沙拐枣甜菜碱醛脱氢酶基因的克隆与生物信息学分析

【目的】揭示抗逆植物沙拐枣甜菜碱醛脱氢酶(CmBADH)的基因序列。【方法】利用RACE技术克隆CmBADH基因的全长序列,并对其基因序列和蛋白序列进行生物信息学分析。【结果】CmBADH基因的cDNA全长1 863 bp,开放阅读框(ORF)全长1 506 bp,编码501个氨基酸。通过Blastn比对,发现CmBADH与海马齿(Sesuvium portulacastrum)、山谷栎(Quercus lobata)、盐爪爪(Kalidium foliatum)的BADH相似性分别达到80.04%、79.97%、79.55%。其相对分子量为123.46 kDa,等电点(pI)5.01,蛋白序列共有16个磷酸化位点;不含有跨膜结构域;不含有信号肽位点;含有一个甜菜碱醛脱氢酶结构域(PLN02467)。二级结构显示α螺旋占43.31%,无规则卷曲占31.94%,延伸链占17.37%,β转角占7.38%。三级结构模型为椭球形。【结论】沙拐枣CmBADH基因序列的确定,为今后研究沙拐枣CmBADH基因的抗逆功能提供研究基础。