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Construction and Characterization of a cDNA Library from the Pulp of Coconut (Cocos nucifera L.) 被引量:1
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作者 LI Dong-dong FAN Yong-mei 《Agricultural Sciences in China》 CAS CSCD 2008年第9期1071-1076,共6页
To investigate the gene expression profile of endosperm development, a cDNA library was constructed and characterized from the pulp of coconut at different developmental stages. The constructed cDNA library incorporat... To investigate the gene expression profile of endosperm development, a cDNA library was constructed and characterized from the pulp of coconut at different developmental stages. The constructed cDNA library incorporated approximately 1 × 10^7 clones in total, and the size of the insertion fragments ranged from 800 to 2 000 bp. Sequencing results of 100 randomly picked clones showed that the recombination rate was 96%. In subsequent sequence analysis, 41 clones (41%) were homologous to known function proteins, and 23 clones showed high amino acid identity (more than 80%) with the corresponding genes of different plants. Semi-quantitative RT-PCR indicated that oleosin and globulin genes are pulpspecific expression, and have differential expression level in different developmental stage. Clone 29, recognized as homologous to KIAA1239 protein (Homo sapiens), was observed to occur nine times, indicating that this gene may be over-expressed during the endosperm development stage. However, the homologous protein was found only in mammals, and the detailed function is still unknown. Elucidation of the functional characterization of these genes will be carried out immediately. 展开更多
关键词 cDNA library coconut Cocos nucifera L PULP
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Synergistic Mixture of Cyperus esculentus, Phoenix dactylifera and Cocos nucifera Aqueous Extract: Its Liver and Kidney Benefits in Male Albino Rat Model
2
作者 Tamuno-Boma Odinga Cletus Barizoge Lemii +4 位作者 Iyaeneomi Ransome Daka Christine U. Gabriel-Brisibe Sarah K. Enebeli Iyingiala Austin-Asomeji Felicia Ucheawaji Edward 《Journal of Biosciences and Medicines》 2023年第10期63-75,共13页
Background: The synergistic mixture of Cyperus esculentus, Phoenix dactylifera and Cocos nucifera (STCD) aqueous extract is a common drink in Port Harcourt, Nigeria. It is assumed to have various health benefits. Howe... Background: The synergistic mixture of Cyperus esculentus, Phoenix dactylifera and Cocos nucifera (STCD) aqueous extract is a common drink in Port Harcourt, Nigeria. It is assumed to have various health benefits. However, the synergistic mixture of the content has not been studied scientifically, hence the need to evaluate its effect on the liver and kidney being part of the body’s metabolic organs. Aim: This study evaluated the synergistic mixture of Cyperus esculentus, Phoenix dactylifera and Cocos nucifera (STCD) aqueous extract in male albino rats. Methods: Acute toxicity LD<sub>50</sub> of STCD was carried out, afterwards, fifteen male albino rats were grouped into three groups with 5 rats in each group;Control, 200 mg/kg, 400 mg/kg STCD. The rats were administered STCD orally 24 hourly, for 21 days, with feed and water ad libitum. At the end of the experiment, blood samples were collected for biochemical analysis of the liver and kidney biomarkers, while the liver and kidney tissues were harvested for histopathological examination using standard laboratory methods. Descriptive statistics were computed and expressed as Mean ± SD. One-way ANOVA and Turkeys test was performed. P value ≤0.05 was considered statistically significant. Results: Acute toxicity LD50 of STCD was observed to be ≥2404.2 mg/kg body weight. An increase in the percentage body weight difference of 8.39% and 2.86% was observed for 200 and 400 mg/kg STCD groups. Also, the liver weight was observed to increase in 400 mg/kg (3.92 ± 1.42) in comparison to the control group (3.48 ± 1.61), a decrease in the kidney weight was observed in all groups administered STCD in comparison to the control group. Administration of STCD at both 200 and 400 mg/kg revealed a decrease in the concentration of the hepatic biomarkers AST, ALT, ALP, TP, Albumin, Total and conjugated bilirubin. The kidney biomarker Urea was observed to decrease in concentration for 200 mg/kg STCD (4.60 ± 1.83) and 400 mg/kg STCD (4.76 ± 0.74) when compared to the control group (6.32 ± 2.74). A decrease in Creatinine was observed in 200 mg/kg (91.80 ± 34.69) and 400 mg/kg (98.60 ± 15.53) in comparison to the control group (117.60 ± 42.88). The histological examination of the liver of rats administered STCD revealed structural normal central vein, hepatocytes and portal tract. The kidney examination revealed normal glomeruli and normal tubule. Conclusion: The findings of this study opine that STCD improved the health of both the liver and kidney as evidenced via the biomarkers and histological examinations of the liver and kidney. This study therefore recommends the intake of STCD at moderate doses for improved liver and kidney function due to its bioactive compounds and nutritional content. 展开更多
关键词 Cyperus esculentus (Tiger nuts) Phoenix dactylifera (Dates) and Cocos nucifera (coconuts) LIVER KIDNEY Male Rats
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海南椰子栽培品种的SSR标记分析 被引量:5
3
作者 柳晓磊 汤华 +3 位作者 李东栋 王茜 林艳青 周蓉 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期1199-1204,共6页
应用简单重复序列(SSR)标记方法,对海南的11个椰子(Cocos nucifera L.)栽培品种进行了遗传多样性分析。选取30对引物用于PCR扩增,有23对引物扩增出有效多态性片段136条,平均多态性百分率为95.77%,每对引物扩增出的带数2-12... 应用简单重复序列(SSR)标记方法,对海南的11个椰子(Cocos nucifera L.)栽培品种进行了遗传多样性分析。选取30对引物用于PCR扩增,有23对引物扩增出有效多态性片段136条,平均多态性百分率为95.77%,每对引物扩增出的带数2-12条不等,平均为6.17条,每个SSR位点的多态信息量(PIC)在0.173~0.896之间,平均为0.561。11份材料之间遗传相似系数变化范围0.061—0.861,说明海南椰子栽培品种之间存在丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明,11个椰子栽培品种分为4个类群和两个亚群。SSR标记反映出的品种问亲缘关系与形态学研究的分类结果并不完全吻合。 展开更多
关键词 椰子 SSR 遗传多样性
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椰子ISSR遗传多样性分析 被引量:5
4
作者 潘坤 王文泉 +2 位作者 唐黎黎 吴翼 唐龙祥 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期238-243,共6页
应用ISSR技术分析了来自多个国家的30份椰子品种或类型的遗传多样性。用29条多态性较好的引物共扩增出了157条条带,其中多态性条带110条,多态性比率70%;用NTSYS软件计算出这30份材料的DICE相似系数在0.548~0.962,平均值为0.788。其中... 应用ISSR技术分析了来自多个国家的30份椰子品种或类型的遗传多样性。用29条多态性较好的引物共扩增出了157条条带,其中多态性条带110条,多态性比率70%;用NTSYS软件计算出这30份材料的DICE相似系数在0.548~0.962,平均值为0.788。其中相似系数最高的是红矮(14号)和杂交种(16号)为0.962,最低的是海南高种(29号)和斐济高种(5号)仅0.548。用UPGMA方法构建聚类树,所有材料在相似系数0.79处被划分为三大类(类群A,B,C)。A类群包括所有引进的高种、矮种和杂交种,B类群包含了除雄树以外的所有特殊变异类型椰子,而来自海南的所有高种单独聚为C类。综合研究结果表明我国海南的椰子种质资源多样性水平不高,需要进一步引进国外优良种质。 展开更多
关键词 椰子 遗传多样性 ISSR
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云南椰子种质资源遗传多样性的ISSR分析 被引量:5
5
作者 贺熙勇 高世德 +4 位作者 张阳梅 陶亮 陶丽 肖晓明 倪书邦 《中国农学通报》 CSCD 2014年第1期157-162,共6页
为摸清云南椰子种质资源遗传多样性现状,促进资源的有效利用,以在云南收集的60份椰子种质为试材,利用ISSR分子标记技术对其遗传多样性进行了分析。结果表明:27条ISSR引物共扩增出272个位点,其中230个为多态性位点,多态性比率为84.56%,... 为摸清云南椰子种质资源遗传多样性现状,促进资源的有效利用,以在云南收集的60份椰子种质为试材,利用ISSR分子标记技术对其遗传多样性进行了分析。结果表明:27条ISSR引物共扩增出272个位点,其中230个为多态性位点,多态性比率为84.56%,引物多态性指数为0.85,SM遗传相似系数平均值为0.664。根据各种质的SM,运用NTSYSpc2.10e软件的UPGMA方法构建了种质的系统聚类图,60份椰子被聚为3个类群(A、B、C)。其中,A类群为全部由本地种质组成的一个独立类群;C类群既包括部分本地种质,也包括来源于本地以外的其他种质。研究结果显示出云南椰子种质具有较高的遗传多样性;这些种质与外地种质具有独立性和关联性的特点。该研究结果可为云南椰子种质资源的进一步研究和利用提供参考。 展开更多
关键词 椰子 种质资源 遗传多样性 ISSR
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海南椰子2种新类型 被引量:8
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作者 易小平 王家保 易运智 《热带作物学报》 CSCD 2004年第4期18-20,共3页
调查了海南省南部地区的椰子种质资源,发现了2种中果皮为粉红色的新椰子类型。根据外果皮和中果皮颜色,将它们分别暂命名为青皮红衣椰子和红皮红衣椰子。
关键词 椰子 果皮颜色 种质资源 南部地区 海南 青皮 调查 粉红色 命名 发现
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椰子植物叶基因组DNA提取 被引量:7
7
作者 李妮亚 王芳 +1 位作者 沈文涛 李大周 《海南师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2008年第1期71-74,共4页
采用改良CTAB法和SDS法提取椰子基因组DNA,并通过琼脂糖凝胶电泳、分光光度计进行紫外检测.结果表明使用改良的CTAB法较SDS法抽提椰子属植物中总DNA纯度和含量要高,适合分子生物学操作的要求,为后续椰子遗传多样性分析、遗传图谱构建等... 采用改良CTAB法和SDS法提取椰子基因组DNA,并通过琼脂糖凝胶电泳、分光光度计进行紫外检测.结果表明使用改良的CTAB法较SDS法抽提椰子属植物中总DNA纯度和含量要高,适合分子生物学操作的要求,为后续椰子遗传多样性分析、遗传图谱构建等研究奠定基础. 展开更多
关键词 椰子 DNA提取 改良CTAB法 SDS法
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椰子 - 菠萝复合系统营养元素循环的研究 被引量:2
8
作者 彭方仁 黄宝龙 《南京林业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 1998年第1期9-12,共4页
在印度尼西亚PTPulauSambuGroup所属的种植园内对5年生椰子-菠萝复合系统营养元素的吸收、转移、归还全过程进行了系统的测定和分析。结果表明该复合系统营养元素(氮、磷、钾)的年存留、归还、吸收量分别为559... 在印度尼西亚PTPulauSambuGroup所属的种植园内对5年生椰子-菠萝复合系统营养元素的吸收、转移、归还全过程进行了系统的测定和分析。结果表明该复合系统营养元素(氮、磷、钾)的年存留、归还、吸收量分别为559471、410745和970475kg·hm-2。营养元素的平均循环率为4232%,比纯椰林提高了2753%。椰林下间种菠萝,由于两者对营养元素吸收具有互补性,菠萝根茬还田增加了营养物质的归还量,提高了营养物质的利用率,系统的功能得到明显的增强。椰子-菠萝复合经营是一种生产力较高、资源利用率较好的热带作物优化栽培模式。 展开更多
关键词 椰子 菠萝 林农复合系统 养分循环
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椰子不同组织基因组DNA的提取及质量分析 被引量:5
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作者 郑育声 李东栋 王哲魁 《海南大学学报(自然科学版)》 CAS 2007年第1期51-53,56,共4页
以椰子植物的叶片和花序组织为材料,探索了应用CTAB微量法分离高质量椰子基因组DNA的方法.结果表明,采用CTAB的缓冲液裂解材料,以及在提取过程中用φ=4%的β-巯基乙醇的改良CTAB法,可有效地控制椰子这种高纤维、易褐变材料和多糖在DNA... 以椰子植物的叶片和花序组织为材料,探索了应用CTAB微量法分离高质量椰子基因组DNA的方法.结果表明,采用CTAB的缓冲液裂解材料,以及在提取过程中用φ=4%的β-巯基乙醇的改良CTAB法,可有效地控制椰子这种高纤维、易褐变材料和多糖在DNA提取过程中的污染和影响.应用本研究建立的分离方法,可从椰子的叶片和花序2种不同材料中分离得到高质量的基因组DNA,产量分别达0.75 g.L-1和0.65 g.L-1.通过Hind III酶切实验证明,分离出的基因组DNA适用于限制性酶切反应的分析和操作;该方法的建立可有效地应用于椰子和其他棕榈科植物基于DNA的分子生物学研究. 展开更多
关键词 基因组DNA 椰子 提取
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椰子果肉组织中总RNA的提取及质量分析 被引量:4
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作者 李东栋 范永梅 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第6期883-886,共4页
本研究以椰子(Cocos nucifera L.)果肉组织为材料,应用改良CTAB法对不同成熟度的椰肉组织总RNA进行提取分析。结果表明:改良CTAB法能有效去除椰肉组织中不同种类杂质的干扰,从两种不同成熟度的椰肉组织中获得了高质量的总RNA;应用琼脂... 本研究以椰子(Cocos nucifera L.)果肉组织为材料,应用改良CTAB法对不同成熟度的椰肉组织总RNA进行提取分析。结果表明:改良CTAB法能有效去除椰肉组织中不同种类杂质的干扰,从两种不同成熟度的椰肉组织中获得了高质量的总RNA;应用琼脂糖凝胶电泳检测得到两条清晰的谱带,分别为28S和18S。通过紫外分光光度计检测含量和纯度显示:OD_(260)/OD_(280)值介于1.6~1.9之间,不同成熟度的椰肉组织提取的总RNA的浓度分别为0.070μg/μL和0.053μg/μL。本研究使用的方法适用椰肉组织总RNA的提取,能够获得质量好、产率高、完整性强的总RNA,为进行椰子果实发育相关基因的克隆和分析奠定了一定的研究基础。 展开更多
关键词 椰子 总RNA 质量分析
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椰子-菠萝复合系统的结构特征与生物生产力 被引量:2
11
作者 彭方仁 黄宝龙 +1 位作者 Tay Juhana Lim nam 《南京林业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 1996年第1期68-72,共5页
在印度尼西亚苏门答腊地区P.T.Pulau Sambu公司所属的种植园内对椰子-菠萝复合系统的地上、地下部分结构特征及生物生产力进行了系统研究。结果表明:在复合系统中,5年生椰子的叶片主要分布在离地面2~9m的范围内,而菠萝叶片主要分布在... 在印度尼西亚苏门答腊地区P.T.Pulau Sambu公司所属的种植园内对椰子-菠萝复合系统的地上、地下部分结构特征及生物生产力进行了系统研究。结果表明:在复合系统中,5年生椰子的叶片主要分布在离地面2~9m的范围内,而菠萝叶片主要分布在离地面0~80cm范围内;椰子的根系呈“喇叭型”分布,在表层土壤的分布范围小,深层土壤分布范围广,而菠萝根系主要分布在0~30cm的表土中。复合系统的地上、地下部分结构存在明显的层次性,从而提高系统的光能利用率和养分利用率。复合系统的生物生产力是椰子单一种植园的4.3倍。椰子-菠萝复合经营是一种结构合理、生产力较高的热带经济作物优化栽培模式。 展开更多
关键词 椰子 菠萝 复合经营 林分结构 生物生产力
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椰壳自动粉碎机的设计 被引量:1
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作者 李巍威 史留勇 张燕 《湖北农业科学》 2015年第7期1739-1741,共3页
针对椰子(Cocos nucifera L.)壳质地坚硬、难以粉碎的特点,结合目前中国南方热带城市的椰子加工现状,设计了一种椰壳粉碎设备,介绍了其挤压装置、液压传动装置、粉碎刀的设计。结果表明,设计的椰壳自动粉碎机粉碎率为93%,粉碎时间不到... 针对椰子(Cocos nucifera L.)壳质地坚硬、难以粉碎的特点,结合目前中国南方热带城市的椰子加工现状,设计了一种椰壳粉碎设备,介绍了其挤压装置、液压传动装置、粉碎刀的设计。结果表明,设计的椰壳自动粉碎机粉碎率为93%,粉碎时间不到人工粉碎时间的1/5。该设备的实现可降低人工劳动强度,操作简便,可靠性高,提高了椰子产品的综合利用率,符合目前椰子综合处理的需求。 展开更多
关键词 椰子(Cocos nucifera L.) 椰壳 粉碎机
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Long-term consumption of virgin coconut (Cocos nucifera) oil diet impairs learning and memory in CD1 mice 被引量:1
13
作者 Sunday A.Bisong Clement O.Nku +3 位作者 Olushola A.Sanya Sunday O.Ita Victor A.Fischer Favour E.Abuo 《Chinese Herbal Medicines》 CAS 2020年第4期414-420,共7页
Objective:Virgin coconut oil(VCO)has been used in the management of dementia in Alzheimer’s disease(AD).Therefore,this research investigated the effect of long-term consumption of VCO diet on learning and memory in C... Objective:Virgin coconut oil(VCO)has been used in the management of dementia in Alzheimer’s disease(AD).Therefore,this research investigated the effect of long-term consumption of VCO diet on learning and memory in CD1 mice.Methods:Thirty male CD1 mice(divided into three groups,n=10)were fed with standard rodent chow(control),5%and 20%VCO diets(respectively)for 28 d.The Morris Water Maze(MWM)test was used to test the effect of VCO on visuo-spatial learning and memory,while the Novel Object Recognition Test(NORT)was used to measure short-and long-term recognition memory.Results:Learning performance of mice did not differ in the MWM.During the probe trial,duration in the retention quadrant and annulus crossings were lower(P<0.05)in the 5%and 20%VCO diet groups compared to the control diet group,showing that VCO impaired visuo-spatial memory.During the NORT,mice showed more total approaches in the 20%VCO diet group(P<0.05)compared to control and the 5%VCO diet groups during the short-term memory test.During the long-term memory retention test,the total approaches were also higher in the 20%VCO group compared to control and 5%VCO group(P>0.05).The discrimination index was also lower in the 20%VCO group compared to control and 5%VCO diet groups indicating impaired long-term cognitive memory in mice given 20%VCO diet.Histological examination of brains showed damage within the CA1 pyramidal cell layer of the hippocampus in the 20%VCO diet group,in line with the behavioural observations.Conclusion:Long-term consumption of virgin coconut oil diet impairs memory in mice. 展开更多
关键词 Cocos nucifera Linn learning and memory MICE virgin coconut oil
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GC-MS analysis of Cocus nucifera flower extract and its effects on heterogeneous symptoms of polycystic ovarian disease in female Wistar rats
14
作者 V.Soumya Y.Indira Muzib +1 位作者 P.Venkatesh K.Hariprasath 《Chinese Journal of Natural Medicines》 SCIE CAS CSCD 2014年第9期677-684,共8页
AIM: To evaluate the effect of Cocus nucifera L. flowers in reducing the major multiple symptoms of letrozole-induced polycystic ovarian disease(PCOD) in female rats. METHOD: Female, virgin Wistar rats were treated wi... AIM: To evaluate the effect of Cocus nucifera L. flowers in reducing the major multiple symptoms of letrozole-induced polycystic ovarian disease(PCOD) in female rats. METHOD: Female, virgin Wistar rats were treated with letrozole(1 mg/kg body wt) to induce PCOD, and after 21 days of induction rats were administered orally with 100 and 200 mg·kg-1 of Cocus nucifera flower aqueous extract, respectively. Estrus cycle and blood sugar were monitored once a week throughout the study. After scarification, various biochemical parameters, such as antioxidant status(superoxide dismutase(SOD) and glutathione reductase(GSH)) of the uterus homogenate, lipid profile(total cholesterol(TC), high density lipoprotein(HDL), low density lipoprotein(LDL), and triglycerides(TG)) of the serum were determined. Weights of the uterus and ovaries were separately monitored. The characteristics of changes in the ovary were evaluated by histopathological studies. RESULTS: GC-MS analysis of the aqueous extract showed the presence of volatile and pharmacologically active phytoconstituents. C. nucifera flower extract-treated groups showed estrus cyclicity and increased uterus weight which indicates the estrogenic effect. The improved blood sugar level, ideal lipid profile, good antioxidant status, and histopathology results revealed the recovery from poly cystic ovaries. CONCLUSION: The results indicate that C. nucifera flower is a potential medicine for the treatment of PCOD and this study supports the traditional uses of C. nucifera flower. 展开更多
关键词 flower uterus superoxide ovary monitored virgin cycle Female glutathione volatile
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椰子CESA基因家族鉴定及生物信息学分析
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作者 孙熹微 杨耀东 +2 位作者 弓淑芳 王永 肖勇 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第13期4212-4221,共10页
中国加工椰糠与椰壳纤维所需的椰衣、椰壳主要从国外进口,国内原材料供给不足,市场潜力巨大,因此培育椰子高品质深加工新品种具有重要意义。本研究利用已发表的椰子基因组数据,共鉴定出10个椰子CESA基因家族成员并对其进行了基因结构分... 中国加工椰糠与椰壳纤维所需的椰衣、椰壳主要从国外进口,国内原材料供给不足,市场潜力巨大,因此培育椰子高品质深加工新品种具有重要意义。本研究利用已发表的椰子基因组数据,共鉴定出10个椰子CESA基因家族成员并对其进行了基因结构分析、蛋白理化性质分析、亚细胞定位预测、蛋白质保守结构域预测、超二级结构预测分析、三级结构同源建模、蛋白跨膜螺旋预测、系统进化树构建及表达谱分析。蛋白理化性质与亚细胞定位分析显示,椰子CESA成员蛋白多为酸性蛋白,且主要定位于细胞质膜上。进化分析显示,椰子CESA基因家族成员可分为5组,组内基因同源性较高,组间差异较小,所有家族成员均含有N端锌指结构域和纤维素合酶结构域,基因结构相似。聚类及表达谱分析显示,CoCESA3、CoCESA4、CoCESA6、CoCESA8与已报道的拟南芥、水稻初生细胞壁合成相关CESA基因聚类在一起,并在成熟叶片、幼叶、胚、胚乳和愈伤组织中都有较高的表达量,其可能参与了初生细胞壁合成且在整个植物生长发育过程中发挥作用。本研究鉴定了10个椰子CESA基因家族成员并对其进行了生物信息学分析,为椰子CESA基因家族功能的进一步研究提供基础,并为高质量深加工椰子新品种的分子育种提供候选基因。 展开更多
关键词 椰子(Cocos nucifera L.) CESA基因家族 生物信息学
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椰子NCED2基因克隆及逆境响应表达分析 被引量:1
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作者 尹欣幸 卢丽兰 范海阔 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第3期794-801,共8页
顺式-环氧类胡萝卜素双氧合酶(9-cis-epoxy carotenoids dioxygenase, NCED)是ABA生物合成间接途径的关键限速酶,在植物逆境响应中有重要作用。本研究利用RT-PCR从‘文椰2号’椰子中鉴定出NCED2基因。结果表明,CnNCED2基因长度为1 845 ... 顺式-环氧类胡萝卜素双氧合酶(9-cis-epoxy carotenoids dioxygenase, NCED)是ABA生物合成间接途径的关键限速酶,在植物逆境响应中有重要作用。本研究利用RT-PCR从‘文椰2号’椰子中鉴定出NCED2基因。结果表明,CnNCED2基因长度为1 845 bp,编码614个氨基酸。其蛋白主要由α-螺旋、无规则卷曲、β-转角和延伸连构成,为亲水蛋白。在CnNCED2的启动子序列上发现了TC重复序列、MBS、LTR等与逆境密切相关的顺式作用元件,以及CGTCA模序、TGA元件、TGACG模序、ABRE等与植物激素相关的顺式作用元件。基因表达分析发现CnNCED2受低温和干旱胁迫诱导,分别在低温处理后12 h和干旱处理后6 h达到峰值,而盐胁迫处理抑制NCED2的表达。本研究分析了CnNCED2在3种逆境胁迫下的表达特征,对椰子抗性育种有一定参考作用。 展开更多
关键词 椰子(Cocos nucifera L.) NCED2 基因克隆 非生物胁迫
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椰子开花相关miR156和靶基因SPL特征分析
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作者 冯雅兰 肖勇 +4 位作者 王永 张大鹏 石鹏 夏薇 孙熹微 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第12期3894-3901,共8页
为了揭示椰子CnumiR156基因家族的进化过程和表达模式,对CnumiR156家族9个成员的序列进行生物信息学分析及靶基因预测,找出开花途径靶基因,并结合转录数据对这差异表达的CnumiR156和开花途径靶基因进行RT-qPCR验证。序列比对发现不同的... 为了揭示椰子CnumiR156基因家族的进化过程和表达模式,对CnumiR156家族9个成员的序列进行生物信息学分析及靶基因预测,找出开花途径靶基因,并结合转录数据对这差异表达的CnumiR156和开花途径靶基因进行RT-qPCR验证。序列比对发现不同的前体序列可产生相同序列的成熟miR156;进化树结果表明,CnumiR156-1和CnumiR156-3的亲缘关系较近,CnumiR156-2和CnumiR156-5的亲缘关系较近,CnumiR156-4和CnumiR156-9的亲缘关系较近;靶基因预测结果表明,CnmiR156-3/-6的靶基因主要是SQUAMOS启动子结合蛋白家族;转录组数据结果分析得到,CnumiR156-3、CnumiR156-6、CnumiR156-9在‘本地高种’和‘黄矮’苗期的表达量要高于在其对应成熟期的表达,开花途径靶基因CnSPL(CCG024262.1)和CnSPL(CCG019030.1)在‘本地高种’和‘黄矮’成熟期的表达量要高于在其对应苗期的表达;CCG024262.1和CCG019030.1的定量结果与转录组结果基本相符。本研究通过生信分析与实验验证对CnumiR156和开花途径靶基因CnSPL的序列特征与表达模式进行分析,给CnumiR156和靶基因CnSPL的功能研究提供理论基础,为椰子的生物育种提供一个新的思路。 展开更多
关键词 椰子(Cocos nucifera L.) miR156 靶基因 开花
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椰子SR蛋白家族的鉴定及生物信息学分析
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作者 孙秋艾 卫晓宇 +3 位作者 陈如男 孙熹微 夏薇 肖勇 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第20期6680-6687,共8页
SR蛋白家族是真核生物中的一类剪接因子,其作为反式作用因子,通过与顺式作用元件结合参与可变剪接。本研究通过已公布的椰子基因组,与水稻的SR蛋白序列进行多序列比对,去除不含RRM结构域的序列共鉴定出24个椰子CnSR蛋白家族成员,采用生... SR蛋白家族是真核生物中的一类剪接因子,其作为反式作用因子,通过与顺式作用元件结合参与可变剪接。本研究通过已公布的椰子基因组,与水稻的SR蛋白序列进行多序列比对,去除不含RRM结构域的序列共鉴定出24个椰子CnSR蛋白家族成员,采用生物信息学的方法,对其理化性质、亚细胞定位、序列保守性等方面进行分析。结果表明:椰子CnSR蛋白家族分布较广,最主要位于细胞核。椰子CnSR蛋白家族可分为4个亚族,分别是RSZ亚族、SR亚族、RS亚族、SC亚族。CnSR1、CnSR2、CnSR9、CnSR18、CnSR19、CnSR23在各组织中表达水平较高,其可能在椰子的整个生长时期发挥着重要的作用。对椰子CnSR蛋白家族启动子区顺式作用元件分析结果显示鉴定出光响应元件、各类激素响应元件,胁迫应答元件等,初步表明椰子CnSR蛋白家族与环境胁迫应答相关。通过上述生物信息学分析,为进一步探究椰子CnSR蛋白家族在椰子生长发育过程中的功能提供参考。 展开更多
关键词 椰子(Cocos nucifera L.) SR蛋白家族 生物信息学分析
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