区林的林下植被生物量分别为68.35 t/hm^2、67.90 t/hm^2、20.81 t/hm^2和56.18 t/hm^2,分别是地上植被生物量的45.39%、37.26%、10.84%和36.03%,其中灌木、草本及枯物层植物生物量所占比重分别为57.21%~74.68%、4.28%~10.24%和19.83%~32.54%;不同类型毛竹林林下植被生物量组成指标、林分结构和植物多样性指标差异显著。2)林下植被生物量受毛竹林植被一土壤系统的综合影响,与部分表层土壤理化指标、林分结构及植物多样性指标呈显著相关,林下植被生物量增加有利于毛竹林地土壤综合肥力提高,林下养殖竹乡乌骨鸡除减少林下植被生物量外,还可能增加表层土壤扰动、减少生物多样性和导致地力衰退。3)毛竹林下养殖竹乡乌骨鸡成倍增加林地产值,适宜750~1500只/hm^2、每年1~2轮的养殖模式。 展开更多
关键词 毛竹林 竹乡乌骨鸡 林下植被生物量 养殖 植物多样性 地力 赤水河流域
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赤水乌骨鸡MC1R基因多态性及其生物信息学分析 被引量:7
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作者 祖盘玉 李维 +6 位作者 林家栋 李洪林 简华峰 刘洋 牟腾慧 龙广丽 张福平 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期84-92,共9页
采用DNA混池及PCR产物直接测序技术,对赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代、贵州黄快羽鸡、贵州黄慢羽鸡、罗曼蛋鸡和瑶山鸡8个鸡种群MC1R基因外显子区域进行多态性分析。结果显示:瑶山鸡与红色原鸡序列一致,无SNPs,赤水乌... 采用DNA混池及PCR产物直接测序技术,对赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代、贵州黄快羽鸡、贵州黄慢羽鸡、罗曼蛋鸡和瑶山鸡8个鸡种群MC1R基因外显子区域进行多态性分析。结果显示:瑶山鸡与红色原鸡序列一致,无SNPs,赤水乌骨鸡的4个SNPs分别为G23A(Arg→His)、C69T、T212C、G274A,泰和乌鸡的8个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、T398C(Leu→Pro)、G636A、T637C、A644C(His→Pro)、C834T,贵州黄快、慢羽鸡和兴义白鸡均有3个SNPs,分别为A427G(Thr→Ala)、G636A、T637C,罗曼蛋鸡的4个SNPs分别为T398A(Leu→Gln)、G636A、T637C、C834T,兴义白鸡F2代的4个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、A644C(His→Thr);生物信息学分析发现,除G274A、T398C、T398A、A644C位点的稳定性增加外,其余位点的稳定性均有所降低;除G274A、T398C、T637C、A644C位点的整体多样性有所下降外,其余位点的均有所增加;除泰和乌鸡MC1R基因编码蛋白为不稳定蛋白外,其余种群的均属于稳定蛋白,且包括泰和乌鸡在内的7个鸡群MC1R基因编码蛋白均为疏水性蛋白和非分泌蛋白;赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代和罗曼蛋鸡的MC1R蛋白三级结构均由α-螺旋、β-转角、无规则卷曲组成。 展开更多
关键词 赤水乌骨鸡 泰和乌鸡 兴义白鸡 兴义白鸡F2代 贵州黄快羽鸡 贵州黄慢羽鸡 罗曼蛋鸡 瑶山鸡 MC1R基因 SNPs 羽色 胫色 生物信息学分析
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赤水乌骨鸡TYR基因多态性及生物信息学分析 被引量:7
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作者 祖盘玉 李维 +6 位作者 林家栋 李洪林 刘洋 牟腾慧 龙广丽 简华峰 张福平 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2806-2811,共6页
【目的】找出赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的多态位点(SNP),为后期利用分子遗传学技术选育乌度更深的赤水乌骨鸡提供参考依据。【方法】采用DNA混池结合PCR产物直接测序法,分析赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的SNP位点,并对... 【目的】找出赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的多态位点(SNP),为后期利用分子遗传学技术选育乌度更深的赤水乌骨鸡提供参考依据。【方法】采用DNA混池结合PCR产物直接测序法,分析赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的SNP位点,并对筛选出的SNP位点进行生物信息学分析。【结果】在泰和乌鸡中发现4个SNPs位点,分别为Exon1-C829T、Exon1-C921T、Intron1-A1018G和Intron2-T79A,其中,Exon1-C829T和Exon1-C921T为同义突变;在赤水乌骨鸡中发现5个SNPs位点,分别为Intron1-G156A、Intron2-T7C、Intron4-G201A、Intron4-C221T和Exon5-A205G(非编码区)。利用在线生物信息学分析软件对TYR基因突变前后编码区序列的mRNA二级结构进行预测分析,结果发现赤水乌骨鸡的mRNA二级结构未发生变化,而泰和乌鸡Exon1-C829T和Exon1-C921T的突变均引起mRNA二级结构改变,使得TYR基因m RNA二级结构最小自由能减小,即二级结构稳定性增加。赤水乌骨鸡TYR蛋白二级结构由α-螺旋、无规则卷曲、β-转角及扩展链组成,分别占26.65%、55.31%、3.41%和14.63%。【结论】Exon1-C921T突变可能会对鸡的肉色产生影响,故推测Exon1-C921T是影响赤水乌骨鸡和泰和乌鸡乌度差异的原因之一。 展开更多
关键词 赤水乌骨鸡 泰和乌鸡 TYR基因 SNP位点 生物信息学
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基于TMT定量蛋白质组学技术筛选调控鸡蛋绿壳性状的候选蛋白
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作者 赵德鹏 肖涛 +7 位作者 龙霞 罗韦 叶涛 余欢 陈友波 石钰仕 王文亮 李辉 《中国畜牧兽医》 CAS 2024年第12期5138-5149,共12页
【目的】蛋壳颜色作为绿壳蛋的重要经济性状,不仅影响着消费者的购买偏好,还直接关系到绿壳蛋的市场定价,且绿壳蛋颜色的深浅受多个基因的协同调控。试验旨在挖掘调控绿壳蛋蛋壳颜色深浅的候选蛋白及其关键信号通路,为优化绿壳蛋鸡的选... 【目的】蛋壳颜色作为绿壳蛋的重要经济性状,不仅影响着消费者的购买偏好,还直接关系到绿壳蛋的市场定价,且绿壳蛋颜色的深浅受多个基因的协同调控。试验旨在挖掘调控绿壳蛋蛋壳颜色深浅的候选蛋白及其关键信号通路,为优化绿壳蛋鸡的选种选育和提升绿壳蛋的经济价值提供材料。【方法】以纯系高产期的赤水乌骨鸡为研究对象,采用串联质谱标签(TMT)定量蛋白质组学技术分析产浅绿蛋(QL)和产深绿蛋(SL)的赤水乌骨鸡蛋壳腺组织中的差异表达蛋白,对其进行GO功能和KEGG通路富集分析,筛选调控绿壳蛋颜色深浅的候选蛋白并进行Western blotting验证。【结果】共鉴定到5958个可定量蛋白,包含差异表达蛋白102个,其中46个上调,56个下调。GO功能分析发现,差异表达蛋白在生物过程中主要富集于联受体信号通路、维生素A应答、对雌激素的反应等条目;分子功能主要富集于丝氨酸水解酶活性、碳水化合物跨膜转运蛋白活性、视黄醇结合等条目;细胞组分主要富集于蛋黄、胶原三聚体、血液微粒等条目。KEGG通路分析中显著富集到6条通路,其中类固醇激素生物合成通路可能通过影响蛋壳钙化过程来改变蛋壳颜色的形成。Western blotting结果显示,SL组赤水乌骨鸡蛋壳腺中HSD17B7和TXNRD2蛋白表达水平极显著高于QL组(P<0.01),表达趋势与蛋白组学研究结果一致。【结论】差异表达蛋白中SLC22A15b、SLC35A、SLC2A1、SLC4A4、HSD17B7、TXNRD2的显著上调和KNG1的显著下调可能与蛋壳颜色的形成有关,研究结果可为阐明绿壳蛋色素沉着的分子机制提供参考。 展开更多
关键词 赤水乌骨鸡 绿壳蛋 蛋壳腺 蛋壳颜色 蛋白质组学
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