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几种改进的CoMFA方法比较研究血小板活化因子拮抗剂 被引量:13
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作者 聂晶 董喜成 潘家祜 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第7期1129-1135,共7页
由于传统的比较分子场分析(CoMFA)方法本身存在一些缺陷,使得分子的叠合规则以及叠合分子的空间取向和空间位置等因素对q^2的影响很大,因此相继提出了几种改进的CoMFA方法.为了优化CoMFA结果,应用传统的CoMFA方法和交叉验证的R^2引导的... 由于传统的比较分子场分析(CoMFA)方法本身存在一些缺陷,使得分子的叠合规则以及叠合分子的空间取向和空间位置等因素对q^2的影响很大,因此相继提出了几种改进的CoMFA方法.为了优化CoMFA结果,应用传统的CoMFA方法和交叉验证的R^2引导的区域选择法(q^2-GRS)、全取向搜索法(AOS)、全空间搜索法(APS)以及比较分子相似性指数(CoMSIA)等四种改进的CoMFA方法,对18个pinusolide类衍生物这类新发现的血小板活化因子(PAF)拮抗剂进行了比较研究.结果表明四种改进的CoMFA方法得到的q^2值均比传统CoMFA的高.q^2-GRS方法得到的q^2值有所提高,但综合结果并不理想,AOS与APS得到的q^2较为理想,而在CoMSIA中,q^2几乎不受空间取向或空间位置的影响.同时我们引入基于样本的偏最小二乘法(SAMPLS)取代原AOS/APS程序中的传统PLS进行统计分析,明显提高了其运行速度.最后,根据q^2最高的CoMFA模型和CoMSIA模型设计了几个预测活性更高的pinusolide类似物. 展开更多
关键词 comfa方法 血小板活化因子拮抗剂 比较分子场分析 R^2引导的区域选择法 全取向搜索法 全空间搜索法 配体药物 药物设计
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q^2引导构象选择CoMFA方法研究HIV-1 RT抑制剂 被引量:3
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作者 曾宝珊 陈敏伯 +1 位作者 董喜成 刘新泳 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第7期1121-1128,共8页
对未知受体结构的药物设计其主导方法CoMFA来说,柔性目标分子的多种构象造成了问题的复杂性.本文介绍交叉验证参数R^2(q^2)引导的构象选择CoMFA方法,选择化合物的最佳构象.将一组47个HIV-1 RT抑制剂进行有、无构象选择的CoMFA分析来作评... 对未知受体结构的药物设计其主导方法CoMFA来说,柔性目标分子的多种构象造成了问题的复杂性.本文介绍交叉验证参数R^2(q^2)引导的构象选择CoMFA方法,选择化合物的最佳构象.将一组47个HIV-1 RT抑制剂进行有、无构象选择的CoMFA分析来作评价.根据化合物的活性、毒性、选择性指数(毒性/活性比)等实验数据构建得到的模型,其交叉验证参数q^2为0.7以上,非交叉验证的相应参数为0.94以上,最后,还经过试验集化合物验证该模型的预测能力,置信度(1-α)>0.99. 展开更多
关键词 q^2引导构象选择 comfa方法 HIV-1RT抑制剂 比较分子场分析 配体药物 药物设计
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CoMFA方法用于α-氧代环十二烷基磺酰胺的QSAR研究
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作者 谢桂荣 汪晓平 +2 位作者 王道全 苏阳 周家驹 《农药学学报》 CAS CSCD 1999年第2期17-24,共8页
本文将比较分子场分析 (Comparative Molecular Field Analysis)方法 ,即 Co MFA方法用于 α-氧代环十二烷基磺酰胺 QSAR研究 ,建立了较好的模型。根据模型的立体场和静电场要求设计了一批化合物 ,其中多数化合物预报的杀菌活性较高 ,... 本文将比较分子场分析 (Comparative Molecular Field Analysis)方法 ,即 Co MFA方法用于 α-氧代环十二烷基磺酰胺 QSAR研究 ,建立了较好的模型。根据模型的立体场和静电场要求设计了一批化合物 ,其中多数化合物预报的杀菌活性较高 ,为进一步合成和筛选该类化合物提供了依据。 展开更多
关键词 QSAR研究 α-氧代环十二烷基磺酰胺 杀菌活性 比较分子场分析 comfa方法 构效方法 构效关系 农药
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应用CoMFA方法和CoMSIA方法研究儿茶酚转甲基酶抑制剂的三维定量构效关系
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作者 艾纯芝 杨凌 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2007年第10期1172-1172,共1页
AIM: Inhibitors of catechol-O-methyltransferase (COMT) have always been administered to improve the bioavailability of L-Dopa in the treatment of Parkinson disease (PD). A new three-dimensional quantitative structure-... AIM: Inhibitors of catechol-O-methyltransferase (COMT) have always been administered to improve the bioavailability of L-Dopa in the treatment of Parkinson disease (PD). A new three-dimensional quantitative structure-activity relationship (3D-QSAR) analysis is performed to correlate the molecular fields with percent inhibition values. METHODS: Three predictive models were derived based on 36 previously reported COMT inhibitors employing comparative molecular field analysis (CoMFA) and comparative molecular similarity indices analysis (CoMSIA) methodologies. RESULTS: The CoMFA model and CoMSIA model with steric and electrostatic field yielded cross-validated rcv2 0.585 and 0.528 respectively, whereas the conventional rncv2 were 0.979 and 0.891. The CoMSIA model with hydrophobic field exhibited rcv2 0.544 and rncv2 0.930. CONCLUSION: The derived models from CoMFA and CoMSIA all exhibit good prediction for both internal and external validations. The individual inspection of 3D contours generated from these models helps in understanding the possible region for structural modification of molecules to improve the inhibitory bioactivity. The 3D-QSAR models may be useful in designing and predicting novel COMT inhibitors. 展开更多
关键词 comfa方法 CoMSIA方法 儿茶酚转甲基酶抑制剂 三维定量构效关系
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新型噻唑-2-乙胺类HAT抑制剂的QSAR研究
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作者 段家喜 赵赛 +1 位作者 易忠胜 聂瑾芳 《桂林理工大学学报》 CAS 北大核心 2018年第3期529-536,共8页
采用VSMVI变量筛选方法从大量描述符中筛选最优子集,再由MLR回归方法建立了83个噻唑-2-乙胺类化合物与非洲人类锥虫病(HAT)抑制活性之间的二维定量结构-活性相关(2D-QSAR)模型,最优模型的拟合相关系数(r^2=0. 889 2)和交叉验证相关系数(... 采用VSMVI变量筛选方法从大量描述符中筛选最优子集,再由MLR回归方法建立了83个噻唑-2-乙胺类化合物与非洲人类锥虫病(HAT)抑制活性之间的二维定量结构-活性相关(2D-QSAR)模型,最优模型的拟合相关系数(r^2=0. 889 2)和交叉验证相关系数(q^2=0. 857 4)表明模型具有良好的稳健性、拟合能力和预测能力。模型的描述符在一定程度上反映了分子的二维结构和疏水性对抑制活性具有重要影响。同时采用基于CoMFA和CoMSIA方法的三维定量结构-活性相关(3D-QSAR)建立了相关性显著、预测能力强的定量模型(CoMFA:r^2=0. 924,q^2=0. 516; CoMSIA:r^2=0. 944,q^2=0. 531),其中CoMSIA的疏水场贡献率最高,说明了分子的疏水作用对抑制活性的重要影响。 展开更多
关键词 噻唑-2-乙胺类化合物 非洲人类锥虫病(HAT) 二维定量结构-活性相关(2D-QSAR) 基于变量相互作用的变量筛选方法(VSMVI) 比较分子场分析方法(comfa) 比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)
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DNA依赖蛋白激酶抑制剂的CoMFA研究
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作者 赵彩红 相玉红 +2 位作者 张亮 王飞 张卓勇 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第9期1205-1210,共6页
运用比较分子力场分析方法(CoMFA),以DNA依赖蛋白激酶(DNA-PK)抑制剂分子为研究对象,建立1组对DNA依赖蛋白激酶有抑制活性化合物的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型,探索其活性数据和三维结构参数的关系,所建最佳模型交叉验证相关系数q^2=... 运用比较分子力场分析方法(CoMFA),以DNA依赖蛋白激酶(DNA-PK)抑制剂分子为研究对象,建立1组对DNA依赖蛋白激酶有抑制活性化合物的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型,探索其活性数据和三维结构参数的关系,所建最佳模型交叉验证相关系数q^2=0.670,非交叉验证相关系数R^2=0.993,标准偏差SD=0.053,说明该模型预测能力较好。根据CoMFA模型的三维等势图可知,小体积、电负性大的取代基团,能提高该类化合物的活性,为新型DNA-PK抑制剂分子的设计提供了理论依据。 展开更多
关键词 定量构效关系 比较分子立场分析方法(comfa) DNA-PK抑制剂
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