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光果金樱子三萜类化合物的分离鉴定与抗SARS-CoV-2活性评价 被引量:1
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作者 敖卓仪 关晓娴 吴杰伟 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期879-885,共7页
为了解光果金樱子(Rosa laevigata var. leiocapus)的三萜类化学成分及其抗严重急性呼吸综合征冠状病毒2活性(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2),运用多种色谱分离技术从其95%乙醇提取物中分离得到15个三... 为了解光果金樱子(Rosa laevigata var. leiocapus)的三萜类化学成分及其抗严重急性呼吸综合征冠状病毒2活性(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2),运用多种色谱分离技术从其95%乙醇提取物中分离得到15个三萜化合物。根据理化性质及波谱数据,分别鉴定为:laevigaterpeneA(1)、2α,23-二羟基齐墩果酸(2)、1β-羟基蔷薇酸(3)、3β-(p-hydroxytrans-cinnamoyloxy)olean-12-en-28-oic acid (4)、3β-反式对羟基肉桂酰氧基-2α-羟基齐墩果酸(5)、2α,3α-二羟基-12-烯-28-齐墩果酸(6)、坡模酸(7)、桦木酸甲酯(8)、2α,3α,19α,23-四羟基-12-烯-乌苏酸(9)、乙酰基-11α-甲氧基-β-乳香酸(10)、阿江榄仁尼酸(11)、2α,3α,19α-trihydroxy-28-norurs-12-ene (12)、蔷薇酸(13)、2α,19α-dihydroxy-3-oxo-12-ursen-28-oic acid (14)和齐墩果酸(15)。所有化合物均为首次从光果金樱子中分离获得,其中化合物4、10、12为首次从蔷薇属植物中分离得到。化合物8和15对SARS-CoV-2主蛋白酶(mainprotease,简称Mpro)具有较强的抑制作用,IC50值分别为(6.74±0.33)和(5.19±0.25)μmol/L,具有潜在的抗SARS-CoV-2活性。 展开更多
关键词 光果金樱子 三萜 SARS-cov-2 M^(pro)
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TCMSP数据库中药化学成分的SARS-CoV-2主蛋白酶抑制剂虚拟筛选 被引量:3
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作者 史海龙 黄月 +4 位作者 程怡 史永恒 王川 刘继平 王斌 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期219-227,共9页
目的运用计算机模拟技术从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)的中药化学成分中挖掘SARS-CoV-2主蛋白酶(Main protease,Mpro)抑制剂。方法运用类药性评估、分子对接、ADME预测、结合自由能计算、分子动力学模拟等多轮虚拟筛选的策略... 目的运用计算机模拟技术从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)的中药化学成分中挖掘SARS-CoV-2主蛋白酶(Main protease,Mpro)抑制剂。方法运用类药性评估、分子对接、ADME预测、结合自由能计算、分子动力学模拟等多轮虚拟筛选的策略,从TCMSP数据库中筛选Mpro抑制剂。结果共筛选得到10个命中分子,其中前3位最佳命中分子为MOL003392、MOL011716、MOL002966,表现出与靶标活性口袋关键氨基酸残基的强相互作用。结论该研究可为发现SARS-CoV-2 Mpro小分子抑制剂提供新的思路。 展开更多
关键词 SARS-cov-2 主蛋白酶(mpro) 分子对接 虚拟筛选 分子动力学模拟
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基于分子对接技术筛选抗SARS-CoV-2海洋活性肽的研究 被引量:5
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作者 步营 刘瑛楠 +5 位作者 何玮 朱文慧 李学鹏 仪淑敏 徐永霞 励建荣 《包装与食品机械》 CAS 北大核心 2021年第4期18-23,共6页
通过对蓝鳍金枪鱼的肌球蛋白(G9M5T1)进行模拟酶解,得到30条海洋活性肽,与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白、2019-nCoV Mpro水解酶进行分子对接,筛选出与其结合紧密的肽段。由试验结果得到NIRSF,STHPHFVR,DIAGF,IRIHF,ASWMIYTYSG五条对SARS-Co... 通过对蓝鳍金枪鱼的肌球蛋白(G9M5T1)进行模拟酶解,得到30条海洋活性肽,与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白、2019-nCoV Mpro水解酶进行分子对接,筛选出与其结合紧密的肽段。由试验结果得到NIRSF,STHPHFVR,DIAGF,IRIHF,ASWMIYTYSG五条对SARS-CoV-2有潜在抑制作用的活性肽。本研究为研发具有抗新冠病毒功能食品提供了新的思路。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 虚拟酶解 SARS-cov-S/ACE2 2019-ncov mpro水解酶 分子对接
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桑辛素对新型冠状病毒主蛋白酶抑制作用的研究
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作者 张培红 赵洁 +5 位作者 张欣欣 陈虹 闫成 苏彦雷 张晶 孙殿兴 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2023年第10期9-11,I0005,共4页
目的 探讨桑辛素对新型冠状病毒主蛋白酶的抑制作用。方法 利用软件AutoDock将桑辛素与主蛋白酶晶体结构6LU7的活性位点进行分子对接;而后利用主蛋白酶荧光偏振筛选模型检验桑辛素对于新型冠状病毒主蛋白酶的抑制活性。结果 桑辛素与主... 目的 探讨桑辛素对新型冠状病毒主蛋白酶的抑制作用。方法 利用软件AutoDock将桑辛素与主蛋白酶晶体结构6LU7的活性位点进行分子对接;而后利用主蛋白酶荧光偏振筛选模型检验桑辛素对于新型冠状病毒主蛋白酶的抑制活性。结果 桑辛素与主蛋白酶活性位点具有较强的分子间相互作用,分子对接过程释放的自由能为-8.3 kcal/mol;在药理活性测试中,桑辛素在400、200、100、25μmol/L浓度对主蛋白酶的抑制率分别为45%、34%、8%、1%。结论 实验表明,桑辛素具有一定的主蛋白酶抑制活性。与既往报道的小分子黄酮类化合物相比,桑辛素对主蛋白酶的抑制活性明显增强,其原因可能为黄酮母核引入了脂溶性取代基进而增强了其与主蛋白酶活性位点处的结合能力相关,为黄酮母核类主蛋白酶抑制剂的结构优化提供参考。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 主蛋白酶 荧光偏振筛选模型 桑辛素 抑制作用
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新型冠状病毒主蛋白酶天然产物抑制剂的筛选
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作者 师云凡 鞠壮 丁显平 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期152-158,共7页
为寻找新型冠状病毒主蛋白酶天然产物抑制剂,本文以SARS-CoV-2主蛋白酶为研究对象,通过计算机辅助药物筛选方法初步筛选出16个潜在抑制剂并进行体外酶活测试.其中,野黄岑素对SARS-CoV-2主蛋白酶的IC_(50)为(10.79±2.116)μmol/L,... 为寻找新型冠状病毒主蛋白酶天然产物抑制剂,本文以SARS-CoV-2主蛋白酶为研究对象,通过计算机辅助药物筛选方法初步筛选出16个潜在抑制剂并进行体外酶活测试.其中,野黄岑素对SARS-CoV-2主蛋白酶的IC_(50)为(10.79±2.116)μmol/L,没食子儿茶素没食子酸酯抑制SARS-CoV-2主蛋白酶的IC_(50)为(2.104±0.346)μmol/L.最后,将两种天然产物与主蛋白酶进行分子动力学模拟发现没食子儿茶素没食子酸酯和野黄岑素与新型冠状病毒主蛋白酶结合时的复合物RMSD都在0.22附近,说明两个天然产物与新型冠状病毒主蛋白酶结合较为稳定,可以作为新型冠状病毒主蛋白酶的抑制剂或先导化合物. 展开更多
关键词 新型冠状病毒主蛋白酶 基于结构的虚拟筛选 没食子儿茶素没食子酸酯 野黄岺素 分子动力学模拟
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抗新型冠状病毒药物研究进展
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作者 杜泽林 白彩虹 洪学传 《医师在线》 2023年第8期87-89,共3页
新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染产生的严重急性呼吸系统综合征,可对人体产生严重损害甚至威胁生命,因此研发出安全、有效的抗病毒药物刻不容缓。SARS-CoV-2蛋白结构的解析及其感染机制... 新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染产生的严重急性呼吸系统综合征,可对人体产生严重损害甚至威胁生命,因此研发出安全、有效的抗病毒药物刻不容缓。SARS-CoV-2蛋白结构的解析及其感染机制的揭示,为抗病毒药物的研发提供了重要理论基础。本文综述了国内外科研团体对SARS-CoV-2的结构、感染通路和抗病毒药物的研发进展,重点讲述了多个抗病毒分子的研究概况,并对抗SARS-CoV-2药物的研发提出了一些展望。 展开更多
关键词 SARS-cov-2 刺突蛋白 血管紧张素转换酶2 主要蛋白酶 跨膜丝氨酸蛋白酶2
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基于分子对接技术筛选金银花抗新型冠状病毒活性成分研究 被引量:10
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作者 孙玉 郭中原 +4 位作者 陈两绵 关亮俊 房蕴歌 高慧敏 王智民 《世界中医药》 CAS 2021年第17期2520-2526,共7页
目的:运用分子对接技术筛选金银花抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)潜在活性成分,为发现抗SARS-CoV-2先导化合物以及揭示金银花抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的物质基础提供参考。方法:在文献总结并结合中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP... 目的:运用分子对接技术筛选金银花抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)潜在活性成分,为发现抗SARS-CoV-2先导化合物以及揭示金银花抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的物质基础提供参考。方法:在文献总结并结合中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索的基础上,建立涵盖金银花中382个化合物的化学成分库,以SARS-CoV-23CL水解酶(3CL Protease,Mpro)以及SARS-CoV-2与血管紧张素转换酶2(ACE2)复合物为分子对接靶标,利用Discovery Studio软件进行分子对接,以打分值大小筛选抗SARS-CoV-2潜在活性成分。结果:金银花中三萜皂苷类成分与SARS-CoV-2 Mpro有较强的结合力,以SARS-CoV-2 Mpro晶体结构复合的原抑制剂N3为阳性对照,7个化合物为其潜在抑制剂;环烯醚萜类和神经酰胺类成分对SARS-CoV-S/ACE2复合物的阻断较好,保留打分值前3%的化合物,10个化合物可作为SARS-CoV-S/ACE2复合物的潜在阻断剂。结论:从金银花中发现16个潜在抗SARS-CoV-2活性成分。本研究为阐明金银花抗击COVID-19的药效物质基础提供参考,同时为发现新的抗SARS-CoV-2先导化合物指明方向。 展开更多
关键词 金银花 新型冠状病毒肺炎 分子对接 新型冠状病毒mpro SARS-cov-S/ACE2复合物 三萜皂苷 环烯醚萜 神经酰胺
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大鼠抗新冠病毒主蛋白酶多克隆抗体的制备与鉴定 被引量:3
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作者 闫干干 戚海燕 +3 位作者 闫浩浩 付正豪 刘晓平 陈云雨 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1032-1037,共6页
目的原核表达与分离纯化新冠病毒主蛋白酶(Mpro)并制备大鼠抗Mpro多克隆抗体用于研究Mpro在2019冠状病毒病(COVID-19)中的免疫学功能。方法将密码子优化的新冠病毒Mpro基因连接到pET-28a载体中,构建重组质粒pET-28a-Mpro。再将其转化到E... 目的原核表达与分离纯化新冠病毒主蛋白酶(Mpro)并制备大鼠抗Mpro多克隆抗体用于研究Mpro在2019冠状病毒病(COVID-19)中的免疫学功能。方法将密码子优化的新冠病毒Mpro基因连接到pET-28a载体中,构建重组质粒pET-28a-Mpro。再将其转化到E.coli Rosetta(DE3)感受态细胞中,经原核表达条件优化后,以亲和层析法分离纯化Mpro。将纯化的Mpro作为抗原免疫大鼠,制备抗Mpro多克隆抗体。以ELISA和Western blot实验鉴定抗Mpro多克隆抗体的效价、抗原特异性与灵敏性。结果利用大肠杆菌原核表达技术,确定了Mpro的最佳表达条件并成功进行了分离纯化。ELISA与Western blot实验结果证实,制备的抗Mpro多克隆抗体效价可达1∶256000,且具有良好的抗原特异性与灵敏性。结论成功制备了高特异性大鼠抗Mpro多克隆抗体,为研究Mpro在COVID-19中的免疫学功能奠定了实验基础。 展开更多
关键词 新冠病毒 主蛋白酶 原核表达 多克隆抗体 ELISA
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Comparison of H5N1, H5N8, and H3N2 Using Decision Tree and Apriori Algorithm
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作者 S. P. Jang K. H. Park +2 位作者 Y. L. Kim H. N. Cho T. S. Yoon 《Journal of Biosciences and Medicines》 2015年第6期49-53,共5页
H3N2, H5N1 and H5N8 virus were wide-spread epidemic in South Korea. Especially in 2014 Korea, the serious outbreak of avian influenza caused by H5N8 took place, effecting not only birds but also dogs. Antibody of H5N8... H3N2, H5N1 and H5N8 virus were wide-spread epidemic in South Korea. Especially in 2014 Korea, the serious outbreak of avian influenza caused by H5N8 took place, effecting not only birds but also dogs. Antibody of H5N8 virus was found on a dog which differentiated the virus from existing H3N2 canine virus. At this point, we wanted to find out why H5N8 was self-medicated in dogs and whether H5N8 would cross species boundaries and be fatal to dogs or other species. While H5N1 is avian influenza like H5N8, many cases of fatal infections among dogs caused by H5N1 have been reported. Another kind of avian influenza, H3N2 is most common type of canine influenza in Asia. With the use of decision tree and apriori algorithm, we could find out characteristics of H5N8 by comparing it with H5N1 and H3N2. 展开更多
关键词 SARS NEURAL Network cov mpro Distorted KEY Theory 8-Mers 12-Mers
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海洋天然产物Polycarpaurines C的合成及其对新型冠状病毒SARS-CoV-2的抑制作用
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作者 王贤杨 张静 +1 位作者 方诗源 唐宇 《中国海洋药物》 CAS CSCD 2023年第4期45-50,共6页
目的合成海洋天然产物含硫海洋生物碱Polycarpaurines C,并测试其对SARS-CoV-2的抑制作用。方法将4-乙酰基苯硼酸为原料经过过氧化氢氧化、甲基化、溴化、引入甲胺基、与2-乙基异硫脲氢溴酸盐缩合、与S_(2)Cl_(2)氧化偶联等反应,经过7... 目的合成海洋天然产物含硫海洋生物碱Polycarpaurines C,并测试其对SARS-CoV-2的抑制作用。方法将4-乙酰基苯硼酸为原料经过过氧化氢氧化、甲基化、溴化、引入甲胺基、与2-乙基异硫脲氢溴酸盐缩合、与S_(2)Cl_(2)氧化偶联等反应,经过7步合成Polycarpaurines C,并测试其对SARS-CoV-2的抑制作用,利用分子对接技术测试Polycarpaurines C与M^(pro)的结合。结果合成了目标天然产物Polycarpaurines C,测试其对SARSCoV-2的半抑制浓度(IC_(50))为13.76μmol/L,具有明显的抑制作用,证明其可作为药物进一步开发的模板骨架。 展开更多
关键词 mpro抑制剂 SARS-cov-2 含硫海洋生物碱
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基于UPLC-Q-TOF-MS指纹图谱和分子对接技术筛选藿香正气水抗新冠病毒潜在质量标志物 被引量:13
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作者 张雅莉 韩建勋 +5 位作者 图尔荪托合提·托合提萨伊普 孙兆增 宋薇 张玉松 魏海燕 肖进进 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2022年第19期6023-6034,共12页
目的基于超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)指纹图谱和分子对接技术,确定藿香正气水(Huoxiang Zhengqi Shui,HZS)抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的潜在质量标志物(quality markers,Q-Marker)。方法对27批HZS样品建立U... 目的基于超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)指纹图谱和分子对接技术,确定藿香正气水(Huoxiang Zhengqi Shui,HZS)抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的潜在质量标志物(quality markers,Q-Marker)。方法对27批HZS样品建立UPLC-Q-TOF-MS指纹图谱,结合化学计量学方法,筛选出HZS的差异性成分;以瑞德西韦为阳性对照,将HZS的差异性成分与SARS-CoV-2主蛋白酶(main protease,Mpro)进行分子对接,进一步确定HZS的潜在Q-Marker。结果通过建立27批HZS样品的UPLC-Q-TOF-MS指纹图谱,标定了27种共有化合物;结合层次聚类分析(hierarchical clustering analysis,HCA)和主成分分析(principal component analysis,PCA),确定了其中14种共有化合物在27批HZS样品中具有较大的差异性,并鉴定出了橙皮苷、氧化前胡素、新比克白芷内脂、甜橙素、甘草酸、3,5,6,7,8,3′,4′-七甲氧基黄酮、桔皮素、欧前胡素、珊瑚菜素9种差异性化合物;9种差异性化合物的分子对接结果显示,橙皮苷、氧化前胡素、新比克白芷内脂、甘草酸、欧前胡素、珊瑚菜素6种化合物能与SARS-CoV-2 Mpro的活性氨基酸结合,具有抑制SARS-CoV-2 Mpro的潜能,可作为HZS的潜在Q-Marker。结论将UPLC-Q-TOF-MS指纹图谱、化学计量学分析和分子对接技术交叉使用,确定了HZS的潜在Q-Marker,该方法为药物成分鉴定、同一类药物成分差异性分析,及其功效研究方面提供一定参考。 展开更多
关键词 藿香正气水 质量标志物 UPLC-Q-TOF-MS指纹图谱 分子对接 SARS-cov-2 mpro潜在抑制剂预测 橙皮苷 氧化前胡素 新比克白芷内脂 甘草酸 欧前胡素 珊瑚菜素
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