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耐力训练对小鼠力竭运动后心肌组织中circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA表达谱的影响
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作者 韩淑芳 李嘉颖 +4 位作者 殷敏 房结 李彬 王峥 宋颖 《海南医学院学报》 CAS 2023年第3期175-182,共8页
目的:明确耐力训练对小鼠力竭运动后心肌组织中circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA表达谱的影响。方法:45只雄性C57BL/6小鼠随机分为对照(C)、低强度耐力训练(LSET)与高强度耐力训练(HSET)组(n=15)。对照组小鼠不进行跑台训练,LSET与HSET组小鼠... 目的:明确耐力训练对小鼠力竭运动后心肌组织中circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA表达谱的影响。方法:45只雄性C57BL/6小鼠随机分为对照(C)、低强度耐力训练(LSET)与高强度耐力训练(HSET)组(n=15)。对照组小鼠不进行跑台训练,LSET与HSET组小鼠分别以30%与60%力竭运动量进行跑台训练,每天一次,每周5天,训练5周后行力竭运动。取心肌组织提取总RNA,利用Illimina转录组测序分析心肌组织中circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA表达谱。结果:LSET与HSET组小鼠力竭运动时间与路程较C组延长,且HSET组小鼠力竭运动时间与路程长于LSET组(P<0.05)。转录组测序共筛选出54个差异表达的circRNA(28个下调和26个上调),7个差异表达的lncRNA(均下调),3个差异表达的miRNA(1个下调和2个上调),99个差异表达的mRNA(81个下调和18个上调)(P<0.05)。相互作用网络分析发现ENSMUSG00000113041、MSTRG.79740、mmu-miR-374c-5p、18个下调的mRNA与3个表达上调的mRNA构成调控网络。GO功能分析发现差异表达的mRNA主要富集在初级代谢过程与大分子合成与代谢过程。KEGG通路分析发现差异表达的mRNA主要富集于补体和凝血级联反应途径、雌激素信号通路及胰高血糖素信号通路。结论:耐力训练可以改变小鼠力竭运动后心肌组织中circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA表达谱,这些差异表达的RNA构成调控网络影响心肌细胞的合成与代谢进而参与对心肌损伤的调节。 展开更多
关键词 耐力训练 力竭运动 circrna-lncrna-mirna-mrna 差异表达 调控网络
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Effect of endurance training on the expression profile of circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA in myocardial tissues of mice after exhaustive exercise
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作者 HAN Shu-fang LI Jia-ying +4 位作者 YIN Min FANG Jie LI Bin WANG Zheng SONG Ying 《Journal of Hainan Medical University》 2023年第3期15-21,共7页
Objective:To clarify the effect of endurance training on the expression profile of circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA in myocardial tissues of mice after exhaustive exercise.Methods:A total of 45 male C57BL/6 mice were randoml... Objective:To clarify the effect of endurance training on the expression profile of circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA in myocardial tissues of mice after exhaustive exercise.Methods:A total of 45 male C57BL/6 mice were randomly divided into control(C),low-strength endurance training(LSET)and high-strength endurance training(HSET)groups(n=15).The mice in the control group were not conducted to platform training.The mice in the LSET and HSET groups were conducted to platform training at 30%and 60%of exhaustive exercise once a day for 5 days a week,respectively.The exhaustion exercise was performed after 5 weeks of platform training.Total RNA was extracted from myocardial tissues,and the expression profile of circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA in myocardial tissues was analyzed using Illimina transcriptome sequencing.Results:The distance and time of exhaustive exercise were longer in the LSET and HSET groups than in the control group,and the distance and time of exhaustive exercise were longer in the HSET group than in the LSET group(P<0.05).A total of 54 differentially expressed circRNAs(28 down-regulated and 26 up-regulated),7 differentially expressed lncRNAs(all down-regulated),3 differentially expressed miRNAs(1 down-regulated and 2 up-regulated)and 99 differentially expressed mRNAs(81 down-regulated and 18 up-regulated)were identified by transcriptome sequencing(P<0.05).Interaction network analysis revealed that ENSMUSG00000113041,MSTRG.79740,mmu-miR-374c-5p,18 down-regulated mRNAs and 3 up-regulated mRNAs formed a regulatory network.GO functional analysis revealed that the differentially expressed mRNAs were mainly enriched in primary metabolic processes and macromolecular synthesis and metabolic processes.KEGG pathway analysis revealed that the differentially expressed mRNAs were mainly enriched in complement and coagulation cascade pathways,estrogen signaling pathway and glucagon signaling pathway.Conclusion:Endurance training could alter the expression profile of circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA in myocardial tissues of mice after exhaustive exercise,and these differentially expressed RNAs form a regulatory network that affects cardiomyocyte synthesis and metabolism and thus participates in the regulation of myocardial injury. 展开更多
关键词 Endurance training Exhaustive exercise circrna-lncrna-mirna-mrna Differentially expressed Regulatory network
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甲状腺癌RNA分子研究进展 被引量:7
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作者 林琳 刘建华 吴丽娜 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 2019年第11期1031-1035,共5页
甲状腺癌是内分泌系统中最常见的恶性肿瘤,约占全身恶性肿瘤的1%。目前在DNA水平研究甲状腺癌的发病机制已经相对成熟,但mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA等不同RNA分子在甲状腺癌发病机制中的作用尚不清楚。已有研究表明,mRNA、lncRNA和ci... 甲状腺癌是内分泌系统中最常见的恶性肿瘤,约占全身恶性肿瘤的1%。目前在DNA水平研究甲状腺癌的发病机制已经相对成熟,但mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA等不同RNA分子在甲状腺癌发病机制中的作用尚不清楚。已有研究表明,mRNA、lncRNA和circRNA等RNA分子共同构成动态的分子网络,主要包括lncRNA-miRNA-mRNA与circRNA-miRNA-mRNA两种调控网络,调节基因表达,参与肿瘤细胞的增殖、浸润、迁移和凋亡等过程,调节甲状腺癌的发生与进展。然而,不同类型的RNA分子在甲状腺癌中的具体作用机制尚不清楚。本文将重点对mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA、ceRNA等RNA分子与甲状腺癌的关系进行综述,旨在深入阐明甲状腺癌发病相关RNA分子机制,从而为甲状腺癌的诊断和治疗提供新思路。 展开更多
关键词 甲状腺癌 信使RNA 微小RNA 长链非编码RNA 环状RNA 竞争性内源性RNA
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外泌体ceRNA调控网络与阿尔茨海默病相关性的生物信息学分析
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作者 张志清 张永财 +6 位作者 刘林轩 李壬清 刘济嘉 杜景考 姜北 魏会平 苏立宁 《神经药理学报》 2022年第4期23-40,共18页
目的:探讨阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)与外泌体ceRNA调控网络之间的潜在关系,为临床治疗及研究靶点提供基础。方法:在基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载数据,筛选AD患者和健康对照之间的差异基因(diffe... 目的:探讨阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)与外泌体ceRNA调控网络之间的潜在关系,为临床治疗及研究靶点提供基础。方法:在基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载数据,筛选AD患者和健康对照之间的差异基因(differentially expressed genes,DEGs)和差异microRNAs(miRNAs),确定AD的生物标志物。利用DAVID对DEGs进行基因本体论(gene ontology,GO)功能富集分析,用KEGG对DEGs进行信号通路分析,利用cytoscape对DEGs和靶向miRNAs进行作用分析并找出关键节点。结果:筛选到683个DEGs(377个下调的DEGs和306个上调的DEGs),并筛选了90个与AD相关的富集于外泌体和细胞囊泡的DEGs作为我们的目标DEGs。本项目还筛选了748个差异表达的miRNAs(90个下调的miRNAs和658个上调的miRNAs),并筛选出186个细胞外囊泡miRNAs(147个上调的miRNAs和39个下调的miRNAs)。利用数据库预测了这些miRNAs与目标DEGs之间的靶向关系、lncRNA与miRNA之间的靶向关系、circRNA与miRNA之间的靶向关系,构建了lncRNA-miRNA-mRNA和circRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络,重点探讨了部分结果在AD疾病中的重要作用。结论:这些结果表明,AD的发生是多个相互作用的基因和非编码RNA协同作用的结果。本项目数据的挖掘为AD相关的外泌体ceRNA网络提供了一个新的视角和解析。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 外泌体 MRNA MIRNA lncRNA circRNA ceRNA
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冠心病患者血液外泌体mRNA、lncRNA及circRNA差异表达谱及竞争性内源RNA网络的构建 被引量:6
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作者 杨仕俊 周子华 陈芬 《临床心血管病杂志》 CAS 北大核心 2021年第7期620-625,共6页
目的:通过生物信息学方法构建冠心病患者血液外泌体中的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,探讨其发病机制。方法:在exoRbase数据库中下载冠心病患者和正常对照的血液外泌体测序数据,通过R语言分别对外泌体中mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)、... 目的:通过生物信息学方法构建冠心病患者血液外泌体中的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,探讨其发病机制。方法:在exoRbase数据库中下载冠心病患者和正常对照的血液外泌体测序数据,通过R语言分别对外泌体中mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)的表达谱作差异表达分析,使用TargetScan和miRanda数据库共同预测和差异表达mRNA结合的微小RNA(miRNA),使用miRcode数据库预测与差异表达lncRNA结合的miRNA,使用starBase数据库预测与差异表达circRNA结合的miRNA。对3组miRNA两两取交集,保留与差异表达mRNA、lncRNA、circRNA两者及以上均结合的miRNA,构建ceRNA网络,使用Cytoscape软件可视化,并对差异表达基因进行GO富集和KEGG通路分析。结果:冠心病患者外周血外泌体中差异表达mRNA为569种,差异表达lncRNA为1408种,差异表达circRNA为282种。其中与差异表达mRNA相结合的miRNA有178种,与差异表达lncRNA结合的miRNA有207种,与差异表达circRNA结合的miRNA有328种,两两取交集,共保留120个共有的miRNA成功构建ceRNA网络,GO分析的结果主要富集在磷酸化、去磷酸化和脂质磷酸化等功能,KEGG分析的结果主要富集在甘油脂代谢和甘油磷脂代谢通路。结论:本研究成功构建冠心病患者血液外泌体中的ceRNA调控网络,为冠心病的诊断治疗提供新靶点。 展开更多
关键词 冠心病 外泌体 MRNA 长链非编码RNA 环状RNA 微小RNA 竞争性内源RNA 调控网络
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