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Bioinformatic analysis and functional characterization of the cfem proteins in maize anthracnose fungus Colletotrichum graminicola 被引量:6
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作者 GONG An-dong JING Zhong-ying +3 位作者 ZHANG Kai TAN Qing-qun WANG Guo-liang LIU Wen-de 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2020年第2期541-550,共10页
Fungal secreted proteins that contain the Common in Fungal Extracellular Membrane(CFEM)domain are important for pathogenicity.The hemibiotrophic fungus Colletotrichum graminicola causes the serious anthracnose disease... Fungal secreted proteins that contain the Common in Fungal Extracellular Membrane(CFEM)domain are important for pathogenicity.The hemibiotrophic fungus Colletotrichum graminicola causes the serious anthracnose disease of maize.In this study,we identified 24 CgCFEM proteins in the genome of C.graminicola.Phylogenic analysis revealed that these 24 proteins(CgCFEM1–24)can be divided into 2 clades based on the presence of the trans-membrane domain.Sequence alignment analysis indicated that the amino acids of the CFEM domain are highly conserved and contain 8 spaced cysteines,with the exception that CgCFEM1 and CgCFEM24 lack 1 and 2 cysteines,respectively.Ten CgCFEM proteins with a signal peptide and without the trans-membrane domain were considered as candidate effectors and,thus were selected for structural prediction and functional analyses.The CFEM domain in the candidate effectors can form a helical-basket structure homologous to the Csa2 protein in Candida albicans,which is responsible for haem acquisition and pathogenicity.Subcellular localization analysis revealed that these effectors accumulate in the cell membrane,nucleus,and cytosolic bodies.Additionally,5 effectors,CgCFEM6,7,8,9 and 15,can suppress the BAX-induced programmed cell death in Nicotiana benthamiana with or without the signal peptide.These results demonstrate that these 10 CgCFEM candidate effectors with different structures and subcellular localizations in host cells may play important roles during the pathogenic processes on maize plants. 展开更多
关键词 CFEM domain candidate effector anthracnose disease MAIZE colletotrichum graminicola
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禾谷炭疽菌中剪接因子SR蛋白的生物信息学分析及基因克隆 被引量:1
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作者 张艺美 代亚锋 +2 位作者 叶云英 陈震 宫安东 《信阳师范学院学报(自然科学版)》 CAS 2024年第1期72-80,共9页
Serine/arginine-rich(SR)蛋白参与前体mRNA剪接及mRNA代谢等多种生理生化活动。以裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)中两个典型SR蛋白序列为基础,利用Blastp和关键词对禾谷炭疽菌蛋白质数据库进行比对分析,明确该菌中具有2个SR蛋白C... Serine/arginine-rich(SR)蛋白参与前体mRNA剪接及mRNA代谢等多种生理生化活动。以裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)中两个典型SR蛋白序列为基础,利用Blastp和关键词对禾谷炭疽菌蛋白质数据库进行比对分析,明确该菌中具有2个SR蛋白CgSrp1和CgSrp2;通过SMART保守结构域分析,明确CgSrp1和CgSrp2蛋白的N端都含有RNA识别结构域,C端含有丝氨酸/精氨酸二肽序列;利用NCBI中BLASTp程序与其他物种进行相似性分析,构建系统进化树,并通过氨基酸序列比对发现SR蛋白在植物和真菌之间的差异性;同时,通过对CgSrp1和CgSrp2蛋白的理化性质、疏水性、亚细胞定位及二、三级结构等进行生物信息学分析,明确CgSrp1和CgSrp2都是亲水性蛋白质,二者均定位于细胞核,含有α螺旋、β折叠和无规则卷曲三种结构;以野生型禾谷炭疽菌CgM2为模板,成功克隆了CgSRP1和CgSRP2基因片段,明确CgM2存在CgSRP1和CgSRP2基因。 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 SR蛋白 剪接因子 生物信息学 基因克隆
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禾谷炭疽菌中糖苷水解酶互作蛋白找寻及遗传关系预测分析
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作者 薄淑文 韩长志 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期443-450,共8页
【目的】糖苷水解酶(GH)作为破坏植物细胞壁的重要酶类,在植物病原菌致病过程中发挥着重要作用。为了解GH蛋白之间的互作机制,对禾谷炭疽菌GH互作蛋白及其遗传关系进行研究。【方法】基于前期所获得的禾谷炭疽菌GH蛋白,通过STRING网络... 【目的】糖苷水解酶(GH)作为破坏植物细胞壁的重要酶类,在植物病原菌致病过程中发挥着重要作用。为了解GH蛋白之间的互作机制,对禾谷炭疽菌GH互作蛋白及其遗传关系进行研究。【方法】基于前期所获得的禾谷炭疽菌GH蛋白,通过STRING网络在线分析不同GH蛋白之间的互作关系,通过ProtComp v9.0在线分析GH蛋白的亚细胞定位,利用Clustal X和MEGA 11软件对GH蛋白进行多重比对和构建系统进化树,并选取互作关系多的蛋白通过GRAMM在线软件进行分子对接。【结果】禾谷炭疽菌中89个GH蛋白之间的互作表现为3大类的聚集关系,其中,Ⅰ类聚集了34个GH蛋白,Ⅱ类聚集了33个GH蛋白,Ⅲ类聚集了22个GH蛋白;85个GH蛋白定位于细胞外(分泌),仅4个GH蛋白定位于细胞核、内质网、细胞质膜。系统发育树分为4大类,有一些GH亚家族蛋白只存在于一类中,也有一些GH亚家族蛋白同时存在于两类及两类以上中;分子对接发现,互作蛋白之间均存在多个相互作用的氨基酸残基位点。【结论】禾谷炭疽菌GH蛋白之间有3种互作情况,即不同亚家族GH蛋白之间的互作、同一亚家族中不同GH蛋白之间的互作以及不存在互作关系;大部分GH蛋白定位于细胞外;大多数GH亚家族中不同蛋白亲缘关系较近,蛋白之间可通过氢键相互作用。 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 糖苷水解酶 蛋白互作 协同作用
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禾谷炭疽菌GPCR蛋白生物信息学分析 被引量:8
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作者 韩长志 任文来 《西南林业大学学报(自然科学)》 CAS 北大核心 2016年第4期82-87,共6页
基于酿酒酵母中已经报道的3个典型GPCR序列,利用Blastp以及关键词对炭疽菌蛋白质数据库进行比对、搜索,通过SMART保守结构域及遗传关系分析。结果表明:发现该菌存在4个典型的GPCR;4个GPCR在蛋白质二级结构上均含有典型的7跨膜结构域以... 基于酿酒酵母中已经报道的3个典型GPCR序列,利用Blastp以及关键词对炭疽菌蛋白质数据库进行比对、搜索,通过SMART保守结构域及遗传关系分析。结果表明:发现该菌存在4个典型的GPCR;4个GPCR在蛋白质二级结构上均含有典型的7跨膜结构域以及较高比例的α螺旋结构,均不含有明显的信号肽序列;在定位方面,4个GPCR均定位在质膜上;该菌中的GPCR与C.higginsianum、C.fioriniae等炭疽菌属中的病菌具有较高的同源序列以及较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 G蛋白偶联受体 信号肽 二级结构 生物信息学
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利用生物信息学方法鉴定和分析禾谷炭疽菌Rab蛋白家族 被引量:9
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作者 李源 步伟洋 +1 位作者 鲁国东 齐尧尧 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第7期1416-1422,共7页
Rab蛋白作为分子开关,调控着丝状真菌中囊泡运输的各个过程。为明确禾谷炭疽菌(Colletotrichum graminicola)中Rab蛋白家族成员的数量和理化特征,本研究利用生物信息学的方法对禾谷炭疽菌中的Rab蛋白进行比对搜索,并对得到的Rab蛋白进... Rab蛋白作为分子开关,调控着丝状真菌中囊泡运输的各个过程。为明确禾谷炭疽菌(Colletotrichum graminicola)中Rab蛋白家族成员的数量和理化特征,本研究利用生物信息学的方法对禾谷炭疽菌中的Rab蛋白进行比对搜索,并对得到的Rab蛋白进行理化性质和系统进化分析,以期望为进一步阐明其功能提供理论指导。结果表明,禾谷炭疽菌中共有10个Rab蛋白候选基因,都编码小分子的亲水蛋白,编码产物都定位于胞内具有膜结构的细胞器上,其中有一半为稳定蛋白。此外,该Rab蛋白家族的绝大多数成员在丝状真菌中的进化是保守的,都具有保守的结构域,但是该家族个别成员与同属的黄瓜炭疽菌(Colletotrichum orbiculare)中的同源蛋白的进化距离较远,暗示了禾谷炭疽菌为了适应环境和更好地侵染植物进化出了可能具有特异性功能的Rab蛋白。本研究的结果将为深入明确Rab蛋白家族的具体功能奠定基础,期望为进一步设计更加合理有效的玉米炭疽病防治策略提供新思路。 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 RAB蛋白 进化分析 保守结构域
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基于全基因组测序的禾谷炭疽菌中碳水化合物酶类蛋白预测 被引量:14
6
作者 韩长志 《河南师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2016年第4期118-124,共7页
禾谷炭疽菌侵染玉米、小麦等农作物引起的炭疽病,给各国农业生产造成了巨大经济损失.基于前期研究结果,以630个分泌蛋白为基础序列,利用CAT预测程序,对上述蛋白进行碳水化合物酶类蛋白(CAZymes)的找寻,明确该菌中CAZymes含有267个,分为... 禾谷炭疽菌侵染玉米、小麦等农作物引起的炭疽病,给各国农业生产造成了巨大经济损失.基于前期研究结果,以630个分泌蛋白为基础序列,利用CAT预测程序,对上述蛋白进行碳水化合物酶类蛋白(CAZymes)的找寻,明确该菌中CAZymes含有267个,分为主要类别和复合类别两大类,前者包括89个GHs、53个CBMs以及41个AAs、28个CEs、11个PLs、2个GTs;后者则包括30个GHs/CBMs、10个AAs/CBMs、1个CEs/CBMs等.该研究为深入开展该病菌侵染植物的作用机制提供重要的理论基础. 展开更多
关键词 全基因组测序 禾谷炭疽菌 碳水化合物酶类蛋白
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禾谷炭疽菌碳水化合物酶类蛋白注释及其理化性质分析 被引量:9
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作者 韩长志 许僖 《河南师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2017年第3期48-52,共5页
禾谷炭疽菌侵染玉米、小麦等农作物引起的炭疽病,给各国农业生产造成了巨大的经济损失.基于前期研究结果,以267个碳水化合物酶类蛋白(CAZymes)序列为基础,对其进行理化性质分析,结果表明,近2/3的蛋白理论等电点小于6,属于酸性蛋白,同时... 禾谷炭疽菌侵染玉米、小麦等农作物引起的炭疽病,给各国农业生产造成了巨大的经济损失.基于前期研究结果,以267个碳水化合物酶类蛋白(CAZymes)序列为基础,对其进行理化性质分析,结果表明,近2/3的蛋白理论等电点小于6,属于酸性蛋白,同时,通过随机数软件对上述蛋白进行10%抽样分析,明确了不同理论等电点类别的分泌蛋白所具有的分子质量、分子式、原子数量、半衰期、不稳定性系数、脂肪族氨基酸指数、总平均亲水性等性质.该研究为深入解析禾谷炭疽菌CAZymes蛋白的功能奠定了坚实的理论基础. 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 分泌蛋白 理化性质 预测程序
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禾谷炭疽菌14-3-3蛋白生物信息学分析 被引量:8
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作者 韩长志 《河南师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2014年第3期109-114,118,共7页
禾谷炭疽菌侵染玉米、小麦等粮食作物而引起的炭疽病,给各国农业生产造成了巨大经济损失.14-3-3蛋白普遍存在于真核生物,参与植物众多生理生化过程.本研究基于酿酒酵母中2个典型14-3-3蛋白序列,利用Blastp以及关键词对炭疽菌属蛋白质数... 禾谷炭疽菌侵染玉米、小麦等粮食作物而引起的炭疽病,给各国农业生产造成了巨大经济损失.14-3-3蛋白普遍存在于真核生物,参与植物众多生理生化过程.本研究基于酿酒酵母中2个典型14-3-3蛋白序列,利用Blastp以及关键词对炭疽菌属蛋白质数据库进行比对、搜索,以及通过SMART保守结构域分析,明确该菌存在2个典型的14-3-3蛋白;同时,通过对上述蛋白进行二级结构、疏水性、信号肽,跨膜结构域以及亚细胞定位等生物信息学分析.该研究为深入开展禾谷炭疽菌14-3-3蛋白功能研究打下坚实的理论基础. 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 14-3—3 信号肽 二级结构 亚细胞定位
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禾谷炭疽菌效应分子motif序列研究 被引量:1
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作者 韩长志 任文来 《科学技术与工程》 北大核心 2016年第18期151-155,175,共6页
禾谷炭疽菌侵染玉米、小麦等粮食作物而引起的炭疽病,给各国农业生产造成了巨大经济损失。植物病原菌可以利用效应分子来操控寄主植物的防卫反应,从而实现其对植物的侵染、定殖和扩展等过程。研究基于前人对禾谷炭疽菌中已报道的177个... 禾谷炭疽菌侵染玉米、小麦等粮食作物而引起的炭疽病,给各国农业生产造成了巨大经济损失。植物病原菌可以利用效应分子来操控寄主植物的防卫反应,从而实现其对植物的侵染、定殖和扩展等过程。研究基于前人对禾谷炭疽菌中已报道的177个候选效应分子(CE)的氨基酸数据,利用MEME对全部CE和不同氨基酸类别的CE进行在线motif分析,未获得较满意结果。随后,结合已报道效应分子(E)所具有保守motif的氨基酸位置范围,对82个具有典型特征E的信号肽序列后30~60 aa进行获取,并将信号肽位置大于28、氨基酸数量较小的E进行剔除,最终明确64个E存在着保守的PAAX motif。该研究丰富了真菌保守motif的类型,为进一步开展禾谷炭疽菌效应分子的motif功能研究提供重要的理论指导。 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 效应分子 MEME MOTIF
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禾谷炭疽菌候选效应分子评测研究 被引量:2
10
作者 韩长志 《信阳师范学院学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2015年第1期53-58,共6页
基于前人对禾谷炭疽菌中已报道的177个候选效应分子的氨基酸数据,结合其他已报道效应分子具有的5个典型特征,通过信号肽预测、跨膜区结构预测以及氨基酸基本特征、半胱氨酸含量等分析,明确82个候选效应分子具有效应分子的典型特征;同时... 基于前人对禾谷炭疽菌中已报道的177个候选效应分子的氨基酸数据,结合其他已报道效应分子具有的5个典型特征,通过信号肽预测、跨膜区结构预测以及氨基酸基本特征、半胱氨酸含量等分析,明确82个候选效应分子具有效应分子的典型特征;同时,利用SMART在线分析工具,明确上述效应分子具有高度序列特异性特点. 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 候选效应分子 信号肽 跨膜区结构
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禾谷炭疽菌磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C生物信息学分析 被引量:3
11
作者 韩长志 《科学技术与工程》 北大核心 2016年第2期18-23,共6页
磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C(PI-PLC)作为植物病原菌G蛋白信号转导过程中的重要调节因子,在对植物侵染、定殖、扩展等致病过程中发挥着重要作用。禾谷炭疽菌侵染玉米、小麦等农作物引起炭疽病,给各国农业生产造成了巨大经济损失。基于酿酒... 磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C(PI-PLC)作为植物病原菌G蛋白信号转导过程中的重要调节因子,在对植物侵染、定殖、扩展等致病过程中发挥着重要作用。禾谷炭疽菌侵染玉米、小麦等农作物引起炭疽病,给各国农业生产造成了巨大经济损失。基于酿酒酵母典型PI-PLC序列,利用Blastp以及关键词对禾谷炭疽菌蛋白质数据库进行比对、搜索,以及通过SMART保守结构域分析,明确该菌存在7个典型的PI-PLC;同时,通过对上述氨基酸序列进行细胞信号肽、跨膜结构域以及二级结构等生物信息学分析,明确上述PI-PLC在蛋白质二级结构组成、信号肽等方面均具有一定差异,除Cg PLC1具有信号肽外,其他均不含有;7个PI-PLC中4个定位在细胞质中,其他则定位在细胞核、高尔基体上。此外,通过对禾谷炭疽菌中的7个PI-PLC与其他物种中的30个同源序列进行遗传关系比较分析,发现禾谷炭疽菌中的PI-PLC与C.higginsianum、C.fioriniae等炭疽菌属中的病菌具有较高的同源序列,较近的亲缘关系。该研究为深入开展禾谷炭疽菌PI-PLC定位、功能研究打下坚实的理论基础,同时,也为进一步开展其他炭疽菌的研究提供重要的理论指导。 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C 信号肽 二级结构 炭疽菌属
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禾谷炭疽菌中3个典型Septin的生物信息学分析 被引量:2
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作者 韩长志 《河南师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2014年第6期108-114,共7页
septin是一个广泛存在于除植物以外的真菌、线虫、果蝇等生物的基因家族,其功能主要涉及细胞分裂、细胞极化、细胞内物质运输、囊泡运输和胞膜重构、细胞周期的调控与凋亡等生物学过程。前期研究发现,禾谷炭疽菌中含有三个典型的septin... septin是一个广泛存在于除植物以外的真菌、线虫、果蝇等生物的基因家族,其功能主要涉及细胞分裂、细胞极化、细胞内物质运输、囊泡运输和胞膜重构、细胞周期的调控与凋亡等生物学过程。前期研究发现,禾谷炭疽菌中含有三个典型的septin,分别为GLRG_07643、GLRG_03149、GLRG_07232.基于此,本研究从理化性质、二级结构以及亚细胞定位等方面对septin进行生物信息学分析,以期为深入开展septin基因的定位、表达以及功能域等方面研究,同时,为进一步实现以控制病原菌细胞分裂功能新的药物靶标的开发提供有力的理论支撑. 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 SEPTIN 理化性质 亚细胞定位 二级结构
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禾谷炭疽菌腺苷酸环化酶的生物信息学分析 被引量:1
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作者 韩长志 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2014年第10期64-68,共5页
为了给禾谷炭疽菌新靶标药物的研究开发提供参考,以酿酒酵母的典型腺苷酸环化酶(AC)序列为基础,利用炭疽菌属蛋白数据库在线对其进行Blastp比对及关键词搜索,通过SMART对该菌典型AC蛋白的保守结构域、理化性质、细胞信号肽、跨膜区结... 为了给禾谷炭疽菌新靶标药物的研究开发提供参考,以酿酒酵母的典型腺苷酸环化酶(AC)序列为基础,利用炭疽菌属蛋白数据库在线对其进行Blastp比对及关键词搜索,通过SMART对该菌典型AC蛋白的保守结构域、理化性质、细胞信号肽、跨膜区结构以及二级结构等生物信息学进行分析,同时比较禾谷炭疽菌中典型AC氨基酸序列与其他物种同源序列的遗传关系。结果表明:禾谷炭疽菌中存在一个与酿酒酵母Srv2同源的序列,命名为CgCap1腺苷酸环化酶蛋白,该酶蛋白包含有530个氨基酸,基因序列长1 906bp具有保守CARP结构域,等电点蛋白在5~6范围,属亲水性、不稳定蛋白,不含信号肽序列,定位于质膜上,二级结构中的β折叠所占比例较低,与同属于炭疽菌属真菌胶孢炭疽菌、西瓜炭疽菌的亲缘关系较近。 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 腺苷酸环化酶 理化性质 亚细胞定位 二级结构
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禾谷炭疽菌CFEM效应子的生物信息学鉴定与转录分析 被引量:10
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作者 井忠英 王国梁 刘文德 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期81-86,共6页
植物病原真菌效应子是指可以改变寄主植物细胞结构或者细胞功能的分泌蛋白或其他小分子物质。效应子对病原真菌的侵入、扩展以及致病发挥着至关重要的作用,是植物病原真菌与寄主的互作不断演化的必然结果。真菌特有的CFEM(common in sev... 植物病原真菌效应子是指可以改变寄主植物细胞结构或者细胞功能的分泌蛋白或其他小分子物质。效应子对病原真菌的侵入、扩展以及致病发挥着至关重要的作用,是植物病原真菌与寄主的互作不断演化的必然结果。真菌特有的CFEM(common in several fungal extracellular membrane protein)蛋白对于病原真菌的致病性起重要作用,一些能够被分泌到胞外的CFEM蛋白被证明是病原真菌效应子。由禾谷炭疽菌(Colletotrichum graminicola)引起的玉米炭疽病是玉米上的重要病害,常年造成严重损失。本研究运用生物信息学工具对禾谷炭疽菌中的CFEM蛋白进行信号肽分析和亚细胞定位分析,进而通过转录分析明确禾谷炭疽菌CFEM蛋白的表达时期。分析结果表明,该病原真菌编码32个CFEM蛋白,其中22个具有信号肽并可分泌至胞外,为分泌蛋白。转录分析表明,10个CFEM分泌蛋白于病菌侵染时附着胞形成期表达,2个CFEM分泌蛋白于侵染后的活体寄生阶段表达,1个于死体寄生阶段表达,其余9个CFEM分泌蛋白在病菌侵染时期的3个阶段均稳定表达。结合生物信息学和转录分析结果,我们预测这22个CFEM分泌蛋白为禾谷炭疽菌致病相关的效应子(简称CFEM效应子)。明确禾谷炭疽菌中CFEM蛋白数量,预测病菌致病相关的CFEM效应子组成,可为开展病原真菌CFEM蛋白介导的病菌—寄主互作研究奠定基础,并为玉米炭疽病的防治和抗性育种研究提供参考。 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 CFEM效应子 生物信息学分析
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禾谷炭疽菌内吞相关蛋白找寻及其生物信息学 被引量:4
15
作者 覃悦 韩长志 《科学技术与工程》 北大核心 2021年第13期5287-5295,共9页
真菌通过内吞的质膜变形运动将细胞以外的物质转运到细胞内,有关植物病原丝状真菌中内吞作用相关蛋白及其特征研究尚不多见,对其发挥内吞作用的NPFxD相关蛋白尚未见报道。运用内吞作用关键词在NCBI数据库中搜索,同时,以模式生物构巢曲霉... 真菌通过内吞的质膜变形运动将细胞以外的物质转运到细胞内,有关植物病原丝状真菌中内吞作用相关蛋白及其特征研究尚不多见,对其发挥内吞作用的NPFxD相关蛋白尚未见报道。运用内吞作用关键词在NCBI数据库中搜索,同时,以模式生物构巢曲霉中NPFxD蛋白序列为基础,通过Blastp开展在线比对分析,明确禾谷炭疽菌中具有NPFxD基序的蛋白有6个,根据同源关系分别命名为CgTPO1、Cg MYO2、CgCRN3、CgNPF4、CgGBP5和CgTRM6;并从跨膜、保守结构域、亚细胞定位、理化性质以及信号肽、二级结构等方面对上述蛋白开展生物信息学分析。结果表明,不同跨膜预测软件结果并不相同,保守结构域种类较多且缺少同一类结构域,蛋白亚细胞定位位置多样且不尽相同,尤以G、A氨基酸残基所占比例最高,仅Cg NPF4具有明显的信号肽,而Cg MYO2蛋白具有比例相对高的α螺旋结构。此外,通过遗传关系分析明确了禾谷炭疽菌中NPFxD蛋白和炭疽菌属病菌具有较高的同源性和较近的亲缘关系,为深入探索NPFxD基序蛋白在炭疽病中的功能奠定了坚实的理论基础。 展开更多
关键词 内吞作用 禾谷炭疽菌 NPFxD基序 炭疽菌属 生物信息学
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禾谷炭疽菌中候选G蛋白偶联受体蛋白的找寻 被引量:3
16
作者 喻红稠 韩长志 《科学技术与工程》 北大核心 2022年第1期103-109,共7页
G蛋白偶联受体(G protein-coupled receptor,GPCR)是生物中一类具有典型七跨膜结构域的重要细胞表面受体,对细胞信号转导过程具有重要作用。禾谷炭疽菌严重危害着玉米、高粱等禾本科植物的产业发展,然而,对于该菌中GPCR蛋白数量及功能... G蛋白偶联受体(G protein-coupled receptor,GPCR)是生物中一类具有典型七跨膜结构域的重要细胞表面受体,对细胞信号转导过程具有重要作用。禾谷炭疽菌严重危害着玉米、高粱等禾本科植物的产业发展,然而,对于该菌中GPCR蛋白数量及功能尚未有系统性报道。基于典型GPCR蛋白序列所具有的七跨膜保守结构域特征,通过TMHMM、Philius和TOPCONS 3种常用软件进行在线分析,明确全部蛋白的预测功能与蛋白数量、跨膜结构域数量与蛋白数量、氨基酸序列长度与蛋白数量之间的关系。结果表明,禾谷炭疽菌中含有243个具有七跨膜结构域蛋白(涉及含有7个跨膜结构域但不含有信号肽序列蛋白或者含有信号肽序列的具有8个跨膜结构域的蛋白),进一步通过SMART保守结构域分析,可知该菌中存在220个候选GPCR蛋白。该研究为进一步开展禾谷炭疽菌候选GPCR蛋白的理化性质解析提供了重要的数据支撑,也为进一步明确GPCR蛋白及其功能的研究奠定重要的理论基础。 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 七跨膜结构域 候选GPCR 生物信息学
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禾谷炭疽菌中候选G蛋白偶联受体蛋白理化性质及遗传关系分析 被引量:1
17
作者 喻红稠 韩长志 《科学技术与工程》 北大核心 2021年第33期14098-14105,共8页
G蛋白偶联受体(G protein-coupled receptor,GPCR)是一类具有七跨膜螺旋结构的重要细胞表面受体,对生物中细胞信号转导过程发挥着重要作用。然而,对于禾谷炭疽菌候选GPCR蛋白的理化性质及遗传关系尚不清楚,制约着对该菌致病机制的研究... G蛋白偶联受体(G protein-coupled receptor,GPCR)是一类具有七跨膜螺旋结构的重要细胞表面受体,对生物中细胞信号转导过程发挥着重要作用。然而,对于禾谷炭疽菌候选GPCR蛋白的理化性质及遗传关系尚不清楚,制约着对该菌致病机制的研究。基于对禾谷炭疽菌中220个候选GPCR蛋白序列,利用SignalP 5.1、ProtParam和ProtScal等在线预测程序对上述蛋白中的信号肽、理化性质、疏水性进行明确。结果表明,禾谷炭疽菌中仅有7个含有信号肽的候选GPCR蛋白,理论等电点主要集中在大于6.01,多属于中性或碱性蛋白,均为疏水性蛋白,同时利用MEGA软件对上述蛋白的遗传关系进行解析,明确候选GPCR蛋白主要分为A、B、C三类,上述类别与其保守结构域有着密切关系。该研究为进一步开展禾谷炭疽菌GPCR蛋白功能解析提供了重要的理论支撑,也为其他炭疽菌中GPCR蛋白功能研究提供了重要的理论基础。 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 候选GPCR 信号肽 理化性质 遗传关系
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禾谷炭疽菌CgRAB4的功能研究 被引量:1
18
作者 齐尧尧 赵耀 石晓玲 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期679-686,共8页
【目的】阐明禾谷炭疽菌(Colletotrichum graminicola)中CgRAB4的功能,为探究Rab蛋白在禾谷炭疽病菌中的保守性和特殊功能奠定理论基础。【方法】通过同源重组的方法对CgRAB4进行基因敲除,经潮霉素抗性筛选和PCR验证后获得缺失突变体,... 【目的】阐明禾谷炭疽菌(Colletotrichum graminicola)中CgRAB4的功能,为探究Rab蛋白在禾谷炭疽病菌中的保守性和特殊功能奠定理论基础。【方法】通过同源重组的方法对CgRAB4进行基因敲除,经潮霉素抗性筛选和PCR验证后获得缺失突变体,进而分析其在禾谷炭疽菌生长发育和侵染致病过程中的作用。【结果】成功获得CgRAB4基因的3个缺失突变体和1个异位整合突变体,对其表型分析发现CgRAB4基因缺失后促进了菌丝的生长,但不影响菌丝的形态,且不参与调控外界胁迫的响应过程,产孢量、孢子形态、附着胞的产生以及对玉米的致病性都没有明显变化。【结论】通过对CgRAB4基因进行敲除,表型分析后发现该基因可能参与调控禾谷炭疽菌的生长过程,为揭示Rab蛋白在禾谷炭疽菌生长发育和侵染致病过程的作用奠定理论基础,为防治玉米炭疽病提供理论指导。 展开更多
关键词 禾谷炭疽菌 CgRAB4 敲除 表型分析
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禾谷炭疽菌中内吞相关蛋白找寻及特征解析
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作者 张凯强 韩长志 《科学技术与工程》 北大核心 2023年第36期15412-15419,共8页
植物病原丝状真菌内吞过程与菌丝细胞的生长、分化以及发育等关系密切。禾谷炭疽菌是一种半活体营养型植物病原丝状真菌,可以侵染玉米、小麦、高粱等禾本科植物而引起炭疽病,前人对其分泌蛋白在致病性过程中作用的研究较多,但对致病性... 植物病原丝状真菌内吞过程与菌丝细胞的生长、分化以及发育等关系密切。禾谷炭疽菌是一种半活体营养型植物病原丝状真菌,可以侵染玉米、小麦、高粱等禾本科植物而引起炭疽病,前人对其分泌蛋白在致病性过程中作用的研究较多,但对致病性过程中内吞相关蛋白的研究尚未见报道。构巢曲霉中具有DPFxD基序的蛋白发挥着受体介导的内吞信号作用,有助于实现真菌的内吞过程。基于构巢曲霉DPFxD蛋白序列,通过Blastp比对分析和关键词搜索,明确禾谷炭疽菌中存在48个DPFxD蛋白序列,并利用生物信息学分析工具对上述蛋白进行了亚细胞定位、信号肽、二级结构等特征解析,以及对DPFxD蛋白和同源蛋白开展遗传关系分析,明确其与炭疽菌属中C. incanum、C.sublineola、C. tofieldiae具有较高的同源性。研究成果为进一步探究DPFxD蛋白功能奠定理论基础,也为其他炭疽菌内吞作用蛋白研究提供重要的理论指导。 展开更多
关键词 内吞作用 禾谷炭疽菌 DPFxD 炭疽菌属 生物信息学
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高粱刺盘孢Colletotrichum sublineola是四川地区高粱炭疽病的主要致病菌 被引量:3
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作者 王轶夫 李强 +9 位作者 李旺龙 倪先林 龙文靖 刘国庆 曾荣耀 樊晶 黄衍焱 龚国淑 赵甘霖 王文明 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期276-285,共10页
高粱是四川省主要经济作物,在高粱生产上普遍发生炭疽病。关于高粱炭疽病菌多数文献描述为禾生刺盘孢Colletotrichum graminicola。已有文献通过分子生物学和基因组学分析证明高粱炭疽病的病原菌是高粱刺盘孢C.sublineola,并非C.gramini... 高粱是四川省主要经济作物,在高粱生产上普遍发生炭疽病。关于高粱炭疽病菌多数文献描述为禾生刺盘孢Colletotrichum graminicola。已有文献通过分子生物学和基因组学分析证明高粱炭疽病的病原菌是高粱刺盘孢C.sublineola,并非C.graminicola。为明确四川省和国内高粱主产区炭疽菌的种类,本研究从四川省泸州泸县等11个地区以及重庆等其他6个省市,总共采集了198份病样,经分离纯化共获得225个炭疽菌株。通过形态学观察,结合ITS和GAPDH基因序列及进化树分析,发现其中215个来源于17个地区的菌株为C.sublineola,且分生孢子形态均为月牙型。其余10个分别来源于两个地区的菌株为兰花刺盘孢C.cliviicola,其分生孢子形态均为圆柱型。通过另外3个基因(CHS、ACT和TUB2)的系统发育分析,进一步证明来自不同地区的17个代表性的炭疽菌菌株分类相同,且均属于C.sublineola。研究结果表明,分生孢子形态及ITS和GAPDH等基因序列可以作为高粱炭疽菌的主要分类依据。在常规高粱品种Hui1等3个材料上接种19个代表性菌株,发现17个C.sublineola菌株的致病能力存在差异,2个C.cliviicola菌株均不能致病。本文研究结果表明,C.sublineola是四川高粱主产区炭疽病的致病菌。另外,通过人工接种试验,证明高粱品种402B对强致病力菌株ZG-FS-1具有较强抗性,402B具有抗病育种应用潜力。 展开更多
关键词 炭疽病 高粱 禾生刺盘孢 高粱刺盘孢
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